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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王晨 张演义 房经贵 宋长年 刘洪 王西成
利用半定量RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)技术检测‘藤稔’葡萄microRNA156b(Vv-miR156b)和microRNA172c(Vv-miR172c)及其靶基因(Vv-SPL9和Vv-AP2)在摘心处理(5月14日、5月20日、5月28日)后不同发育时期冬芽中的表达情况,并利用RLM-5'-RACE验证了miRNAs作用其靶基因的方式。结果表明:仅5月28日摘心处理的冬芽能够进行花芽分化并形成花序,而其他处理及对照未能花芽分化。2种RT-PCR检测结果基本一致,5月28日摘心处理的2条miRNAs表达水平明显下降,且花序中有最低表达。相应的靶基因在冬芽二次成花...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李玉 张成 吴伟民 王剑 房经贵
[目的]探究不同拉枝处理对葡萄冬芽成花过程中花发育相关基因表达的影响。[方法]试验以‘夏黑’葡萄(Vitis vinifera×V.labrusca‘Summer Black’)为试材,利用半定量RT-PCR技术研究不同拉枝处理对‘夏黑’葡萄长、中、短枝上的冬芽成花过程中Vitis vinifera FLOWERING LOCUS T(VvFT)、Vitis vinifera SUPPRESSOR OF OVER EXPRESSION OF CO 1(VvSOC1)、Vitis vinifera LEAFY(VvLFY)、Vitis vinifera APETALA2(Vv AP2)和Viti...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王建楼 卢龙 鲁井云 秦旭冬 邢佳毅 胡建芳
为分析‘香妃’葡萄花发育中VvFT和VvTFL1A基因的功能,利用RT-PCR、原位杂交以及酵母双杂等方法研究其在葡萄不同器官、花发育中的功能和基因间的互作方式。结果显示:VvFT与VvTFL1A基因在不同器官中的表达不同,VvFT基因不但可以在花序中生成,而且参与了花发育的整个过程;VvTFL1A基因对花器官的发育影响不大。表明这2个基因在花发育中的作用可能相反。同时酵母双杂的试验表明VvFT和VvTFL1A蛋白都与VvFD蛋白产生互作,并且VvFT与VvFD蛋白之间的互作要强于VvTFL1A与VvFD蛋白,说明VvFT与VvTFL1A基因所起的功能可能都与VvFD有关。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张晓雯 宣旭娴 白云赫 王霏 吴伟民 王壮伟 董天宇 张川 房经贵 王晨
[目的]鉴定葡萄miR396家族成员(VvmiR396s)及其靶基因VvGRF1,探究VvmiR396s-VvGRF1在种子败育/发育中的作用模式。[方法]通过miR-RACE、RLM-RACE、PPM-RACE、烟草共转化活体验证等方法鉴定VvmiR396s及其靶基因,生物信息学分析其潜在功能与进化保守性,RT-qPCR 检测VvmiR396s在有核和无核品种中的时空表达差异及VvmiR396s-VvGRF相关性差异。[结果]与‘魏可’葡萄相比,‘京可晶’葡萄花后28 d种子发育被严重抑制,出现败育且种子萎缩,而前者种子正常发育。对VvmiR396a/b/c/d 的前体及其成熟体序列进行鉴定,VvmiR396a/b/c/d前体均可形成典型的茎环结构,成熟体序列均位于茎环的5′臂上。VvmiR396a/b/c/d 与烟草、番茄等物种的同源序列亲缘关系较近,而与小麦的亲缘关系较远。预测到VvmiR396s的8条潜在靶基因,利用RLM-RACE、PPM-RACE技术体外鉴定到VvGRF1/10是VvmiR396s的真实靶基因,且后者对前两者的裂解位点及频度分别为10~(th)(19/22、5/25)/11~(th )(2/22、2/25)和9~(th)(17/21、3/20)/11~(th)(2/21、1/20);进一步利用烟草共转化体系对它们的裂解作用进行了活体验证,并发现VvmiR396s对VvGRF1的裂解作用强于VvGRF10,故在此重点研究其对VvGRF1的作用。