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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王婧蓝 胡胜 王莉 陈雯莉
为研究核糖体小亚基ｒｒＮＡ双甲基化酶基因ｋｓｇＡ的进化关系、蛋白结构和功能，利用ＭＥｇＡ ５．２软件构建了３７种蓝细菌ｋｓｇＡ基因和１６ｓｒＤＮＡ的系统进化树，通过ｓＷＩｓｓ－ＭＯＤＥＬ分析和预测ｋｓｇＡ的蛋白质结构模型，并通过克隆集胞蓝细菌ｓｙＮＥｃｈＯｃｙｓｔＩｓ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ ６８０３、鱼腥蓝细菌ＡＮＡｂＡＥＮＡ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ７１２０和聚球蓝细菌ｓｙＮＥｃｈＯｃＯｃｃｕｓ ＥＬＯＮｇＡｔＥｓ ｓｐ．ｓｔｒＡＩＮ ｐｃｃ ７９４２的ｋｓｇＡ基因对大肠杆菌ｋｓｇＡ突变体进行了异源互补。结果表明：ｋｓｇＡ基因在蓝细菌中与１６ｓｒＤＮＡ进化分支高度相似，且体现出蓝细菌．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王爽 邓向东 闫国栋 冯彩峰 代鹏飞 高彤彤 林居纯
【目的】对四川地区临床分离的４３７株健康动物源及８２株患病动物源大肠杆菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）的耐药性及其机制进行研究，为临床合理用药提供理论依据。【方法】用３种氨基糖苷类药物和１１种非氨基糖苷类药物对分离的大肠杆菌进行药物敏感性试验（Ｋ－Ｂ纸片法）。选取至少耐１种氨基糖苷类药的大肠杆菌作为供试菌，通过ＰｃＲ检测其１６ＳＲＲＮＡ甲基化酶基因ＡＲｍＡ、ＲｍｔＡ、ＲｍｔＢ、Ｒｍｔｃ、ＲｍｔＤ、ＲｍｔＥ和ＮＰｍＡ；对阳性菌株进行质粒接合试验；并用Ｋ－Ｂ纸片法分析临床菌和接合子对抗生素的敏感性。【结果】４３７株健康动物源和８２株患病动物源大肠杆菌对１４种抗菌药物表现出不同程度的耐药性。健康动物源大肠杆菌对氨．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘长远 赵奎华 傅俊范 苗则彦 梁春浩 陈彦 王辉
由CU-PV 07菌株引起的黄瓜细菌性白枯病已成为黄瓜生产上的主要病害。弄清该致病菌株分类地位及基因序列,对做好病害诊断和防治有重要意义。通过症状观察与对致病菌的生理生化分析、16S rDNA序列分析,结果表明:该病害症状为叶片病斑圆形或近圆形,中间白色膜质,四周具晕圈,病部未见菌脓;CU-PV 07菌株菌体杆状,菌体大小为(1.1～5.2)μm×(0.7～2.1)μm;革兰氏染色反应阴性,鞭毛极生1～2根;分析生理生化指标和16S rDNA序列同源性可知,该病菌CU-PV 07菌株与Pseudomonasviridiflava一致,在构建的系统演化树上应为同一个族群。可见,黄瓜细菌性白枯病菌...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
漆艳香 肖启明 朱水芳
为给农业和植物检疫部门提供一种特异性强、灵敏度高,可以快速、直接检测植物病原菌的方法,将玉米细菌性枯萎病菌16SrDNA基因克隆测序,根据该细菌与其他细菌菌株16SrDNA序列差异,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定点突变的特异性探针,除泛菌属3个种和欧氏菌属3个种外,还对假单胞菌属1个种,黄单胞菌属1个种,棒形杆菌属1个种,短小杆菌属1个种以及5种植原体进行了实时荧光PCR检测.结果表明:只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光,其他细菌和植原体都没有荧光产生.检测的灵敏度为104CFU/mL的菌悬浮液,相当于4个细菌细胞的基因,灵敏度高,也就是说,反应体系中只要有2个活细菌,实时荧光PCR就能检测到...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
蒋燕 鲍宝龙 谢彩霞 杨桂梅
利用16S rDNA文库随机测序法分析了草鱼肝胰脏和胆汁细菌菌落组成,结果表明,在肝胰脏中共鉴定出19种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属、不动杆菌属、弧菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为36.17%,假单胞菌属为31.91%。其中,气单胞菌属的GZ16和假单胞菌属的GZ9菌株丰度最高,均为12.77%。在胆汁中共鉴定出10种共生细菌,分别隶属于气单胞菌属、假单胞菌属、摩根菌属和变形杆菌属。气单胞菌属和假单胞菌属为优势属,气单胞菌属的丰度为35%,假单胞菌属为27.5%。其中,变形杆菌属的DN1菌株丰度最高,为25%。肝胰脏中只有10.5%的...
