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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
翟小杰 李阳 程静 徐照龙 刘大亮 袁娜 李英 杜建厂
[目的]本文旨在对菜豆(Phaseolus vulgaris)基因组中CACTA转座元件进行鉴定,分析其序列特征、插入位点特征、进化关系、基因结构和功能基因并进行标记开发,为CACTA转座元件功能研究和应用奠定基础。[方法]基于菜豆的全基因组数据,采用生物信息学方法进行序列鉴定和分析;基于所鉴定的CACTA转座元件插入位点多态性,随机设计51对引物;利用筛选的11对引物,对24个菜豆品种进行亲缘关系分析和分子身份证构建。[结果]菜豆基因组中共鉴定出来源于20个家族的1 645个插入位置明确的CACTA转座元件。这些元件DNA总长度约4.71 Mb,占整个基因组DNA的0.9%左右。CACTA转座元件均匀分布在11条染色体上,与功能基因的分布没有相关性。插入偏好性分析提示,菜豆CACTA转座元件更倾向于插入AT富集区域。系统进化分析表明,菜豆CACTA转座元件可以划分为4个进化支。CladeⅠ和CladeⅣ进化支分别拥有最多的家族数量(50.0%)和元件数量(57.7%),但各进化支家族数量与元件数量差异较大。与功能基因的关系分析表明,有390个CACTA转座元件插入功能基因的内部或基因的临近区域(
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李军 董彬 张超 付建新 胡绍庆 赵宏波
利用L16(45)正交实验设计,针对模板DNA,镁离子(Mg2+),d NTPs,Taq DNA酶和引物5个因素进行正交优化,建立适用于桂花Osmanthus fragrans表达序列标签-简单重复序列(EST-SSR)的最优扩增反应体系,将其用于桂花转录组EST-SSR多态性引物的筛选,最后利用筛选得到的多态性引物和聚类分析对14份四川省常见的栽培丹桂(SC01SC14)样本进行品种鉴定。结果表明:桂花EST-SSR最优反应体系包含40 ng模板DNA,2.25 mmol·L-1Mg2+,0.3μmol
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李益 马先锋 唐浩 李娜 江东 龙桂友 李大志 牛英 韩瑞玺 邓子牛
【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王传堂 杨新道 于翔 张建成 刘光臻 徐建芝
利用10个中国花生品种,评估了AFL,SRAP,SSR和STS技术在区分相近来源花生品种上的应用效果。结果表明,AFLP和SRAP标记虽然可以揭示这些花生品种的遗传多样性,但在本研究采用的引物对条件下,单独使用任何一对引物不足以区分全部品种,提示我们需要考虑多对引物的配合,或者需要尝试更多的限制酶或引物对;从103对SSR或STS引物中筛选出9对引物,即Lec_1,Ah4_26,Ah4_4,SsS14,SHPAL_1,PG_71,PG_43,PM_36,PG_22,对所采用的10个花生品种的区分率均为100%。鉴于花生栽培种形态学、细胞学和生化标记贫乏,这9对高辨别力的SSR和STS引物对花生...
关键词：
花生 品种鉴定 分子标记
[期刊] 华北农学报
[作者]
凌晨 赵洪 颜军 马莹雪 冯艳芳 张靖立 李波 邓超 徐振江
为建立莴苣品种DNA分子快速鉴定技术体系，选择8个表型差异大、不同类型的莴苣品种，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳从245对引物中初筛出81对引物，对初筛引物添加荧光标记，另选择90个有代表性的莴苣品种，利用毛细管电泳复筛出22对核心引物，依据扩增片段大小为各引物选择了相应的参照样品，采集了233个莴苣品种的DNA指纹数据。结果表明，22对核心引物在233个莴苣品种中共检测到269个等位基因，每对引物检测到等位基因为4～22个，平均为12.23个，PIC值为0.37～0.89,平均为0.73。聚类分析结果表明，233个供试品种主要划分为茎用和叶用两大类群，叶用类群中结球莴苣聚成一类，半结球莴苣趋于聚成一类，散叶莴苣难以聚成一类。对核心引物未能区分开的6组15个品种进行田间种植对比鉴定，3对品种表型性状无明显差异被判定为相同品种，表型性状有明显差异的品种大部分性状表达状态相同或相近，为近似品种，表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果基本一致。此外，8组24个同名品种均能从分子上进行区分。利用筛选出的22对核心引物构建了233个莴苣品种的指纹数据库，建立了通用于茎用莴苣和叶用莴苣的品种鉴定技术体系，可用于莴苣品种和种质资源快速鉴定、遗传多样性分析和DUS测试辅助筛选近似品种等工作。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王富强 张建 温常龙 樊秀彩 张颖 孙磊 刘崇怀 姜建福