靶基因VvGRF1蛋白与胡杨、毛白杨、荷花、烟草等物种的亲缘关系较近,且不同物种的GRF1均含有QLQ、WRC两个结构域;VvMIR396s和VvGRF1的启动子上都有多种激素(生长素、赤霉素、脱落酸等)响应元件,说明其可能通过响应激素信号从而调控生长发育;定量结果发现,在‘京可晶’种子败育过程中,VvmiR396a/b/c/d的表达量逐渐升高,且在败育关键期(花后42 d)有最高表达,而VvGRF1呈现相反表达模式;而在有核品种‘魏可’种子发育中,VvmiR396s呈现下降的趋势,在花后42 d有最低表达,靶基因表现相反的表达模式,表明VvmiR396s可能介导VvGRF1正调控葡萄种子败育,而负调控种子的发育;进一步相关性分析发现,‘京可晶’种子败育中VvmiR396b与VvGRF1的负相关性最高,表明VvmiR396b对VvGRF1具有最强的负调控作用,且VvmiR396b-VvGRF1可能是葡萄种子败育的主要调控模块。[结论]在假单性结实葡萄‘京可晶’中,鉴定到VvmiR396a/b/c/d 4个成员;VvmiR396b-VvGRF1可能是参与调控葡萄种胚败育的调控途径。
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭磊 王晨 曹雪 杨光 慕茜 房经贵
首次在果树作物上使用cDNA-RAPD技术,以藤稔葡萄正常成花花芽和摘心处理后成花花芽为材料,分析了摘心处理后与葡萄夏芽成花相关基因的差异表达。通过10条RAPD引物分析,在基因组和cDNA上共获得153条(差异性条带81条)扩增片段,并进一步将这些片段分为3种类型。摘心处理后的葡萄夏芽在成花过程中部分基因出现了不同程度的差异表达,且差异表达的基因大多数呈现表达增强的趋势。对差异性片段进行选择回收和测序,共获得14条核苷酸片段,其中有13个片段能在GenBank数据库中发现相应的同源序列。说明该技术是一种较好的可用来研究基因差异表达的方法。
关键词:
葡萄 夏芽 差异表达 cDNA-RAPD
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘丹 孙欣 慕茜 吴伟民 章镇 房经贵
【目的】通过对‘藤稔’葡萄花发育相关基因及物候期的研究,揭示葡萄枝蔓上不同节位芽发育早晚与快慢的机理。【方法】以8年生‘藤稔’葡萄(Fujiminori)为试材,选取生长势基本均匀、粗度基本一致(枝条粗度约为1.15cm),节数约为35节的一年生枝条,采用实时荧光定量PCR技术对8个花发育相关基因(Vv FT、Vv SOC1、Vv AP1、Vv AP2、Vv AP3、Vv FUL、Vv AG和Vv FLC)在不同节位芽中的时空表达特性进行研究。并对其花芽分化的物候期进行观察统计。【结果】‘藤稔’葡萄花芽超节位分化的特点明显。高节位上的花芽分化由底部向上部逐渐进行,上部花芽分化的时间明显短于底部...
关键词:
葡萄 芽 不同节位 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘仕平 吴小燕 张丹宇 黄亚玺 王伟 赵萍 夏庆友
【目的】micro rNA是一类长约22个碱基的非编码rNA,通过与其靶基因的特异性结合来调控新陈代谢和生长发育等多种生命活动。鉴定家蚕(BomByx mori)BmhAiry,比较BmhAiry和Bmo-mi r-7的表达模式,验证BmhAiry是否为Bmo-mi r-7的靶基因,为研究家蚕的变态发育机制提供线索。【方法】用家蚕胚胎反转期的总rNA反转录合成的c DNA模板,克隆BmhAiry编码区(coDiNg DNA sequeNce,cDs)和3′端非翻译区(3′uNtrANslAteD regioN,3′utr)并进行序列分析。基于荧光定量Pcr和芯片数据比较Bmo-mi r-7和B...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
段朝瑞 陈佩 张国军 丁颖 汪文乐 高媛圆 王乐怡 赵飞 冷平
为了解β-葡萄糖苷酶基因是否与葡萄果实成熟有关,从基因库中分离出了3个β-葡萄糖苷酶基因,分别命名为VvBG1,VvBG2和VvBG3,并对其表达进行了分析。结果显示:所获得的3个基因在葡萄浆果成熟过程中均有表达。果皮中,随着果实的成熟,VvBG1变化较平稳;VvBG2在转色期时略有降低,之后不断升高,在完熟期时达到最大值;VvBG3在成熟过程中先升高后降低,在转色期时达到高峰。果肉中,VvBG1和VvBG2分别与果皮VvBG2和VvBG3变化趋势相似;VvBG3在转色前期和成熟期时表达较低,在完熟期达到最大值。种子中,VvBG1在转色前期出现最大值,之后迅速降低;随着果实的成熟,VvBG2不...
