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[期刊] 林业科学研究
[作者]
叶学敏 于雪丹 付其迪 郑勇奇 张川红
[目的]筛选出高变异率的叶绿体DNA序列,以进行血皮槭天然群体的谱系地理学研究。[方法]以血皮槭16个天然群体为试材,对叶绿体基因组20个非编码区序列进行测序研究,并利用筛选出的高变异率cpDNA序列初步分析了其遗传变异。[结果]序列比对和系统发育分析结果显示血皮槭cpDNA种内变异非常低,9个cpDNA序列检测到不同程度的变异位点,其中只有4个序列psbJ-petA、ndhF-rpl32、trnD-trnT和trnH-psbA表现出较高的变异水平。[结论]筛选出的4个高变异率cpDNA序列,可以在分子水
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
穆琳 谢磊
槭叶铁线莲是分布于北京附近低山峭壁之上的特有濒危植物,其分布区域狭窄。在传统分类处理中将槭叶铁线莲置于绣球藤组中,但是其形态特征、地理分布及生长环境与组中其他种类有较大差异。本文根据核核糖体DNA中的ITS序列片段和3个叶绿体DNA序列片段(atpB-rbcL间隔区、psbA-trnQ间隔区和rpoB-trnC间隔区),采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(Bayes)构建铁线莲属系统发育关系,从而探讨槭叶铁线莲在属中的系统位置问题。结果表明:1)单独的ITS片段和叶绿体片段分析所得到的系统树分辨率较低,而合并分析可以得到相对较高的分辨率和支持率。2)铁线莲属与锡兰莲属共同组成一单系类群,二属应予...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
于杰 闫化学 鲁振华 周志钦
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。
关键词：
柑橘属 近缘属 DNA条形码 编码序列
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
徐建堂 祁建民 林培清 张高阳 陶爱芬 方平平
为研究红麻叶片叶绿体DNA(cpDNA)非编码区的序列特征,采用改良CTAB方法提取红麻总DNA,以8份红麻光钝感突变体及其4份近缘种基因组DNA为模板,应用8对植物cpDNA通用引物对红麻cpDNA非编码区序列进行PCR扩增,优化cpDNA非编码序列PCR的扩增条件,应用4种限制性内切酶(EcoRⅠ、HindⅢ、TaqⅠ、AulⅠ)酶切扩增片段.结果表明:所筛选的通用引物适用于红麻cpDNA非编码序列扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖电泳检测,片段大小为400-2000 bp,共扩增cpDNA片段大小约13000 bp.将PCR扩增产物进行酶切,每个片段均有相同的酶切位点,只有cp4引物对cpD...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴民华 陈依虹 谭靖怡 邹山扬 叶晓霞 黄琼林
为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征，以三桠苦叶片为材料，采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库，利用Novaseq平台进行高通量测序，再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示：三桠苦叶绿体基因组为158 992 bp的环状四分体分子，含有134个基因；在三桠苦叶绿体基因组内找到86个简单重复序列，主要是A/T单核苷酸重复；检测到26 907个密码子，以A/T结尾的密码子有着更高的使用频次；序列比较分析表明，三桠苦与同科植物在非编码区存在更明显的序列变异；系统进化树揭示不同来源的三桠苦亲缘关系最近，但在基因组成和碱基序列上呈现出多样性。
关键词：
三桠苦 叶绿体基因组 结构特征 序列比对
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴民华 陈依虹 谭靖怡 邹山扬 叶晓霞 黄琼林
为了探明岭南地区特色中药三桠苦的叶绿体基因组结构和序列特征，以三桠苦叶片为材料，采用试剂盒法提取DNA和构建测序文库，利用Novaseq平台进行高通量测序，再结合生物信息学手段进行序列拼接、注释和特征分析。结果显示：三桠苦叶绿体基因组为158 992 bp的环状四分体分子，含有134个基因；在三桠苦叶绿体基因组内找到86个简单重复序列，主要是A/T单核苷酸重复；检测到26 907个密码子，以A/T结尾的密码子有着更高的使用频次；序列比较分析表明，三桠苦与同科植物在非编码区存在更明显的序列变异；系统进化树揭示不同来源的三桠苦亲缘关系最近，但在基因组成和碱基序列上呈现出多样性。
关键词：
三桠苦 叶绿体基因组 结构特征 序列比对
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 吴晓微 李兴文 裴鲁青
用核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)和叶绿体rbcL基因对小球藻属(Chlorella)6株小球藻的种间和种内关系进行了分析。克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列(ITS和rbcL序列各为15条)一起进行比较分析。结果显示:ITS序列长度在小球藻种内高度保守,在种间变异较大;而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守。15株小球藻ITS序列间遗传距离在0.000~0.663之间;而15株小球藻rbcL序列间距离在0.000~0.216之间。6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系;蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近;椭圆小球藻C...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林雄杰 范国成 林冬梅 林辉 胡菡青 鲁国东 林占熺
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近...
