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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
曲梦 江艳华 李风铃 姚琳 逄凤娇 王联珠 翟毓秀
RNA提取是诺如病毒检测的关键步骤,而目前贝类中诺如病毒RNA提取、检测方法的比较与评价常囿于缺乏量值明确、无生物安全隐患的标准样品作为参考依据。本研究将前期制备的GⅡ型诺如病毒装甲RNA (3.0×10~(10)拷贝)作为标准样品,人工污染牡蛎(Ostrea gigas tnunb)消化腺匀浆物,用4种常见RNA提取方法:TRIzol试剂、Viral RNA Kit、High Pure Viral Nucleic Acid Kit、柱式病毒RNAOUT试剂盒,分别提取RNA,经实时荧光RT-PCR检测后,利用标准曲线进行定量分析,分别计算4种方法对装甲RNA的回收率。结果显示,对于匀浆样本,TRIzol法对装甲RNA的回收率最高(6.80±0.89)%,显著高于Viral RNA Kit (4.51±2.28)%,二者的回收率又显著高于High Pure Viral Nucleic Acid Kit (0.24±0.05)%与柱式病毒RNA_(OUT)试剂盒(0.11±0.02)%(P
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾添慧 董蕾 王永杰 喻勇新
为了解决目前巢式PCR法检测牡蛎样品中GⅡ型诺如病毒时存在的非特异性扩增、假阴性等问题，本研究对NCBI数据库中在线获得的所有GⅡ型诺如病毒序列进行系统分析，重新设计出针对GⅡ型诺如病毒检测的通用型巢式PCR引物（NG2OF/NG2OR），并从基因型覆盖度、特异性、灵敏度和实际样品检测的稳定性几个方面对新设计的引物进行评估。结果显示：（1）新引物的特异性好，只对GⅡ型诺如病毒进行有效扩增，且不受牡蛎样品本底的影响。（2）新引物灵敏度高，最低可检测至26.4个拷贝。（3）在对92个牡蛎样品进行检测时，新引物的阳性检出率为28.3%，比经典引物高出7.5%。因此，新建立的GⅡ型诺如病毒巢式PCR检测方法在检测牡蛎样品时特异性更强，灵敏度更高，为牡蛎中诺如病毒的检测提供了一种新的、可靠的技术手段。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孟晓庆 侯智霞 张兰 朴蕾
【目的】探讨榛子总RNA提取的有效方法,为今后开展榛子的分子生物学等研究奠定基础。【方法】以榛子的成龄叶片、幼嫩叶片和雄花芽为试材,采用植物RNA提取试剂盒、Trizol法、改良的CTAB法Ⅰ、改良的CTAB法Ⅱ、CTAB法和改良的SDS法提取其总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计和PCR检测所提取总RNA样品的品质。【结果】除了Trizol法,其他5种方法都能提取到总RNA,但是改良的CTAB法Ⅰ更适合榛子幼嫩叶片、成龄叶片和雄花芽总RNA的提取,此方法提得的总RNA较完整,条带清晰,品质较优,28SrRNA亮度约是18SrRNA的2倍,且无降解现象。经RT-PCR验证,以改良的CT...