【目的】开发一组能够区分中国主栽葡萄品种的竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分子标记,为中国葡萄品种保护、品种登记和市场维权等提供技术支撑。【方法】基于前人筛选的60个葡萄高多态性SNP位点,转化为KASP标记。分别使用23份代表性品种和76份主要栽培品种对转化成功的KASP标记进行初筛、复筛、验证,获得一组高质量的KASP标记,并用于构建76份葡萄品种的DNA指纹图谱。【结果】60个SNP位点有3个不具备基因组特异性,6个无法设计KASP-PCR引物,最终51个SNP成功转化为KASP标记,转化率达到89.47%。利用LGC-SNPline平台对23份代表性品种进行基因分型,51个KASP标记全部成功分型。基于次要等位基因频率(MAF)大于0.25、多态性信息含量(PIC)大于0.35、缺失率小于0.2、杂合率小于0.6等参数,初步筛选出27个优质KASP标记。使用构建指纹图谱的76份品种复筛出22个高质量KASP标记。22个KASP标记的缺失率均小于0.12,PIC均大于0.3,杂合率在0.4—0.6的标记占77.27%,MAF大于0.3的标记占95.45%。此外,利用这22个标记对同一品种不同树体提取的23份代表性品种的DNA扩增检测,前后两次检测分型结果稳定一致,表明这22个标记具有较好的重复性和稳定性。进一步将基于22个标记获得的76份葡萄品种分型结果转化为二元编码数据,得到76份葡萄品种的指纹图谱。经邻接聚类分析和群体结果分析,可将76份葡萄品种分为3类,并能正确区分二倍体和多倍体。仅用10个标记(VIT_15_18567587、VIT_6_4258638、VIT_8_3320936、VIT_12_22228357、VIT_11_19390306、VIT_16_17950801、VIT_18_11138668、VIT_12_739916、VIT_16_13454358、VIT_16_21202286)就能区分70份品种,其中有54份品种达到品种鉴定的标准(差异位点数≥2)。【结论】从60个葡萄SNP中成功转化51个KASP标记,并筛选出22个高质量KASP标记,构建了76份葡萄品种的SNP指纹图谱,首次验证了KASP技术在我国葡萄品种鉴定中的可行性。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
彭珍 刘静 郭月 李英 杜建厂
［目的］ｈｅｌｉｔｒｏｎ转座元件是近年来发现的一种结构新颖和转座方式独特的ＤｎＡ转座子。我们从全基因组水平上对大豆基因组中拷贝数最多的ｈｅｌｉｔｒｏｎ ｈＧｍ１家族进行深入分析，旨在为后续进一步明确ｈｅｌｉｔｒｏｎ转座元件在大豆及其近缘种基因和基因组演化中所起的作用提供帮助。［方法］利用基因组学和生物信息学的研究手段，我们对大豆ｈＧｍ１家族的数量、结构特征、染色体分布、插入基因情况，基因片段的捕获及表达模式等进行了详细的研究。［结果］从公开发表的大豆基因组序列中共鉴定出２５４个ｈＧｍ１转座元件。这些元件的３＇末端十分保守，主要由ＧＣ含量较高的碱基组成。ｈＧｍ１元件主要分布在Ａｔ丰富的区域，并在．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄婷 马啸 张新全 张新跃 张瑞珍 符开欣
【目的】多花黑麦草是具世界栽培意义的牧草,但因异花授粉特性,育种材料的频繁交流导致品种间的遗传差异越来越小,传统农艺性状进行品种鉴定变得越来越困难。高效、快速有效地鉴定品种对实现育种目标具有重要作用,可为辅助多花黑麦草品种DUS测试和品种鉴定、知识产权保护等提供科学依据。【方法】基于SSR标记具有稳定性强、多态性高和共显性特点,对6个国审骨干多花黑麦草品种采用30株混合取样策略,每个品种以不同单株构成的30株混合样本量进行3次重复试验,以重复试验中至少出现2次的频率高的强带进行统计,从165对多花黑麦草SSR引物中,筛选出20对引物用于多花黑麦草品种鉴定。并采用30株单株样本扩增与30株混合样...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
兰海燕 李立会
随着世界各国经济贸易和农业科学技术的发展 ,特别是植物新品种保护法的实施 ,品种鉴定越来越引起人们的关注。大量证据显示 ,凝胶电泳技术在作物品种鉴定中起着举足轻重的作用。对各种凝胶电泳技术现状做了全面综述 ,包括电泳方法的发展过程、电泳方法间的比较、影响因素、应用范围、己取得的成就和未来的发展方向。随着我国植物新品种保护范围的不断扩大 ,电泳方法必将在作物品种鉴定中发挥更大的作用。
关键词：
蛋白质 凝胶电泳 作物品种鉴定 种子检验
[期刊] 林业科学
[作者]
黄平 崔鹏娇 郑勇奇 张川红 于雪丹
以36个月季品种为材料,应用荧光SSR标记进行月季品种分子鉴定和品种间遗传关系研究。结果显示8个SSR位点检测出85个等位基因变异,等位基因变异范围为6～15个,平均每个位点产生10.6个等位基因变异。结合8个SSR位点,每个品种均具有独特的等位基因表现型,其中位点Ra043a品种鉴定的分辨率最高,产生32个等位基因表现型,区分所有品种最少需要2个SSR位点。品种间成对遗传相似度变幅介于0.105～0.791之间,聚类结果显示36个品种聚为6类;中国月季聚为一类,与其他月季品种存在遗传差异,起源相近月季品种分别聚为一类。研究认为SSR标记在月季品种鉴定中具备可行性,还可用于品种的遗传关系分析。...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王世杰 王雪婷 杜向前 陈洪刚 张会恰 杨敏生
