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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李傲 崔梦杰 刘众杰 陈立德 贾海峰 上官凌飞 房经贵
[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁月 张亚光 高世敏 陶建敏
【目的】ＯＶＡＴＥ是一类调控植物生长发育的转录抑制因子，对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族（ＶＶ ＯＦＰｓ）进行生物信息学和组织特异性表达分析，为该类基因的功能研究奠定基础。【方法】根据ＯＶＡＴＥ保守域蛋白序列（ＰＦ０４８４４）对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族进行鉴定，利用生物信息学方法对葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族染色体定位、基因结构、保守结构域、亚细胞定位等方面进行预测和分析，并分析葡萄和拟南芥ＯＶＡＴＥ基因家族的进化关系。采用实时荧光定量ＰＣＲ技术检测ＶＶ ＯＦＰｓ组织表达特性。【结果】葡萄ＯＶＡＴＥ基因家族包含１７个成员，不均匀地分布在１１条染色体上，均没有内含子结构，编码１１５—４４４个氨基酸，等电点４．５．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
梁英海 陈飞 王刚 王敏 冯冠乔 程宗明
以葡萄全基因组29 971蛋白序列为查询序列,与包括葡萄在内的31个已测序植物蛋白序列、TIGR和NCBI数据库中的EST和非冗余蛋白质序列进行非同源性比对分析,保留E值大于0.01的序列,去除重复序列、转座子和注释不准确的基因序列,保留的非同源基因识别为葡萄谱系特有基因;并对谱系特有基因的结构和具有芯片表达信息的谱系特有基因的表达特性进行了分析。结果表明:共识别了2 009个葡萄谱系特有基因,与葡萄保守基因相比较,葡萄谱系特有基因平均外显子数量较少,为2个;平均外显子长度较短,为232 bp;平均内含子长度较长,为1 723 bp,与拟南芥、水稻等谱系特有基因结构特点相似,谱系特有基因可能具...
关键词：
葡萄 谱系特有基因 生物信息学 基因表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王梓然 匡柳青 陈尚武 马会勤
为探索ＳＷＥＥＴ基因家族在葡萄果实发育中的表达与功能，以本实验室完成的酿酒葡萄品种赤霞珠Ⅰ期和Ⅲ期果实的转录组数据为基础，筛选出在Ⅰ期和Ⅲ期表达量存在显著差异的９个ＳＷＥＥＴ基因家族成员，利用生物信息学工具，对这９个基因的基因结构、蛋白的基本理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守基序和序列同源性等进行预测分析，并利用实时荧光定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）技术对分析结果进行验证。基因组定位结果发现这９个ＳＷＥＥＴ基因分布在７条染色体上，蛋白序列可分成４个亚族。不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异；二级结构预测结果显示，这９个ＳＷＥＥＴ基因的氨基酸序列以α－螺旋和无规则卷曲为主要组成部分．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张玉成 牛姣 徐晓召 王华 王西平
【目的】研究葡萄醛脱氢酶ALDH2基因家族中ALDH2B4、ALDH2B8和ALDH2B9 3个成员的进化关系,对其在病原菌侵染、非生物胁迫及激素处理下的表达进行分析,为揭示ALDH2基因在植物逆境胁迫下的作用机理提供理论依据。【方法】运用生物信息学方法,鉴定葡萄ALDH蛋白序列;通过葡萄和拟南芥ALDH2基因的系统发育树、基因结构及同线性分析探讨其进化关系;利用葡萄Affymetrix芯片数据,分析葡萄ALDH2(ALDH2B4、ALDH2B8和ALDH2B9)基因在病原菌侵染、非生物胁迫和激素处理下的表达谱;采用在线软件PlantCARE分析3个葡萄ALDH2基因的启动子元件组成差异。【结...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
封竣淇 罗卫星 张依裕 蔡惠芬 罗铮 徐伟 翁吉梅 陈说
【目的】为黔北麻羊种质资源的综合开发利用提供参考。【方法】应用DNA池结合PCR产物直接测序方法检测黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性,应用生物信息学方法对黔北麻羊DKK1基因的蛋白特性进行预测和分析。【结果】在黔北麻羊的DKK1基因CDS区及部分内含子序列中筛选出8个SNP位点,分别为第1内含子C1626T位点,第3内含子A3083G位点,编码区的T3000C、T3228C、T3238C、G3240A、T3271A和T3411C位点。其中,T3271A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)变为
