【目的】针对生产中危害严重的3种蔬菜土传病原菌瓜果腐霉(Pythium aphanidermatum)、尖镰孢(Fusarium oxysporum)、大丽轮枝菌(Verticillium dahliae),建立三重PCR(triplex PCR)检测体系,为蔬菜土传真菌病害的早期诊断和鉴定提供技术与方法。【方法】筛选3种病原菌特异性引物组合,通过设定不同的PCR退火温度、引物浓度、循环次数以及延伸时间,探索影响三重PCR扩增的因素,建立蔬菜土传病原菌三重PCR检测体系,并对体系灵敏度进行检测。为了验证建立体系的稳定性,选择2×Taq Master PCR Mix(北京博迈德生物技术有限公司)和TaKaRa Taq酶(大连宝生物工程有限公司)2个不同公司的试剂,分别利用C1000 Touch~(TM)型(赛默飞世尔科技有限公司)与Aeris~(TM)型(新加坡艺思高科技有限公司)热循环仪进行三重PCR反应,比较检测结果的可重复性。对田间采集的35份病害样本和149份土壤样本,分别进行三重PCR和病原菌分离检测,以确定所建立得三重PCR检测体系的适用性。【结果】三重PCR反应体系中引物对AsAPH2B/AsPyF、FOF1/FOR1、VActF/VActR可分别扩增出瓜果腐霉、尖镰孢、大丽轮枝菌长度为163、328和530 bp的特异性目的片段。反应体系(25μL):0.12μmol·L~(-1) AsAPH2B/AsPyF,0.16μmol·L~(-1) FOF1/FOR1,0.24μmol·L~(-1) VActF/VActR,2×Taq Master PCR Mix 12.5μL,退火温度为60.8℃,35个循环。该体系对病原菌纯培养物的检测灵敏度为10~(-1) ng·μL~(-1),对土壤中大丽轮枝菌、尖镰孢和瓜果腐霉的检测灵敏度分别为10~5、10~6个孢子/g土壤和10~(-2) mg菌丝/g土壤。分别采用2×Taq Master PCR Mix和TaKaRa Taq酶,利用C1000 Touch~(TM)型和Aeris~(TM)型热循环仪进行三重PCR,扩增结果一致,说明三重PCR体系检测稳定性好。对田间采集的病害和土壤样本进行检测,25份病害样本和71份土壤样本中检测出带菌,三重PCR检测与病原菌分离培养结果一致。【结论】本研究建立的瓜果腐霉、尖镰孢、大丽轮枝菌三重PCR检测体系具有灵敏度高、稳定性和重复性好的特点,能够快速、准确地检测田间病株及其根围土壤中的瓜果腐霉、尖镰孢、大丽轮枝菌,为蔬菜土传病害的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。

【目的】为同时检测患病大口黑鲈蛙病毒（Rana）、肿大细胞病毒（Mega）和弹状病毒（Rhab）的感染情况，建立了其三重PCR检测方法。【方法】设计了Rana、Mega和Rhab 3对特异性上、下游引物进行三重PCR检测，Rana、Mega和Rhab扩增片段长度分别为202、360、563 bp,并进行三重PCR反应体系的优化。【结果】建立的三重PCR方法对Rana、Mega和Rhab核酸检出限最低均可达5.3×10^-6 μg·mL^-1。对临床获得的5份大口黑鲈病料进行三重PCR检测，获得2个Rana、1个Mega和1个Rhab检测阳性结果。【结论】本研究建立的大口黑鲈重要病原三重PCR检测方法，可用于养殖大口黑鲈过程中病毒病快速鉴别诊断和分子流行病学调查。

根据目前水产上常见病原菌鳗弧菌Vibrio anguillarum、嗜水气单胞菌Aeromonas hy-drophila、迟缓爱德华氏菌Edwardsiellatarda的毒力相关基因,选择具有特异性的鳗弧菌调控毒力蛋白表达的toxR(Positive transcriptional regulator)基因、嗜水气单胞菌中重要的编码气溶素(Aero-lysin)基因aerA、迟缓爱德华氏菌中编码分泌系统装置蛋白的基因evpA,分别设计1对特异性引物,建立可同时特异性地检测3种菌的多重PCR检测体系。对反应条件进行优化并测试了其特异性和灵敏度。实际样品检测证明,此多重PCR体系具有良好的可靠...

