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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
梁英海 陈飞 王刚 王敏 冯冠乔 程宗明
以葡萄全基因组29 971蛋白序列为查询序列,与包括葡萄在内的31个已测序植物蛋白序列、TIGR和NCBI数据库中的EST和非冗余蛋白质序列进行非同源性比对分析,保留E值大于0.01的序列,去除重复序列、转座子和注释不准确的基因序列,保留的非同源基因识别为葡萄谱系特有基因;并对谱系特有基因的结构和具有芯片表达信息的谱系特有基因的表达特性进行了分析。结果表明:共识别了2 009个葡萄谱系特有基因,与葡萄保守基因相比较,葡萄谱系特有基因平均外显子数量较少,为2个;平均外显子长度较短,为232 bp;平均内含子长度较长,为1 723 bp,与拟南芥、水稻等谱系特有基因结构特点相似,谱系特有基因可能具...
关键词：
葡萄 谱系特有基因 生物信息学 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁月 张亚光 高世敏 陶建敏
【目的】ＯＶＡＴＥ是一类调控植物生长发育的转录抑制因子，对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族（ＶＶ ＯＦＰｓ）进行生物信息学和组织特异性表达分析，为该类基因的功能研究奠定基础。【方法】根据ＯＶＡＴＥ保守域蛋白序列（ＰＦ０４８４４）对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族进行鉴定，利用生物信息学方法对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族染色体定位、基因结构、保守结构域、亚细胞定位等方面进行预测和分析，并分析葡萄和拟南芥ＯＶＡＴＥ基因家族的进化关系。采用实时荧光定量ＰＣＲ技术检测ＶＶ ＯＦＰｓ组织表达特性。【结果】葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族包含１７个成员，不均匀地分布在１１条染色体上，均没有内含子结构，编码１１５—４４４个氨基酸，等电点４．５．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李傲 崔梦杰 刘众杰 陈立德 贾海峰 上官凌飞 房经贵
[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王梓然 匡柳青 陈尚武 马会勤
为探索ＳＷＥＥＴ基因家族在葡萄果实发育中的表达与功能，以本实验室完成的酿酒葡萄品种赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果实的转录组数据为基础，筛选出在Ⅰ期和Ⅲ期表达量存在显著差异的９个ＳＷＥＥＴ基因家族成员，利用生物信息学工具，对这９个基因的基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序和序列同源性等进行预测分析，并利用实时荧光定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）技术对分析结果进行验证。基因组定位结果发现这９个ＳＷＥＥＴ基因分布在７条染色体上，蛋白序列可分成４个亚族。不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异；二级结构预测结果显示，这９个ＳＷＥＥＴ基因的氨基酸序列以α－螺旋和无规则卷曲为主要组成部分．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张玉成 牛姣 徐晓召 王华 王西平
【目的】研究葡萄醛脱氢酶ALDH2基因家族中ALDH2B4、ALDH2B8和ALDH2B9 3个成员的进化关系,对其在病原菌侵染、非生物胁迫及激素处理下的表达进行分析,为揭示ALDH2基因在植物逆境胁迫下的作用机理提供理论依据。【方法】运用生物信息学方法,鉴定葡萄ALDH蛋白序列;通过葡萄和拟南芥ALDH2基因的系统发育树、基因结构及同线性分析探讨其进化关系;利用葡萄Affymetrix芯片数据,分析葡萄ALDH2(ALDH2B4、ALDH2B8和ALDH2B9)基因在病原菌侵染、非生物胁迫和激素处理下的表达谱;采用在线软件PlantCARE分析3个葡萄ALDH2基因的启动子元件组成差异。【结...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁倩 李璐 周雅莉 安茜 王计平
为研究二酯酰甘油酰基转移酶2(PfDGAT2)在紫苏种子油脂合成过程中的调控作用,对紫苏DGAT2基因及其编码的蛋白质进行了详细的生物信息学分析,并研究了该基因在不同紫苏品种中的表达特性。结果表明,PfDGAT2基因c DNA全长1 249 bp,共编码329个氨基酸;DGAT2蛋白的等电点为9.46,属于碱性蛋白质;二级结构预测表明,紫苏DGAT2蛋白的主要结构元件是无规则卷曲(34.65%)和α-螺旋(30.09%);系统进化树分析表明,紫苏与芝麻和烟草的亲缘关系较近,与油橄榄的亲缘关系较远。通过研究
[期刊] 华北农学报
[作者]
张岁芳 朱丹 马倩 侯丽霞 尹鹏飞 刘新
