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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
唐兴 王洪亮 梁广男 刘雅莉 段志贵
通过对蓝尾蝾螈皮肤进行转录组测序,首次报道了蓝尾蝾螈皮肤的转录组及其活性多肽成分.采用Illumina Hiseq4000共测定了6.65 Gb数据;组装和去冗余后共获得75 462个unigene,其N50、GC含量、平均长度、总长度分别为1 617 bp、45.64%、818 bp、61 801 999 bp.通过基因注释,共获得34 850个非冗余注释unigene(占unigene总数的46.18%),注释结果为两栖类物种的unigene数目约占注释总数的16%.根据unigene的COG和GO注释结果,统计了各自的功能分类.其中,对鉴定到的多种活性多肽进行了初步的生物信息学分析,为诠释蓝尾蝾螈皮肤生理学功能提供依据.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭娜 肖向红 徐义刚 柴龙会 张晶钰
【目的】利用毕赤酵母菌真核表达系统重组表达东北林蛙皮肤抗菌肽dybowskin-1ST,分析评价dybowskin-1ST的抑菌活性。【方法】采用TRIzol法提取蛙皮总RNA,经RT-PCR扩增获得抗菌肽dybowskin-1ST基因,将目的基因克隆到毕赤酵母菌分泌型表达质粒pPIC9K中,得到重组质粒pPIC9K-1ST。经电转化将pPIC9K-1ST转入到毕赤酵母菌GS115中,获得高效表达dybowskin-1ST的重组菌株。以甲醇诱导重组菌株,上清液经SDS-PAGE检测表明有目的蛋白dybowskin-1ST分泌表达。目的蛋白经Ni-agarose色谱柱分离纯化后,对大肠埃希氏菌、...
关键词：
东北林蛙 抗菌肽 毕赤酵母 抑菌活性
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈春 魏岳 黄聪 黎观红 谢金防 武艳平
旨在通过对崇仁麻鸡背部皮肤毛囊组织的转录组学分析，筛选关键的差异表达基因和信号通路，探讨鸡皮肤毛囊性状的分子调控机制。采用TRIzol法提取皮肤毛囊组织总RNA,通过Illumina平台进行转录组高通量测序(RNA-Seq)。最后采用实时荧光定量的方法对转录组测序进行验证。研究结果如下：共筛选出了3 856个差异表达基因，在公鸡(BGB vs YGB)比较组合中筛选出了971个差异表达基因，其中274个表达上调，697个表达下调。在母鸡(BMB vs YMB)比较组合中筛选出了3 529个差异表达基因，其中1 477个上调，2 052个下调。在公鸡、母鸡共同的差异表达基因中筛选出了3个与皮肤毛囊性状有关的高表达基因KRT75、KRT6A和KRT14。在GO功能显著富集中，BGB vs YGB比较组合富集到了516个GO term, BMB vs YMB比较组合富集到了1 020个GO term,基因主要集中参与细胞黏附等活动。显著富集了多条KEGG通路，在BGB vs YGB比较组合中富集了8条显著的KEGG通路，在BMB vs YMB比较组合中富集了20条显著的KEGG通路，筛选出了3条关键通路Wnt信号传导途径、神经活性配体-受体调控通路和TGF-β调控通路。荧光定量结果显示，随机选取的5个差异基因在皮肤毛囊中的表达与RNA-Seq走向趋势一致。综上所述，筛选的KRT75、KRT6A、KRT14基因可能影响鸡皮肤毛囊性状；神经活性配体-受体调控通路、Wnt信号通路和TGF-β信号通路均是调控鸡皮肤毛囊性状的重要通路。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范瑞文 董常生 游蓉丽 朱芷葳 张伟业 曹靖 董彦君 杜红阳 刘一飞 栗艳
【目的】研究羊驼皮肤功能发生的规律和机理以及发现新的功能基因。【方法】用SMART技术构建白色青年羊驼皮肤cDNA文库,随机挑取13800个克隆进行规模测序。预处理后,获取高质量的表达序列。用CAP3对高质量序列进行拼接;BLAST对拼接序列进行同源比较,以注释功能;CLUSTER对已知序列进行聚类;根据标准基因词汇体系,并结合人组织基因表达谱分类标准,对具有注释信息的基因聚类进行分类,构建羊驼皮肤的基因表达谱。【结果】cDNA文库库容量达106PFU,从中获得高质量序列7286条(在GenBank中命名为ASCD)。拼接成5837条一致性序列,包括446条重叠群和5391条单一序列。1732...