[期刊] 水产学报
[作者]
甘西 陈明 余晓丽 李莉萍 陈汉忠 徐增辉 雷爱莹 梁万文 黄维义
为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张鹏 王莉 陈雯莉
应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
兰欣 李杰 李贵阳 肖鹏 莫照兰
细菌性疾病是中国海水养殖鲆鲽类的主要病害,为全面了解病原菌种类,本研究对1999～2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鲆鲽鱼类中分离得到的124株优势菌株进行了16S rRNA基因测序和系统发育学分析。将基因序列与GenBank核酸序列数据库进行相似度比对分析,结果显示,有83株与弧菌属(Vibriosp.)细菌相似度最高,11株与气单胞菌属(Aeromonas sp.)细菌相似度最高,4株与爱德华氏菌属(Edwardsiella sp.)细菌相似度最高,26株为其他15种属的细菌。根据系统发育学分析结果,进一步将66株菌鉴定为16个种,优势种为溶藻弧菌(V. alginolyticus)、哈氏弧菌(V. harveyi)、鳗弧菌(V. anguillarum)、杀鲑气单胞菌(A. salmonicida)和迟缓爱德华氏菌(E. tarda)。选择其中的9株鳗弧菌和4株迟缓爱德华氏菌进行人工感染实验,结果显示,其中7株鳗弧菌和3株迟缓爱德华氏菌对大菱鲆(Scophthalmus maximus)有较强的致病性。研究结果可为阐明中国海水养殖鲆鲽类的流行病发生历史、病原种类、病原监测及疾病控制提供重要参考。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邹寰 喻子牛 孙明
蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)。GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定。对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1 417 bp。这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈琳 刘健华 张俊丰 陈杖榴 曾振灵 魏冬霞 黄东璋
【目的】分析猪阴沟肠杆菌GZL41B中4种质粒介导的16SrRNA甲基化酶耐药基因及其水平传播方式;【方法】采用PCR及序列分析方法检测鉴定猪阴沟肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因。以大肠杆菌E.coli Rif+488(耐利福平)为受体菌进行接合试验研究16SrRNA甲基化酶耐药基因的水平传播方式。用微量稀释法测定原菌株及其接合子对18种抗菌药物的敏感性。用PCR及序列测定法分析比较来自同一猪腹泻直肠拭子阴沟肠杆菌GZL41B和大肠杆菌GZL41H的侧翼序列并对172株动物源大肠杆菌中16SrRNA甲基化酶耐药基因流行情况进行调查。【结果】从阴沟杆菌中成功扩增出目的片段,该片段经限制性内...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙超 刘志鸿 杨爱国 周丽青 吴彪 严加坤 侯丫 董春光
对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李东霞 王莉 陈雯莉
为研究Anabaena sp. PCC 7120中的细胞形态决定蛋白MreB的亚细胞定位和功能,构建了由mreB自身启动子驱动的mreB-gfp融合载体,通过接合转移的方法将其转化到野生型Anabaena sp. PCC 7120中,获得绿色荧光蛋白标记的MreB的鱼腥蓝细菌菌株,同时用MreB的抑制剂A22处理菌株。结果显示,MreB的亚细胞定位随着细胞周期的进程而发生变化,A22处理可导致MreB无法正确聚合定位。
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