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[期刊] 中国农业科学
[作者]
李长春 傅田 强巴央宗 唐晓惠 朱猛进 樊斌 熊统安 李奎 刘榜
利用改良等位基因特异性PCR(Modified Allele Specific PCR,M-ASP)结合PCR-RFLP以及直接测序方法对藏鸡和隐性白羽鸡生长激素(Growth Hormone,GH)基因内含子4(Intron4)的一个位点进行了SNP检测,并进行了该基因与藏鸡生长性状的关联分析。检测结果显示,GH基因Intron4的这个位点同时具有M-ASP和SacI-RFLP多态。测序结果表明,该位点发生了C→G的碱基突变,产生了CC、CG和GG三种基因型。两个等位基因和三种基因型在两鸡种中的分布基本一致。其中,基因型CC和等位基因C的频率最高。χ2检验结果表明,基因型频率或者等位基因频率...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周建强 祁增源 韩银仓 刘秀 孙永刚
[目的]研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系,探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。[方法]采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。[结果]牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点,其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型,g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现,6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现,在14种不同的单倍型中,单倍型H_1的发生频率最高。关联性分析表明,g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关(PG位点与体斜长显著相关(PT位点与体质量和体高均显著相关(PT位点与体高显著相关(PG位点与体质量显著相关(PT位点与胸围显著相关(P<0.05)。基因型组合发现,单倍型H_1H_(14)可能是影响牦牛生长性状的最优组合。[结论]牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋姗姗 刘宗岳 丛波 刘琳玲 宋兴超 彭英华
为了研究胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)基因外显子2和外显子11的单核苷酸多态性,分析该基因变异与水貂生长性状的关联性,以红眼白水貂、金州黑水貂和咖啡水貂共计235个样本的血液基因组DNA为模板,采用PCR产物克隆和Sanger测序技术,筛查IGF-1R基因SNP位点,将差异位点与不同种群的水貂生长性状进行关联分析。结果表明,红眼白、金州黑水貂的外显子2和外显子11上检测到2个SNPs:c. 207G> A和c. 1782G> A;咖啡水貂在外显子2上检测到2个SNPs:c. 207G> A和c. 218T> A,在外显子11检测到1个SNPs:c. 1782G> A。c. 207G> A和c. 1782G> A都属于无义突变。c. 218T> A位点属于有义突变,氨基酸发生改变,脯氨酸变为精氨酸。关联分析表明:c. 207G> A与金州黑水貂和咖啡水貂体长性状显著相关(P A与咖啡水貂的体长和体质量显著相关(P A位点GG基因型是水貂体长的优势基因型;合并基因型GGGA和GGAA可能是影响金州黑水貂体长体质量的有利基因型,认为IGF-1R基因可能是影响水貂生长性状的候选基因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
田万强 梅楚刚 付常振 辛亚平 张松 王国庆 昝林森
【目的】研究秦川牛、南阳牛、鲁西牛和安格斯牛共６３０头个体的单磷酸腺苷激活的蛋白激酶α２亚基（ＡＭＰＫα２）基因ＰＲＫＡＡ２的多态性，并分析其多态性与２００头秦川牛生长及肉质性状的关联性。【方法】利用ＰＣＲＳＳＣＰ、ＤＮＡ测序、飞行质谱（ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ）等技术，分析检测４个品种牛ＰＲＫＡＡ２基因６个外显子的单核酸多态性（ＳＮＰＳ）；采用生物信息学方法结合统计分析软件，分析秦川牛各多态位点的遗传变异特性与体尺及肉质性状的关联性。【结果】ＰＲＫＡＡ２基因第２、４、６、７、８、９外显子中，只检测到第４外显子２７Ｇ＞Ｃ和６０Ｔ＞Ｃ ２个突变位点；关联分析表明，２７Ｇ＞Ｃ位点与秦川牛背膘厚和眼肌面积．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐文娟 单艳菊 章明 束婧婷 宋迟 李慧芳
