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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李琴 毛玉梅 付鸣佳 沈俊良 金华燕 钟雪晴
采用ＲＴ–ＰＣＲ克隆蛹虫草中蓝光受体基因ＣｍｗＣ–１和ＣｍｗＣ–２。结果表明，ＣｍｗＣ–２基因序列的翻译产物Ｃｍ ｗＣ–２中存在１个ＰＡＳ结构域和１个锌指结构域。实时荧光定量ＰＣＲ结果显示，蛹虫草菌丝体ＣｍｗＣ–１和ＣｍｗＣ–２基因的表达量分别在蓝光照射后６ ｈ和２ ｈ达到峰值。子实体形成不同阶段ＣｍｗＣ–１和ＣｍｗＣ–２的相对转录量都有较大差异，生长５０ ｄ时蛹虫草子实体不同部位的ＣｍｗＣ–１表达主要在子实体的中下段，ＣｍｗＣ–２的表达主要在子实体的顶端和中段，畸形子实体中ＣｍｗＣ–１和ＣｍｗＣ–２的表达量都不高。
[期刊] 华北农学报
[作者]
钟雪晴 叶德晓 毛玉梅 付鸣佳 杨志海
生物体中接受蓝光信号的因子为蓝光受体蛋白。为了揭示蓝光受体蛋白在蛹虫草中的存在形式,将蛹虫草蓝光受体基因Cmwc-1和Cmwc-2的部分序列构建在原核表达载体p ET-41a(+)中,在大肠杆菌中进行表达。以所表达的融合蛋白作抗原制备抗体,并由Western Blotting对蛹虫草菌丝体和子实体分别进行分析检测。结果表明,获得了高效价的蛹虫草蓝光受体蛋白Cm WC-1和Cm WC-2的抗体。经过Western Blotting分析,在蛹虫草菌丝体和子实体中检测到Cm WC-1有42 ku (Cm WC1-42)和48 ku (Cm WC1-48) 2种蛋白质存在形式,其中在菌丝体中主要以Cm WC1-48为主,Cm WC1-42的相对量较少;而在子实体中主要以Cm WC1-42为主,没有检测到Cm WC1-48。在菌丝体和子实体中检测到Cm WC-2有相同的50 ku(Cm WC2-50)蛋白质存在形式。结果表明,在Cm WC-1和Cm WC-2复合物行使生物功能过程中,Cm WC-1在菌丝体和子实体中分别产生了差异性降解,而Cm WC-2维持稳定。
[期刊] 华北农学报
[作者]
毛玉梅 李琴 付鸣佳 金华燕 沈俊良 钟雪晴
为了探讨蛹虫草类枯草杆菌蛋白酶（ＳｕｂｔｉｌｉＳｉｎ－ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅａＳｅ）的表达特性，以真菌蛹虫草菌丝体为研究对象，通过ｒｔ－ｐＣｒ获得蛹虫草Ｃｍｋｅｘｉｎ基因的ｏｒＦ序列，并进行序列分析。应用ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交和ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ｐＣｒ方法，检测蓝光照射后蛹虫草菌丝体中Ｃｍｋｅｘｉｎ基因的转录情况。结果获得蛹虫草Ｃｍｋｅｘｉｎ基因的ｏｒＦ序列。对翻译蛋白质产物Ｃｍｋｅｘｉｎ进行生物信息学分析，表明该蛋白质含１个属蛋白转化酶的肽酶Ｓ８家族功能域（１４３～４２９）和１个前体蛋白转化酶ｐ功能域（５１４～６００），符合真菌类枯草杆菌蛋白酶的特征。蛹虫草菌丝体在黑暗预培养４ ｄ后再蓝光照射．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
渠成 王然 李峰奇 罗晨
【目的】烟粉虱（Bemisia tabaci）为世界性分布的重要农林入侵害虫，寄主植物种类众多，但对不同寄主植物存在嗜性差异，而味觉受体（gustatory receptor,GR）基因在其取食选择等行为中发挥重要作用。本研究通过克隆烟粉虱味觉受体GR1和GR2基因，明确其在烟粉虱不同发育期和成虫不同组织中的表达特性，为基因功能的深入研究提供依据。【方法】从烟粉虱MED隐种成虫头部转录组中筛选获得味觉受体基因序列，利用巢式PCR技术克隆获得两个味觉受体基因的完整开放阅读框（open reading frame,ORF）序列，两个基因分别命名为BtabGR1和BtabGR2，运用生物信息学软件对其编码氨基酸序列特征、结构域等信息进行预测，基于邻接法构建BtabGR1、BtabGR2与其他半翅目昆虫味觉受体基因的系统进化树，并利用实时荧光定量PCR方法分析两个基因在烟粉虱不同发育期（卵、1—4龄若虫和雌、雄成虫）和雌、雄成虫不同组织（头、胸、腹、足）中的表达情况。