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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
宁梓健 姜宏波 刘琦 包杰
分泌蛋白是在细胞内合成后分泌到细胞外起作用的蛋白质，其在许多原生动物寄生虫操纵宿主细胞和影响虫体的毒力中起着重要作用。虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei，EHP)是一种可感染多种经济虾类的专性细胞内寄生虫，是近年来影响全球对虾养殖生产较严重的病害之一。本文利用真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred2.0对EHP全基因组的分泌蛋白进行预测，并对分泌蛋白长度、信号肽长度、切割位点处氨基酸分布等信息进行分析，对分泌蛋白功能进行分析。结果表明，分泌蛋白氨基酸长度主要集中在30～400 aa之间；信号肽长度集中在9～32 aa之间；信号肽切割位点处以疏水性氨基酸为主。对信号肽进行基序分析，发现存在基序NV[VT][IK]CA[ED][SA]。对所获蛋白质进行功能注释，发现了多种与微孢子虫黏附侵染、调节细胞周期和免疫反应等相关的关键蛋白。研究结果有助于了解EHP对宿主的侵染机制，同时为进一步明确EHP的致病相关因子提供理论依据。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘雅梅 邱亮 程东远 张庆利 万晓媛 黄倢
对采自天津、浙江和山东等养殖场5个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体的442尾个体进行虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)的Taq Man探针荧光定量PCR检测,并测量各群体每尾对虾的生物学体长和体重。引入医学上的劳累尔(Rohrer)体重指数(Ponderal index,PI,W/L3)关系建立对虾体重(W)和体长(L)关系函数。结果显示,4个凡纳滨对虾的EHP阳性群体[平均体长为(5.37±1.19)cm]的体重指数PI平均值为(5.1
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘珍 张庆利 万晓媛 马芳 黄倢
根据Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中公布的虾肝肠胞虫（ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｏｚｏｏｎ ｈｅｐａｔｏｐｅｎａｅｉ）（ｅｈｐ）ＳＳＵ ｒ Ｄｎａ序列设计１对特异性引物，建立并优化了ｅｈｐ的ＳｙＢｒ Ｇｒｅｅｎ ｉ实时荧光定量ｐｃｒ（ｑ ｐｃｒ）检测方法。结果显示，该方法在６０℃的退火温度时扩增效果最好，产物的熔解曲线为１个单峰，构建的方法对８．３×１０１–８．３×１０８ ｃｏｐｉｅＳ／μｌ的ｅｈｐ ＳＳＵ ｒ Ｄｎａ片段的检测响应具有良好的线性关系，扩增产物阈值循环数（ｃｔ）与模板起始量的对数［ｌｏＧ（Ｓｑ）］的关系为ｃｔ＝–３．３６９ ｌｏＧ（Ｓｑ）＋３９．３６４（ｒ２＝０．９９２），扩增效率为９８．１％，检测．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
全德润 王李宝 黎慧 史文军 朱健强 顾舒文 顾晨 任乾 万夕和
为开发虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)及其近缘种的分子标记,本研究采用生物信息学方法,对虾肝肠胞虫全基因组中SSR (simple sequence repeat,简单重复序列)位点的数量、分布及频率等信息进行统计分析,并与其他5种微孢子虫真菌物种基因组进行了比较。在虾肝肠胞虫基因组中共搜索到794个SSR,总长度为21773 bp,占基因组的0.72%, SSR的平均长度为27.43 bp,相对丰度为262 loci/Mb,相对密度为7184.43 bp/Mb。6种SSR类型中,四核苷酸SSR数量最多,有570个,总长度为12152 bp,占SSR总数的71.79%,平均长度为21.32 bp,相对丰度为188.08loci/Mb,相对密度为4009.79bp/Mb;二核苷酸SSR数量最少,仅有20个,总长度为280bp,占SSR总数的2.52%,平均长度为14bp,相对丰度为6.6loci/Mb,相对密度为92.39bp/Mb。基因组高频率(≥10)出现的SSR重复类型为:AACT, TTAG, TAGT, ACTA, AGTT, CTAA, AACTA, GTTA, TTAGT, TAAC, AT。选择序列长度不小于20 bp的多核苷酸SSR共计30个,进行引物设计用于物种鉴定。利用GO数据库对含SSR基因进行功能注释,共有28个基因(3.53%)注释到分子功能、生物进程及细胞组分3类中。将虾肝肠胞虫与其他微孢子虫真菌相比,虾肝肠胞虫中SSR的数量及相对丰度适中,由此可知基因组大小与SSR数量无关。本研究为虾肝肠胞虫的种群遗传及进化相关研究奠定了基础。
关键词：
虾肝肠胞虫 基因组 微卫星 分子标记
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
段健诚 胡吉卉 沈宇航 邓高威 高威 牟华 张庆起 高焕
