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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
解宇洁 薛婧 姜晓东 殷辉 赵晓军 冯铸 李新凤
为筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因，通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性，并通过对CqSGAT基因进行表达分析，进一步验证候选内参基因的稳定性。geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18；geNorm软件分析结果显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18；以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证，发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。综上，藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
解宇洁 薛婧 姜晓东 殷辉 赵晓军 冯铸 李新凤
【目的】筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因，为深入开展藜麦抗霜霉病菌相关基因表达的研究提供依据。【方法】通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性，并通过对CqSGAT基因表达进行分析，进一步验证候选内参基因的稳定性。【结果】geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18;geNorm软件分析结果显示，藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18;以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证，发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。【结论】藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
赵雨 林琳 王群 张国哲 王杰 尚林雪 洪思丹 马清清 顾翠花
【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花，以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料，借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析，并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD，对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用在线软件RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出：在不同组织中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUA；在干旱胁迫中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中，最稳定的内参基因为GAPDH，最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明：上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后，GAPDH是最适合黄薇基因表达的内参基因。图4表4参33
关键词：
黄薇 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周永刚 王骐 刘伟灿 邓宇 李晰亮 靳京 邓文波 赵利旦 王兴超 王南 王法微 李晓薇 董园园 李海燕
【目的】对比大豆PremiRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性，筛选出适合盐、碱胁迫条件下RTqPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的PremiRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因，通过RTqPCR的方法，利用GeNorm和NormFinder软件，评价了10个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是PremiR166和PremiR172，表达最稳定的单一基因是FboX；根中表达最稳定的基因组合是Act11和EF1A，表达最稳定的单一基因是Act11。大豆碱胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是PremiR39...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周永刚 王骐 刘伟灿 邓宇 李晰亮 靳京 邓文波 赵利旦 王兴超 王南 王法微 李晓薇 董园园 李海燕
【目的】对比大豆Ｐｒｅ－ｍｉｒＮＡｓ候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性，筛选出适合盐、碱胁迫条件下ｒＴ－ｑＰＣｒ分析的最稳定内参基因。【方法】选用了６个保守的Ｐｒｅ－ｍｉｒＮＡｓ基因和４个常规的内参基因作为候选内参基因，通过ｒＴ－ｑＰＣｒ的方法，利用ＧｅＮｏｒｍ和ＮｏｒｍＦｉＮｄｅｒ软件，评价了１０个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是Ｐｒｅ－ｍｉｒ１６６和Ｐｒｅ－ｍｉｒ１７２，表达最稳定的单一基因是ＦｂｏＸ；根中表达最稳定的基因组合是ＡＣＴ１１和ｅＦ１Ａ，表达最稳定的单一基因是ＡＣＴ１１。大豆碱胁迫下，叶中表达最稳定的基因组合是Ｐｒ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宫建文 李琪 于红
实时荧光定量PCR已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostreanippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团4种组织以及盐度10、20和30暂养1周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB和TUA)的稳定性通过3种方法(geNorm、NormFinder和BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下,GAPDH和RO21可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用q-PCR对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
蒋欣陶 赵奎华 刘长远 梁春浩 臧超群
为筛选出葡萄霜霉病菌的拮抗放线菌,对采自辽宁省沈阳、葫芦岛、锦州、鞍山、朝阳等地区葡萄园的23份土样中的放线菌进行分离,并对获得的119株放线菌进行防效评价,得到1株拮抗放线菌菌株QH94,其田间防效可达68.83%~89.80%。采用平板对峙培养法进行抑菌谱的测定,QH94菌株对9种病原菌有抑制作用,其中对稻瘟病菌的抑制作用最强,抑菌带宽度为10.57mm。根据菌株QH94的形态特征、培养特征、生理生化特性以及16S r DNA序列分析结果 ,将其初步鉴定为细黄链霉菌[Streptomyces microflavus(Krainsky)Waksman&Herici]。
[期刊] 林业科学
[作者]
朴春根 李永 Lee Sanghyun Kim Kyunghee Lee Seungkyu 郭民伟
为获取栗疫病生物防治的基础信息,本研究根据菌株在PDA培养基上培养7天后的菌丝生长速度、分生孢子形成能力等培养特性,从韩国国立山林科学院树木病理研究室保藏的60个栗疫病菌菌株中筛选了2个弱致病力菌株,进行dsRNA检测、弱致病力菌株和强致病力菌株间的细胞融合试验。结果表明:2个弱致病力菌株(KCP-135和KCP-136)中均检测到了dsRNA,弱毒性菌株KCP-22和其他19个强毒性菌株之间的菌落形成明显的隔离带并沿着隔离带产生分生孢子,没有明显的细胞融合现象,而弱毒性菌株KCP-22和强毒性菌株KCP-9之间的菌落则呈现了显著的细胞融合现象,而且其细胞融合菌株的培养特性和转化dsRNA数量...