关键词:
葡萄 脱落酸水平 β-葡萄糖苷酶基因
[期刊] 华北农学报
[作者]
蔡斌 李成慧 彭日荷 熊爱生 高峰 姚泉洪 章镇
利用生物信息学方法,根据已知植物miRNA(microRNA)的各种特征,设计miRNA预测程序-MirFinder,从葡萄全基因组范围中预测出146条miRNA,然后利用葡萄中已知的miRNA对这146条miRNA进行同源检索,发现其中98条与已知的miRNA完全相同,另外48个为新发现的miRNA。这些新发现的miRNA基因属于21家族,其中8个家族之前未在葡萄中报道过,为葡萄中新发现的miRNA家族,共有20个miRNA。根据植物miRNA和其靶基因间存在较高的序列互补性,预测新miRNA家族的靶基因,结果表明其中6个miRNA家族存在靶基因。
关键词:
葡萄基因组 microRNA 生物信息学
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭睿 杜宇 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 王海朋 陈华枝 耿四海 周丁丁 石彩云 赵红霞 陈大福
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络,提供miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示DEmiRNA在幼虫肠道发育中的作用。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Am4、Am5和Am6)进行测序,将质控后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对,然后将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,并利用TPM(tags per million)算法归一化处理所得miRNA的表达量,再通过相关生物信息学软件对miRNA进行表达量聚类、前体二级结构预测及差异表达分析。利用TargetFinder软件预测DEmiRNA的靶基因,使用Blast软件对靶基因进行GO和KEGG数据库注释,进而通过Cytoscape软件构建mi RNA-m RNA的调控网络。采用茎环实时荧光定量PCR(Stem-loop RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序分别得到10 841 644、12 037 678和9 230 496条有效序列标签;Am4 vs Am5比较组包含16个上调和10个下调mi RNA,Am5 vs Am6比较组包含5个上调和7个下调mi RNA。其中,novel-m0031-3p为两个比较组所共有,并结合5个与蜕皮激素诱导蛋白相关的靶基因;二者的特有DEmi RNA数分别为25和11个。Am4 vs Am5的26个DEmi RNA结合5 742个靶基因,其中2 725个靶基因可注释到GO数据库中的46个GO term,并主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和单组织进程等;Am5 vs Am6的12个DEmi RNA结合3 733个靶基因,且其中2 725个靶基因富集在结合、细胞进程、单组织进程和代谢进程等41个GO term;此外,两个比较组中的DEmi RNA分别有1 046和676个靶基因可注释到116和92条KEGG代谢通路,且Am4 vs Am5比较组的DEmi RNA的靶基因富集在Wnt信号通路、Hippo信号通路、嘌呤代谢和内吞作用等通路上的数量均高于Am5 vs Am6比较组。进一步分析结果显示Am4 vs Am5中的上调和下调mi RNA可分别结合611和85个靶基因,其中ame-mi R-6052结合的靶基因数最多,可通过结合5个靶基因,参与对细胞色素P450的调控;mi R-281-x结合49个靶基因,并间接调控组氨酸代谢、TGF-β信号通路以及Hippo信号通路;Am5 vs Am6中的上调和下调mi RNA可分别结合43和431个靶基因,其中mi R-iab-4-x结合靶基因数量最多,并广泛参与调控背腹轴的形成、Hippo信号通路、Wnt信号通路、Fox O信号通路、Notch信号通路以及m TOR信号通路等与生长发育相关的通路。调控网络分析结果表明,DEmi RNA与靶基因间形成较为复杂的调控网络,DEmi RNA居于调控网络的中心位置,而m RNA位于调控网络的外周。最后,通过茎环实时荧光定量PCR对随机选取的3个DEmiRNA进行验证,结果证实了测序数据的可靠性。【结论】在全基因组水平对意蜂幼虫肠道的DEmi RNA及其靶基因进行预测和分析,并对DEmi RNA的调控网络进行构建及分析,发现意蜂幼虫通过调节包括ame-mi R-6052、miR-iab-4-x、mi R-281-x和novel-m0031-3p在内的多个mi RNA的表达水平对肠道生长和发育进行调控,研究结果不仅提供了意蜂肠道发育过程的mi RNA表达谱及差异表达信息,也为阐明意蜂幼虫肠道的发育机理打下基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨光 曹雪 房经贵 黄振喜 陶建敏 王晨