关键词：
榛子 总RNA CTAB SDS
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
苏来金 柳淑芳 李振 刘琦 周德庆
针对检测过程中影响病毒富集的主要因素,按正交试验设计了9种不同的病毒富集方法,利用RT-PCR对富集方法进行检测和分析评价。结果表明,吸附缓冲液pH对NVs富集有显著影响(P0.05)。在吸附缓冲液中性环境(pH7.5)下,以苏氨酸作为吸附剂吸附两次,用PEG6000与PEG8000混合沉淀两次为最优富集方法,病毒回收率为23%,检测灵敏度为150pgRNA。利用此法对青岛地区贝类样品进行了检测,阳性检出率为12.5%,表明优化的富集方法可以满足实际检测的要求。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐坤 李铎 张优优 李陇平 麻丽霞 张智英
【目的】尝试自制一种价格低廉的RNA分离试剂,并检验其应用效果。【方法】以商业化的TRizolReagent为对照,使用自制RNA分离试剂提取草鱼皮肤组织总RNA,采用分光光度计法、变性琼脂糖凝胶电泳法和RT-PCR检测其品质,并用提取的总RNA合成草鱼皮肤cDNA。同时使用自制RNA分离试剂提取斑马鱼总RNA,通过RT-PCR进行E2F5基因全长(1 092bp)的克隆,构建其真核和酵母表达载体并测序。【结果】使用自制RNA分离试剂提取草鱼皮肤组织总RNA的品质与用TRizol Reagent提取的总RNA品质相当,用之成功地合成了草鱼皮肤cDNA。使用自制RNA分离试剂提取得到了更高品质的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯丽婷 张剑峰 迟胜起
针对甘薯生产上发生为害严重的甘薯RNA病毒—甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯C病毒(SPVC),建立了多重RT-PCR检测方法。首先根据GenBank中收录的这些病毒的外壳蛋白(CP)基因的保守序列，利用Premier 5.0软件分别设计并合成了上述4种病毒的特异性引物；以4种病毒的下游特异性引物合成的cDNA为模板，在同一体系中同时加入上述4种甘薯病毒引物进行PCR扩增，初步建立这4种甘薯RNA病毒的最佳多重RT-PCR体系；通过对该多重RT-PCR体系的退火温度、延伸时间、dNTPs量、模板量、引物浓度等条件的优化，建立了能够同时检测这4种甘薯RNA病毒的最优四重RT-PCR检测体系，并对优化的多重RT-PCR体系进行了挑战测试和灵敏度测试。试验结果显示，优化的多重RT-PCR体系，各病毒引物之间不会出现交叉干扰，所扩增的4条目的条带清晰，能够明确区分上述4种甘薯病毒；挑战检测和灵敏度测试显示，此检测体系特异性强且灵敏度高。所建立的上述4种甘薯RNA病毒的多重RT-PCR检测方法能同时检测4种甘薯病毒，不仅准确灵敏，而且降低了检测成本，提高了病毒检测效率。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵洋 段承俐
从三七种子中提取高质量的RNA。采用CTAB法、天根试剂盒法、普通Trizol法、改良Trizol法对三七种子总RNA进行提取比较。结果表明,改良Trizol法提取的三七种子RNA纯度好、浓度高、无DNA污染,且成本低廉、操作简单,质量符合后续的基因克隆、cDNA文库构建、基因表达等分子生物学研究的要求。
关键词：
三七种子 总RNA 提取方法
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴旭东 侯玉霞 张文吉
从组织提取RNA的完整性对于分子生物学研究是至关重要的。RNA提取方法有多种。采取异硫氰酸胍法从黄河鲶肌肉、血液、全鱼、肾脏、肝脏、卵巢中提取出完整RNA,结果表明,通过该方法所提取RNA质量高,效果好,可以用于进一步的分子生物学研究。
关键词：
黄河鲶 RNA提取 异硫氰酸胍法
[期刊] 水产学报
[作者]
王雪 王卫军 骆启豪 孙国华 冯艳微 马敬俊 杨建敏
本研究以日照海域同一家系的2龄长牡蛎性腺为研究对象,通过small RNA-seq和RNA-seq技术筛选和鉴定出大量的非编码微小RNA(mi RNA)、长链非编码RNA(lnc RNA)和环状RNA(circRNA),并对其进行了生物学特征分析。结果显示,以斑马鱼为参考序列,获得25～30个已知miRNA成熟体和51～63个已知miRNA前体,预测到53～71个新miRNA成熟体和53～77个新miRNA前体;长牡蛎miRNA长度分布为18～26个核苷酸(nt),其中分布在20～22 nt长度的miRNA数量最多,且miRNA首位碱基多为U。测序分析获得2 302～2 349个注释lncRNA转录本,预测到20 083～24 114个新lncRNA转录本,其中基因间型lncRNA(lincRNA)、内含子lncRNA(intronic lncRNA)、反义lncRNA(anti-sense lncRNA)分别占29.0%、62.1%和8.9%;长牡蛎lncRNA的基因组特征与其他真核生物的lncRNA基因组特征相似,与mRNA相比,外显子(exon)个数少,转录本长度较短,表达水平低。测序分析共获得383个circRNA,其中平均88.54%来源于exon,平均4.51%来源于intronic,平均6.95%来源于intergenic,且鉴定出内源性circRNA潜在大量的miRNA结合位点。研究结果为后续研究长牡蛎调控型ncRNA的表达规律和生物学功能奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
牛素清 白晨 张惠忠 李晓东 付增娟 赵尚敏 斯琴巴特尔 轩继雨 李树生
为选择较为适合甜菜总RNA的提取方法,构建和优化RT有效体系。以田间甜菜叶片、根毛及根表皮为材料,研究了提取甜菜总RNA的方法以及利用RT-PCR技术进行甜菜坏死黄脉病毒(BNYVV)的检测。研究表明,获得良好的RT-PCR扩增效果,RT体系中dNTPs浓度、引物、AMV、模板RNA的浓度要分别达到1 mmol/L,1μmol/L,0.1 U/μL,0.01μg/μL较好。PCR体系中dNTPs浓度、引物、TaqDNA聚合酶、Mg2+的浓度要分别达到0.1 mmol/L,0.1μmol/L,0.01U/μL,1.48 mmol/L效果较好。RT-PCR法对BNYVV检测,可作为甜菜品种(育种材...
