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[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁君 孙巍 常亚青
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术,构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库。测试结果表明,其库容量为2.10×106 PFU/mL,长度范围在0.5~4.2 kb,插入片段平均长度为1.4 kb,达到建库要求。对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序,将获得的819条EST序列与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了65个有研究价值的EST序列和cDNA克隆,其EST序列已提交到GenBank,序列号分别为GO448010–GO448016、GR410172–GR410229,虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建,使短期内获得...
关键词：
虾夷马粪海胆 cDNA 表达序列标签
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张伟杰 常亚青 赵冲 刘平晋 宋坚
从19月龄虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius养殖群体中随机选择600枚,测量了壳高(TH)、壳径(TD)、活体重(BW)、性腺湿重(GWW)、性腺颜色(L*a*b*)、性腺指数(GI)、性腺水分(GM)7个性状。采用相关分析和通径分析方法,计算了各性状间的相关系数,并定量分析了壳性状对活体重及表型性状(壳高、壳径、活体重)对性腺性状的影响效果。结果表明,壳性状与活体重极显著相关(P<0.01);4个性腺性状除构成性腺颜色性状的a*(绿-红)、b*(蓝-黄)分别与壳径、活体重呈显著相关(P<0.05),而与其他表型性状无显著相关外,L*(暗-亮)、性腺湿重、...
[期刊] 水产学报
[作者]
常亚青 张伟杰 丁君 石生宝 赵冲 张勃
对来自虾夷马粪海胆20个家系的600枚海胆的性腺湿重、指数、颜色、水分和脂肪酸组成进行了测量和分析,结果显示性腺湿重和性腺指数在家系间均有极显著差异,但在性别间差异不显著,两个性腺产量性状在整个群体内均具有较大的变异;虾夷马粪海胆性腺颜色介于黄色和橙红色之间,且色泽鲜艳,经CIEL*a*b*标准量化和方差分析,L*和a*在家系间无显著差异,但b*、亮黄色差(ΔE1)和亮橙黄色差(ΔE2)在家系间均具有极显著差异,在性别间,雌性海胆的L*、a*和b*值以及两个色差均极显著优于雄性;性腺水分在家系和性别间有极显著和显著差异;性腺总脂中含有较高的EPA(12.11±2.65)%和AA(10.27±3...
关键词：
虾夷马粪海胆 家系 性别 性腺性状
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康
以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0kb之间,平均长度约为1.3kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物、进行遗传多样性分...
关键词：
光皮桦 cDNA文库 SSR分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
段亚飞 刘萍 李吉涛 李健 陈萍
采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
牛艳 孔文涛 杨婧 孔健
将绿色巴夫藻(Pavlova viridis)培养液逐种加入氨苄青霉素、硫酸庆大霉素、硫酸阿米卡星3种抗生素处理,经检验后无杂菌污染。以该藻种为实验材料,以λTriplEx2为载体,利用SMART技术构建其cDNA文库。经测定文库滴度为6×106pfu/mL,重组率为98%。利用PCR方法检测cDNA文库插入DNA片段的大小,其长度为0.5~2 kb,表明该文库达到建库要求,可用来筛选低丰度mRNA的基因克隆。对cDNA文库中的阳性克隆进行随机PCR扩增,挑选插入DNA片段较大的克隆,进行5’末端单向序列测定,测序结果与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了200个有研究价值的EST序列和c...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姬南京 杨芸菲 丁君 常亚青
