采用ＩｌｌｕｍＩｎａ高通量测序平台对黑壳与金壳葡萄牙牡蛎（Ｃｒａｓｓｏｓｔｒｅａ ａｎｇｕｌａｔａ）外套膜组织开展转录组测序研究，其中黑壳组总计产出５ ８５７ ７１８ ０９２ ｎｔ数据，筛选后的干净阅读子５８ ００４ ５６０个；金壳组产出６ ７２７ ４４７ ３２６ ｎｔ数据，干净阅读子６６ ６１４ ８５４个。将发掘的新基因与Ｃｏｇ、ｇｏ、Ｋｅｇｇ、ｓｗＩｓｓ－Ｐｒｏｔ、ｎｒ数据库进行序列比对，最终得到各数据库注释的新基因数量分别为１４７、３９７、２０３、５６７、１ ３４７个。通过对差异表达基因的序列进行生物学功能注释和聚类分析以及利用已知贝壳基质蛋白序列进行搜索，鉴定出１４条可能与壳色表达有关．．．

为了寻找仿刺参(Apostichopus japonicus)养殖期间的"化皮病"关键调控基因,并分析这些基因所参与的信号通路,对本课题组前期已获得的仿刺参"化皮"I期(早期)、II期(中期)和III期(后期)3个阶段的病变及其同一个体正常体壁组织之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行进一步分析。主成分分析(principal component analysis,PCA)结果显示,"化皮"II期病变组织与正常组织之间的差异最小,"化皮"I期与III期表达关系比较接近,"化皮"II期是一个"转折期"。KEGG富集分析结果显示,补体与凝血级联(Complement and coagulation cascades)通路和细胞外基质受体(ECM-receptor interaction)通路在"化皮"3个阶段都显著改变。通过构建"化皮"过程关键差异表达基因调控网络,发现Ig GFc-binding protein(Fc GBP)基因和Tenascin(TN)蛋白家族基因在"化皮"不同阶段参与到发生显著变化的信号通路。q RT-PCR验证结果显示,5个DEGs在仿刺参"化皮"不同阶段表达趋势与RNA-Seq结果一致,皮尔逊相关系数r值为0.7714。"化皮"过程关键调控基因的筛选将为抗逆品种选育以及"化皮病"的防控提供科学依据。

为了评估葡萄牙牡蛎(AA)与熊本牡蛎(SS)的种间配子亲和性及合子育性,以成熟的这两种牡蛎为材料,研究了温度(18、21、24、27和30℃)、盐度(16、20、24、28和32)对其受精率、孵化率的影响;在最优环境条件组合下,估算了不同精子浓度下(100、101、102、103和104个/μL)受精率及孵化率的F50临界值。结果表明,SS、AA及SA受精率和孵化率随着温度升高先上升后下降,在27℃时出现最大值,分别为99.1%±0.3%、98.4%±1.2%和81.3%±2.8%;孵化率变化趋势与受精率相似,也在27℃时出现最大值,分别为99.1%±0.5%、96.8%±2.8%和67.1%...

为挖掘我国名优鱼类长吻（鱼危）(Leiocassis longirostris)生长相关基因，本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68)g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻（鱼危）的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads)，通过2种不同生长速率长吻（鱼危）脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因，其中，412个基因表达量上调，106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示，大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示，一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactiveligand-receptorinteraction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析，筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻（鱼危）生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻（鱼危）生长调控机制提供了重要的参考资料。

通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础。以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52. 99%)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46. 48%)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因。通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因。通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关; KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高。从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性。RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路。

【目的】获取芋（Colocasia esculenta）全长转录本序列和结构信息，并挖掘淀粉生物合成相关基因和转录本的结构信息，为后续阐明芋淀粉生物合成的分子机制及深入利用芋基因资源提供科学依据。【方法】以荔浦芋1号为试材，采集其3月龄植株的不同组织（叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根）开展混合样三代全长转录组测序，对获得的转录本进行功能注释，通过生物信息学方法分析转录本可变剪接（AS）、可变多聚腺苷酸化（APA）、长链非编码RNA（lncRNA）、转录因子（TF）和简单重复序列（SSR）等的结构信息，通过京都基因和基因组百科全书（KEGG）注释获得芋淀粉生物合成相关的基因和转录本，并对其进行AS和APA分析。【结果】通过对芋叶片、叶柄、球茎、匍匐茎和根混合样开展三代全长转录组测序，共获得全长转录本序列38043条；通过与参考基因组进行比对，鉴定出新转录本31058条，其中28785条获得功能注释；通过对转录本结构分析，共鉴定出9360个AS事件、6436个基因存在poly(A)位点、25081个SSR位点、304个lncRNA、1911个融合转录本和1608个TF。通过KEGG注释获得芋淀粉生物合成相关基因14个和转录本60条；对获得的转录本进行AS和APA分析发现，6个基因发生了AS事件，包括内含子保留（IR）、5'端可变剪接（A5SS）、3'端可变剪接（A3SS）、外显子跳跃（ES）和互斥可变外显子（MEE）5种类型，有10个基因存在poly(A)位点，其中7个基因存在2个及2个以上poly(A)位点。【结论】通过三代全长转录组测序分析获得芋全长转录本序列和结构信息，挖掘到芋淀粉生物合成相关基因14个，转录本60条，可作为后续阐明芋淀粉生物合成分子机制及深入利用芋基因资源的科学依据。