无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)作为罗非鱼主要病原,传染力强、致死率高,部分鱼从发病到死亡无明显病症,难以确定鱼体是否携带该病原菌,建立适用于生产一线的无乳链球菌检测技术势在必行。根据GenBank中无乳链球菌透明质酸酶基因(hylB)、青霉素结合蛋白基因(pon A)和CAMP因子基因(cfb)的保守序列,设计3对特异性引物,对多重PCR的反应条件和体系进行优化,建立基于毒力基因的罗非鱼无乳链球菌三重PCR检测方法,并运用该方法检测来自广东省不同地区的罗非鱼组织样品。构建的三重PCR检测方法仅在无乳链球菌中扩增出3条特异性条带,而在罗非鱼和常见的水产病原菌菌株中均未扩增出任何条带,表现出良好的特异性;以无乳链球菌基因组DNA浓度7.24×10~(–5)~5.65 ng/μl为模板进行扩增,该三重PCR能检测到的最低模板浓度为1.81×10~(–3) ng/μl,表现出较高的灵敏度;运用该方法检测188个罗非鱼组织样品,其阳性检出率与常规细菌分离鉴定阳性率一致,以常规细菌分离鉴定为标准,对该三重PCR检测方法进行评价,其诊断敏感性(Dse)和诊断特异性(Dsp)均为100%。结果表明,构建的三重PCR检测方法不仅显著提高了检测的准确度和灵敏度,还可在同一反应中同时检测3种无乳链球菌毒力基因,为无公害水产品中无乳链球菌的快速检疫、水产养殖病害早期预警提供了一种快速、精准和高效的检测技术。

【目的】建立在鸡肉生产一线具有较强操作性,并可同时检测沙门氏菌、单增李斯特菌、大肠杆菌O157的三重PCR方法。【方法】利用该3种致病菌的特异性基因invA、HlyA、rfbE设计3对引物,在确定方法特异性和抗干扰能力的基础上,用优化后的反应体系对反应灵敏度进行测定,模拟并检测在鸡肉中常见腐败菌和鸡肉基质对检测方法的干扰影响作用下,在前增菌程序的辅助下该方法的实际样品检测灵敏度。【结果】该方法特异性和抗干扰能力强,3种致病菌测序结果的同源性分别达到100%、99%和99%,反应体系的最佳退火温度为51℃,灵敏度试验中3种致病菌同时检出的检测线达到103CFU/mL,单重的灵敏度达到101CFU...

为鉴别猪博卡病毒１型、２型和３型３种基因型，根据猪博卡病毒基因序列分别设计３对针对保守区域的引物进行ＰＣＲ扩增，扩增目的片段大小分别为６４５ ｂＰ（ＰｂｏＶ１型）、３５２ ｂＰ（ＰｂｏＶ２型）和２５９ ｂＰ（ＰｂｏＶ３型）。通过引物浓度和退火温度等条件优化，首次建立了同时检测猪博卡病毒３种基因型的三重ＰＣＲ方法。所建立的三重ＰＣＲ方法扩增其他猪病病毒结果均为阴性，最低检测限为８×１０－７ｎｇ／μＬ。结果表明，该方法具有较好的特异性和敏感性。对临床样品进行三重ＰＣＲ和单项ＰＣＲ检测，对比结果显示符合率为１００％。该方法的建立为猪博卡病毒３种不同基因型的鉴别检测提供了有效手段。

针对草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)各类型毒株的保守区域分别设计3对引物,优化反应条件和体系,建立了草鱼呼肠孤病毒三重RT-PCR检测方法,通过PCR扩增分别获得大小约为530 bp、297 bp和196 bp的DNA片段。进一步分析表明,该检测方法具有良好的敏感性、特异性和稳定性,可以检测Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型核酸最低量分别约为260、190与230拷贝的病毒量,且某一类型的引物只能检测到同一类型的GCRV。用建立的多重RT-PCR方法对2008—2011年采集自江西、广东、湖北、浙江、重庆、四川、福建等地的草鱼(Ctenopharyngodonidellus)主养区...