关键词：
甜菜 甜菜坏死黄脉病毒 RT-PCR
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘易科 孙洪波 简波 胡珀 高小伟 侯文胜
对大豆总RNA的提取方法T rizo l法和异硫氰酸胍法进行了改良,比较了改良前后2种方法的提取效果。结果表明,2种改良方法提取的大豆总RNA质量较高、完整性较好,完全可以满足后续研究要求,RNA产率均超过220μg/g。改良T rizo l法适用于大豆根、茎、叶及生长点总RNA的提取,而改良异硫氰酸胍法适用于大豆根、茎及生长点总RNA的提取。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
汪俊 薛长湖 李兆杰 蔡跃飘 何闪闪 杨文鸽
利用pH9.5的甘氨酸缓冲液性处理太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)匀浆液,PEG沉淀病毒粒子的方法对未知的是否污染有诺瓦克样病毒(Norwalk-like Virus,NLVs)的牡蛎样品进行处理,并提取病毒RNA,进行RT-PCR,凝胶电泳检测扩增结果。初步建立了牡蛎中NVLs的检测方法。纯化所得的特异PCR产物,克隆到T-载体中,筛选转化子,提取质粒,并进行PCR电泳鉴定。重组质粒序列测定结果在NCBI上进行BLASTn显示所得产物与已发表的诺瓦克样病毒的相应序列具有极高的同源性(>95％);根据Genebee在线分析系统AliBee-Multiple Alignment进...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
荣健 周韬 王平 孙吉康 彭昕
蚬壳花椒种子中富含油脂、多糖和多酚类等成分复杂的次生代谢物质,影响其总RNA的提取,一般的提取方法无法获得总RNA或者总RNA降解严重。本实验采用改良CTAB法、TRNzol法、试剂盒法、传统CTAB法提取总RNA,通过琼脂糖凝胶电泳,核酸蛋白检测仪检测以及RT-PCR验证等对提取结果进行比较与分析。结果表明:TRNzol法、试剂盒法、传统CTAB法未能从蚬壳花椒种子中提取到总RNA,改良CTAB法能提取完整性较好、纯度较高的RNA,28S及18S条带清晰整齐,D260/D280值为2.07,提取的总RN
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
于秀梅 康振生 崔素萍 赵杰
采用4种方法分别对小麦幼叶、幼茎、幼根及乳熟期籽粒的总RNA进行了提取和分析。结果表明,4种方法所提取的总RNA均能满足一般的下游操作,其中TR Izo l法提取的总RNA产量最高,用该法提取的小麦叶片总RNA产量为其他方法的2~4倍;天为时代试剂盒提取时间短,可在常温下操作;而醋酸钠/乙醇沉淀法具有提取步骤少、操作时间短、可用于大量样品提取且价格便宜等优点,适于小麦不同器官的总RNA提取;经紫外分光光度计检测,各样品总RNA的A260/A280均在1.88~2.09,表明所提取的总RNA中没有蛋白质及其他有机溶剂的污染,且A260/A230在1.89~2.41,表明盐类小分子的污染也较少,所...
关键词：
小麦 总RNA含量 提取方法
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜道海 周志刚
为了获得高质量的缺刻缘绿藻总RNA,采用CTAB法、TRIzol法和RNAplant法3种方法对该藻总RNA的提取效果进行比较分析。结果表明,采用CTAB法提取获得的总RNA产率最高,但因可能含有较多的蛋白质、多糖等杂质使得纯度最低;TRIzol法提取的总RNA纯度较CTAB法稍高,但产率最低,且仍含有DNA带;RNAplant法提取的总RNA电泳图清晰,OD260nm/OD280nm值为2.0,高于前2种方法,产率在2种方法之间,表明RNAplant法更适于缺刻缘绿藻总RNA的提取。对后者提取的总RNA,经反转录合成的cDNA产物大小在500 bp~2 kb,并能通过RT-PCR获得18 S...
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