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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王家庆 张丽丽 马爽 李代宗 付玉洁 李绍明
采用逆转录PCR(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术从虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脑组织中克隆了Y-box基因cDNA全长序列(GenBank登录号:FJ492962)。该基因cDNA全长为1 452 bp,其中5'端非翻译区(5'UTR)长137 bp,3'端非翻译区(3'UTR)长409 bp,开放阅读框(ORF)长906 bp,编码301个氨基酸。蛋白质相对分子质量为33.1×103。PSORTⅡ亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核,富含两类核定位信号,分别为pat4与pat7。虹鳟的Y-box蛋白序列与大西洋鲑、斑马鱼和大菱鲆的同源性分别为99%、80%和...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙盛明 傅洪拓 戈贤平 朱健 乔慧 金舒博 张文宜
为研究冷休克蛋白Y-box基因在青虾应答环境胁迫过程中所起的调控作用,实验应用RACE PCR技术首次克隆了青虾的冷休克蛋白Y-box基因全长c DNA序列,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR技术对其在青虾不同组织及环境胁迫过程中的表达变化特征进行分析。青虾冷休克蛋白Y-box基因c DNA全长1501 bp,包括84 bp的5′末端非翻译区(UTR),876 bp的开放阅读框(ORF),541 bp的3′UTR,开放阅读框编码291个氨基酸。氨基酸相似度比对显示,青虾冷
关键词：
青虾 冷休克蛋白 低温 低氧 原核表达
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孟庆国 陈静 黄艳青 靳明建 顾伟 王文
采用RT-PCR和RACE技术,从红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)血细胞中分离到冷休克蛋白Y-box编码基因的cDNA序列。结果显示,冷休克蛋白Y-box编码基因的长度为1 733 bp,其中包括82 bp的5'非翻译区、676 bp的3'非翻译区和975 bp的编码序列,可编码324个氨基酸。理论相对分子质量和等电点分别为35 800和9.81。结构域分析和序列比对显示,红螯螯虾冷休克Y-box蛋白由3部分组成:富含丙氨酸或脯氨酸区域、冷休克结构域和带电荷区域,其中冷休克结构域高度保守。系统进化树分析表明,红螯螯虾冷休克Y-box蛋白与水蚤等节肢动物冷休克Y-box蛋...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王家庆 李代宗 郭冉 张辉 宋波澜 王志平 钟尉方
肌酸激酶(Creatine kinase,CK)能够催化磷酸基团在二磷酸腺苷(ADP)和磷酸肌酸间的可逆性转移,在细胞能量代谢过程中发挥重要作用。以虹鳟(Oncorhynchus mykiss)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了虹鳟脑型肌酸激酶(CKB)基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:FJ548753)。序列全长1493bp,其中5′端非翻译区81bp,3′端非翻译区266bp,开放性阅读框1146bp,编码381个氨基酸。虹鳟鱼CKB蛋白存在两个重要功能结构域,分别为EF-hand结构域和ATP:guanido磷酸转移酶结构域。构建的系统进化树证实所克隆的肌酸...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李莉萍 陈明 唐章生 张永德 陈忠 唐瞻杨 曾兰 黄姻 林勇
为探讨杂交罗非鱼抗应激遗传能力及其与亲本之间关系,采用RT-PCR方法克隆了奥尼杂交罗非鱼及其亲本热休克蛋白Hsp70基因完整编码区(code sequences,CDS)的cDNA序列。序列分析结果表明:杂交奥尼罗非鱼及其父本奥利亚罗非鱼和母本尼罗罗非鱼热休克蛋白Hsp70基因CDS均为1923bp,编码640个氨基酸,含有84个碱性氨基酸,95个酸性氨基酸,理论等电点为5.462。通过antheprot分析发现Hsp70家族的3个签名序列分别为IDLGTTYS,IFDLGGGTFD,VVLVGGSTRIPKIQK,核定位信号标签:KRKHKKDISQNKRALRR,Dank特征基序DLGT...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾成霞 张照斌 张清靖 刘盼 朱华
克隆了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptor,PPAR)αmRNA全序列。对其序列分析发现,虹鳟PPARα与其他脊椎动物PPARα有较高的同源性,其中mRNA序列有66.4%~97.5%相同,氨基酸序列有69.2%~98.9%相同。DNA结合结构域和配体结合结构域从鱼类到人类高度保守,其中DNA结合结构域有88.0%~98.8%的氨基酸序列相同;配体结合结构域有74.6%~99.6%的氨基酸序列相同。系统发生树分析表明,虹鳟的PPARα基因与同属鲑科鱼类的大西洋鲑(Salmo...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 王中康 廖玉凤 殷幼平
丝氨酸蛋白酶是眼斑芫菁消化系统内重要的消化酶,为了更好地了解丝氨酸类蛋白酶在芫菁消化系统中的作用,本研究利用5'cDNA末端快速扩增(5'RACE)和3'RACE的方法获得该基因的全长cDNA序列,登录号为KC954650。该基因的开放阅读框长816 bp,编码271个氨基酸,预计分子质量为28.22kDa,pI为5.09,预测分子式为C1255H1975N321O400S8,不稳定系数为23.35,总亲水性系数为0.286,为疏水性稳定蛋白。序列分析表明该基因编码的蛋白含有丝氨酸蛋白酶的保守功能位点,与赤拟谷盗在系统进化关系上最近。本研究首次从眼斑芫菁体内克隆得到丝氨酸蛋白酶基因,为后期研究...
