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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡宝庆 谢彦海 王新生 龚贵如 文春根
运用兼并引物结合RT-PCR方法从褶纹冠蚌血细胞中克隆出一种细胞内铜锌超氧化物歧化酶(cpSOD)的cDNA,用半定量PCR方法研究了cpSOD的mRNA在褶纹冠蚌不同组织的表达情况。结果表明:cpSOD cDNA全长为891 bp,包含1个468 bp的开放阅读框,编码含155个氨基酸的蛋白。预测蛋白质分子质量为15.8 ku,等电点为5.8。含4个与铜离子结合的保守的氨基酸残基(H46,H48,H63和H120)和4个与锌离子结合的保守的氨基酸残基(H63,H71,H80和D83)及1个保守的分子内二硫键(Cys57-Cys146)。氨基酸序列同源性比较显示cpSOD与海洋贝类太平洋牡蛎C...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王盛 张保青 黄杏 樊艳姣 杨丽涛 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)基因,并分析其序列特征、组织特异性表达及在不同逆境胁迫下的表达模式。【方法】以甘蔗桂糖28号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得Cu/Zn-SOD,采用生物信息学方法分析所推测的氨基酸序列,通过实时荧光定量PCR研究Cu/Zn-SOD在不同组织及逆境条件下的表达情况。【结果】克隆获得甘蔗Cu/Zn-SOD,NCBI登录号为JQ958328,其开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,与禾本科植物聚于同一进化分支。实时荧光定量PCR分析表明Cu/Zn-SOD在根、茎、叶中均有表达,为组成型表达,在叶中表达量最高;Cu/Zn-SOD在聚...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡一龙 庄育彬 周五朵 王全溪 邱晓东 吴宝成
参考Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中番鸭呼肠孤病毒（Ｍｕｓｃｏｖｙ ｄｕｃｋ ｒｅｏｖｉｒｕｓ，Ｍｄｒｖ）ｓ４基因序列，设计合成一对非结构蛋白Ｐ１０基因的特异性引物，以Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒ｒｎａ为模板进行ｒＴ－Ｐｃｒ扩增，并将目的基因克隆到ＰＧｅＭ－Ｔ载体，提取质粒测序．对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能．结果表明，Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒的Ｐ１０蛋白基因开放阅读框（ｏｒＦ）全长为２８８ ＢＰ，编码９５个氨基酸．核苷酸比对结果表明，与标准株法国Ｍｄｒｖ－８９０２６株同源性为９５％，而与ａｒｖ－ｓ１１３３株氨基酸同源性仅为２１．９％．运用ＰｒｏＴ ＰａｒａＭ Ｔｏｏｌ软件对番鸭．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏麟 陈斌 张善文 宋伸 刘鹏
从猪血液总RNA中克隆出BPI基因,对该基因的cDNA进行序列分析。结果表明:克隆到的序列全长1 874 bp(基因登录号为FJ810853),其中1 452 bp的开放阅读框编码483个氨基酸残基,含13.25%的亮氨酸,有一段27个氨基酸的信号肽序列。同源性分析结果显示:猪BPI与人、牛、兔、狗、大鼠、小鼠、鲤鱼、非洲爪蟾、大西洋鲑和大黄鱼BPI分子氨基酸序列的同源性分别为64%、74%、59%、67%、53%、51%、35%、44%、28%和27%。该蛋白氨基端部分和羧基端部分为2个明显不同的功能区,各存在1个超活性结构域,中间为胰蛋白酶水解位点,表现出类似人BPI结构的特征。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
康乐 李红兵 陈显让 郭尚洙 邓西平
