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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陶巧静 曹斌 钱萍仙 饶慧云 刘蓉 吴月燕
利用正交试验设计Ｌ１６（４５）筛选适合葡萄ＳＳＲ标记的ＰＣＲ反应体系，对５２份葡萄种质进行ＳＳＲ标记，采用ＵＰＧＭＡ聚类法分析葡萄诱变群体和亲本的遗传关系．优化的葡萄ＳＳＲ－ＰＣＲ反应体系为：ＭＧ２＋１．５ ＭＭｏＬ·Ｌ～（－１），ｄ ＮＴＰ ０．２ ＭＭｏＬ·Ｌ～（－１），ＴＡｑ酶１．０Ｕ，引物０．４μＭｏＬ·Ｌ～（－１），模板ｄＮＡ ５０ ＮＧ，总体积２０μＬ．４８对引物共扩增出２７０条带，其中多态性条带２４９条，多态性百分率为９２．２％，有３１对引物的多态性百分率达到了１００％．每对引物可扩增３～１０个等位基因，平均为５．６个．５２个葡萄样品的遗传相似系数为０．６８１～０．８８９，各诱变．．．
关键词：
葡萄 SSR 体系优化 诱变 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈姝 钱正强 宫霞 赵榕 杨明挚
本研究分别应用SSR和RAPD 2种分子标记技术对来自云南昆明西山5个近距离群体的41份野生蘡薁葡萄(Vitis bryoni-aegoliaBge)样品进行遗传结构分析,以比较2种方法评价同种野葡萄各群体间遗传多样性的差异。结果发现,2种分子标记得到的基因分化系数(Gst)均小于0.5,基因流较大(Nm>1),表明在较小的地理范围内,同一物种不同群体间存在的遗传分化小,遗传变异发生在群体内的概率远大于在群体间。但RAPD分子标记能更灵敏的体现各个近距离群体间的差异,得到的遗传距离与实际群体间的物理距离呈正相关(r=0.981,P=0.019<0.05)。对远距离的同种野生葡萄以及栽培葡萄进行...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙君灵 杜雄明 孙其信 周忠丽 潘兆娥 庞保印
【目的】了解γ射线诱变对棉花后代SSR标记遗传多样性的影响。【方法】利用39个多态性SSR标记分析了3个棉花品种辐射诱变后代M5材料(共74份)的遗传多样性。【结果】3个品种诱变后代的成对相似系数变幅分别为0.6129～0.9848、0.6212～1.000、0.4857～0.9905,其中Arcot-1和Su9108两个品种诱变后代的成对相似系数大于或等于8.000的比例达到60.0%以上,J11诱变后代的成对相似系数主要集中在低相似性区域,其对成相似系数小于7.000的比例达62.5%。3个品种诱变后代材料与其未辐射处理对照的遗传相似系数变幅分别为0.6515～0.9697、0.6970～...
关键词：
棉花 SSR标记 辐射 遗传多样性
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
黄宇飞 赵奎华 刘长远 梁春浩 王辉 刘丽 王雪洁
为了明确辽宁省不同地区葡萄白腐病菌遗传分化情况,对采自辽宁省沈阳、朝阳、锦州、营口、大连、辽阳等主要葡萄产区的病样进行分离鉴定,对病原菌形态学进行观察及r DNA-ITS序列分析,测得的序列与GenBank中已知序列进行比对,并利用MEGA5.05进行聚类分析。结果表明:分离得到的42株白腐病菌菌落形态基本一致,菌丝平伏,有隔膜,分生孢子器呈球形或扁球形,暗褐色,球内含有大量分生孢子,有孔口;分生孢子单孢,卵圆形,最初无色,后变为暗褐色。病菌rDNA-ITS序列与已知序列的相似度达99%以上,42个菌株的ITS序列同源性极高,不同地区葡萄白腐病菌区域性特征不明显。
关键词：
葡萄白腐病菌 ITS序列 同源性分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈春林 田易萍 邓少春 徐丕忠 仝佳音 尚卫琼
【目的】探明茶树品种"紫娟"及诱变后代的遗传多样性。【方法】对选定的"紫娟"及"紫娟"诱变后代材料开展植物学性状调查、生化成分分析及EST-SSR标记研究。【结果】通过植物性状调查,有15份材料芽叶色泽与"紫娟"相近,成熟叶片的叶形只有2份材料与"紫娟"相同,为披针形,其余的为椭圆形或长椭圆形;叶色与"紫娟"相同的有9份材料,都为紫绿色,有7份材料叶色为黄绿色;春、夏两季生化成分的变异系数最高的为花青素,春季达到72.16%,夏季达到77.86%,花青素含量变化夏季大于春季;通过微卫星标记,共检测出165个等位基因,平均等位基因数为7.5个,有效等位基因数为2.562,Shannon信息指数为0.997,多态性信息含量为0.492,观测杂合度为0.629,期望杂合度为0.565。【结论】无论从性状、生理生化还是微卫星标记分析,"紫娟"的诱变后代都具有较为丰富的遗传多样性。
关键词：
“紫娟” 诱变 后代 遗传多样性
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
巫旗生 宁岳 曾志南 王晓清 祁剑飞 马晓 林凤飞
应用AFLP方法对福建沿海葡萄牙牡蛎自然苗群体(福清、莆田、石狮、厦门)和人工苗群体(宁德、连江、石狮、诏安)进行了遗传多样性分析。采用4对选择性引物组合对8个养殖群体239个个体进行扩增,共得到331个位点,多态位点233个。8个养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为57.10%～69.54%,0.196 7～0.249 2,0.290 2～0.362 6。其中4个自然苗群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数均高于4个人工苗群体。遗传分化系数Gst及AMOVA分析表明,8个养殖群体的遗传变异主要来源于群体内个体...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高帆 张宗文 吴斌
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U.L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150μmol.L-1、0.1μmol.L-1、2.0 mmol.L-1,总体积为25μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6...
