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[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
管泽雨 邱嘉迪 刘文硕 赵蕴杰
蛋白质残基相互作用网络对理解蛋白质的结构特征,生物学功能和结合位点预测等研究有重要的作用.然而,现有的蛋白质残基相互作用分析方法易用性较差,需要下载和安装程序,较少提供友好易用的网络可视化功能,极大限制了蛋白质结构、功能和药物设计的相关研究.建立了蛋白质残基相互作用网络在线服务及可视化计算平台(http://renault.fun),用户不需要下载和编写程序,仅需上传蛋白质结构数据和口袋相关信息即可搭建蛋白质残基相互作用网络,并实现度中心度(degree centrality),接近中心度(closeness centrality)和中介中心度(betweenness centrality)等网络特征的计算.该计算平台可进一步实现蛋白质残基相互作用网络的可视化,分析蛋白质表面结合口袋的网络特性,对理解蛋白质结构和药物设计的相关应用研究有较大的帮助.
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
赵慧 王遂 姜静 刘桂丰
小黑杨ＰｓｎＷＲＫＹ７０是能够响应盐胁迫的转录因子。为了进一步探究该转录因子在参与盐胁迫应答途径中与哪些蛋白质之间存在相互作用关系，本研究以１４０ ｍｍｏｌ／ｌ ｎａ Ｃｌ溶液处理过的小黑杨叶片为材料，利用热稳定核酸酶（Ｄｓｎ）构建了均一化的ＰＧａＤＴ７－ＤＥｓＴ酵母双杂交ＣＤｎａ文库，将ＰｓｎＷＲＫＹ７０基因亚克隆至ＰＧＢＫＴ７载体，形成ＢＤ－ＷＲＫＹ重组质粒，并以之为诱饵蛋白表达载体筛选小黑杨酵母双杂交ＣＤｎａ文库。经过２轮酵母双杂交筛选以及回转验证试验，初步选出了５种与ＰｓｎＷＲＫＹ７０相互作用的蛋白质。对所筛选出的５种蛋白质进行保守结构域分析发现：有２种预测蛋白（ＨＰ１和ＨＰ２，其中Ｈ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
郭彦林 孟庆繁 高文韬
传粉昆虫在显花植物起源和演化的早期起着决定性的作用(任东等,1998),对现存有花植物的生存、繁衍也具有重要的作用。在显花植物中,大约有85%的物种属于虫媒传粉,利用传粉昆虫可显著地提高作物的产量。花通过提供花粉、花蜜等酬报以及休息、狩猎、觅偶交配和取暖的场所吸引访花昆虫访花,而昆虫在访花过程中或多或少地携带了花粉,触动了柱头,对所访的花产生授粉作用(钦俊德,1987)。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张鹏 王莉 陈雯莉
应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。
[期刊] 华北农学报
[作者]
金红 V.V.Doljia V.V.PeremysloV
利用酵母双杂合体系统，检测与植物线状病毒组中热休克蛋白ＨＳＰ７０相结合的其它相关的ＢＹＶ蛋白。在体外构建两种编码融合蛋白的酵母表达质粒：一组为将编码转录激活区域的基因与ＨＳＰ７０ｒ基因融合并克隆到ｐＡＣＴ质粒中（ｐＡＣＴ·ＨＳＰ７０ｒ），它编码转录激活区域与ＨＳＰ７０蛋白的融合蛋白；另一组为将编码ＤＮＡ结合区域的基因分别与甜菜黄化病毒基因组其它７个基因融合并克隆到ｐＡＳ质粒中（ｐＡＳ·－），分别编码７个融合蛋白。经两质粒共转化酵母细胞后，通过双报告基因（Ｌａｃｚ基因和组氨酸Ｈｉｓ３基因）筛选获得阳性菌落，以阳性菌落总ＤＮＡ为模板，经体外特异性引物的ＰＣＲ扩增，检测出ＨＳＰ７０蛋白与ｐ２０蛋白之...
