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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘命华 王克双 齐洪华 吕睦頔 李捷 程玉琴 范在丰
为获得葡萄卷叶伴随病毒1号(Grapevine leafroll-associated virus 1,GLRaV-1)中国分离物的分子信息,提高其检测可靠性,本研究从河北怀来和辽宁兴城地区带有明显卷叶症状的葡萄样品中提取的叶柄韧皮部总RNA,采用RT-PCR克隆了GLRaV-1的河北(GLRaV-1-HB)和辽宁分离物(GLRaV-1-LN)的外壳蛋白(coatprotein,CP)基因,并进行了序列分析。结果表明:GLRaV-1-HB和GLRaV-1-LN的CP基因核苷酸同源性为90.7%,由此推导的氨基酸同源性为93.8%;与已报道的国外3个GLRaV-1分离物的CP基因全序列相比,其核...
关键词：
葡萄卷叶病 RT-PCR 进化树
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王克双 费菲 吕睦頔 李捷 程玉琴
为获得特异性抗血清用于批量检测葡萄苗木中的葡萄卷叶伴随病毒3号(Grapevine leafroll associatedvirus 3,GLRaV-3),本研究用含有GLRaV-3CP蛋白基因的载体pMD18-CP为模板,PCR扩增CP蛋白基因。将PCR产物定向克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3),筛选得到阳性克隆pET-G3CP。用终浓度为1mmol/L的IPTG进行诱导表达,SDS-PAGE电泳分析显示,GLRaV-3CP在大肠杆菌中得到高效表达。纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。经分析,抗血清效价为1/214,试验结果显示,此抗血清能用于葡萄植株样品...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李捷 程玉琴
以含有葡萄卷叶伴随病毒2号(Grapevine leafroll-associated virus 2,GLRaV-2)p24蛋白基因的T载体(p-G2-p24)为模板,PCR扩增该蛋白基因的全长序列及其5′端长300bp的正反向片段。将p24蛋白基因全长序列定向克隆到表达载体pCsuper 1300+上,得到重组质粒pCsuper1300-p24。将正反向片段先后插入具内含子的中间载体pBSint上,得到重组的中间载体pBSint-p24-F-R。然后用HindⅢ和SacⅠ双酶切pBSint-p24-F-R,将切下的带内含子的正反向串联片段定向克隆到植物表达载体pCsuper 1300+上,...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨彩霞 张帅宗 孙蓬蓬 高雅 汪绪花 王喆
采用已报道的菜豆金色花叶病毒属的通用引物ＰＡ／ＰＢ，从辽宁葫芦岛地区的３份番茄样品中扩增到Ｂｅｇｏｍｏｖｉｒｕｓｅｓ的保守区域，获得３个长度约５００ ＢＰ的克隆序列，同源性为９９．５８％．ＤＮＡ－Ａ全基因组序列分析结果显示，３份样品ＤＮＡ－Ａ全长均为２ ７８１ ＢＰ（分别命名为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３分离物），具有典型双生病毒结构，与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣｖ）山东分离物（ＴＹＬＣｖ－［ＣＮ：ｓＤ：ｓＤＷＦ－Ｌ７：１２］，ＫＣ９９９８５０）的核苷酸同源性最高（９９．６％）．根据双生病毒分类标准，认为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３是ＴＹＬＣｖ的辽宁分离物．系统关系树表．．．
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李晓冬 安梦楠 王冠中 赵秀香 吴元华
采用鉴别寄主、血清学及ＲＴ－ＰＣＲ检测的方法对采自辽宁省葫芦岛地区的辣椒病毒进行了分离与鉴定，并将克隆得到的病毒ＣＰ基因进行测序及同源性比较。结果表明：该病毒分离物可侵染辣椒（ＣａＰｓｉＣｕｍ ｆＲｕＴｅｓＣｅｎｓ）产生局部枯斑、系统斑驳或花叶；局部侵染普通烟（ｎｉＣｏＴｉａｎａ ＴａｂａＣｕｍ）、心叶烟（ｎｉＣｏＴｉａｎａ ｇｌｕＴｉｎｏｓａ）、三生烟（ｎｉＣｏＴｉａｎａ ＴａｂａＣｕｍ．ｖａＲ．ｓａｍｓｕｎ）、矮牵牛（ＰｅＴｕｎｉａ ｈｙｂＲｉｄａ）产生坏死枯斑，在曼陀罗（ｄａＴｕＲａ ｓＴＲａｍｏｎｉｕｍ）、洋酸浆（Ｐｈｙｓａｌｉｓ ＰｕｂｅｓＣｅｎｓ）和苋色藜（ＣｈｅｎｏＰｏｄｉｕｍ ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
付晶晶 杨彩霞 韩彤 廖一鸣 李梁 李梦新 孙伟 王蒴
从辽宁省沈阳市和盖州市分别采集表现花叶的南瓜样品,经透射电镜负染色实验,观察到典型的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)线状病毒粒子.利用Potyvirus通用引物Legpoty F/LegpotyR分别对3个沈阳样品和3个盖州样品进行RT-PCR扩增,得到预期片段,克隆并测序.Blast显示6个病毒样本与小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV)同源性最高,均大于99%.利用已经报道的特异引物ZYMV-F/ZYMV-R,从6个样本中扩增到约1.2 kb的ZYMV片段,片段包含完整的外壳蛋白(CP)基因.基于CP的核
关键词：
小西葫芦黄花叶病毒 辽宁分离物 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张丽青 王爱华 张秀珊 潘丽娜 杜冬华 周静 闫书彩 孙继国