【结果】克隆获得BtabGR1和BtabGR2基因序列（GenBank登录号：OL845904和OL845905），完整开放阅读框为1 287和1 344 bp，分别编码428和447个氨基酸，预测蛋白分子量为48.54和51.50 kD，理论等电点为8.85和8.74，具有4个和6个跨膜结构域。氨基酸序列比对和系统进化分析结果显示，BtabGR1和BtabGR2与其他半翅目昆虫GR28b和GR43a-like基因亲缘关系较近。发育期表达谱分析表明，BtabGR1和BtabGR2在烟粉虱的不同发育历期均有表达，其中BtabGR1在成虫中表达量高于其他发育期，而BtabGR2在卵中的表达量最高；组织表达谱结果表明，BtabGR1和BtabGR2在烟粉虱雌、雄成虫不同组织中均有表达，且均在成虫头部高表达。【结论】BtabGR1和BtabGR2具有昆虫味觉受体基因的典型特征，二者均在烟粉虱成虫头部高表达，推测两基因在烟粉虱寄主植物适应过程中发挥重要作用，可作为烟粉虱新型防控措施的潜在靶标。
[期刊] 草业科学
[作者]
罗佳佳 向晨莹 刘攀道 胡璇 唐军 王文强 刘国道 陈志坚
铝毒是酸性土壤中限制作物生长和产量增加的主要因素之一。转录因子STOPs具有调控耐铝相关基因表达的功能,是植物耐铝毒的重要基因。本研究以耐铝柱花草(Stylosanthes guianensis)基因型‘TPRC2001-1’为材料,首次克隆到两个柱花草编码锌指蛋白SgSTOP1和SgSTOP2基因。这两个基因cDNA全长分别为1 515和1 077 bp,编码504和358个氨基酸残基,蛋白分子量分别为56.2和39.7 kDa。亚细胞定位预测表明,SgSTOP1和SgSTOP2均定位于细胞核中。并且,SgSTOP1和SgSTOP2均为ZF-C_2H_2家族成员,SgSTOP1和SgSTOP2均包含4个保守的锌指结构域。定量PCR结果表明,铝毒胁迫显著增强SgSTOP1在‘TPRC2001-1’根和叶中的表达(P 0.05),暗示SgSTOP1基因可能参与柱花草对铝毒胁迫的应答过程。本研究结果为进一步解析柱花草适应铝毒胁迫的分子调控机制提供了候选基因资源。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈赞谋 戚晓鸿 张豪 吴珍芳 刘德武
用实时荧光定量PCR方法研究了蓝塘猪和长白猪1、27、90、150和180日龄阶段脂肪组织中leptin基因mRNA和下丘脑中leptin受体基因mRNA的变化,并对2个品种不同生长阶段血液中leptin含量的变化规律进行了探讨。结果表明:(1)蓝塘猪180日龄时皮下脂肪中leptin基因表达量显著高于其它各阶段,而与长白猪相比,蓝塘猪除1日龄低于长白猪外,其它各个阶段均高于长白猪,180日龄两者差异极显著;长白猪各阶段间差异不显著;(2)蓝塘猪180日龄时下丘脑中leptin受体基因的表达量显著高于其它各阶段,长白猪180日龄时最高,且显著高于1日龄和27日龄,蓝塘猪与长白猪1日龄时差异显著...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邬恺正 王俊亚 范丁月 李仕然 徐兢 王梓璇 邹钧
芳香烃受体（aryl hydrocarbon receptor，AhR）作为配体激活的转录因子在T细胞、单核细胞和树突状细胞（dendritic cells，DCs）的功能调节方面扮演重要角色，炎症相关细胞因子的产生与AhR信号通路也密切相关。为阐明草鱼（Ctenopharyngodon idella）ahr1a基因在炎症发生过程中的作用，本研究克隆获得了草鱼ahr1a基因cDNA序列，其编码区共2 544 bp，编码847个氨基酸。结构域预测发现草鱼AhR1a蛋白含有螺旋-环-螺旋（helix-loop-helix，HLH）超家族中bHLH-PAS（period-aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator single minded，Pre-Arnt-Sim）亚家族的典型结构域。氨基酸序列分析表明，草鱼AhR1a与黄河鲤（Cyprinus carpio）的相似性与一致性最高。系统进化树结果发现草鱼ahr1a基因与金鱼（Carassius auratus）、黄河鲤和斑马鱼的（Danio rerio）同源基因聚在一支。草鱼ahr1a基因在多个组织（肠、鳃、肾、肝、头肾、胸腺、脾、皮肤、脑）中均有表达，其中肠和鳃表达量最高。草鱼感染柱状黄杆菌（Flavobacterium columnare）后，ahr1a在脾（24、48 h）和头肾（12、24 h）中的表达水平显著下降。腹腔注射草鱼呼肠孤病毒（Reovirus of grass carp，GCRV）后，脾和头肾中ahr1a表达水平无明显变化。体外实验结果显示，脂多糖（lipopolysaccride，LPS）和IL-1β重组蛋白下调草鱼原代头肾白细胞中ahr1a的表达。综上所述，本研究克隆分析了草鱼ahr1a基因并初步证实其参与炎症反应的调控。