[期刊] 图书情报知识
[作者]
赵蓉英 王静
本文首先对ISI Web of Knowledge数据库中收录的以社会网络分析(SNA)为主题的文献的时空分布进行了分析;然后利用信息可视化软件CiteSpace绘制出社会网络分析(SNA)的代表人物、代表作的知识图谱,并对其进行了分析;最后通过检测词频变动趋势显著的主题词确定出国际社会网络分析(SNA)研究的前沿领域和发展趋势,并绘制出国际视野下的社会网络分析(SNA)研究热点与研究前沿的知识图谱。
[期刊] 图书馆
[作者]
邱均平 吕红
目前国内网络计量学研究基本形成了网络计量学的理论、方法和应用三个研究纬度,其主要研究热点可分为六个主题领域。文章通过绘制文献共被引知识图谱挖掘出对国内网络计量学研究有较大影响的21篇关键文献,指出国内网络计量学的深化研究需要加大对计算机网络科学、网络挖掘、人工智能和数学中的图论与拓扑学等学科领域的借鉴和参考。
[期刊] 经济问题探索
[作者]
张健 苏涛永 孙晨语 张亮亮
城市化背景下,城市网络成为城市规划设计关注的重要内容。梳理城市网络相关研究脉络并预测其发展方向对指导城市规划合理的空间结构和制定科学的发展战略具有重要意义。借助CiteSpace软件,剖析国外城市网络研究相关文献的引文数据,梳理出其由结构维度视角向关系维度视角转变的研究脉络。基于此,从网络维度和研究范围两个方面剖析城市网络研究的演进趋势,认为城市网络中的集聚外部性、借用规模、政策机制和区域协作等方面的研究亟待推进,同时考虑城市个体特征和纳入全球价值链的城市网络相关研究亦是未来创新方向。
关键词：
城市网络 城市体系 集聚外部性 借用规模
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
赵蓉英 魏明坤
［目的／意义］网络计量学成为计量学的重要组成部分，掌握网络计量学发展动态及研究方法，对推动我国计量学的发展具有重要作用。［方法／过程］利用Ｃｉｔｅ ＳｐａＣｅ对采集的数据进行可视化分析，以词频分析、作者合作网分析、聚类分析对我国网络计量学的发展进行回溯性分析。［结果／结论］通过分析发现，目前我国网络计量学在Ｗｅｂ ２．０环境下，存在一些不足之处：１网络计量学在科技评价中具有局限性；２Ｗｅｂ ２．０环境下，网络计量学无法衡量研究人员的全面影响力；３基于Ｗｅｂ ２．０的网络计量学不能对社交网络进行有效的分析。鉴于网络计量学存在的不足，ａｌｔｍｅｔｒｉＣＳ被提出，对网络计量学在Ｗｅｂ ２．０基础上进．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
史晓璇 陈洪
通过分子动力学模拟，研究了二硫键以及蛋白自身残基在维持蛋白构象稳定中起到的作用，对野生型、截断型和突变型的银杏抗菌蛋白Ｇｉｎｋｂｉｌｏｂｉｎ－２（Ｇｎｋ－２）的构象变化进行了分析。结果表明：在１００ ｎｓ的模拟时间内，造成蛋白构象发生显著变化的主要原因，是蛋白自身残基的缺失，而短时间内二硫键在维持蛋白结构稳定方面的作用并不明显。仅通过比较短时间内模拟所得到的截断型和野生型蛋白的结构变化无法判断二硫键对蛋白结构稳定性的影响。这与文献中仅通过１００ ｎｓ的时间内模拟野生型和截断型蛋白均方根位移（ＲＭｓＤ）值的变化趋势，便判断出二硫键的断裂是引发蛋白构象发生显著变化的主要原因的看法，是不一致的。这些．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
唐建洲 张东裔 成嘉 刘芳 符贵红 张建社
采用高压液相色谱和二维电泳方法,对鳜和鲢肌肉组织蛋白质组成成分以及肌肉蛋白质双向电泳分布图谱进行了比较研究。研究结果证明,鳜肌肉组织蛋白质干重为34.7%,而鲢肌肉干重为33.6%;鳜肌肉组织中必需氨基酸含量和鲜味氨基酸(天冬氨酸和甘氨酸)均高于鲢。同时,将两种鱼肌肉蛋白进行2D-gel双向电泳分离,发现鳜和鲢肌肉蛋白质组成和分布也存在明显的差异。本研究将肌肉蛋白质组成成分和蛋白的双向电泳技术结合起来,进行蛋白质组分归类分析,可为进一步研究两种鱼肌肉肉质研究打下基础,为水产业提供有价值的参考,为鱼类的养殖和肉质的改良、利用提供一个指标。
关键词：
氨基酸 蛋白质组成 二维电泳 鳜 鲢
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李娜 覃磊 严佳文 陈佩 邓子牛
利用三氯乙酸-丙酮法、Tris-HCl提取法、改良PBS法提取柑橘叶片蛋白质,对提取蛋白质进行SDS-PAGE电泳、质谱鉴定和Western blot分析,结果表明,用改良PBS法提取的蛋白质质量浓度达30μg/μL,其SDS-PAGE电泳条带清晰,无杂质干扰,能达到质谱对样品的要求.Western blot分析结果表明,与抗柑橘溃疡病相关的PthA蛋白质在转pthA-nls基因糖橙和转pthA-nls基因冰糖橙中成功表达,pthA-nls基因已整合进甜橙基因组,表达蛋白质具有免疫反应活性.