本实验采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到了虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)溶菌酶(LYZ)基因的全长cDNA序列。结果表明,虾夷马粪海胆LYZ基因全长为912 bp,含有1个480 bp的开放阅读框(ORF),编码159个氨基酸,其中第1 20个氨基酸为信号肽,蛋白计算分子量为17.69 kD,等电点为7.75。氨基酸比对分析表明,虾夷马粪海胆LYZ基因与紫球海胆(Strongylocentrotus purpuratus)和刺参(Apostichopus japonicus)的i型LYZ基因相似百分比分别为91.4%和5...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
龚达平 解敏敏 孙玉合
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
刘萍 邱高峰 郑亮 张玉珂
促雄腺是甲壳动物雄体特有的内分泌腺,在性别分化中起关键作用。为了获得罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)促雄腺的表达序列标签(ESTs)及可能的功能基因全序列,运用SMART技术构建罗氏沼虾促雄腺cDNA文库,用菌落PCR的方法对cDNA文库进行初步筛选,在筛选的114个阳性重组克隆中随机挑取24个克隆测序,有12条EST序列,其中4个cDNA功能基因,4个rRNA,4个新基因。该研究用SMART技术获得全长cDNA序列的比率较高,同时对分离的四个已知基因的潜在功能进行了初步推断,为进一步筛选与罗氏沼虾促雄腺分化和发育调控相关的功能基因奠定了基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 水产学报
[作者]
孟亮 陈松林 刘洋
以大菱鲆脾脏为材料,构建cDNA文库,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析,共获得3 656个大菱鲆脾脏表达序列标签(EST)。经与GenBank数据库的序列比对后发现,1 891个EST代表了149个已知基因,其余1 765个EST为未知序列。这149个基因大致可分为6类:9个为细胞结构类(6.0%);26个为代谢类(17.5%);45个为细胞防御/免疫类(30.2%);43个为基因/蛋白质表达类(28.9%);16个为细胞信号转导/细胞交流类(10.7%);10个无法明确分类(6.7%)。鉴定的与免疫抗病相关重要基因主要有:CC/CXC趋化因子;主要组织相容性复合体(MHC)cla...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李霞 王斌 刘静 孙健
取平均壳径分别为1 9cm和4 4cm虾夷马粪海胆(Strongylocentrotusintermedius)进行实验观察。结果表明,海胆体腔有2种类型的细胞,即变形吞噬细胞和色素细胞。变形吞噬细胞形状不定,能伸出伪足,核较大,线粒体、溶酶体等细胞器丰富。色素细胞具突起,内有紫红色颗粒,颗粒溶于酒精等多种溶剂中,使得电镜下细胞内含有大量空泡,细胞核很少见,细胞器较少。变形细胞离体后可凝集,具吞噬酵母的能力,吞噬能力与温度成正相关。色素细胞具有辅助的免疫功能。
[期刊] 水产学报
[作者]
张颖 李丹彤 常亚青 宋坚 叶仕根
为研究虾夷马粪海胆体液免疫机理,测定其体腔液吞噬细胞在不同介质中对不同处理的酵母细胞的吞噬作用。对其无细胞体腔液、从调理及非调理酵母细胞分离出的成分进行SDS-PAGE分析,同时对无细胞体腔液进行透析、SephadexG-200凝胶层析和SDS-PAGE分析,在等渗缓冲液和酵母细胞吸附的无细胞体腔液中,测定不同调理素样分子浓度和不同反应时间时吞噬率的变化。结果显示,吞噬细胞在3种介质:等渗缓冲液、酵母细胞吸附的无细胞体腔液和无细胞体腔液中对非调理酵母细胞吞噬率之比为1.00∶1.11∶1.94,在等渗溶液中对调理酵母细胞的吞噬率是非调理酵母细胞的1.61倍;从调理酵母细胞分离出的成分在SDSP...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李云峰 刘卫东 高祥刚 李文姬 刘莹 傅立元 李宏俊 王健 鲍相渤 赫崇波
利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周遵春 包振民 董颖 赫崇波 韩家波 王丽梅
提取成熟光棘球海胆(Strongylocentrotus nudus)性腺中的RNA做模板,根据NCBI数据库中已知海胆(编号:AB097218、AB192414、AY090112)主要卵黄蛋白MYP cDNA保守序列设计引物,用LA PCR方式分段扩增并测序得到了光棘球海胆MYP cDNA的全序列。扩增的cDNA全长4 061 bp,包含4 047 bp的开放阅读框,共编码1 349个氨基酸。用CluxtalX1.83对光棘球海胆与其他几种已知海胆MYP cDNA及推导的氨基酸序列进行比对,用Mega3.01计算遗传距离及构建进化树,结果表明,光棘球海胆与其他7种海胆的MYP具有高度的同源性...
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