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[期刊] 华北农学报
[作者]
石凤敏 云锦凤 赵彦 张瑞霞
以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...
关键词：
蒙古冰草 反转录转座子 克隆
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾甜甜 郭大龙 侯小改 刘改秀 王丽娜 张修铭 李双双
以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
关键词：
牡丹 反转录转座子 RT基因 克隆
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郭秀明 李福贵 蒋霞云 邹曙明
根据鱼类Tc1-like超家族转座子的末端反向重复序列设计单引物,对西藏亚东鲑基因组进行PCR扩增、回收、克隆和测序,鉴定出亚东鲑两条长度为1 607 bp和1 473 bp的Tc1-like超家族转座子序列,命名为Tbt1和Tbt2。序列分析表明,亚东鲑Tbt1转座子左右两端分别存在一个196 nt和225 nt的末端反向重复序列(Inverted terminal repeats,ITR),在左右ITR中分别包含2个12 nt的亚末端反向重复序列(Subterminal inverted repeats,SIR);亚东鲑Tbt2转座子分别存在一个32 nt和31 nt短的ITR,其左右IT...
关键词：
亚东鲑 Tc1-like转座子 序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏跃 颜志明 吴志明 江彪 张蜀宁
采用植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,经PCR扩增从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)中扩增出260 bp左右的目标条带,扩增产物经测序及序列分析,总共获得了24条逆转录酶序列。结果表明,24条逆转录酶序列长度变化范围为260~272 bp,同源性范围为49.8%~97%,经核苷酸聚类分析分为7个家族。Ty1-copia类逆转录酶在序列长度、碱基组成上具有高度异质性,翻译成氨基酸后,有18条序列是完整的,另外6条序列出现终止密码子突变或移框突变,终止密码子突变和移框突变是矮牵牛Ty1-copia类逆转座子高度异质性的重要表现。与已登陆的不同植物物种...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
叶莹 蔡生力 刘红
角蛋白18是角蛋白的一种,属于S型角蛋白,是在哺乳动物和两栖类动物胚胎发育中第一个表达的中间纤维蛋白。根据已发表的人、爪蟾及斑马鱼角蛋白18 DNA序列,通过DNAman同源性比较获得保守序列,并从中设计二对引物。从稀有鲫基因组中PCR扩增得到2 779 bp的角蛋白18的DNA序列片段;通过基因组步移,分别获得该基因的上游和下游序列片段;最后将获得的全基因片段克隆至质粒载体pMD19-T进行序列测定检验。结果显示所克隆的稀有鲫角蛋白18基因全长3 765 bp。对该基因进行NCBI的Blastn同源性比较分析,表明稀有鲫同斑马鱼比较角蛋白18 DNA序列存在73.6%同源相似性;同时对...
关键词：
稀有鲫 角蛋白18 克隆 基因组步移
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭玉双 陈静 刘筱嘉 余世洲 余婧 林世锋 邹颉 付强 张孝廉 赵杰宏 任学良
［目的］分析烟草中ＬＴＲ类反转录转座子对植物生长发育的影响。［方法］利用同源克隆及ＲＡＣＥ的方法，从烟草栽培品种‘贵烟１号’Ｃ ＤＮＡ中克隆得到了１个烟草反转录转座子的全长Ｃ ＤＮＡ序列，命名为ＮＴＲＴ１（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号：ｋＣ８９９０７７）。利用实时定量ＲＴ－ＰＣＲ研究了该基因在烟草不同组织中的表达水平；构建了基于双生病毒卫星诱导的ＮＴＲＴ１的基因沉默载体，以中国番茄黄化曲叶病毒（ＴｏｍＡＴｏ ｙＥＬＬｏｗ ＬＥＡｆ ＣｕＲＬ ＣｈｉＮＡ ｖｉＲｕｓ，ＴｙＬＣＣＮｖ）为辅助病毒在烟草中沉默了该基因，并调查了基因沉默后的表型。［结果］序列分析表明：该基因全长５ ０４６ ＢＰ，编码３个ｏＲ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郭玉函 白俊杰 劳海华 叶星 罗建仁
Myf5是生肌调节因子家族成员之一。为研究该基因在大口黑鲈(Micropterus salmoide)肌肉生长发育中的作用,运用RT-PCR和RACE技术获得大口黑鲈Myf5 cDNA序列1093bp,其中开放阅读框长723bp,编码240个氨基酸,经分析该蛋白无信号肽序列,属核蛋白,含有一典型的碱性螺旋-环-螺旋结构域。使用Genome walker技术获得启动子区序列2690bp,预测含有肌肉特异性转录调控相关元件:E-框、肌细胞特异增强子2(MEF2)、核转录因子1(SP1)、上游激活因子(USF)、血清应答因子(SRF)等结合位点。含有早期生长应答因子α(EGRα)、早期快反应生长应答...
关键词：
肌肉 Myf5基因 调节 大口黑鲈
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列（ＭＩＴＥ）是ＤＮＡ转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻Ｍ ＰＩＮｇ同源的ＭＩＴＥ——Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１为例，研究Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的结构特点和转座特性，并分析Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的转座对其附近基因表达的影响，进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用ＭＥｇＡ５．１，ＤＮＡｓＴＡｒ，ＷＥｂ Ｌｏｇｏ ３－ＣｒＥＡＴＥ等软件对Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的末端反向重复序列（ＴＩｒ）、靶位点重复序列（ＴｓＤ）、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析，并计算Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１在毛竹基因组中的插入时间．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列(MITE)是DNA转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻m Ping同源的MITE——Ph Tourist1为例,研究Ph Tourist1的结构特点和转座特性,并分析Ph Tourist1的转座对其附近基因表达的影响,进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用MEGA5.1,DNAStar,Web Logo 3-Create等软件对Ph Tourist1的末端反向重复序列(TIR)、靶位点重复序列(TSD)、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析,并计算Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 林业科学
[作者]
郭永泽 何新华 李杨瑞 罗聪
Clausena lansium, Citrus sinensis and Poncirus trifoliata belong to the different genus of Rutaceae. On the basis of LEAFY (LFY in brief) gene sequences of C. sinensis and P. trifoliata, a pair of 21 bp primers was designed and used to amplify about a 2 300 bp DNA fragment from C. lansium by PCR. Th...
关键词：
黄皮 LEAFY 克隆
[期刊] 林业科学研究
[作者]
崔丽莉 杨汉奇 杨宇明
以版纳龙竹基因组DNA为模板,采用前人基于水稻CO同源基因Hd1序列的保守区所设计的特异引物COS1和COA1,运用PCR方法扩增出一条1 520 bp的DNA片段,并克隆到pGEM-T载体。测序和序列分析结果显示:该片段含有1个590 bp的内含子,编码区930 bp共编码310个氨基酸;该基因被命名为DxCO1,其DNA序列在G enB ank中的注册号为GQ358925。在G enB ank中进行同源性检索的结果显示:其核苷酸序列与其它禾本科植物CO同源基因的氨基酸序列同源性高达81%~91%;推测的DxCO1蛋白质序列与其它种子植物CO同源基因蛋白质序列的系统发育分析结果显示:DxCO...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王正加 黄有军 夏国华 郑炳松 金松恒 黄坚钦
根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
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