关键词：
ITS序列 matK基因 菌草 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林雄杰 范国成 林冬梅 林辉 胡菡青 鲁国东 林占熺
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的６份狼尾草属菌草的ＩＴＳ片段和叶绿体ｍａＴＫ基因序列进行测定，并用ＣｌｕＳＴａｌ Ｘ ２．０和ｍＥＧａ ４．１软件对其进行比对分析，构建系统发育树．结果表明，６份菌草的ＩＴＳ序列长度均为５８５ ｂｐ，其中变异位点０－３个，信息位点２个，遗传距离为０－０．０８９，平均遗传距离为０．０２２；ｍａＴ Ｋ序列长度为８８０－８８１ ｂｐ，其中变异位点（信息位点）１个，遗传距离为０－０．０１６，平均遗传距离为０．０１０．ＩＴＳ系统树结果显示６份共菌草聚成四类，其中杂交狼尾草和象草（ｍＱ）聚类在第Ｉ类的同一分支，巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支，表明其亲缘关系比较近．．．
关键词：
ITS序列 matK基因 菌草 序列分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
金刚 覃旭 龙凌云 王丽萍 覃剑峰 危丹妮 陈涛 蔡中全
以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用Codon W、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22%,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显著水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.
关键词：
剑麻 叶绿体基因组 密码子偏好性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吴涛 肖良俊 陈少瑜 陈海云 宁德鲁
【目的】研究核桃人工种间杂交种云新高原与其亲本(母本为漾濞泡核桃,父本为云林A7)的叶绿体DNA的差异,了解核桃叶绿体DNA的遗传规律,并挖掘多态性高的叶绿体基因片段。【方法】基于NCBI数据库中深纹核桃和核桃叶绿体全基因组序列的比对和分析,针对其中的变异位点设计引物,进而对云新高原及其母本漾濞泡核桃、父本早实核桃云林A7的目的基因片段进行多态性检测。【结果】深纹核桃与核桃的叶绿体基因组存在14个变异位点、30个碱基的差异,其中7个为核苷酸多态性变异(SNP),7个为碱基插入/缺失变异(InDel)。对云新高原及其亲本的这14个位点及其附近片段进行检测,发现三者有33个变异位点,云新高原与其母本在其中21个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的64%;云新高原与其父本在余下12个位点上保持相同碱基,占全部变异位点数的36%。这33个变异位点分属11个基因或基因间隔区片段,可以分为11个单倍型,云新高原的这11个单倍型中有10个与母本相同,1个为双亲的嵌合体。【结论】核桃叶绿体DNA的遗传方式为以母系遗传为主的双亲遗传;核桃ndhF-rpl32DNA片段存在多个变异位点,是多态性高的叶绿体基因片段,可广泛应用于核桃系统发育、群体遗传和种内品种鉴定等研究。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐家洪 曾晴 叶富余 胡杨阳 时寰宇 张璇 陈金辉
【目的】琼岛杨是我国热带地区发现的一种杨树,至今其分类和进化鲜有报道。本研究旨在通过三代全长转录组测序等方法了解琼岛杨在杨属中的分类与进化。【方法】基于Pacbio Sequel测序技术获取的热胁迫下琼岛杨、加杨和小叶杨完整全长转录本数据,通过直系同源基因计算非同义替换值(Ka)、同义替换值(Ks)及Ka/Ks值,比较直系同源基因在热胁迫下的表达模式,并结合毛果杨和簸箕柳的直系同源基因,构建了5个树种的进化树来分析杨树亲缘关系。通过克隆琼岛杨核基因(nrDNA:UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699)和叶绿体基因(cpDNA:atpⅠ和trnF),分析基因序列在琼岛杨种群中的多态性,计算琼岛杨种内遗传距离,及与19个树种(5个杨树组和1个类外群组)的种间遗传距离。基于最大似然法和最小进化法构建了琼岛杨与19个树种的进化树,以分析琼岛杨在杨属的亲缘关系。【结果】三代转录组测序共获得660组琼岛杨、小叶杨和加杨的直系同源基因,Ks平均值为0.150 5,峰值为0.02,Ka/Ks <1,占比97.27%,这显示了3种杨树较近的亲缘关系。直系同源基因表达模式分析发现,3种杨树在热胁迫下具有相同的表达模式。