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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
林敏平 李晓东 韦仕珍 邓维安
为构建蚱总科昆虫的系统发育关系,探讨蚱总科传统分类和分子系统发育关系的异同,扩增并测定了16种蚱类昆虫COI基因部分序列,结合NCBI记录,对蚱总科6科17属41种蚱的COI基因597bp序列,分别采用邻接法(NJ)、最简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建蚱总科的系统发育关系.结果表明:蚱总科为一单系类群,其中蚱科较为进化,其次为刺翼蚱科,其余各科在蚱总科中的位置不确定,枝背蚱科、刺翼蚱科、短翼蚱科、蚱科均不是单系类群;在属的水平上,股沟蚱属、优角蚱属、瘤蚱属是单系类群,瘤蚱属与优角蚱属形成姐妹群,其他属不是单系类群,拟后蚱属应归入蚱科;在种的水平上,细庭蚱Hedotett...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
张丽丽 程起群
为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
李根丽 王宇宸 刘鑫阳 尹晶 王灵敏 王有慧 和秋菊 易传辉
褐兜蝽是一种常见农林害虫,主要为害洋丝瓜和南瓜等葫芦科植物,常与药用昆虫九香虫混合发生。通过高通量测序技术,组装拼接获得褐兜蝽线粒体基因组全序列,对其进行分析并基于13个蛋白质编码基因构建系统发育树。结果表明:褐兜蝽线粒体基因组的序列全长为15792bp(GenBank登录号:MW899158),包含13个蛋白编码基因(PCGs)、22个tRNA、2个rRNA和D-loop区,核苷酸组成及基因排布序列与异翅亚目昆虫一致;线粒体全序列A+T含量为75.16%,G+C含量为24.84%;预测了22个tRNA的二级结构,除tRNA-Val缺失DHU臂外,其余均为典型的三叶草结构;系统发育分析表明兜蝽科与荔蝽科互为姐妹群关系,且兜蝽科下5个物种的系统发育关系为:((褐兜蝽C. brunneus+九香虫C. chinensis)+(短角瓜蝽Megymenumbrevicorne +细角瓜蝽M. gracilicorne))+小皱蝽Cyclopelta parva。褐兜蝽与九香虫亲缘关系最近,与传统形态分类结果一致。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
于亚男 宋超 侯俊利 王妤 庄平
对采自长江口的7种虾虎鱼(Gobiidae)19个个体的线粒体COI基因进行测序,其他6种虾虎鱼的相应序列从Genbank中获得。序列分析结果显示7种虾虎鱼的COI基因部分序列密码子的第一位碱基的GC碱基含量最恒定,第三位碱基的GC含量最高,平均A+T的含量要高于G+C的含量,与多种鱼类的COI基因的碱基特点相似。运用MEGA5.0计算13种虾虎鱼的种间遗传距离,表明拉氏狼牙虾虎鱼(Oxyurichthy tentacularis)与孔虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)归属于近盲虾虎鱼亚科,根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,触角沟虾虎鱼和矛尾虾虎鱼可能具有共...