关键词：
草鱼 芳香烃受体 基因克隆 免疫反应
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙丽静 赵慧 吕亮杰 张颖君 胡梦芸 刘茜 李辉
细胞分裂素在植物发育和应对盐渍、干旱等非生物胁迫的过程中均扮演着重要的角色。为了研究小麦细胞分裂素受体基因的功能,利用已知的拟南芥细胞分裂素受体基因AHK4(At2g01830)为参考序列,使用同源克隆的方法从小麦基因组中得到同源性最高的基因TRIAE_CS42_4DS_TGACv1_362760_AA1181940(Ensembl Plants),命名为TaHK1。生物信息学分析表明,TaHK1位于小麦4D染色体上,编码的蛋白由996个氨基酸组成,分子质量为109. 70 ku,等电点为5. 71; TaHK1蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角4种构象组成;亚细胞定位预测该蛋白定位于细胞膜的可能性较大,跨膜结构域预测其具有2个跨膜域;蛋白保守结构域分析发现,TaHK1具有典型的细胞分裂素受体的完整结构域,并且含有87个磷酸化位点。表达谱分析显示,TaHK1在根、茎、叶、雄蕊和小穗等各个组织有广泛表达;此外,TaHK1表达量受低磷胁迫和多种病原菌侵染诱导,而受干旱胁迫抑制,推测其在小麦生长发育、抵御干旱胁迫和病原菌侵染过程中可能发挥重要作用。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王乐 陈何 肖昉 郑友峰 黄瑞丹 刘生财
为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD。结果表明:1)从‘全红’苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91～351aa,相对分子质量为9.396～38.250ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(ClassⅠ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ia、Ib、Ic、Id、Ie和Class IIa、IIb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达。上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础。
关键词：
苋菜 LBD 表达分析 生物信息学分析
[期刊] 水产学报
[作者]
董传举 张江凡 李胜杰 吕红皂 聂国兴 李学军
为了研究鲤科鱼类最具代表性的二个物种—鲤和草鱼IL17受体基因家族的起源进化,实验采用比较基因组学和生物信息学的方法,分别在鲤和草鱼基因组数据库进行序列比对和注释,然后对得到的基因进行结构域和系统发育学分析,最后在12个不同组织中进行基因表达分析研究。结果显示,在鲤和草鱼中分别注释得到9个和5个IL17受体基因家族成员。系统发育分析显示,该基因家族不存在鱼类特有的基因,在硬骨鱼类中具有一定的保守性。比较基因组学结果显示,与四足动物相比,大多数硬骨鱼类中IL17受体基因没有明显增多。鲤与草鱼等其他硬骨鱼类相比,除IL17RB以外,其余IL17受体基因家族成员均加倍。不同组织的表达分析结果显示全基因组复制后不同基因拷贝的功能发生了分化。研究表明,虽然硬骨鱼经历第三轮全基因组复制,但是由于复制发生时间久远,大多数基因已经发生改变或退化,进而在基因组中丢失。而鲤第四轮基因组复制时间发生在820万年前,复制发生时间较近,故复制后的基因基本得以保留。但是对于一些具有特殊功能的高度保守基因(例如IL17RB),也会发生在极短时间内出现丢失现象。鲤和草鱼健康组织的表达谱分析结果同样表明,鲤IL17受体基因的不同拷贝之间已经发生了快速进化及亚功能化,并且这种现象在鲤四倍体基因组中普遍存在。