【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530～0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。
关键词：
杨树新品种 SSR标记 核心引物
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
包文慧 包杭盖 武阳 路东晔 张玉平 白玉娥 潘青华
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证，为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料，筛选SSR荧光标记引物，采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因，获得相应的扩增带型，从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术，筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析，并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点，每对引物平均8.211个，有效等位基因（Ne）变化范围为1.263～12.568，平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547～2.664，平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32～0.917，平均值为0.603，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）范围分别为0.208～0.920和0.133～0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637，显示出有较高的杂合度；遗传相似系数为0.85～0.98，且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄，遗传相似度较高，不同品系间基因交流较少；京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远，遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵彦 陈源闽 廉勇 王勇 张艳萍 李敬起
分别以15个胡萝卜品种的混合DNA(由各品种15个单株的DNA等量混合)为模板筛选RAPD特异性引物,分析比较品种的特异性谱带,结果表明,从40条随机引物中筛选出S139,S140共2条随机引物可以通过特异性分子标记位点反映品种间的差异,通过RAPD分子标记引物的筛选、标记程序的完善、确定品种特异性标记谱带,可以进行胡萝卜品种的鉴定.
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈永萱 郭景荣
从表现黄化和卷叶症状的蚕豆病株上分离到病毒Ｂ－２分离物。它只能由豆蚜、豌豆蚜、棉蚜和桃蚜以持久性方式传毒。豆蚜可以终生传毒，传病有间歇性。病毒Ｂ－２分离物可以侵染１４种豆科植物。酶联免疫吸附测定表明Ｂ－２分离物与菜豆卷叶病毒和甜菜西方黄化病毒有血清学关系。根据传病分体、寄生范围和血清学反应，将病毒Ｂ－２分离物鉴定为菜豆卷叶病毒（ＢＬＲＶ）的一个蚕豆株系，属于大麦黄矮病毒组。
关键词：
蚕豆 菜豆卷叶病毒 鉴定
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王瑶 蒋霞云 邹曙明
鳞翅目昆虫粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)的PiggyBac(PB)转座子已用于模式生物小鼠的转基因及插入诱变研究,目前,该转座子在养殖鱼类中的转基因效率如何还不清楚。构建了带PiggyBac转座子左臂、右臂、EF1α启动子和绿色荧光蛋白(eGFP)编码框的pPBs-EF1α-eGFP供体质粒。以50 ng/μL供体质粒和100 ng/μL体外转录的PB转座酶mRNA共同显微注射入团头鲂(Megalobrama amblycephala)1~2细胞期受精卵中,团头鲂eGFP的荧光表达率可达58.26%,PCR检测结果显示,该转座系统在团头鲂成鱼基因组中的整合效率为53.04%。表明P...
关键词：
PiggyBac转座子 团头鲂 转基因
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