为探讨ＣａＮａα在生长速度差异较大的２个品种鸡生长发育早期不同表型肌肉中的表达规律，利用实时荧光定量ＰＣＲ技术检测清远麻鸡（慢生型）和隐性白羽鸡（速生型）３种表型肌肉（腓肠肌外侧头、比目鱼肌和趾长伸肌）ＣａＮａαｍＲＮａ在０、１、３、５、７、９周龄时的表达情况。结果发现：除清远麻鸡比目鱼肌外，２个鸡品种中其他表型肌肉均呈现先上升后下降然后再上升的趋势；２个鸡品种趾长伸肌的表达量均在１周龄时最高，清远麻鸡７周龄时降至最低，而隐性白羽鸡５周龄时降至最低；腓肠肌外侧头和比目鱼肌ＣａＮａαｍＲＮａ的表达峰值在清远麻鸡中出现在３周龄，而在隐性白羽鸡中则出现在９周龄；总体而言，ＣａＮａαｍＲＮａ在比目鱼肌．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐文娟 单艳菊 章明 束婧婷 宋迟 李慧芳
为探讨Ca NAα在生长速度差异较大的2个品种鸡生长发育早期不同表型肌肉中的表达规律,利用实时荧光定量PCR技术检测清远麻鸡(慢生型)和隐性白羽鸡(速生型)3种表型肌肉(腓肠肌外侧头、比目鱼肌和趾长伸肌)Ca NAαm RNA在0、1、3、5、7、9周龄时的表达情况.结果发现:除清远麻鸡比目鱼肌外,2个鸡品种中其他表型肌肉均呈现先上升后下降然后再上升的趋势;2个鸡品种趾长伸肌的表达量均在1周龄时最高,清远麻鸡7周龄时降至最低,而隐性白羽鸡5周龄时降至最低;腓肠肌外侧头和比目鱼肌Ca NAαm RNA的表达峰值在清远麻鸡中出现在3周龄,而在隐性白羽鸡中则出现在9周龄;总体而言,Ca NAαm R...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘德武 杜颖军 张豪 吴珍芳 张细权 杨关福
根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘梅 朱怡轩 王孝义 陈强 董新星 严达伟 李明丽
【目的】探讨PID1基因多态性对宣和猪肉质性状的影响。【方法】以119头宣和猪为本试验的试验材料，对PID1基因外显子3采取PCR产物直接测序的方法对其进行SNP位点检测，选择最小二乘模型对各突变位点基因型及单倍型组合进行肉质性状方面的差异分析。【结果】在宣和猪PID1基因外显子3区域共检测出4个SNP位点，分别为253643 bp处的T→C(T253643C)、253675 bp处的G→C(G253675C)、253734 bp处的A→G(A253734G)和253827 bp处的G→A(G253827A)。4个SNP位点均检测出3种基因型，分别以等位基因T、G、G、A及基因型TT、GC、AG、AA的频率最高。4个SNP位点共有9种单倍型和24种单倍型组合，其中单倍型CGGA和单倍型组合CGGA/TCAA的频率最高。各位点杂合度在0.4490～0.4997，都属于中度多态且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P >0.05)，遗传多样性比较丰富。G253675C位点与大理石纹评分存在显著关联，其中GC基因型可显著提高大理石纹评分(P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
窦亚琪 梁旭方 高俊杰 何珊 石林杰 史登勇
以鳜(Siniperca chuatsi)选育群体为实验材料,在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点,其中胃蛋白酶基因(pepsinoge, pep)和生长激素基因(growth hormone, gh)均为转录组筛选获得的鳜驯食性状候选基因,本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型,并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸(SNP)多态性位点,有效等位基因(N_e)在1.1959～1.7001,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160,多态信息含量(PIC)为0.2477,全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状呈高水平显著相关(P<0.05),显著影响鳜驯食性状表型,其中Genotype2相关性最高,可作为最优基因型个体进行选育。本研究在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记,为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
林长光 刘亚轩 吴悌霖 林金玉 郭长明 朱志明
采集395头核心群的种猪耳样,采用PCR-SNaPshot方法检测长白猪和大白猪胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子3的位点多态性,并分析各基因型与生长性状的相关性.结果表明,长白和大白猪中均存在3种基因型,大白猪3种基因型分布为:AA>GA>GG,长白猪3种基因型分布为:GA>AA>GG.大白和长白猪的A等位基因频率分别为0.710、0.541,G等位基因频率分别为0.290、0.459.AA基因型个体比GA和GG基因型个体生长速度快,等位基因A对猪的生长具有正效应,同时背膘厚变薄.3种基因型个体在达100 kg活体背膘厚及其估计育种值(EBV)的大小为:GG>GA>AA.因此,在种猪选...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭娜 曾丹 王晓清 王佩 罗志嘉 李潇 周先文