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘大军 秦智伟 周秀艳 武涛 辛明
【目的】寻找黄瓜抗霜霉病基因,研究黄瓜抗霜霉病机制。【方法】利用拟南芥和甜瓜抗霜霉病蛋白质序列,搜索黄瓜基因组数据库;通过生物信息学分析候选基因特征,以黄瓜抗霜霉病自交系M801-3-1为试材,分析候选基因在叶片组织中的表达状态。【结果】共获得187个黄瓜抗霜霉病候选基因;确定了候选基因染色体位置和排列特点、序列相似性特征以及系统进化关系;大部分黄瓜R基因在未接种霜霉病菌的抗病自交系和感病叶片组织中都有一定的表达量,在接种霜霉病菌后在抗病自交系M801-3-1中Csa001907和Csa002921表达量下调,感病自交系M302-3中Csa001907和Csa002921变化不明显。【结论】在...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
袁高鹏 韩晓蕾 卞书迅 张利义 田义 张彩霞 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LIM,通过分析启动子作用元件、保守结构域、基因聚类、基因结构、染色体定位以及组织表达模式,为研究和利用苹果LIM奠定基础。【方法】利用苹果基因组数据库GDR和PLAZA,获得苹果LIM家族成员并进行编号。苹果LIM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,利用Cell-PLoc进行亚细胞定位预测,利用CD-Search Tool进行LIM结构域分析,采用MEGA7软件构建进化树,采用GSDS绘制基因结构,并利用TBtools软件对鉴定得到的MdLIM进行染色体定位,通过实时荧光定量RT-PCR对MdLIM的组织表达进行分析,并利用SPSS 18.0软件分析差异显著性。【结果】共鉴定得到11个苹果LIM家族成员,这些MdLIM蛋白包含96—222个不等的氨基酸残基,等电点分布在6.14—9.01。亚细胞定位结果显示,MdLIM蛋白在细胞核中均有分布。启动子作用元件分析表明,11个MdLIM启动子上分布有响应激素、环境适应性和逆境诱导的元件。蛋白保守结构域分析表明,11个MdLIM蛋白中除MdLIM8具有单LIM结构域外,其余10个均具有双LIM结构域。根据聚类分析结果可将MdLIM分为4组。染色体定位结果显示,MdLIM分布在苹果17条染色体中的7条,且MdLIM在7条染色体上的分布不均匀。花、叶、果皮和茎中的实时荧光定量RT-PCR结果显示,4个组织中均能检测到MdLIM的表达,且表达量具有一定差异。【结论】苹果LIM基因家族包括11个成员,进化上可分为4组,11个基因分布于7条染色体上,在不同组织中的表达具有多样性和特异性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周喆 张彩霞 张利义 王强 李武兴 田义 丛佩华
【目的】在苹果全基因组中鉴定LysM,通过基因聚类分析、染色体定位、结构分析以及组织表达分析,为苹果LysM的功能研究和利用奠定基础。【方法】利用已公布的苹果基因组数据库GDR和FEM-IASMA,鉴定苹果LysM基因家族成员,并对其进行编号。MdLysM蛋白氨基酸序列的基本信息通过ExPASy Proteomics Server进行预测,亚细胞定位的预测利用WoLF PSORT进行。采用MEGA5软件构建了进化树。应用Plaza程序绘制基因结构,染色体定位信息取自GMDO,鉴定出的39个基因的染色体定位作图使用MapInspector完成;另外,通过实时荧光定量RT-PCR对各基因的组织表达...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谷彦冰 冀志蕊 迟福梅 乔壮 徐成楠 张俊祥 董庆龙 周宗山
【目的】鉴定苹果(Malus domestica Borkh.)基因组上132个WRKY基因,为研究苹果WRKY转录因子在非生物和生物胁迫以及生长和发育过程中的调控作用奠定相关理论基础,也为进一步分析苹果WRKY基因提供信息。【方法】利用HMMER 3.0软件,通过WRKY保守域全蛋白序列PF03106用于鉴定苹果WRKY基因。采用Web Logo3、DNAMAN 5.0、Map Inspect、MEME和MEGA5.1等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测苹果WRKY基因的组织表达情况。【结果】鉴定得到132个苹果WRKY基因。分组鉴定和进化树分析结果显示,苹果WRK...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杜文苹 曹然然 胡晓玉 张晨曦 许春红 杨岚 雷艳茹 康相涛 李文婷
