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[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 赵凯歌  陈龙清  
该文旨在探讨适合于扩增蜡梅科植物ITS序列的PCR反应条件。试验中设计了2个新引物来扩增整个核糖体RNA基因(nrDNA)的ITS序列,进行了4种引物组合、2种扩增程序、7种Mg~(2+)浓度、4种dNTP浓度和3种二甲基亚砜浓度的比较。结果表明:当反应体系中Mg~(2+)浓度为1.8 mmol/L,dNTP为2 mmol/L,含5%二甲基亚砜,扩增时先进行两步预扩增,反应效果最好。文中还对引物的设计进行了探讨,认为当所选用的植物可能有寄生真菌时,最好不用与真菌同源的引物。最后提出了几点引物设计的注意事项。
[期刊] 林业科学  [作者] 李潞滨  胡陶  唐征  庄彩云  刘振静  杨凯  彭镇华  
rDNA internal transcribed spacer analysis(rDNA ITS)was used to study diversity of 12 representative mycorrhizal Rhizoctonia strains,which were isolated from Chinese orchids(Cymbidium)distributed in different sites and belonged to different ecologic types.The Blast results indicated that all these st...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 刘振  赵洋  杨培迪  成杨  刘本英  李游勇  杨阳  
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(44
[期刊] 林业科学  [作者] 张振  余仲东  唐明  侯璐  
Thirty one isolates of Colletotrichum spp. from different woody plants in Shaanxi province were collected and identified by morphological characteristics. Genetic diversity and phylogeny among the 31 isolates were investigated by sequence analysis based on the rDNA-ITS sequence variation,and compare...
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 李雪玲  
通过同时对细胞核编码的核糖体大亚基DNA(nrDNA LSU)和内转录间隔区(ITS)两个片段序列进行测定,分析了贝盖侧耳的系统发育地位.结果显示:贝盖侧耳与幕盖菇属亲缘关系较远,而与侧耳属成员关系密切,担子果侧生和具有菌幕并不能作为与幕盖菇属同源的依据.在侧耳属中,贝盖侧耳与同样能产生菌幕的栎侧耳和Pleurotuslevis亲缘关系并不密切,而与不产生菌幕的红侧耳关系最近.
[期刊] 中国水产科学  [作者] 邱凡  苏永全  傅蒙娜  王军  
鲭科(Scombridae)由15属51种表层洄游性海洋鱼类组成,广泛分布于热带和亚热带海域,是重要的经济鱼类。目前关于鲭科鱼类系统发生学的研究主要基于形态学特征。为了从分子水平上阐明鲭科鱼类的分类与系统进化关系,本研究扩增了鲭科7种鱼类的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因1个含311个碱基的序列区和转录间隔区1(ITS1)的1个含644~692个碱基的序列区。采用多个生物软件对序列碱基组成进行分析,计算了Kimura-2parameter遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数。Cyt b和ITS1序列4种碱基平均含量分别是:A为22.8%、G为16.4%、C为31.2%、T为29.5%和A为1...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 唐传红  唐庆九  张劲松  杨焱  刘艳芳  周帅  
以24株虫草无性分离物和1个蛹虫草子实体为材料,利用ITS序列分析和ERIC-PCR方法对这些材料进行了遗传多样性分析。结果表明:ITS序列分析表明蝉花的无性分离物4645(菌生轮枝菌Lecanicillium fungicola)与蝉花的无性分离物4644和4646及蛹虫草的无性分离物亲缘关系较近,而冬虫夏草无性分离物4634及4636则为膨大弯颈霉Tolypocladium inflatum;蛹虫草Cordyceps militaris无性型与蝉花Cordyceps cicadae无性型(4644、4646)及无性分离物4645聚成一族,而冬虫夏草分离物4634及4636与冬虫夏草的关系较...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 康红梅  白娟  陈康  王刚  
以锦鸡儿属11个系29种为代表材料,选择性扩增nrITS序列并双向测序,结合黄耆亚族Astralinae (Adens) Benth其他6属7个代表种的nrITS序列进行最大简约性(MP)和最小进化(ME)的系统发育分析。结果显示:锦鸡儿植物ITS序列长度在611~614 bp之间,与外类群排序后长度为655 bp,共有170个可变位点,其中107个简约信息位点,简约信息位点在总排序序列中达16.3%,可以为属内及属间系统关系提供有力的分子证据;锦鸡儿属在系统发育上不是一个单系类群,与丽豆属(Calophaca Fish. ex DC.)植物具有极为相近的亲缘关系;Sect.tragacant...