为探究虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei， EHP)感染对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)肠道菌群的影响，本研究基于16S rRNA基因的测序结果，对感染EHP的脊尾白虾肠道菌群进行了分析。结果显示，感染虾与健康虾肠道菌群差异较大，且其肠道菌群结构多样性显著低于健康虾。研究发现，病虾中归属于变形菌门(Proteobacteria)的脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、未分类蓝细菌科(unidentified＿Cyanobacteria)、支原体科(Mycoplasmataceae)和未分类α变形菌科(unidentified＿Alphaproteobacteria)为优势菌，而归属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)及噬几丁质杆菌科(Chitinophagaceae)细菌在健康虾中占据优势地位。EHP侵蚀导致感染虾肠道内潜在致病菌显著增加(P<0.05)，增加了其他疾病的易感性。此外，通过Tax4Fun功能预测，发现感染虾肠道菌群主要用于新陈代谢，从而抵抗EHP侵染，维持机体正常功能；健康虾肠道菌群则多用于个体生长与环境信息处理，进而保证生长与存活。本研究从虾肠道菌群结构方面入手，进一步探究了EHP感染对脊尾白虾肠道菌群的影响，以期为EHP的防治提供帮助。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
程东远 邱亮 宋增磊 万晓媛 董宣 谢国驷 黄倢
对来自河北黄骅(HH)、山东平度(PD)、江苏吴江(WJ)和山东日照(RZ)的4个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体进行了对虾生长参数测量,用Taq Man q PCR检测了凡纳滨对虾各群体的肝胰腺组织中和RZ群体多种组织中的虾肝肠胞虫数量(Amount of Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)。结果显示,在主要生长相关参数中,RZ群体最优,该群体EHP载量也最低。不同群体的样本数EHP对数直方图的模式存在差异,HH和PD群体的EHP对数呈双峰分布,而WJ和RZ群体的EHP对数呈单峰分布,代表EHP在不同群体中可能存在不同的传播模式。EHP对数呈单峰分布的群体或从多峰分布的群体中分离出的高EHP对数子群体的对虾体长或体重与EHP对数呈显著的负相关。RZ群体中,各个体不同组织中EHP从高到低的顺序依次是肝胰腺>中肠>血淋巴>鳃>肌肉。肝胰腺、中肠和鳃3个组织中EHP对数相互间的相关性为99.9%的极显著水平(P<0.001);除了中肠与血淋巴和肝胰腺与血淋巴以外,其余组织间EHP对数的相关性也达到极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)水平。用DIG标记的EHP探针对肝胰腺、肌肉、鳃、肠道组织的原位杂交显示,肝胰腺是主要的EHP感染组织,其他组织中杂交信号较弱,但各组织中有少数细胞的EHP易感。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李午佼 颜瑾 王运生
通过SignalP 3.0、TargetP 1.1、KohGPI、TMHMM 2.0等系列软件对南方和北方根结线虫分泌蛋白组进行预测。结果表明,南方和北方根结线虫预测分泌蛋白数为2 622和1 696个,分别占总基因数的13.65%和12.95%。经BlastP(E
关键词：
根结线虫 分泌蛋白 模体
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王晓宇 罗楚平 陈志谊 刘永锋 刘邮洲 聂亚锋 于俊杰 尹小乐
【目的】对枯草芽胞杆菌Bs-916进行全基因组测序,为今后更好挖掘和利用该菌生防潜力提供较多的分子生物学信息。【方法】通过应用比较基因组学软件与另一测序菌株Bs168进行全基因组序列分析。【结果】Bs-916菌株全基因组大小为3 925 958 bp,GC含量为46.4%,与其它已测序全基因组芽孢杆菌相比,其GC含量最高;预测所得CDS数为4 056个,152个串联重复区域,转座子103个,IS(插入序列)序列数量37个,tRNA 46个,rRNA 39个;比较基因组学分析其含有8个NRPS/PKS基因簇,其中bacillomycin L,macrolactin,difficidin这3个基因...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
彭树英 吕宁 何晓宁 张涌
采用RT-PCR和重组PCR扩增猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)TSX毒株纤突蛋白(spike protein,S)基因全长cDNA序列,分离纯化PCR产物,连接到pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆pGEM-S,并对其进行酶切鉴定和测序,对测序结果及推导氨基酸序列进行同源性分析。结果表明,S基因全长为4 350 bp(GenBank登录号DQ001167),编码1 449个氨基酸,N端前16个氨基酸为推测的信号肽序列,其后1 433个氨基酸构成成熟蛋白;与GenBank中已发表的9个TGE...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