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基因(mt COI)对浙闽沿岸5个葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)自然群体的遗传结构及其种群历史进行分析。结果表明,葡萄牙牡蛎群体的遗传多样性处于较高水平,在183条序列中检测到44个多态性位点,共定义了39个单倍型;平均单倍型多样度和平均核苷酸多样度分别为0.8524和0.00406,平均核苷酸差异数在不同群体内差异较小。AMOVA分析显示,绝大多数的遗传变异都来自于群体内个体间(91.94%),组间和组内群体间均不存在明显的遗传分化。两两群体间的ΦST值较低(–0.01193~0.11486),但宁德群体与其他群体间出现了显著的低程度遗传差异...

应用AFLP方法对福建沿海葡萄牙牡蛎自然苗群体(福清、莆田、石狮、厦门)和人工苗群体(宁德、连江、石狮、诏安)进行了遗传多样性分析。采用4对选择性引物组合对8个养殖群体239个个体进行扩增,共得到331个位点,多态位点233个。8个养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为57.10%～69.54%,0.196 7～0.249 2,0.290 2～0.362 6。其中4个自然苗群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数和Shannon遗传多样性指数均高于4个人工苗群体。遗传分化系数Gst及AMOVA分析表明,8个养殖群体的遗传变异主要来源于群体内个体...

以软体动物中贝壳成分为碳酸钙的长牡蛎（Crassostrea gigas）和腕足动物中贝壳成分为磷酸钙的鸭嘴海豆芽（Lingula anatina）为研究对象，借助组织学和透射电镜方法，分别对两个物种外套膜边缘区域和中央区域的细胞进行超微结构观察，发现长牡蛎和鸭嘴海豆芽外套膜中的细胞类型均包含柱状表皮细胞、电子稠密粒细胞和电子透明粒细胞，但是两个物种的柱状表皮细胞类型以及分泌细胞的内含物各不相同。长牡蛎柱状表皮细胞包括三类，主要分布在外套膜边缘区域的A型、主要分布在外套膜中央区域的B型以及很少存在的C型，细胞大小为7 ～15μm。海豆芽柱状表皮细胞则分为A’型，B’型和C’型，细胞大小为10 ～15μm。两个物种的分泌细胞都包含电子稠密粒细胞和电子透明粒细胞，海豆芽还包括一类含有板层小体的特殊分泌细胞。上述结果在一定程度上可以解释两者贝壳组成成分的差异，从而为研究腕足动物和软体动物贝壳的形成机制和矿化作用提供借鉴。

利用山东青岛养殖的太平洋牡蛎(N)与汕头本地养殖的葡萄牙牡蛎(S)两个近缘种为亲本,采用正交设计建立了杂种组NS(N♂×S♀)和SN(S♂×N♀)与纯种组NN(N♂×N♀)和SS(S♂×S♀)4个不同的遗传组合,通过比较不同阶段(幼虫期、稚贝期、养成阶段)的生长和存活数据,研究了牡蛎近缘种间的杂种优势,目的为改良牡蛎的生产性状。结果表明,这两个近缘种之间杂交能够产生显著的杂种优势,杂交后代的生长与存活两个表型性状都得到改良。杂交组比近交组生长得快,杂种优势在幼虫期为37.44%,稚贝期为42.47%。杂交组也比近交组存活率高,8日龄幼虫存活率的杂种优势为76.80%、14日龄幼虫存活率的杂种优...