为探究Runt相关转录因子3 (Runt-related transcription factors 3,RUNX3)基因潜在功能，本研究利用实时荧光定量技术（Quantitative real-time PCR, qRT-PCR）检测鸡RUNX3基因在心脏、肝脏、脾脏、腿肌和十二指肠组织中的表达，通过生物信息学软件构建RUNX3基因的系统进化树，并对该基因所编码的蛋白质理化性质和结构功能进行分析。结果表明：1）鸡RUNX3基因在脾脏和十二指肠表达量较高，显著高于其他组织（P<0.05）。2）核苷酸序列的系统进化分析表明，鸡RUNX3与火鸡的亲缘关系最近，保守性较高。3）理化性质分析显示，鸡RUNX3基因编码蛋白属于稳定、亲水性蛋白；结构域预测发现，该蛋白不存在跨膜结构，含有2个保守结构域，二级结构和三级结构主要由无规卷曲组成，预测含有58个磷酸化位点，31个丝氨酸位点、23个苏氨酸位点和4个酪氨酸位点。4）蛋白互作预测发现，RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3、EP300、SMAD2、CTNNB1等蛋白之间有较强互作关系。综上，鸡RUNX3在脾脏和十二指肠中高表达，其核苷酸序列在禽类中具有高度保守性，RUNX3蛋白属于稳定、亲水性的不跨膜蛋白，RUNX3与SMAD3、CBFB、GATA3等蛋白之间有较强互作关系，本研究为进一步探究鸡RUNX3在分子水平的作用机制提供理论依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
吴乾锋 刘贺贺 张涛 罗俊 胡博 王继文
采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位
关键词：
鸭 肌细胞生成素 启动子 DNA甲基化
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陆坚 路卫卫 李伟亮 郭晓敏 杜丽琴 韦宇拓 黄日波
【目的】通过宏基因组技术获取土壤微生物总DNA,运用基因克隆、功能筛选、基因表达等手段挖掘新型β-葡萄糖苷酶,为新型微生物资源的开发利用提供科学依据。【方法】提取高糖土壤宏基因组DNA,构建宏基因组文库;筛选文库并对阳性克隆子亚克隆,获得β-葡萄糖苷酶基因;PCR扩增目的基因,以pSE380为表达载体构建重组质粒,转化至大肠杆菌进行表达;采用镍亲和层析对重组酶纯化,研究其酶学性质。【结果】成功构建约含9.2万个克隆的高糖土壤宏基因组文库,获得一个新型β-葡萄糖苷酶基因unbgl3A。该基因大小为2241 bp,在氨基酸水平上,与Gen Bank数据库中已知β-葡萄糖苷酶的一致性为73%;该酶最适pH为6.0,最适温度为50℃,对对硝基苯基-β-D-吡喃葡萄糖苷(p-NPG)的K_m值为6.45 m M,V_(max)为50μmol/(mg·min)。在15～50℃热处理1 h后仍保留90%以上的酶活力,热稳定性较好,且被多种糖激活。【结论】宏基因组技术是获取新酶有效手段,获得的Unbgl3A具有良好酶学性质,可为进一步挖掘其应用潜力及研究耐热机理奠定基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
宁坤 杨洋 马述山 李慧玉
［目的］研究白桦中ＳＰＬ转录因子的基因序列特征及其在不同时期不同组织中的表达规律。［方法］依据白桦４５个转录组测序结果，共获得１２条全长ＳＰＬ基因，依次命名为白桦ＢＰＳＰＬ１－ＢＰＳＰＬ１２，对其中１１条ＢＰＳＰＬ进行了生物信息学及基因表达特征分析。［结果］生物信息学分析发现，１１条ＢＰＳＰＬ均含有１个高度保守的ＳＢＰ结构域，且基因长度差异较大，含有２ １０个不等数目的外显子，系统进化分析发现１１条白桦ＳＰＬ分属于六大类ＳＰＬ蛋白；ｑＲＴ－ＰＣＲ分析结果显示，白桦ＢＰＳＰＬ基因在不同时期的叶、顶芽、茎、雄花序中表达变化显著，多数ＳＰＬ基因在顶芽中７月５日和８月２０日至９月２０日时期表达较高，除．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王岳坤 阳江华 丁丽 黄红海 桂红星
【目的】克隆橡胶树磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)基因的全长cDNA,通过生物信息学和基因表达分析,为基因功能研究奠定基础。【方法】根据橡胶树PEPC基因片段序列设计引物,通过RACE获得cDNA全长,用DNAMAN软件预测编码多肽序列,用Prot Param工具分析多肽基本理化性质,用NCBI-Blast工具搜索同源的核酸及多肽序列,用Clustal X2.0软件比对不同植物来源的多肽序列,并用MEGA 6.06软件构建系统进化树,用Real-time RT-PCR分析基因表达模式。【结果】从橡胶树胶
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