为了解ＶＶＭＳＡ基因的功能，以抗性葡萄品种ＶｉｄＡｌ ＢｌＡｎｃ组培苗为试材，克隆得到ＶＶＭＳＡ基因，对其序列进行了生物信息学分析，并利用实时定量ＰｃＲ分析了其组织表达特性和多种非生物胁迫和信号应答表达特性。结果表明，ＶＶＭＳＡ基因片段大小为４５０ ＢＰ，编码１４９个氨基酸序列。生物信息学分析结果显示，ＶＶＭＳＡ蛋白分子量约为１６．７０３ ｋ ｄＡ，等电点为５．６８，不稳定系数为４１．７１，推测为不稳定蛋白。ＶＶＭＳＡ含有６５个氨基酸组成的ＡＢＡ／ＷｄＳ保守结构域。在进化上属于单独一个分支，它和已报道过的番茄ｌｅ ＡＳＲ１分别属于同一个祖先进化出的２个分支。实时荧光定量ＰｃＲ分析显示，ＶＶＭＳ．．．
关键词：
葡萄 VvMSA 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁高鹏 韩晓蕾 卞书迅 张利义 田义 张彩霞 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号。苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性。【结果】共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01。亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布。启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件。蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域。根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组。染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀。花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异。【结论】苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周喆 张彩霞 张利义 王强 李武兴 田义 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LysM,通过基因聚类分析、染色体定位、结构分析以及组织表达分析,为苹果LysM的功能研究和利用奠定基础。【方法】利用已公布的苹果基因组数据库GDR和FEM-IASMA,鉴定苹果LysM基因家族成员,并对其进行编号。MdLysM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,亚细胞定位的预测利用WoLF PSORT进行。采用MEGA5软件构建了进化树。应用Plaza程序绘制基因结构,染色体定位信息取自GMDO,鉴定出的39个基因的染色体定位作图使用MapInspector完成;另外,通过实时荧光定量RT-PCR对各基因的组织表达...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谷彦冰 冀志蕊 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 董庆龙 周宗山
【目的】鉴定苹果(Malus domestica Borkh.)基因组上132个WRKY基因,为研究苹果WRKY转录因子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础,也为进一步分析苹果WRKY基因提供信息。【方法】利用HMMER 3.0软件,通过WRKY保守域全蛋白序列PF03106用于鉴定苹果WRKY基因。采用Web Logo3、DNAMAN 5.0、Map Inspect、MEME和MEGA5.1等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测苹果WRKY基因的组织表达情况。【结果】鉴定得到132个苹果WRKY基因。分组鉴定和进化树分析结果显示,苹果WRK...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王春晓 郝倩琳 于秋鸿 裴玉贺 宋希云 李军
【目的】分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理的表达差异，找出ZmGly1在高温和干旱胁迫应答中的可能作用，为将来培育耐热和抗旱的玉米新品种提供基因资源。【方法】利用DNAMAN8.0、ProtParam tool、MEGA 7.0等生物信息学软件对ZmGly1基因编码蛋白的结构、理化性质和亲缘关系进行分析；利用qRT-PCR分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理的表达情况。【结果】ZmGly1的cDNA序列长度为669 bp编码蛋白有222个氨基酸，理论分子量为24.98 KD，等电点为6.6。带负电荷的氨基酸(Asp + Glu)残基总数为30，带正电荷的氨基酸(Arg + Lys)残基总数为29，疏水系数是-0.448，为亲水性蛋白。该蛋白不含跨膜结构域，为细胞质蛋白。在蛋白的A链和B链上各包含1个Zn~(2+)金属结合位点，分别位于Gln~(68)和Glu~(134)或His~(162)和Glu~(208)。系统进化树分析表明，ZmGly1蛋白与高粱SbGly1蛋白序列同源性最高，为92.51%，说明它们之间亲缘关系最近。qRT-PCR分析表明，玉米ZmGly1基因在叶片中的表达量最高，而在根和茎中表达量相对较低。与对照相比，干旱处理下ZmGly1在叶片中的表达随时间的延长表现出先升高后降低的趋势，而在高温处理下ZmTrxm1随时间的延长表现出先降低后升高再降低的趋势。【结论】ZmGly1编码蛋白是一种依赖Zn~(2+)的金属酶，与南荻SbGly1亲缘关系最近，参与了植物对干旱和高温的胁迫应答，为下阶段解析其生物学功能奠定了基础。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