【目的】南方大豆皱叶症（southern soybean crinkle leaf disease,SSCLD）严重时可导致大豆减产40%左右，利用高世代分离群体转录组测序技术（high-generation segregating populations RNA-seq,HGRNA-seq）挖掘控制SSCLD的候选基因，为揭示SSCLD发生的分子机制提供数据支撑。【方法】以2个南方皱叶症症级差异材料及其衍生的F2:7株系为研究材料，对双亲进行重测序，对12个F2:7单株（7个皱叶，5个正常叶）进行单个样本转录组测序，利用转录组及亲本的SNP/InDel数据进行混池法定位分析，利用转录组表达量差异数据进行GO和KEGG功能注释和富集分析，并在定位区间附近开发7个KASP分子标记，利用230个F2群体构建局部连锁图谱，对转录组数据定位结果进行验证。联合基因定位和转录组分析结果，筛选控制SSCLD的候选基因。【结果】利用混池法把控制皱叶症的基因位点CL12定位在大豆第12染色体末端39 231 651—40 705 115 bp的1 473 464 bp区间内，利用F2群体将控制皱叶症的基因定位于39 743 275—40 948 295 bp的1 205 020 bp区间内，与混池法定位结果基本一致。GO注释结果显示，代谢过程包括免疫系统过程，以及对刺激的反应等，细胞组分主要与膜等相关，KEGG注释结果显示，生物系统通路中主要包括植物-病原菌互作和环境适应等通路。GO富集的表达差异基因主要同跨膜受体蛋白活性、蛋白磷酸化及信号受体活性等方面相关，KEGG富集到的最多差异表达基因（differently expressed genes,DEGs）主要在植物-病原菌互作和植物MAPK信号通路上。结合南方大豆皱叶症诱因特点，选择定位候选区间内与抗病等相关且在外显子上存在非同义突变或表达量有差异的基因作为候选基因，结合qRT-PCR验证，最终确定GLYMA＿12G223100、GLYMA＿12G223900、GLYMA＿12G224100、GLYMA＿12G231800和GLYMA＿12G233000等5个基因为控制南方大豆皱叶症的候选基因。【结论】HGRNA-seq实现了RNA-seq和BSA-seq相结合，成功挖掘了控制SSCLD的候选基因。

旨在通过对布莱凯特黑牛大小睾丸转录组数据进行分析，挖掘影响睾丸生殖功能的关键候选基因，探究睾丸大小对牛生殖功能维持的分子机制。采集12月龄布莱凯特黑牛睾丸，根据质量、长径和短径将其分为2组(大小睾丸组各3头)进行高通量转录组测序；以|log_2(Fold Change)|≥1且P-value≤0.01为阈值筛选差异基因，对差异基因进行GO和KEGG功能富集分析，筛选出影响睾丸生殖功能的关键基因；对其进行CDS区克隆测序，并运用qRT-PCR、Western Blot、免疫组化等方法进行进一步研究。结果显示，差异表达基因共353个，其中114个基因在小睾丸中表达上调，239个基因表达下调。GO功能注释表明，差异基因参与代谢、发育、生殖等过程；KEGG富集分析显示，差异基因主要富集在Wnt信号传导、PI3K-Akt信号通路等与睾丸生殖功能相关的途径。最终筛选出睾丸生殖功能基因CCN4进行进一步研究。qRT-PCR和Western Blot结果显示，CCN4基因和蛋白在大睾丸中表达量显著低于小睾丸。免疫组化结果显示，CCN4蛋白主要在精细胞外的区域(特别是支持细胞)中表达，且大睾丸中的相对表达量显著低于小睾丸，推测其高表达会抑制支持细胞发育，从而影响睾丸生殖功能。综上，研究结果可为深入开展牛睾丸大小对生殖功能影响的分子机制研究提供基础资料。

以葡萄牙牡蛎精子为对象,采用碘化丙啶(PI)/罗丹明123(Rh123)双染与流式细胞术(FCM),研究了不同盐度胁迫(10、15、20、25、30、35)对精子质量的影响,并对受胁迫精子进行授精实验。结果显示,随着盐度升高,精子的存活率、运动时间和活力先升高后降低;葡萄牙牡蛎精子的适宜盐度为20～35,活力较高的盐度范围为25～35;通过双染和FCM检测了精子质膜完整性和线粒体活性,发现盐度胁迫先对精子质膜造成损伤,后对线粒体活性造成伤害;低盐胁迫(10、15)对精子损伤严重,胁迫15 min时质膜受损比例高达67.26%±2.35%。人工授精结果显示,低盐胁迫下精子受精率和卵裂率显著降低,且卵裂阶段出现畸形及分裂停止等现象,表明精子质量不仅严重影响了受精过程,还对卵裂造成一定影响。本实验不仅探究了PI/Rh123双染和FCM检测牡蛎精子质膜完整性和线粒体活性的可行性,还结合显微观察全面评价了精子质量,为牡蛎精子质量的研究提供了理论基础。

通过甲基化敏感多态性扩增（ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ，ｍｓａｐ）技术，检测马氏珠母贝（ｐｉｎｃｔａｄａ ｍａｒｔｅｎｓｉｉ）外套膜的边缘膜区（ｍａｎｔｌｅ ｅｄｇｅ，ｍｅ）、套膜区（ｍａｎｔｌｅ ｐａｌｌｉａｌ，ｍｐ）和中央膜区（ｍａｎｔｌｅ ｃｅｎｔｒａｌ，ｍｃ）的基因组ｄｎａ甲基化修饰水平；回收具特异性的清晰甲基化修饰片段进行测序、比对分析并筛选基因；利用荧光定量ｐｃｒ对筛选基因进行定量分析。结果显示：（１）利用１５对引物进行扩增实验，平均每个个体外套膜３个区域能够产生（１１６３．２５±１２４．３４）条清晰可辨的条带，其．．．