根据NCBI公布的爱德华氏菌(Edwardsiella ictaluri)磷酸丝氨酸转氨酶(phosphoserine transaminase,serC)的基因序列,设计一对特异性引物,建立了可快速而准确地检测爱德华氏菌的PCR方法,并对患病鱼组织进行了检测。研究结果表明,使用设计的引物能够扩增出与预计大小一致的124 bp的特异性片段,具有较好的检测特异性,对靶标DNA的检测灵敏度为50 pg/反应,对靶标细菌的检测灵敏度为56 cfu/反应。样品的检测结果与实际发病情况一致,表明成功建立了爱德华氏菌常规PCR检测方法,可用于爱德华氏菌病的诊断。

【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一,早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂,而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测,研究旨在建立小麦纹枯病菌(Rhizoctonia cerealis)的SYBR Green I实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测方法。【方法】根据小麦纹枯病菌的β-tubilin序列,设计1对特异性引物,建立并优化SYBR Green I real-time PCR反应体系,利用小麦纹枯病菌、立枯丝核菌(R.solani)、双核丝核菌AG-A和AG-F菌株、小麦全蚀病菌(Gaeum...

【目的】葡萄霜霉病是葡萄生产上重要的单年流行病害,研究旨在构建葡萄霜霉病菌(Plasmopara viticola)的实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测体系,为葡萄霜霉病的早期诊断和预测预报提供依据。【方法】依据GenBank中葡萄霜霉病菌cox2基因序列设计1对特异性引物(F-cox-Pv/R-Pv),建立并优化常规PCR和real-time PCR反应体系,利用葡萄霜霉病菌、葡萄炭疽病菌(Colletotrichum gloeosporioides)、葡萄白粉病菌(Uncinula necator)、葡萄灰霉病菌(Botrytis cinerea)、葡萄白腐病菌(Coniella diplodiella)、葡萄溃疡病菌(Botryosphaeria dothidea)、白菜黑斑病菌(Alternaria brassicae)、辣椒炭疽病菌(C.capsica)、甘草根腐病菌(Fusarium solani)、西葫芦白粉病菌(Sphaerotheca fuliginea)、番茄菌核病菌(Sclerotinia sclerotiorum)、马铃薯干腐病菌(F.equiseti)、西瓜枯萎病菌(F.oxysporum)、哈茨木霉(Trichoderma harzianum)等14种葡萄及其他作物病原菌和拮抗菌的菌丝DNA进行常规PCR和real-time PCR特异性检测,并对灵敏度和可重复性进行评价。运用已构建的real-time PCR体系对人工接种葡萄霜霉病菌的潜育期叶片内病原菌DNA进行定量检测,利用SPSS 19.0软件分析接种时间与叶片内葡萄霜霉病菌潜伏侵染量的关系。【结果】研究设计的引物特异性高,常规PCR仅对葡萄霜霉病菌DNA有扩增条带,为139 bp;real-time PCR检测结果表明该对引物对葡萄霜霉病菌有唯一的产物吸收峰,对其他供试菌株均未检测到产物吸收峰。常规PCR检测的灵敏度为10 pg·μL~(-1),real-time PCR的灵敏度可达到0.1 pg·μL~(-1),是常规PCR检测灵敏度的100倍。以携带目的基因片段的重组质粒为标准品,构建real-time PCR循环阈值(Ct)与模板浓度的线性关系,标准曲线y=42.27-3.36x,相关系数R~2=0.997,扩增效率为98.50%,线性范围达7个数量级,在2.4×10~3—2.4×10~9 copies/μL呈现良好的线性关系。对人工接种葡萄霜霉病菌的潜育期叶片内病原菌DNA进行real-time PCR检测,结果表明叶片内病原菌潜伏侵染量随接种时间的变化呈指数关系增长,y=6.34×10~4·e~(0.084x),相关系数R~2=0.936。该real-time PCR检测体系在接种6 h后就可以检测到葡萄霜霉病菌DNA,检测量为5.68×10~4 copies/μL病原菌DNA。【结论】构建的葡萄霜霉病菌real-time PCR检测体系的灵敏度远高于常规PCR,且特异性强、重复性好,其Ct值与模板浓度呈较好的线性关系,扩增效率高,可用于定量检测葡萄霜霉病菌的潜伏侵染量。