关键词：
羊驼 cDNA文库 基因表达 皮肤
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王立新 郑尧 艾闽 刘宏社 杨辉 张莹莹
采用常规方法对大鲵(Andrias davidianus)皮肤水分、粗蛋白质、粗脂肪、灰分、氨基酸以及Ca、P、Zn等营养成分进行分析和评价。结果显示:新鲜大鲵皮肤水分含量为77.84%,粗蛋白含量25.45%,粗脂肪含量1.23%,灰分含量0.82%;矿质元素中Ca含量101.20μg/g、P含量730μg/g、Zn元素含量高达15.93μg/g;皮肤中共检测出17种氨基酸,氨基酸总量为21.86%,其中7种人体必需氨基酸总量为5.91%,4种鲜味氨基酸总量为9.85%,分别占氨基酸总量的27.03%,45.05%。大鲵皮肤限制性氨基酸为亮氨酸和缬氨酸,氨基酸评分及化学评分得出氨基酸总量较高...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘宏汉 姜雨婷 范美华 王日昕 廖智
皮肤黏液是鱼类免疫防御的第一道防线。大弹涂鱼皮肤黏液对其免疫防御、渗透压维持以及适应水陆生活等方面具有重要意义。为深入了解大弹涂鱼皮肤黏液的蛋白质分子组成,对其皮肤黏液开展了抑菌活性分析和蛋白质组学分析。通过电刺激法收集大弹涂鱼皮肤黏液,采用打孔法比较了皮肤黏液和血清的抑菌活性差异;进一步利用鳗弧菌对大弹涂鱼进行诱导,采用生长曲线抑制法分析和比较了诱导前后皮肤黏液的抑菌活性差异。利用Shotgun质谱技术,结合大弹涂鱼皮肤转录组数据库,对大弹涂鱼皮肤黏液开展了蛋白质组学分析;进一步利用String软件对所鉴定的蛋白质开展了蛋白质相互作用预测。大弹涂鱼皮肤黏液具有广谱抑菌活性,鳗弧菌诱导后的大弹涂鱼皮肤黏液与诱导前相比,对部分革兰氏阴性菌的抑菌活性明显上升,但对其他菌株的抑菌活性差异不明显。从大弹涂鱼皮肤黏液中共鉴定各类蛋白质分子97种,基本分子组成与其他硬骨鱼类皮肤黏液蛋白相似,但也有少数蛋白如泛素蛋白、胸腺素蛋白等未在其他鱼类皮肤黏液中报道。此外,其他鱼类中所鉴定到的部分蛋白如热休克蛋白、抗菌肽等在大弹涂鱼皮肤黏液中未能鉴定到。大弹涂鱼皮肤黏液中已鉴定的蛋白多数具有与免疫功能相关的结构域,且存在一个以肌动蛋白为核心的相互作用网络。大弹涂鱼皮肤黏液具有明显的广谱抑菌活性,其蛋白质组成与其他鱼类皮肤黏液具有一定的相似性。本研究为深入了解大弹涂鱼皮肤黏液的分子多样性及功能机制奠定了基础。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙豪 时云朵 倪学勤 刘倩 曾东
采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和荧光定量-聚合酶链式反应(Q-PCR)技术分析高体重(high weight,HW)和低体重(low weight,LW)斑点叉尾鮰鮰(Ietalurus punetaus)皮肤、鳃和胃肠道菌群多样性,为斑点叉尾鮰微生态研究及筛选斑点叉尾鮰源益生菌提供理论依据。结果显示,斑点叉尾鮰菌群丰富度由低到高依次为鳃、皮肤、前肠、后肠和胃。肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和气单胞菌属(Aeromonas)是皮肤的优势菌群;肠杆菌科(Enter
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵雪萍 张寒莹 王子玉 许丹 孙永成 王锋 丁玉华
为获得适合于克隆麋鹿的供体细胞,本试验对麋鹿耳皮肤成纤维细胞的分离、培养、纯化、生长特征、核型分析和冷冻保护剂等进行了研究。通过组织块培养法获得麋鹿皮肤成纤维细胞,用胰酶轻度消化后传代3~4次可得到较纯的皮肤成纤维细胞,并经过免疫荧光鉴定;麋鹿染色体数目为2n=68,核型式为2(M)+64(A),XY(A,M);含10%NCS的DMEM培养基最适宜细胞生长;复苏后可获得87.78%的贴壁率。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
阮佳佳 袁进强 杨仙玉
