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[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 金航 赵振玲 杨美权 张金渝
为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其...
关键词：
西洋参 EST SSR信息
[期刊] 西南农业学报
[作者]
莫明和 黄仲岭 桑维君 张克勤
对西洋参栽培土中北方根结线虫的天敌—捕食线虫真菌进行了系统的调查，镜检到捕食线虫真菌共４个属，２５个种。获得２３个菌株的纯培养，其中有２３个种为西洋参北方根结线虫的捕食性天敌
关键词：
西洋参,根结线,虫捕食线虫真菌
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张丽娜 孙海 李腾懿 张亚玉
为了明确Fe2+胁迫对西洋参某些生理指标的影响,以土壤为基质外施FeSO4进行盆栽试验,土壤添加Fe2+浓度分别为0(CK)、112、224、336、448和560 mg·kg-1。试验结果表明:叶片中叶绿素a、叶绿素b、类胡萝卜素含量均随土壤中Fe2+浓度增加呈现出下降趋势,在土壤添加Fe2+浓度为560 mg·kg-1时最低,分别为1.338、0.704和0.458 mg·g-1,且各处理均显著低于对照(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
于妍华 薛泉宏 唐明
【目的】研究特定拮抗放线菌对西洋参人参土传病害病原真菌的接触抗菌机理。【方法】以5株西洋参、人参土传病害病原真菌菌体为惟一碳源,用液体培养及3,5二硝基水杨酸(DNS)法研究5株供试病原真菌对9株拮抗放线菌几丁质酶和纤维素酶合成的诱导作用;采用搭片法,观察9株拮抗放线菌与5株供试病原真菌菌丝间的相互作用。【结果】①以5株病原真菌菌体为惟一碳源时,可诱导9株拮抗放线菌合成几丁质酶和纤维素酶;9株放线菌的几丁质酶和纤维素酶活性分别为7.17~11.58和6.14~21.20 U,其中西洋参恶疫霉菌体对9株放线菌几丁质酶、纤维素酶合成的诱导作用强于其他病原真菌;②拮抗放线菌Act11、Act13、A...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张爱华 雷锋杰 强薇 王壮 周国兴 张连学
采用均匀设计方法,将木霉30371菌剂和放线菌F05菌剂复配施用,探讨其施用对西洋参立枯病和锈腐病的防治效果。结果表明,西洋参播种时,仅施用5次木霉菌1.6×109/m2;栽种参根时,施用1次放线菌6.98×108/m2、木霉菌1.6×109/m2,对西洋参立枯病的防效为46%,对西洋参锈腐病的盆栽和田间相对防效分别达到88.93%和44.57%,盆栽的根重比对照增重22.4%。2株菌剂复配施用,可降低西洋参发病率并促进参根生长。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯小改 王娟 郭大龙 刘改秀 马慧丽 王小燕
首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩明利 崔娜 于志海 李天来 侯丽霞
表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
关键词：
番茄 EST-SSR 果实
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李建斌 王神云 王红 万雁玲 丁万霞
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
关键词：
甘蓝 EST SSR 功能分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王显生 贾钰莹 顾汉艳 何小玲 张桦 张巨松 石书兵 李建贵 麻浩
从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈俊浩 陆洋 倪燕婕 张智俊 钟雅萍 鲍晶晶 罗淑萍
表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾赵东 马佩勇 郭小丁 谢一芝
利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43...
关键词：
三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵胜杰 刘文革 阎志红 何楠 包文风
利用30对SRAP(Sequence related amplified polymorphism)引物和11对EST-SSR引物对西瓜9份栽培自交系、3份美国材料和6份非洲野生种进行了遗传多样性分析。结果表明,栽培种与野生种间多态性比率高达92.11%,野生种间多态性比率为34.11%,栽培种间多态性比率仅为21.05%。3份美国材料的扩增带多数与栽培种相似,但也扩增出了一些特异条带。试验表明SRAP和EST-SSR用于西瓜作物的遗传分析是高效可行的。
[期刊] 华北农学报
[作者]
包文风 王吉明 尚建立 马双武
为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
关键词：
西瓜 EST EST-SSR 引物
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