【目的】利用蛋白质组学手段,研究短期渗透胁迫条件下,转Cu/Zn SOD和APX基因甘薯(T)及非转基因甘薯(NT)根系蛋白质的表达差异。【方法】以水培转Cu/Zn SOD和APX基因甘薯(T)及非转基因甘薯(NT)根系为材料,用100g/L PEG6000渗透胁迫处理24h,以未胁迫的NT为对照,提取根总蛋白,进行双向电泳分离,考染法凝胶染色,扫描凝胶图像用于软件检测。【结果】在T、NT和对照中分别检测到836,812,881个蛋白点;t测验发现,与对照相比,T和NT有34个蛋白点丰度发生1.5倍以上显著变化(P1.5,Quality>80)。经基质辅助激光解析飞行时间...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王利 魏勇 龙钟明 刘港彪 苟小兰
同种移植炎症因子AIF-1是一种细胞质的钙离子结合蛋白。本研究采用RT-PCR方法从齐口裂腹鱼脾脏中克隆到AIF-1,并运用生物信息学方法预测其蛋白质结构。结果表明:齐口裂腹鱼AIF-1基因包含一个444 bp的完整阅读框,编码一个由147个氨基酸组成的蛋白。AIF-1蛋白预测分子量为16.5 KDa,理论pI为4.43,无信号肽,有一个跨膜区,二级结构以α-螺旋为主,未见β-折叠区。同源建模显示齐口裂腹鱼AIF-1蛋白与已测定的小神经胶质细胞特定蛋白具有非常相似的三级结构。这为深入研究AIF-1分子结构和功能积累了参考资料。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱海生 刘建汀 陈敏氡 李永平 王彬 张前荣 叶新如 林珲 温庆放
【目的】克隆丝瓜铜/锌超氧化物歧化酶Cu/Zn-SOD基因家族,并分析其序列特征、表达情况及其在丝瓜褐变中的作用,为进一步揭示丝瓜褐变的发生机理提供科学依据,为丝瓜品种遗传改良奠定基础。【方法】通过转录组测序和RT-PCR方法获得丝瓜Cu/Zn-SOD基因家族的c DNA序列,采用生物信息学方法分析氨基酸序列,利用荧光定量PCR技术研究Cu/Zn-SOD基因家族在不同组织及褐变条件下的表达情况。采用氮蓝四唑(NBT)光还原法测定总超氧化物歧化酶(SOD)活性,采用福林-酚比色测定总酚含量。【结果】获得了3
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王京京 魏麟 陈斌
克隆猪胰岛素诱导１（ＩＮＳＩＧ１）基因，并对其蛋白质序列进行分析。根据人ＩＮＳＩＧ１基因的保守序列设计１对引物，以猪总ＲＮＡ为模板，经ＲＴ–ＰＣＲ获得ＩＮＳＩＧ１基因序列，通过相对荧光定量ＰＣＲ分析该基因在不同组织中的表达量；将ＩＮＳＩＧ１基因序列连接到ＰＭＤ１９–Ｔ ＳＩＭＰｌｅ载体上，用ＰＣＲ检测阳性克隆后测序，并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明，ＩＮＳＩＧ１基因在肺中的表达量最高，其次是在肝脏，再次是在脾脏，在心脏中的表达量最低；通过克隆，获得了一段９９９ ｂＰ的序列，其中８３１ ｂＰ的开放阅读框编码２７６个氨基酸；该蛋白不含信号肽序列，与其他动物ＩＮＳＩＧ１基因氨基酸序列的．．．
关键词：
猪 胰岛素诱导1基因 基因克隆 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
廖梅杰 张之文 杨官品 孙修勤 邹桂伟 危起伟 汪登强
采用RT-PCR方法分离牙鲆(Paralichthys olivaceus)蛋白质感染因子蛋白编码基因序列。推测的牙鲆蛋白质感染因子蛋白由472个氨基酸组成,分子量约49.6 kD,具有信号肽、短肽顺接重复、疏水区、糖基化位点、二硫键、糖基缩醛磷肌醇锚定位点等蛋白质感染因子蛋白特征结构域,与红鳍东方(Fugu rubripes)和大西洋鲑(Atlantic salmon)蛋白质感染因子蛋白的相似性分别为71.9%和66.4%。牙鲆蛋白质感染因子蛋白编码基因序列的获得为蛋白质感染因子进化与功能研究以及可能存在的鱼类传染性海绵样脑病研究奠定了基础。
关键词：
牙鲆 蛋白质感染因子蛋白 基因序列
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金丰良 董小林 许小霞 任顺祥
【目的】克隆、序列分析和原核表达编码斜纹夜蛾(Spodoptera litura)GOBPⅠ(SlGOBPⅠ)的cDNA。【方法】采用同源克隆结合RACE的方法克隆SlGOBPⅠ基因的cDNA序列,并在pET-32a/BL21(DE3)系统中进行原核表达。【结果】从斜纹夜蛾触角中克隆了GOBPⅠ的cDNA序列(GenBank登录号为EU086372),序列分析表明,SlGOBPⅠ开放阅读框序列为495bp,编码164个氨基酸,分子量为19.3kD,等电点为5.54。SlGOBPⅠ具有昆虫气味结合蛋白的典型特征,即氨基酸序列中具有6个半胱氨酸残基,呈酸性。SlGOBPⅠ氨基酸序列与鳞翅目昆虫的气...