利用遗传距离法计算琼岛杨与19个树种中atpⅠ、trnF、UDP-SQ和POPTRDRAFT_575699等4种基因遗传距离的平均值,发现琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系,平均值为0.011。【结论】基于三代全长转录组测序获得的直系同源基因分析显示出,琼岛杨与其他杨树具有较近亲缘关系。克隆cpDNA和nrDNA基因,计算遗传距离和构建的进化树均表明琼岛杨与白杨组具有最近亲缘关系。cpDNA的多态性以及进化分支置信度明显高于nrDNA,表明在琼岛杨中cpDNA比nrDNA基因更具备物种鉴别能力。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
纵丹 黄嘉城 段晓盟 张晓琳 冯家玉 甘沛华 何承忠
【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系，为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列，包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究，包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系。【结果】6种植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构，其长度为156 561～156 749 bp,平均GC含量均为37.2%,且6种植物基因组的反向重复(inverted repeat, IR)区未表现出明显的扩张和收缩。在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时，筛选出了7个高变区序列，包括trnK-trnQ、psbM-trnY、ycf3-rps4、rps4-trnL、psbE-petG、rpl16 intron和ycf1。这些序列可作为候选标记，用于进一步研究蔷薇属植物的系统发育。同时，利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树。结果表明，无籽刺梨和刺梨是独立的2个种类，其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系，而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系。【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似，单拷贝区核苷酸多样性高于重复区。
关键词：
无籽刺梨 叶绿体基因组 高变区 系统发育
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
黄琼林 谭靖怡 叶晓霞 梁秋婷 蒲柳池 吴民华
【目的】阐明药食两用植物五指毛桃的叶绿体基因组结构及其系统进化关系，为其资源利用和产品开发等研究提供基因组信息。【方法】采用高通量测序技术对五指毛桃叶绿体基因组测序，并借助生物信息工具和软件进行序列拼接、注释、比对和系统进化分析。【结果】五指毛桃叶绿体基因组为环状双链四分体分子，长度160 340 bp, GC含量为35.9%,包含130个基因。该基因组含有26 679个密码子，偏好使用以A/T结尾的密码子；共有93个简单重复序列，其中以A/T形成的单、二核苷酸重复为优势重复基序。五指毛桃与其他榕属植物相比，叶绿体基因组序列同源性较高，碱基变异位点数量较少，主要分布在非编码区域如rpoB-trnC、trnT-trnL、rpl32-trnL等，与薜荔具有最高的序列相似度。【结论】五指毛桃叶绿体基因组具有典型的高等植物叶绿体基因组结构和基因组成，存在密码子偏好性，包含类型丰富的简单重复序列，且与同属植物薜荔的亲缘关系最近。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭长虹 寺地徹
检测了Ae.speltoides和Ae.ovata叶绿体基因组的一个长度热点突变区的核苷酸序列,并与普通小麦、四倍体Ae.crassa以及Ae.squarrosa的相应序列进行了比较分析。从rbcL基因的终止密码子到cemA基因内的HindIII位点,Ae.speltoides和Ae.ovata的核苷酸序列长度分别为2808和2810bp。与四倍体Ae.crassa的序列相比,在普通小麦和Ae.speltoides中各有一个791bp的大片段缺失,在Ae.ovata中存在一个793bp的大片段缺失。Ae.ovata的缺失片段比普通小麦和Ae.speltoides的长2个碱基,推测Ae.ovat...
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