【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一，早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂，而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测，研究旨在建立小麦纹枯病菌（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ ｃｅＲｅａｌｉｓ）的ｓＹＢＲ ＧＲｅｅｎ ｉ实时荧光定量ＰｃＲ（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰｃＲ）检测方法。【方法】根据小麦纹枯病菌的β－ｔｕＢｉｌｉｎ序列，设计１对特异性引物，建立并优化ｓＹＢＲ ＧＲｅｅｎ ｉ Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰｃＲ反应体系，利用小麦纹枯病菌、立枯丝核菌（Ｒ．ｓｏｌａｎｉ）、双核丝核菌ａＧ－ａ和ａＧ－Ｆ菌株、小麦全蚀病菌（Ｇａｅｕｍ．．．

【目的】十字花科作物根肿病是一种世界性病害,早期准确定量检测病原是实现有效防控的基础,研究旨在建立一种应用于水体中检测根肿菌的实时荧光定量PCR方法。【方法】采用近年已研究并发表的一对引物。建立并优化RT-PCR反应体系,利用大肠杆菌TG-1、大肠杆菌T1-1、大肠杆菌DH5α、肺炎克雷伯菌E3、枯草芽孢杆菌XF-1、解淀粉芽孢杆菌Y2、柑橘黄龙病病原菌、假单胞菌E12、成团泛菌L9、阴沟肠杆菌C6、荧光假单胞菌df等11种病原物进行RT-PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测不同接种浓度的水体中的根肿菌。【结果】得出标准曲线的回归方程为Y=-3. 452X+35. 118,其回归系数R2=0. 996,扩增曲线在1×101～1×107拷贝/μl范围内,具有较好的线性关系,扩增效率94. 833%,相邻扩增曲线间距均匀,1×101拷贝/μl为最低检测值。熔解曲线显示,所有产物具有单一峰形,有高度扩增特异性。重复性试验变异系数小于1%。在人工接种的水体中,检测下限至少为102个孢子/m L。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法具有快速、特异、敏感和稳定等优点,为检测根肿菌在水体中的含量提供了技术方法。

根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。

根据罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)幼体培育期主要细菌性病原阴沟肠杆菌omp A基因序列、产气肠杆菌gry B基因序列设计特异性引物,通过对PCR扩增产物进行测序鉴定与特异性和敏感性试验,建立了两种病原菌的PCR快速检测方法,并对发病样品进行了检测。结果显示,设计的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌检测引物能分别扩增出与预计大小一致的385 bp和201 bp的特异性片段,与其余供试菌株无交叉反应。两种检测方法的灵敏度分别为103 CFU/ml和102 CFU/ml。罗氏沼虾幼体样品的检测结果与实际发病情况一致,建立的检测方法也可直接对样品进行PCR检测,而无需细菌分离培养。...

根据罗氏沼虾（ＭａｃｒｏｂｒａｃｈｉｕＭ ｒｏｓｅｎｂｅｒｇｉｉ）幼体培育期主要细菌性病原阴沟肠杆菌ｏＭｐ ａ基因序列、产气肠杆菌ｇｒｙ ｂ基因序列设计特异性引物，通过对ｐｃｒ扩增产物进行测序鉴定与特异性和敏感性试验，建立了两种病原菌的ｐｃｒ快速检测方法，并对发病样品进行了检测。结果显示，设计的阴沟肠杆菌与产气肠杆菌检测引物能分别扩增出与预计大小一致的３８５ ｂｐ和２０１ ｂｐ的特异性片段，与其余供试菌株无交叉反应。两种检测方法的灵敏度分别为１０３ ｃＦｕ／Ｍｌ和１０２ ｃＦｕ／Ｍｌ。罗氏沼虾幼体样品的检测结果与实际发病情况一致，建立的检测方法也可直接对样品进行ｐｃｒ检测，而无需细菌分离培养。．．．