采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周迪 蒋桂荣 欧仁 谢艳 李波 王燕 杨蓉 李俊 沈银 敖叶 王昌毅
【目的】探究PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状的影响，为赤水乌骨鸡的遗传改良、分子育种提供依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象。采用PCR扩增和直接测序技术对其PPP3CA基因全部外显子进行多态位点筛选，运用RNAfold WebServer和Structural Bioinformatics Group在线软件预测PPP3CA蛋白质二级结构和三级结构，计算基因频率、基因型频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量，并对HardyWeinberg平衡状态进行分析；采用SPSS对不同多态位点所对应的基因型与体尺指标进行相关性分析。【结果】在外显子7处发现C29T、T50C和T63G共3个错义突变位点，外显子16处发现1个错义突变位点G720A；χ~(2)检验表明上述几个基因座均偏离Hardy-Weinberg平衡状态；C29T位点突变的CC型显著提高个体的体重、骨盆宽和胸围；T50C位点突变的CC型显著提高个体的体重、胫长和龙骨长；T63G位点的TT型显著提高个体的胫长和龙骨长；G720A位点的AA型极显著提高个体的胫长和龙骨长，CC型显著提高个体的体斜长。C29T位点的CC型、T50C位点的CC型、T63G的TT型和G720A位点的AA型均为优势基因型，但C29T和T50C位点碱基突变为不利突变，而T63G和G720A位点的突变为有利突变，且G720A位点更有利于赤水乌骨鸡生长，可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点。【结论】本研究首次探讨PPP3CA基因与鸡生长性状的相关性，并在家鸡的PPP3CA基因外显子中发现4个多态位点，表明PPP3CA基因对赤水乌骨鸡生长性状具有一定影响，可作为赤水乌骨鸡分子标记辅助选育参考位点，研究结果可为今后赤水乌骨鸡的遗传改良育种提供参考依据，并为进一步研究鸡PPP3CA基因奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
窦亚琪 梁旭方 高俊杰 何珊 石林杰 史登勇
在易驯食与不易驯食鳜转录组Unigene数据库中共预测到4809个SNP位点，其中胃蛋白酶基因 (pepsinoge, pep) 和生长激素基因 (growth hormone, gh) 均为转录组筛选获得的鳜 (Siniperca chuatsi) 驯食性状候选基因，本研究将候选基因上的多态SNP位点在易驯食和不易驯食鳜群体中进行基因分型，并与鳜驯食性状进行关联分析。在易驯食与不易驯食的鳜群体中共发现5个单核苷酸 (SNP) 多态性位点，有效等位基因 (N_(e)) 在1.1959到1.7001之间，观测杂合度 (H_(o)) 和期望杂合度 (H_(e)) 分别分布于0.1800～0.3585和0.1655～0.4160，多态信息含量 (PIC) 为0.2477，全部位点都属于中度多态性位点。结果表明SNP位点pep-A T/C中2种基因型TT和CT与鳜驯食性状成高水平显著相关 (P<0.05)，显著影响鳜驯食性状表型，其中Genotype2相关性最高，可作为最优基因型个体进行选育。本研究以鳜选育群体为实验材料，在鳜pep和gh基因中鉴定出与驯食性状呈显著关联的SNP分子标记，为加快易驯食鳜新品种的基因辅助选育提供有效的SNP分子标记。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
谭义洲 丁考仁青 褚敏 郭宪 马晓明 包鹏甲 阎萍 梁春年
[目的]探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2(UCP2)和解偶联蛋白3(UCP3)基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。[方法]以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。[结果]在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G> A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验(P>0.05)。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(PA位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型(PT位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。[结论]UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。
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