[期刊] 水产学报
[作者]
袁一鸣 李家乐 汪桂玲 白志毅 李西雷
采用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术首次克隆了三角帆蚌β-肌动蛋白基因的cDNA全序列,该序列全长为1483bp,由长92bp的5′非翻译区(untranslated region,UTR),257bp的3′非翻译区,和1134bp的开放阅读框(open reading frame,ORF)组成。阅读框共编码377个氨基酸,推算的分子量约为41.9ku,理论等电点为5.3。三角帆蚌β-actin氨基酸序列中Met178,Ser305,Ser321,Pro325,Val331,Pro346等6个氨基酸残基具有特异...
[期刊] 水产学报
[作者]
施志仪 杨显祥 陈晓武 李勇
alpha-2巨球蛋白是河蚌体内重要的天然免疫因子,参与广泛的免疫防御和调节。通过RACE法克隆了三角帆蚌α2M全长cDNA序列,提交Genbank,获得核苷酸序列登陆号:DQ993157.1。同时,采用生物信息学方法对alpha-2巨球蛋白进行了系统分析。该基因cDNA全长5124bp,其中编码区4836bp,5′端非编码区35bp,3′端非编码区为253bp(含polyA尾31bp),该基因能编码1611个氨基酸,其中前23个氨基酸残基为信号肽序列,成熟蛋白分子量为177571.8u,等电点为5.49。蛋白的不稳定系数为39.53,表明该蛋白是稳定的。在此基础上,以18S作为内标,利用半定...
[期刊] 林业科学
[作者]
刘晓晗 王峰 董爱荣 陈俏丽 刘立宏 零雅茗 王博文 丁晓霞 王世新
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5....
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张树山 戴建军 吴彩凤 张廷宇 张德福
【目的】探讨体细胞核移植(即克隆)操作对克隆猪心脏发育的影响。【方法】分别对3头正常繁殖猪和3头成年克隆猪的心脏进行解剖学观察和组织切片分析。提取心脏蛋白样品,利用基于双向电泳-质谱体系的比较蛋白质组学技术对心脏蛋白进行分析。【结果】解剖学观察和组织切片分析证实,克隆猪心脏发育异常;与正常繁殖猪相比,克隆猪心脏蛋白共有6种差异表达蛋白,分别为组织蛋白酶-D、骨骼肌型α-肌动蛋白、心肌肌球蛋白重链、热休克蛋白-27、Telethonin和骨骼肌型α-肌动蛋白,其中前5种蛋白表达上调,后1种蛋白表达下调。【结论】一些重要的心脏蛋白表达异常可能导致了克隆猪的心脏发育缺陷,比较蛋白质组学手段可以作为探...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
修伟明 董双林
利用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)技术从斜纹夜蛾(Spodoptera litura(Fabricius))雄蛾触角扩增得到2个分别为275 bp和281 bp的信息素结合蛋白(PBP)cDNA片段:SlitPBP1和SlitPBP2,其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成,并且具有5个保守的半胱氨酸位点(全序列应有6个)。通过在GenBank中进行序列的同源性比较,表明这2个序列与已知几种夜蛾科昆虫的PBP氨基酸序列具较高的同源性。
关键词：
斜纹夜蛾 触角 信息素结合蛋白 序列分析
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