为研究日本蟾蜍Bufo japonicus formosus皮肤中多肽类有效成分,通过菌落聚合酶链式反应(PCR)对日本蟾蜍皮肤cDNA质粒文库进行筛选,克隆到2条claudin-4全长cDNA序列(GenBank登录号为JX481975和JX481976),并对它们进行生物信息学分析。日本蟾蜍claudin-4的2条cDNA全长分别为1 707 bp和1 697 bp,开放阅读框均为630 bp,其中虽有5个碱基不同,但编码的209个氨基酸完全相同。两者的5′端非翻译区域序列长度不同,前者为50 bp,后者为41 bp,3′端非翻译区域则分别为1 027 bp和1 026 bp。氨基酸序列同...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴震洋 唐晓惠 付玉华 王昇 章程 李京津 余梅 杜小勇
【目的】藏绵羊又称藏系绵羊,是中国三大粗毛羊品种之一,主要分布在西藏及其毗邻的高寒牧区,如青海、甘肃、四川、云南等地。藏绵羊由于其被毛纤维粗长,毛质细腻且保暖性好,是制造藏式地毯的上好原料。而毛色作为一种重要的经济性状,同时制约羊毛的经济价值。然而,目前对于绵羊毛色的分子调控机制尚不明确,以藏绵羊为研究对象,对其不同颜色皮肤组织(黑色和白色)进行转录组测序,旨在探讨miRNA在藏绵羊不同毛色皮肤组织转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路。【方法】选取2只具有黑白花毛色的健康藏绵羊,减去体侧被毛使皮肤
关键词：
藏绵羊 皮肤组织 高通量测序 miRNA
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘霞飞 杨合霖 王念民 吕伟华 徐伟 曹顶臣 张颖
为了探明碱胁迫对杂交鲟鲟龙1号皮肤生理功能的影响，采用转录组测序的方法和皮肤组织学切片研究观察了碱胁迫与正常养殖水质条件下杂交鲟皮肤组织的分子特征和组织结构。结果发现，对照组与胁迫组差异表达基因总数量(DEGs)为1 849个，其中1 302个基因在胁迫组的皮肤组织中上调，547个基因下调。对差异表达基因进行GO聚类，主要富集在胞浆钙离子浓度的调节、肌肉收缩、肌钙蛋白复合物、肌钙蛋白T结合、肌钙蛋白C结合等7个GO term上。KEGG富集分析发现，甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢，蛋白质的消化和吸收，淀粉和蔗糖代谢等为显著富集通路。代谢通路互作网络分析发现，碱胁迫下鲟龙1号皮肤核心代谢途径为黏着斑、蛋白质消化吸收和血小板活化、补体和凝血级联及缺氧诱导因子-1信号通路等途径为主效途径。组织切片结果显示，杂交鲟在碱胁迫下皮肤组织和肾脏组织受到严重损伤，肾小球和肾小管发生明显皱缩，远曲小管萎缩尤为明显，肾小球上皮细胞体积减小，管壁变薄甚至脱落；皮肤组织的黏液细胞数量随碱度的升高而增多，棒状细胞细胞核发生固缩现象，在碱胁迫下排列更加紧密。揭示了鲟龙1号皮肤组织碱胁迫响应相关基因的总体表达特征，同时可为鲟鱼盐碱驯养提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
田志涛 赵永国 LENKA Havlickova HE Zhesi REA L Harper IAN Bancroft 邹锡玲 张学昆 陆光远
【目的】探索甘蓝型油菜不同发育时期种子和角果皮硫苷含量的动态变化规律,通过转录组关联分析解析控制硫苷含量变异的遗传机制。【方法】在由113个油菜品种构成的自然群体中,利用高效液相色谱法检测不同发育时期油菜种子及角果皮中的硫苷含量。提取油菜幼嫩叶片m RNA并进行m RNA-Seq测序,开发了355 536个单核苷酸多态性标记(SNP)和116 098个基因表达量标记(GEM)。将开发的SNPs和GEMs分别导入到混合线性模型(MLM)和回归分析模型中进行关联分析,获得与油菜硫苷表型变异显著相关的遗传位点,
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿建军 孙乐天 穆晓丽 张杰 姜俊兵 张映 李宏全 董常生
【目的】研究内皮素受体A和B(endothelin receptor A and B,EDNR A and B)在绵羊皮肤中的表达与定位,以及在不同毛色中的差异比较,探讨其在绵羊毛色形成中的作用及其相关机制。【方法】以不同毛色的成年绵羊为研究对象(设黑色毛和白色毛两组),用RT-PCR法检测EDNR基因在不同毛色皮肤中的表达,并使用实时荧光定量PCR技术分析不同毛色绵羊皮肤EDNR基因的相对表达量,采用免疫组织化学法和Western blot法对EDNR在绵羊皮肤中的表达进行定位和定量分析。【结果】荧光定量PCR结果显示黑色绵羊中EDNRA的相对表达量是白色绵羊的1.2648倍,EDNRB的则...
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