[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 程影  黄锐之  钟新民  侯喜林  吴学龙  王五宏  李必元  刘智宏  
采用PCR克隆技术,根据已报道的拟南芥的AtHSP22基因全长及其他物种同源序列设计特异引物,在十字花科植物大白菜、普通白菜、芥菜型油菜、甘蓝型油菜、花椰菜、芥菜、荠菜、萝卜3个属10个物种中成功克隆得到耐热相关基因HSP22的同源序列10条。序列比对分析表明:这些同源序列的相似性达89.3%以上,所推导的氨基酸序列相似性达92.1%以上。由进化树可直观地看出,芸薹属与荠属亲缘关系最近,首先聚为一类;其次与萝卜属、拟南芥属聚为一类。由氨基酸序列预测的高级结构存在明显差异,且无规则卷曲最多,α-螺旋均在30%以上,因而属于α结构蛋白。
[期刊] 林业科学  [作者] 胡昳恒  党萌  张甜  罗桂春  夏海龙  周惠娟  呼东峰  贺亮  马振华  赵鹏  
基于19个自然群体和10个栽培群体共359个个体的核糖体内转录间隔区(nr DNA ITS)序列分析,研究秦岭地区核桃的群体遗传多样性、群体遗传结构及单倍型地理分布。359条ITS序列上共有18个单倍型,表现出较低的遗传多样性(Hd=0.274,π=0.005 5),群体间单倍型遗传多样性差异较大(Hd=0~0.679,π=0~0.017)。Network单倍型网络分析表明,单倍型14和单倍型7比较原始,且栽培群体与自然群体之间对古老单倍型H14与H7有着明显的共享现象,基因流较强(Nm=48.62)。综合中性检验及失配分析的结果,可推断在近期历史上秦岭地区核桃没有发生过群体扩张事件。AMOV...
[期刊] 中国农业大学学报  [作者] 李双双  薛龙飞  苏爱国  雷彬彬  王玉美  华金平  
线粒体是真核细胞内的重要细胞器,是一种遗传上半自主性的细胞器,编码与自身功能相关的部分基因,参与生命活动一些过程。植物的线粒体基因组较动物的更为复杂,且与植物细胞质雄性不育和物种进化密切相关。本文概述了植物线粒体基因组测序工作,并在此基础上,综述了植物线粒体基因组的大小、组成形式、基因组序列的结构特征、基因组成,分析表达特点、RNA编辑、序列重组,以及线粒体基因组进化、线粒体相关的雄性不育机理研究的研究进展。
[期刊] 水产学报  [作者] 龚理  时伟  杨敏  司李真  孔晓瑜  
核糖体基因在很长一段时间内被认为严格遵循协同进化方式,但是在很多种类中都发现了明显的序列多态性,表明其是非协同进化。为了检测鳎科鱼类核糖体内转录间隔区1(ITS1)序列是否存在多态性,并探究其能否作为种类鉴定的分子标记,本研究克隆获得了5种鳎科鱼类共118条ITS1全序列。结果显示,眼斑豹鳎具有两种差异显著的片段类型,表明其在基因组中遵循非协同进化方式;而在其余4种鳎科鱼类中均没有发现序列多态性,表明其为协同进化。序列分析显示ITS1具有明显的种间长度异质性,最短的序列出现在蛾眉条鳎(412 bp),最长
[期刊] 华北农学报  [作者] 李孟军  史占良  郭进考  何明琦  王彦霞  
以拟南芥酰基载体蛋白为查询序列,检索18个植物物种的基因组数据库,获得138个酰基载体蛋白基因和12个基因片段。植物酰基载体蛋白由1个基因家族编码,成员2~16个。植物酰基载体蛋白磷酸泛酰巯基乙胺结合位点(Ser)周围的氨基酸序列高度保守,该位点包含在保守的DSL基序中。植物酰基载体蛋白基因结构类型分为5种,其中类型III酰基载体蛋白基因所占比例最大。绝大多数植物酰基载体蛋白基因家族成员单独或2~4个成员分布在一条染色体上。在138个植物酰基载体蛋白基因中,19个具有不同剪接体。植物酰基载体蛋白基因家族成员可能起源于一个共同的祖先基因。
[期刊] 北京林业大学学报  [作者] 尹鹏  刘晓  蓝宝良  崔玉  徐吉臣  
【目的】本研究拟对异源嫁接植物中的转移mRNA进行分析,探讨序列及功能特征对mRNA转移的影响,揭示m RNA转移的原理,为嫁接的定向调控提供理论依据。【方法】基于已报道的嫁接转录组数据,利用TBtools软件计算转移mRNA的编码区长度、GC含量,通过EXCEL软件分析比较二者与mRNA转移的关系,通过BLASTP同源性分析鉴定各嫁接体中的共转移mRNA,利用GO与KEGG数据库对共转移mRNA进行功能注释及代谢通路分析。【结果】(1)统计分析显示,茎向(由砧木到接穗)和根向(由接穗到砧木)转移mRNA长度的均值分别为1 573 bp和1 547 bp;随着m RNA长度的增加,mRNA转移率逐渐增加;根向的mRNA转移率显著大于茎向,且随着mRNA长度增大,根向的m RNA转移率增加的趋势更为明显。(2)转移mRNA的平均GC含量介于44%~47%之间;随GC含量增加,mRNA转移率先快速提高,后缓慢降低。GC含量在52%~54%时,茎向的mRNA转移率最高(3.66%),在46%~48%时,根向的mRNA转移率最高(4.71%)。(3)统计13个嫁接体的共转移mRNA发现,分别有1 032和1 727个mRNA在至少2个嫁接组合中进行了茎向和根向的长距离转移,主要参与了碳代谢、氨基酸合成、信号转导等过程。其中5个和2个m RNA在7个嫁接组合中分别进行了茎向和根向的长距离转移,主要参与了激素转运及基础代谢等过程。【结论】异源嫁接植物中的mRNA转移与mRNA长度、GC含量等密切相关,也与基因功能及作用位置相关。异源植物间的m RNA差异和交流,赋予了嫁接植物新的表型。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 李云霞  兰芙蓉  常朝阳  郭泽坤  
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54...
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