包斌武 任倩倩 王晋鹏 李彦霞 冯芬 罗仍卓么 王兴平
【目的】旨在进行牛钙调蛋白依赖性蛋白激酶4（Calmodulin-dependent protein kinase 4，CAMK4）基因编码区（Coding sequence，CDS）的克隆、CAMK4蛋白的功能预测分析及CAMK4基因在西门塔尔牛各组织中的组织表达谱分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区，利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析，并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织中的表达量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp，编码一条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基的19个磷酸化位点，主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族（PKc＿like superfamily）结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶（PHA03201）结构域，同时，蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织中的表达量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织。结合生物信息学分析结果，提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应，并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
龙翔宇 蒲至恩 郑科 刘泽厚
从小麦抗性相关EST数据库中筛选并获得一条753 bp的核苷酸序列,该序列包含了一个642 bp的开放阅读框,编码一个由213个氨基酸残基组成的蛋白,氨基酸同源性分析发现,该蛋白含有保守的钙结合结构域EF-hand,在其N端含有豆蔻酰化位点MGXXXS/T,与OsCBL7高度同源,属于小麦CBL家族,命名为TaCBL7。实时荧光定量PCR分析表明,TaCBL7基因在苗期的根、茎及叶子,成熟期的根、茎、叶子及种子中均表达,但表达存在差异;该基因表达受盐、干旱、低温、ABA及条锈病诱导调控,表达分析结果表明,TaCBL7基因在小麦发育时间和组织空间上存在表达特异性(即时空表达特异性),同时参与了小...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李璐 梁倩 安茜 周雅莉 王计平
为研究脂肪酸硫酯酶A(FatA)在紫苏脂肪酸合成机制中发挥的作用,对紫苏FatA基因及其编码的蛋白质进行生物信息学分析。结果表明,PfFatA基因cDNA全长1 652 bp,开放阅读框1 119 bp,编码372个氨基酸;紫苏FatA基因编码的蛋白质为亲水性不稳定蛋白,无跨膜区域;含Acyl-ACP_TE保守结构域,属于Hotdog fold超蛋白家族;多序列比对结果发现,序列C端含有保守的三联肽AKL和SKV结构;系统进化树分析表明,紫苏与丹参亲缘关系较近。通过Real-time PCR分析得知,Pf
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙丽静 赵慧 吕亮杰 张颖君 胡梦芸 刘茜 李辉
细胞分裂素在植物发育和应对盐渍、干旱等非生物胁迫的过程中均扮演着重要的角色。为了研究小麦细胞分裂素受体基因的功能,利用已知的拟南芥细胞分裂素受体基因AHK4(At2g01830)为参考序列,使用同源克隆的方法从小麦基因组中得到同源性最高的基因TRIAE_CS42_4DS_TGACv1_362760_AA1181940(Ensembl Plants),命名为TaHK1。生物信息学分析表明,TaHK1位于小麦4D染色体上,编码的蛋白由996个氨基酸组成,分子质量为109. 70 ku,等电点为5. 71; TaHK1蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角4种构象组成;亚细胞定位预测该蛋白定位于细胞膜的可能性较大,跨膜结构域预测其具有2个跨膜域;蛋白保守结构域分析发现,TaHK1具有典型的细胞分裂素受体的完整结构域,并且含有87个磷酸化位点。表达谱分析显示,TaHK1在根、茎、叶、雄蕊和小穗等各个组织有广泛表达;此外,TaHK1表达量受低磷胁迫和多种病原菌侵染诱导,而受干旱胁迫抑制,推测其在小麦生长发育、抵御干旱胁迫和病原菌侵染过程中可能发挥重要作用。
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