关键词：
丝氨酸蛋白酶 眼斑芫菁 RACE
[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 水产学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 谢达祥 王大鹏 彭敏 杨春玲 杨彦豪 韦嫔媛 陈晓汉
克隆了凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA并进行了序列分析。该基因由1042bp的碱基组成,开放阅读框长411bp,编码由136个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在113bp(5'端)和518bp(3'段)的非翻译区。聚类分析表明,凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白氨基酸序列与斑节对虾脂肪酸结合蛋白紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为刀额新对虾、意大利蜜蜂、斑马鱼、大西洋鲑、鸡、猪和人。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析表明,该基因在抗IHHNV对虾肠、胃、肝胰腺和肌肉组织中表达较高,在心肌中表达较低,在眼柄中不表达。比较该基因在抗IHHNV对虾和IHHNV易感对虾心、肝胰腺、肠、胃、眼...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王家庆 刘晓慧 李代宗 韩进诚 郭冉 王岳鸿 王志平
以虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)为研究材料,使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了虹鳟鱼NDK-1基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:(FJ607868)。序列全长953 bp,其中5′端非翻译区(5-′UTR)长45 bp,3′端非翻译区(3′-UTR)长284 bp,开放性阅读框(ORF)长624 bp,编码207个氨基酸。虹鳟鱼NDPK蛋白序列与几种脊椎动物台湾樱花钩吻鲑、斑马鱼、西方爪蟾、非洲爪蟾、人和黑青斑河的同源性分别为95%,72%,68%,68%,65%和64%,表明NDK-1基因在进化过程中是高度保守的。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王丽 杜晓明 王林林 史西保 藤蔓 李功权 权凯 郭军庆 张改平
提取人肝癌SMMC-7721细胞和小鼠NS0细胞总RNA,对热休克蛋白10基因(Hsp10)进行RT-PCR扩增、TA克隆和测序。结果表明,从上述2种细胞中获得的cDNA分别由312,313 bp组成,与报道的人HSPE1 mRNA(NM-002157)、鼠肌肉Hspe1 mRNA(NM-008303)序列同源性分别为99%,97%,命名为HSPE1-1和Hspe1-1,序列分析表明,二者之间在核苷酸水平上的同源性为92%,氨基酸水平上的同源性为97%。将上述2种cDNA进行双酶切、亚克隆,成功构建了重组表达载体pET-28a-HSPE1-1与pET-28a-Hspe1-1,转化大肠杆菌并进行...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黎军胜 李建林 吴婷婷
应用 3′ RACE方法对尼罗罗非鱼 (Oreochromisniloticus) 和奥利亚罗非鱼 (Oreochromisaureus) 胰蛋白酶ⅡcDNA进行了克隆并进行序列测定和分析。结果表明, 胰蛋白酶Ⅱ序列中均具有催化活性必需的高度保守的催化三联体氨基酸残基 (His、Asp、Ser) 和构成二硫键的 10个半胱氨酸残基, 以及决定底物特异性的保守性氨基酸残基———天冬氨酸残基和S1结合袋。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼胰蛋白酶ⅡmRNA序列以及氨基酸序列同源性分别为 96 4%和 97 5%。
关键词：
罗非鱼 胰蛋白酶Ⅱ cDNA 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
徐美瑜 陈松林 沙珍霞 季相山
Natural resistance associated macrophage protein (Nramp) is an innate resistance protein to intracellular parasites, which is expressed plentifully in macrophage cells. Nramp has been studied in mouse, human, cattle, rainbow trout and channel catfish. However, little was known about the structure of...
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