参照GenBank中NDV的核酸序列设计一对引物,利用RT-PCR扩增F基因并得到长约1.7 kb的全基因片段,并将其构建到pMD-19T载体上。核苷酸序列测定结果表明:该基因片段全长1 662 bp,编码553个氨基酸,与Gen-Bank下载的13株参考毒株F基因比较,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~99.2%和96.9%~98.7%;但与LaSota、F48E9及B1等常见疫苗株的氨基酸同源性仅为88.6%~91.5%。NDV分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F-I-G119,属于基因ⅦNDV。
关键词：
新城疫病 F基因 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭志华 孙毅 张效梅 张健 白云凤
根据Genbank已报道马铃薯卷叶病毒(PLRV)基因组序列,分析其基因间隔区(IS)两端的保守区,自行设计、合成一对特异性引物,以PLRV内蒙古分离物总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到含PLRVIS的一段369 bp的cDNA,克隆于载体pBS-T中。重组质粒经PCR鉴定、酶切分析和核苷酸序列测定,并进一步与PLRV其他分离物的同源序列作比对。结果表明:克隆的PLRV内蒙古分离物的IS序列与其他全部已发表的13个全基因组中的IS核苷酸序列有很高的同源性,最高达到100%,平均为97.90%,高于这13个PLRV全基因组序列96.81%的同源性,说明IS序列不仅在PLRV的不同株系间比较保...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
贾姝 赵奎华 刘长远 梁春浩 关天舒 王辉 张里 谢小平
为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邓丛良 黄金光 高文娜 吕玉峰 范在丰 李怀方
从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列。结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9 611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9 198个核苷酸的开放读框,编码3 065个氨基酸,分子量约为349 575 Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有。预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中。Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化...
关键词：
白草花叶病毒 分离物 序列比较 核苷酸
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 王凤婷 魏毅 潘洪玉 张世宏
为从分子水平鉴定山东聊城的一表现明显花叶、黄化、蕨叶及果实畸形的南瓜病毒病的病原。采用RT-PCR的方法,用TMV外壳蛋白(CP)基因的特异引物,对该样品进行了检测,克隆到的基因序列进行分析,并使其在大肠杆菌中表达。结果表明,从该样品中扩增到了TMV的CP基因,说明该样品受到TMV的侵染,首次发现TMV自然侵染南瓜。对CP基因序列测定及分析表明,与GenBank上其他TMV分离物CP基因核苷酸序列的同源性为86.5%～99.0%,推导的氨基酸序列同源性为93.7%～99.4%。根据完整CP基因核苷酸序列构建的系统进化树显示:32个TMV分离物可分为5个组,其中TMV-liaocheng与Nak...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘金玲 魏澍 支海兵
从辽宁的本溪、沈阳、抚顺、鞍山等地采集疑似高致病性蓝耳病病料,将采集的肺和淋巴结分别研磨,离心并制备成病毒悬液,用试剂提取RNA,将提取出的RNA反转录成cDNA,然后用特异性引物对目的片段进行克隆扩增,最后将所得目的片段测序并与国内其他分离株进行序列分析。结果获得480bp特异性高致病性蓝耳病病毒N基因片段,与国内其他地区高致病性蓝耳病病毒分离株的N基因相比较,核苷酸序列同源性在91.1%以上,氨基酸序列同源性在98.6%以上,表明高致病性蓝耳病病毒辽宁地区分离株与国内其它分离株亲源关系较近,属于同一分支。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李科 时洪伟 荆陈沉 孙现超 周常勇 青玲
【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列(Gen Bank登录号KJ522693),QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为8...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
刘丽霞 庄天中 潘树德 刘金玲
以辽宁地区某猪场猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病料为材料,采用RT-PCR方法特异性扩增编码猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP3蛋白的ORF3基因全长cDNA,结果该分离株ORF3基因cDNA编码区长765bp,可编码254个氨基酸残基,与美洲型代表株VR-2332和欧洲型代表株LV进行同源性比较,氨基酸同源性分别为87.8%和54.5%,因此推测辽宁分离株属于美洲型。
[期刊] 华北农学报
[作者]
董家红 于嘉林 韩成贵 方守国 刘仪
通过RT PCR,获得了小麦黄花叶病毒罗田分离物28kD蛋白基因的cDNA克隆pUW28 10。序列分析结果表明,小麦黄花叶病毒不同分离物的28kD蛋白基因的核苷酸序列存在一定的差异:湖北罗田和河南潢川分离物在第326,327和336位较四川雅安、江苏扬州及日本分离物缺少3个核苷酸(nt),前两者核苷酸长度为762nt,后三者为765nt;不同分离物核苷酸序列同源性从92 1%到96 9%,相应的氨基酸序列同源性从89 8%到97 3%。
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