柳晓磊 翁群芳 胡美英 李亚楠 易欣
从基因库中调取已完成测序的昆虫化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)基因序列和氨基酸序列,共涉及昆虫7个目23个种的59个基因。应用MEGA 5.0形成了这59个基因的系统发育关系树,并计算CSPs基因在昆虫中的核苷酸替换速率。对非同义替换速率和同义替换速率进行比较的结果显示,CSPs基因在昆虫中总体上受到负选择作用。用PAML软件位点-特异模型检测到6个受到正选择作用的位点,其中5个位于功能重要的区域。
关键词：
昆虫 化学感受蛋白 基因 进化
[期刊] 中国农业科学
[作者]
罗玉均 张桂红 陈建红 廖明 徐小芹 任涛 张济培 罗开健
【目的】测定1型鸭肝炎病毒(DHV1)毒株R全基因组,建立鸭肝炎病毒1型巢式PCR与实时荧光定量RT-PCR。【方法】设计特异性引物测定DHV1毒株R全基因组,以3D为靶基因序列的引物P1和P2,P3和P4进行巢式PCR,引物F和R进行实时荧光定量RT-PCR。【结果】序列分析发现该毒株与其它GenBank上发表的DHV1毒株基因组核苷酸序列同源性为94.2%～99.2%,编码聚合蛋白氨基酸序列同源性为98%～98.8%,表明DHV1-R株与其它DHV1毒株之间病毒基因组一级结构有较高的同源性。基因组结构5′UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于戈 李健 李吉涛 李华
应用RACE技术克隆了脊尾白虾血蓝蛋白基因全长cDNA序列,并对该序列进行了分析。结果显示,该基因全长2158bp,开放式阅读框长1992bp,5’非编码区长26bp,3’非编码区长140bp,将该基因命名为EcHc。EcHc编码663个氨基酸,前15个氨基酸组成信号肽,推测成熟肽的分子量为75.05kDa。Blast比对结果显示,由脊尾白虾血蓝蛋白cDNA序列推导的氨基酸序列与日本沼虾、信号小龙虾血蓝蛋白氨基酸序列的同源性分别为86%、68%,由此推断该cDNA序列可能属于血蓝蛋白家族。利用Real-timePCR方法,分别研究了鳗弧菌和白斑综合征病毒(WSSV)感染脊尾白虾后,肝胰腺组织中...
关键词：
脊尾白虾 血蓝蛋白 基因克隆 表达分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ ｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析。明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓａ、ｔｓｓＢ、ｔｓｓｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的！螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
沈桂明 李晨 史成银 贾丹 范超 谢国驷 付泉洁
本研究以引起珍珠龙胆石斑鱼[Epinephelus fuscoguttatus(♀)?Epinephelus lanceolatus(♂)]幼鱼"皮肤溃疡病"的哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)ML01株为研究对象,采用平板膜覆盖技术和柱层析技术,分离、纯化了ML01株的胞外产物及分泌性蛋白。应用毒性试验、质谱分析与分子克隆技术,对纯化的胞外产物和3种主要的分泌性蛋白进行了特性分析与鉴定。结果显示,哈维氏弧菌ML01株的胞外产物(Extracellular products,ECPs)具有酯酶、明
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张艳珍 付龙威 隋智海 王咏星 刘云国
致病性虫草菌Cordyceps confragosa CHL02菌株是从患病河鲈(Perca fluviavilis)鱼体分离鉴定的一株昆虫致病菌，其无性阶段蜡蚧轮枝菌(Lecanicillium lecanii)广泛用于农业中昆虫防治。本研究基于IlluminaPE150测序平台进行CHL02菌株的全基因组测序，对测序数据进行组装和组分分析，进行基因预测与功能注释，预测次级代谢产物合成基因簇，并进行病原宿主互作以及比较基因组分析。测序结果显示，CHL02基因组大小为36.17 Mb，GC含量为53.09%；预测包含8093个编码基因、1618个转座因子(TEs)、4572个串联重复序列及114个tRNA；共注释7724个基因，其中，1985个基因获得KOG注释，GO聚类分析中，2687个基因参与代谢过程，预测到22个次级代谢产物合成基因簇，1162个基因参与病原宿主互作机制中。基因聚类分析和系统发育树均显示，CHL02菌株与参考菌株昆虫源C. confragosa RCEF 1005具有较高的同源性。本研究首次报道了河鲈源致病性虫草菌C. confragosa CHL02菌株的全基因组序列并分析其基因组的基本特征，与参考菌株进行比较基因组分析，为后续深入开展该病菌侵染河鲈的作用机制等相关研究奠定了理论基础。
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