[期刊] 华北农学报
[作者]
方雪梅 聂晓萌 黄菲 郑哲民
测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A+T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为主,转换/颠换(R)值为0.8。依据分子数据建立了该15种昆虫的系统发育关系,结果表明:跳甲亚科(Alticinae)和叶甲亚科(Chrysomelinae)的亲缘关系较近,萤叶甲亚科(Galerucinae)与前两者的关系较远。萤叶甲亚科中瓢萤叶甲为最早分化的类群,长跗萤叶甲属(Monolepta)、凹翅萤叶甲属...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宁子君 刘玉萍 张书飞 高天翔 杨天燕
本研究采用高通量测序技术获得了艾氏蛇鳗(Ophichthusevermanni)线粒体基因组全序列,并对其结构和特征进行了分析。结果表明,艾氏蛇鳗线粒体基因组全长17759bp,包含了13个蛋白编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因(tRNA)、2个核糖体RNA基因(rRNA)、2个控制区(D-loop)和1个轻链复制起始区(O_L)。线粒体DNA全序列的碱基组成分别为A (31.27%)、G (16.19%)、C (26.22%)和T (26.32%),其中A+T含量(57.59%)大于G+C含量(42.41%),呈现出明显的A+T偏好性。与大多数硬骨鱼类不同,艾氏蛇鳗线粒体基因组中发生了基因重排现象,ND6基因和tRNA-Glu移到了tRNA-Thr和tRNA-Pro之间,且ND6基因上游还存在另一个高度同源的D-loop区。tRNA-Gln (Q)、tRNA-Ala (A)、tRNA-Asn (N)、tRNA-Cys (C)、tRNA-Tyr (Y)、tRNA-Ser~(UCA)(S1)、tRNA-Glu (E)、tRNA-Pro (P)和ND6 9个基因位于L链,其余基因均位于H链。除tRNA-Ser (AGC)外,其余21个tRNA均为典型的三叶草二级结构。分别采用邻接法和最大似然法,基于12个蛋白编码基因(ND6除外)构建了蛇鳗科鱼类系统发育关系树。结果显示艾氏蛇鳗与短尾蛇鳗(O.brevicaudatus)和食蟹豆齿蛇鳗(Pisodonophiscancrivorus)的亲缘关系较近,蛇鳗属是蛇鳗科鱼类中分化较晚的一个类群。研究结果丰富了蛇鳗科鱼类线粒体基因组数据库,也为该类群鱼类的系统分类研究提供了参考资料。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
虞德兵 陆应林 徐昊翔 徐善金 熊锴 王伟兰 杜文兴 王林云
根据北京鸭线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列。结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COⅠ基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856。聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001~0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003~0.006。基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈海港 朱新平 李伟 刘毅辉 赵建 叶朝阳 公月月
本文选择COI基因片段作为分子标记,对部分鲇形目鱼类(Siluriformes)进行系统发育研究。应用通用引物PCR扩增得到13种鲇形目鱼类的134条COI基因,并与Gen Bank中获得15种鲇形目鱼类的51条COI基因进行比对分析。结果显示:鲇形目鱼类COΙ基因存在碱基插入缺失现象较少,为越南隐鳍鲇(Pterocryptis cochinchinensis)、丝尾鳠(Hemibagrus wyckioides)和黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)3种共计5个位点;平均碱基含量A+T(55.5%)显著高于G+C(44.5%)。利用Kimura’s 2-parameter计算28个物种的种间平均遗传距离为0.195,23个物种的种内平均遗传距离为0.006。系统发育树的分析结果表明,Neighbour-Joining(NJ)树较Maximum Likelihood(ML)树更为适合鲇形目鱼类的遗传发育分析;COI基因在科及其以下水平的系统进化关系与传统分类方法所认同的结果一致性较高,达到82.9%以上;在目水平的一致性的可信度较低,仅为71%;半鲿属聚为单系类群,黄颡鱼属、属和拟鲿属三者聚为一支,黄颡鱼属与拟鲿属的亲缘关系较近。
关键词:
鲇形目 线粒体COI基因 系统发育
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李红梅 王珣章 林进添
以线粒体16S rDNA基因作为分子标记,对蝽总科8个科23种昆虫进行了系统发育的分析,并采用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了分子系统树。结果表明:利用16S rDNA分子研究蝽总科的系统发育关系是适合的,能够重建蝽总科的单系性;土蝽科的位置不稳定,在蝽总科各科进化过程中处于中间位置;龟蝽科与蝽科在MP树和ML树中都形成姊妹群关系,在NJ树中2个科的亲缘关系也比较近;异蝽科是最早分支出来的,表明异蝽科是所研究类群中最为原始的类群。本研究从分子水平上支持了将荔蝽亚科、盾蝽亚科和兜蝽亚科从蝽科中分立出来提升为科的观点。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王鹭骁 柯才焕 王志勇 刘波 蔡明夷 王艺磊
用PCR技术克隆耳鲍(Haliolis asinina)、羊鲍(H.ovina)和多变鲍(H.varia)的线粒体16S rRNA基因的片段,并将PCR产物直接进行测序,得到长度530 bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)、九孔鲍(H.diversicolor supertexte)、大鲍(H.gigantea)、盘鲍(H.discus discus)、皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai)等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明,不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高,同源性范围为87.36%~90.77%,这...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
柳娟娟 杨建全 陈家骅
利用18S rDNA的V4区序列对蚜茧蜂科部分物种的分子系统进化关系进行了分析.利用MEGA3.1软件NJ、ME、MP和UPGMA 4种方法构建蚜茧蜂的分子系统,从总体上看,NJ树、ME树、MP树和UPGMA树基本一致,按照大的分类阶元,聚类大体上遵循了Aphidiini、Trioxini、Praini、Ephedrini等的界限,这与传统的形态分类结果大致相符.根据这些树所得的一致性指数(CI)和存留指数(RI)都较大,表明整棵树的置信度较高.其中,UPGMA树的CI值和RI值最大,分别为0.8092和0.7126.