【目的】分离和克隆葡萄品种‘香悦’Vitis vinifera AGAMOUS(VvAG)、Vitis vinifera APETALA 3(VvAP3)、Vitis vinifera FLOWERING LOCUS C(VvFLC)、Vitis vinifera FRUITFUL(VvFUL)、Vitis vinifera FLOWERING LOCUS T(VvFT)、Vitis vinifera APETALA2(VvAP2)和Vitis vinifera SUPPRESSOR OF OVER EXPRESSION OF CO 1(VvSOC1)7个重要花发育相关基因的ORF序列,并对其...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙果忠 张秀英 闫长生 肖世和
为了探讨种子的萌发特性与胚对ABA的敏感性和α-淀粉酶表达之间的关系,比较了葡萄糖和ABA对不同生理状态的小麦离体胚萌发过程中α-淀粉酶表达的调控作用。结果表明,葡萄糖对未成熟胚、休眠成熟胚和不休眠成熟胚的萌发均有促进作用;葡萄糖能够抵消ABA对胚萌发的抑制作用,对于不休眠成熟胚,葡萄糖可以减轻ABA对胚根发生的抑制作用,但对随后的形态发生无影响。葡萄糖可以抑制小麦胚萌发过程中α-淀粉酶的表达;ABA可以抑制未成熟胚与休眠成熟胚中-αAmy-1的表达,但在不休眠成熟胚中则诱导-αAmy-1表达。因此,小麦离体胚的萌发特性、胚对ABA敏感性和α-淀粉酶的表达均与生理状态有密切关系。
关键词:
小麦 脱落酸 α-淀粉酶 葡萄糖
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈寿松 邓慧莉 何水平 周子维 邓婷婷 孙云 赖钟雄
研究水仙和肉桂2种武夷岩茶加工过程中糖苷类香气前体物质的变化以及β-樱草糖苷酶和β-葡萄糖苷酶基因表达的差异性.结果表明:肉桂香气前体物质总量是水仙的0.801.93倍,香气前体物质总量变化具有差异性;水仙β-樱草糖苷酶基因平均相对表达量(1.10)低于β-葡萄糖苷酶基因(1.90),晒青过程中β-樱草糖苷酶和β-葡萄糖苷酶基因的相对表达量显著高于鲜叶,做青过程中的变化未达到显著水平;肉桂β-樱草糖苷酶基因的平均相对表达量(0.54)低于β-葡萄糖苷酶基因(0.76),晒青过程中β-樱草糖苷酶和β-葡萄糖
[期刊] 华北农学报
[作者]
张岁芳 朱丹 马倩 侯丽霞 尹鹏飞 刘新
为了解VVMSA基因的功能,以抗性葡萄品种VidAl BlAnc组培苗为试材,克隆得到VVMSA基因,对其序列进行了生物信息学分析,并利用实时定量PcR分析了其组织表达特性和多种非生物胁迫和信号应答表达特性。结果表明,VVMSA基因片段大小为450 BP,编码149个氨基酸序列。生物信息学分析结果显示,VVMSA蛋白分子量约为16.703 k dA,等电点为5.68,不稳定系数为41.71,推测为不稳定蛋白。VVMSA含有65个氨基酸组成的ABA/WdS保守结构域。在进化上属于单独一个分支,它和已报道过的番茄le ASR1分别属于同一个祖先进化出的2个分支。实时荧光定量PcR分析显示,VVMS...
关键词:
葡萄 VvMSA 基因克隆 表达分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
付永平 李博 王丕武 高玮 夏海丰 张卓
【目的】克隆绿色木霉β-葡萄糖苷酶bglⅠ基因,并在粟酒裂殖酵母细胞中进行表达分析。【方法】利用PCR技术,从绿色木霉中克隆纤维素酶β-葡萄糖苷酶bglⅠ基因的DNA序列,再通过XhoⅠ和NotⅠ2个酶切位点与粟酒裂殖酵母表达载体pREP5N连接,构建酵母真核表达载体,利用电转化方法转化粟酒裂殖酵母SP-Q01细胞,并在SP-Q01中进行表达分析,最后采用DNS法测定表达产物的酶学活性。【结果】PCR扩增得到2 380bp的bglⅠ基因序列,包括完整的CDS序列和信号肽序列,编码序列与已报道的里氏木霉纤维素酶基因序列相似性为100%;对酵母转化子进行诱导培养后,SDS-PAGE电泳检测得到大小...
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