关键词：
苦荞 SSR 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄燕 朱振东 段灿星 武小菲 东方阳
【目的】灰葡萄孢是引起蚕豆赤斑病、花腐病和荚腐病的重要病原菌,其为包含两个称作类群I和类群II的复合种,具有高度的遗传变异。然而,危害蚕豆的灰葡萄孢复合种地位及遗传特征尚未被研究。论文旨在对中国6个不同地理来源蚕豆灰葡萄孢复合种的地位进行鉴定,研究其遗传多样性及群体间的遗传分化,为探明病害流行规律及制定防治策略提供依据。【方法】在PDA培养基上观察分离物形态特征。用Flipper和Boty特异性引物检测分离物的转座子基因型。葡萄孢复合种所属类群通过Bc-hch基因的PCR扩增酶切多态性鉴定,SSR标记分析解析其遗传多样性和遗传分化。【结果】100个灰葡萄孢分离物均为灰葡萄孢类群II,共产生菌核...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张蕊 于琳 李国庆 张静
采用RAPD分子标记对我国15个地区2种寄主植物(铁苋菜和蓖麻)上分离得到的葡萄孢属类似真菌Amphobotrys ricini的81个菌株以及来自美国的1个A.ricini菌株进行了遗传多样性分析。结果显示:筛选出的8条RAPD引物共扩增出63条DNA带,其中有49条DNA条带为多态性条带,多态性条带比率(PPB)为77.8%。多态性信息含量(PIC)值变化范围在0.47~0.84,平均值为0.72,观测等位基因数(Na)的均值为2.000 0、有效等位基因数(Ne)的均值为1.357 7、Nei’s基因多样性指数(H)的均值为0.227 5,Shannon信息指数(I)的均值为0.363 1。UPGMA聚类分析表明,遗传相似系数变化范围在0.55~1.00,以遗传相似系数0.70为阈值时,可分为5个类群(A、B、C、D、E),在遗传相似系数0.74处,B类群又可以分为B1和B2两个亚群。分析结果表明,A.ricini群体内遗传变异与菌株地理来源、寄主植物有一定相关。
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
贾姝 赵奎华 刘长远 梁春浩 关天舒 王辉 张里 谢小平
为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类...
[期刊] 林业科学
[作者]
赵亚琦 成铁龙 施季森 王新民 徐阳 刘伟东 陈金慧
采用L16(45)正交设计,对鹅掌楸属SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度)在4个水平上进行优化试验,同时对SRAP反应影响较大的Mg2+、Taq酶、模板DNA浓度进行单因素分析。建立鹅掌楸属植物SRAP-PCR最适反应体系(20μL),反应条件为:Mg2+3.0 mmol·L-1,dNTPs0.3 mmol·L-1,引物浓度0.9μmol·L-1,Taq酶2.0μmol·min-1,模板DNA 90 ng,10×PCR buffer 2μL,不足部分以ddH2O补足。利用优化的SRAP体系对鹅掌楸属10个不同地理种源进行遗传多样性分析。筛选出1...
关键词：
鹅掌楸属 SRAP 体系优化 遗传多样性
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
令狐斌 侯思宇 孙朝霞 黄可盛 路阳 韩渊怀 许冬梅
通过正交试验设计,比较苦荞序列相关多态性-聚合酶链式反应(Sequence related amplified polymorphism-polymerase chain reaction,SRAP-PCR)扩增反应体系的组合,选出最佳扩增体系用于苦荞SRAP分子标记进行遗传多样性分析。其中最佳SRAP-PCR反应扩增体系为Taq DNA聚合酶2 U、Mg2+1.5 mmol/L、DNA模板75ng、引物0.5μmol/L。从238对SRAP引物组合中筛选出20对多态性较高的引物组合,并对15个苦荞品种进行遗传多样性分析。结果表明:20对引物组合共扩增出128个位点,其多态性信息量(Polym...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
彭木 王秋玉 闫绍鹏
桦剥管菌Piptoporus betulinus作为一种褐腐真菌,是白桦木材的专性腐朽菌,在工业污染物降解和医药领域中起着重要作用。以桦剥管菌为材料,在SRAP-PCR体系优化的基础上,对来自东北主要林区(带岭、塔河、帽儿山以及敦化)不同种群的桦剥管菌进行遗传多样性分析,为桦剥管菌多态性鉴定以及进一步利用提供理论依据。结果表明:用单因素法及均匀设计法优化后的SRAP-PCR体系为10×Buffer 2.0μL、Primer各8μmol/L、dNTP 16 mmol/L、Taq polymerase 2.5
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
吴月燕 陶巧静 李波 许丹叶
以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16(44)正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性(SRAP)反应的镁离子(Mg2+)浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系(20.0μL)为:Mg2+浓度1.750 mmol·L-1,dNTPs浓度0.175 mmol·L-1,Taq酶1.500×16.67 nkat,引物0....
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
熊钢 王晓清 王佩 陈贞年 周先文 康骊 曾志南
本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonialutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12～20bp的SSR占63.95%,长度为21～25bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2～7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190～0.937,观察杂合度(No)为0.065～0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061～0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)(P
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