[期刊] 华北农学报
[作者]
欧阳清渊 梁金敏 王郁石 甘翔 胡深强 王继文
旨在根据GenBank公布的人、原鸡、绿头鸭等物种HCRT和HCRTR2基因序列设计特异性引物克隆扩增鹅HCRT和HCRTR2基因编码区序列,并进行生物信息学分析;同时应用RT-qPCR技术检测HCRT和HCRTR2 mRNA在四川白鹅19个组织中的表达情况。成功获得鹅HCRT和HCRTR2基因完整编码区序列,分别为456,1 506 bp,各自编码151,501个氨基酸。其中,HCRT基因编码的前体食欲素蛋白水解后可产生OXA和OXB 2种多肽;序列分析表明,鹅OXA和OXB分别为含34,28个氨基酸的残留肽。序列比对结果显示,鹅OXA、OXB和HCRTR2氨基酸序列在近源物种间呈高度保守,提示OXA、OXB和HCRTR2可能在物种的进化中扮演着重要的角色;但各物种间食欲素蛋白的信号肽保守性较低,暗示其信号肽序列可能对于各物种的功能特性具有重要的意义。进化树分析表明,HCRT和HCRTR2两者进化较为相似,其中,鹅与鸡的亲缘关系最近,而与斑马鱼的亲缘关系最远。RT-qPCR结果显示,鹅HCRT和HCRTR2基因在下丘脑中的表达量均达到最高,且在其他组织中也有不同程度的表达,推测食欲素系统可能通过下丘脑-垂体-性腺轴(HPG)参与动物生殖机能的调节。为进一步研究HCRT和HCRTR2基因在鹅繁殖活动中的作用奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘洋 安丹丹 程宇来 祁智 亢燕
二穗短柄草基因组已被测序,与麦类作物和牧草近缘。二穗短柄草作为温带禾本科模式植物,有很多重要基因序列结构、进化信息等需要进一步挖掘。以拟南芥AtGLRs氨基酸序列为种子序列,利用Phytozome数据库中Blast工具,获得19个二穗短柄草谷氨酸受体候选序列。基于谷氨酸受体氨基酸序列构建系统发生树,结果显示,BdGLRs与AtGLRs聚类距离较近,亲缘关系较好。将20个AtGLRs和19个BdGLRs分别构建系统发生树,拓扑结构类似,均分为3枝,表明BdGLRs也有3个亚家族。参考AtGLRs的分类和命名
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
金生振 王荣华 周智愚 刘巧林 彭慧珍 肖调义
为探究赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)Toll样受体9基因(toll–like receptor 9,ScTLR9)的结构特性及其参与免疫应答草鱼呼肠弧病毒(grass carp reovirus,GCRV)感染时的表达特性,采用RACE技术克隆Sc TLR9基因c DNA全长序列,采用实时荧光定量PCR技术比较分析ScTLR9免疫应答GCRV的表达特性。结果显示:ScTLR9的cDNA全长为3 687 bp,编码1 059个氨基酸,有17个富含亮氨酸重复序列(leucine r
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李娟 刘晓红 王旭 季长波 孙书伟 宋洁
为鉴定人工栽培蛹虫草致病木霉的种类，从被木霉侵染的人工栽培蛹虫草培养料中分离获得一株木霉ＣＣＢＨ－Ｍ１，经感染试验确定其致病性。通过对其进行形态学鉴定及ＩＴＳ序列系统发育分析，确定该木霉菌株为深绿木霉ＴｒＩＣＨｏｄｅｒＭａ ａＴｒｏｖＩｒＩｄｅ ＫａｒＳＴｅｎ。通过单因素试验对该致病菌的生物学特性进行分析，结果表明：温度、ｐ Ｈ值及培养料含水量对该深绿木霉生长均有显著影响（ｐ＜０．０５），其适宜生长温度为２４～３２℃，适宜生长ｐＨ值为５．０～７．０，培养基适宜含水量为５０％～７０％。可见，蛹虫草栽培过程中，在不影响蛹虫草生长的情况下，将温度、ｐＨ值和含水量三个因素分别控制在２４℃以下、７．０～．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
魏绍冲 姜远茂
冬枣(Ziziphus jujuba‘Dongzao’)是我国的特色鲜食果品之一,果实富含维生素C和环磷酸腺苷等成分,具有较高的营养和药用价值。冬枣采后贮藏过程中极易失水、皱缩、酒软或霉烂等,致使其供应期甚短。乙烯的生理作用是由位于细胞内质网上乙烯受
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