关键词：
柑橘叶片 蛋白质 溃疡病 免疫印记
[期刊] 中国远程教育
[作者]
李运福 杨晓宏 周效章
教高[2015]3号文件发布后,有关高校在线开放课程教学质量认定标准的研究引起了国内专家学者的广泛关注,已成为在线课程评价研究的最新话题。本研究以中国知网收录的核心期刊、CSSCI来源期刊及硕博士学位论文为数据来源,采用高频关键词共现分析法对我国在线课程评价研究的现状进行了深度剖析。在此基础上,对高等教育领域如何开展在线开放课程教学质量认定提出了五点看法:树立正确的价值取向、坚持融合的研究视角、重视数据价值的挖掘、注重标准的动态构建、强化国际比较研究,以期对现阶段高校在线开放课程教学质量认定标准研究有所启示。
[期刊] 情报学报
[作者]
严承希 王军
在信息环境下,关于网络信息行为的研究是一个有着普遍需求和意义的重要课题。高校大学生群体是中国网民群体中重要的核心力量和生力军,探索与把握当前中国大学生用户网络行为和兴趣需求特征具有丰富的现实意义与社会价值。可视化分析可以直观地呈现用户行为的整体分布特征,为进一步的深入分析奠定基础。本文以中国大学生的纵向网络访问日志为分析对象,通过实证分析揭示了大学生网络行为在学期、周、小时等多重时间粒度下的分布特征。同时,基于马尔可夫链、Gini指数、h指数等指标,本文进一步讨论了不同小时时段下大学生用户群体的行为时序性行为特征和兴趣需求分布,为大数据环境下理解大学生的网络生活规律和支持企业个性化推荐服务提供了科学参考。特别地,本文创新地将h指数应用于用户兴趣网站排名算法中,展现了经典信息计量学分析方法在网络用户行为分析过程与应用中的价值,促进了应用情报学不同方法之间融合。
关键词：
网络时序性行为 可视化分析 h指数
[期刊] 开发研究
[作者]
苗红 耿一睿
基于文献计量可视化分析软件Citespace,以web of science(WOS)数据库为数据源,对2013—2017年收录的论文进行研究者科研合作的归纳分析发现,2013—2017年旅游研究的科研合作紧密度较小,全球范围整体合作较为松散,但地区内部合作较为紧密,合作关系存在明显的个人、机构和地缘指向特征,合作关系表现出"强强合作"的特征,并且合作机构以高校为主,其中实力雄厚的研究机构发文量相对也较高。发文量最多的国家依次是美国、英国、澳大利亚和中国,其中美国的发文量虽高,但研究者人数较少,成果基本集中在部分高产研究者身上,中国地区的研究在近5年呈现活跃的态势,对近5年的旅游研究做出了一定的贡献。今后的研究者不仅要注重地区之间的合作,还应注重学科之间的合作,跨地域、跨学科增加研究驱动力。
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