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张凤英 马凌波 施兆鸿 马春艳
对采自东海的银鲳(Pampus argenteus)、翎鲳(P.punctatissimus)和中国鲳(P.chinensis)3种鲳属鱼类的线粒体COI基因序列片段进行扩增和序列测定,得到603bp的基因片段,编码201个氨基酸,碱基T、C、A、G平均含量分别为34.2%、22.3%、25.9%和17.6%。所得序列共定义12个单倍型,中国鲳只有1个单倍型,银鲳3个单倍型,翎鲳8个单倍型,在这12个单倍型中共检测到109个变异位点。3种鲳密码子的使用均存在明显的偏向性,且同义密码子使用偏向性高度一致。银鲳和中国鲳的遗传距离最大(0.165~0.168),与翎鲳的遗传距离次之(0.151~0....
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谌微 马春艳 冯春雷 王伟 王鲁民 马凌波
为探讨磷虾目物种的系统进化关系,以磷虾目的 50种磷虾为研究对象,分析其线粒体COI基因序列的分子变异,构建系统发育树,初步探讨了磷虾种属间亲缘关系。所分析COI基因可比序列长度为519 bp,共包含258个变异位点,全部为碱基替换,无插入/缺失位点。四种碱基含量分别为A 27.58%、T 35.47%、G 18.88%、C 18.07%,碱基A+T含量(63.05%)显著高于G+C含量(36.95%),表现出明显的T偏倚特点。50种磷虾的种间遗传距离为0.065~0.306,其平均值为0.186;而种内遗传距离为0~0.071,其平均值为0.017,平均种间距离约为种内距离的11倍。根据物种鉴定最小种间遗传距离0.020的观点,COI基因序列间的差异能够很好地区分各磷虾种。基于COI基因分别构建了4种系统进化树:邻接树(neighbor-joining,NJ)、极大似然树(maximum likelihood,ML)、最大简约树(maximum parsimony,MP)及UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)树。它们拓扑结构基本一致,均可分为三大支系:假磷虾属处于系统树的基部,是磷虾目中最早分化出来的一支;而包含磷虾种类最多的磷虾属则最后分化出来,表明其为磷虾类中相对较新的一个属。本研究较全面地阐述了磷虾目的系统进化关系,结果表明磷虾目的线粒体COI序列变异可以用来研究磷虾属、种的分类单元及其系统进化问题,具有较好的理论和应用价值。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
朱雷宇 朱志煌 方民杰 朱陇强 林琪
综合分析对虾科(Penaeidae)21个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15 893~16 071 bp, A+T含量为64.59%~70.61%。K_a/K_s分析表明,对虾科物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-coding genes, PCGs)中,atp8基因的K_a/K_s最高,表明在对虾科中atp8基因受到了较弱的选择压力;在差异位点的分析中,发现nd5和rrnL基因的差异位点比例较高,是理想的分子标记,可用于分析对虾不同群体之间的遗传多样性;在密码子的使用中,被编码的氨基酸均体现相似的偏好性。同时,采用ML(Maximum likelihood)和BI(Bayesian inference)方法构建系统发育树,结果显示,这两种方法构建的系统发育树拓扑结构完全一致,且同属物种也都归为一类或者单独归为一支。本研究为快速鉴定对虾科生物提供了可靠的分子标记,为分析对虾科物种遗传多样性提供理论依据。
关键词:
对虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
[期刊] 中国水产科学
[作者]
朱雷宇 朱志煌 朱陇强 林琪
综合分析了龙虾科(Palinuridae)13个物种线粒体基因组的全序列,发现其线粒体基因组的长度为15470~16105 bp, A+T含量为62.63%~67.11%。Ka/Ks分析表明,龙虾科中的10个龙虾属(Panulirus)物种线粒体13个蛋白质编码基因(protein-codinggenes,PCGs)的Ka/Ks<
关键词:
龙虾科 线粒体基因组 结构特征 系统发育
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