[期刊] 林业科学
[作者]
储文渊 王玉娇 朱东悦 陈竹 严涵薇 项艳
【目的】通过杨树的多个基因芯片数据,筛选出在盐和干旱胁迫下能够稳定表达的基因作为杨树的新内参基因,为挖掘出更稳定、更理想的内参基因提供途径。【方法】利用已公布的基因芯片数据库获取不同生长时期、不同逆境处理下的杨树表达数据,将这些数据进行归一化处理,对基因在不同试验条件下表达量的稳定性进行排序。结合基因的功能注释信息,筛选新的内参基因。为进一步验证基因表达的稳定性,以经过NaCl,PEG处理的南林95杨(组培苗)的叶片材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对6个传统内参基因(PtUKN1,PtUBQ,
[期刊] 水产学报
[作者]
昌晶 陈陆丹 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和No
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词：
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘伟灿 王骐 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性，筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟ｍｉＲＮＡ、前体ｍｉＲＮＡ及靶基因ｍＲＮＡ荧光定量ＰＣＲ的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料，选择了５个成熟ｍｉＲＮＡｓ和５个传统的看家基因作为候选内参基因，利用ＧｅＮｏＲｍ和ＮｏＲｍＦｉＮｄｅＲ程序对１０个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下，大豆根、叶片中，成熟ｍｉＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分别为ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１６７Ａ，最合适的内参基因组合分别为ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１５６Ａ、ｍｉＲ１５２０ｄ与ｍｉＲ１６７Ａ。前体ｍｉＲＮＡ和靶基因ｍＲＮＡ定量最合适的单个内参基因分．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
焦鹏 刘院梅 裴徐梨 冯鹏宇 唐征 荆赞革 李金林 徐谦
【目的】为检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性，筛选出青花菜的适内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料，利用已有的转录组数据和结合现有文献，筛选出31个候选内参基因，对其在不同非生物胁迫下（盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温）的表达水平进行荧光定量PCR检测，采用geNorm、Normfinder 和BestKeeper软件分析其表达稳定性，从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好，且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小，表达量最大；而BOL001470的Ct值最大，表达量最小。其他基因的Ct值介于20～40。三种软件综合分析结果表明：BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定，BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好，BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定，BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL008820可作为非生物胁迫下青花菜的通用内参基因。【结论】本研究筛选出青花菜叶片在非生物胁迫下通用内参基因是BOL006136和BOL008820，结果可为以后开展青花菜逆境胁迫下相关基因的表达特征研究和青花菜抗逆种质创建提供一定的科学基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
彭海 席婷 张静 吴先军
DNA甲基化是植物逆境响应的重要机制,调控了开花、产量、抗性等与物种稳定性或品种一致性密切相关的性状。这些性状相关位点的甲基化变异在群体内基本稳定一致、在世代间也具有一定的可遗传性,随机变异较少。病原菌胁迫下,抗性相关位点多出现低甲基化、全基因组多为高甲基化,这符合生物遗传与进化机制,规律性强,随机性小。这一现象在烟草、拟南芥等多种生物胁迫,以及冷、盐、重金属和多倍体等非生物胁迫研究中得到了直接或间接证据的支持。本文讨论了甲基化分析中误差的可能来源并提出了控制措施。
关键词：
植物 胁迫 MSAP 甲基化变异 随机性
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