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[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈俊浩 陆洋 倪燕婕 张智俊 钟雅萍 鲍晶晶 罗淑萍
表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词:
荔枝 EST SSR
[期刊] 世界农业
[作者]
李渊林 曾小红 孙光明
本文在广泛收集国外菠萝品种信息基础上,根据菠萝的园艺学分类,对国外菠萝品种进行基本分类描述。
[期刊] 华北农学报
[作者]
包文风 王吉明 尚建立 马双武
为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8 619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1 kb。其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%)。基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多。长度主要分布在20~30 bp(76%)。利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设...
关键词:
西瓜 EST EST-SSR 引物
[期刊] 林业科学
[作者]
王艳敏 魏志刚 杨传平
对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2548条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部ESTs序列的10.2%,SSR频率为12.01%。其中,二核苷酸重复比例为81.37%,三核苷酸重复比例为16.67%,四核苷酸重复比例为1.96%。不同软件设计引物的效率不同,Primer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%,而具有多态性的引物比例仅为25.96%;SSR Primer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48.65%。
关键词:
欧洲白桦 白桦 EST SSR 标记
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯小改 王娟 郭大龙 刘改秀 马慧丽 王小燕
首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6~30次,其基元长度主要集中在26~31 bp。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩明利 崔娜 于志海 李天来 侯丽霞
表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
关键词:
番茄 EST-SSR 果实
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李建斌 王神云 王红 万雁玲 丁万霞
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1~6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
关键词:
甘蓝 EST SSR 功能分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王华 李华 刘拉平 张莉 王贞强
采用CHCl2萃取菠萝果酒中的香气成分,经GC-MS分析,分离出53个峰,鉴定出42种化合物,其含量占挥发性成分的96.77%。其中主要成分为苯乙醇、丁二酸二乙酯、丁二酸乙酯、2-甲基-1-丁醇、1-戊醇、2-羟基-1,2,3-丙三羧酸三乙酯、3-甲硫基丙醇、羟基丁二酸二乙酯、4′-羟基苯乙醇。
关键词:
菠萝 果酒 香气成分 气相色谱/质谱法
[期刊] 世界农业
[作者]
刘海清 李光辉 黄媛媛 黄慧德 刘恩平
菠萝是一种重要的热带水果,世界有85个国家(地区)种植菠萝,全面了解世界菠萝生产及其贸易状况,对于中国菠萝产业的持续稳定健康发展具有重要的意义。
关键词:
菠萝 生产 贸易 持续
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈香玲 苏伟强 刘业强 任惠 陆玉英
利用SCoT标记研究了36份菠萝种质资源的遗传多样性。从86条引物中筛选出18条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出209条带,其中135条具有多态性,多态性带比率为64.99%。经NTSYS软件分析,36份菠萝种质间遗传相似系数在0.63~0.93之间,说明SCoT标记能够揭示菠萝种质间较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析显示,SCoT标记能将36份菠萝种质完全区分开,并分成五类。
关键词:
菠萝 SCoT 遗传多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词:
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴丽婷 阮小蕾 沈文锦 谭小勇 翟国会 李华平
【目的】证明中国湛江地区菠萝上是否存在菠萝杆状DNA病毒(Pineapple bacilliform comosus virus,PBCoV),并获得PBCoV的基因组全序列,分析该病毒与其它Badnavirus病毒分离物间的分子差异。【方法】设计特异引物,通过反向PCR及分段克隆两种方法扩增PBCoV,克隆后测序获得PBCoV基因组全序列,利用不同生物学软件进行序列分析。【结果】PBCoV基因组为环状结构,全长7543bp;含有3个典型的ORFs,推测其编码蛋白的分子量分别为20.4、14.0和217.6kD。其基因组与GenBank登录的PBCoV ORF3部分核苷酸序列同源性87%-97...
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