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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘淑艳 张傲 李玉
DNA条形码技术是通过对一个DNA片段的分析比对,进而对物种进行鉴定的方法。研究的基因片段可以是1个或多个,进而完成物种识别和鉴定或者发现新物种。该项技术的优势在于整个鉴定过程不受研究对象不同发育阶段的影响。由于菌物具有独特而复杂的生活史,因此对菌物的鉴定工作相对较困难。世界上许多科学家都尝试过寻找适合于大多数菌物的标准DNA条码,但还没有找到能满足条件的基因片段。笔者对DNA条形码技术的发展历史、目的基因片段的筛选和研究进展等方面进行了综述,并讨论了DNA条形码技术存在的问题和今后研究的方向。
关键词：
菌物 DNA条形码 技术 分子鉴定
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张程飞 于文涛 李敏 张慧 邢冬昊 陈清西 沈建国
以进口荷兰黄水仙、多花水仙和中国水仙为研究对象,进行DNA提取、PCR扩增和数据分析,来评估mat K基因、rbc L基因、trn H-psb A片段和ITS片段4个候选DNA条形码的鉴定能力.建树法分析结果显示:叶绿体基因片段具有鉴定黄水仙品种的能力,但中国水仙与黄水仙聚为一支;核基因片段ITS序列可以准确区分出中国水仙和黄水仙,但在区分黄水仙品种时支持率较低;4种基因片段的组合条形码具有较强的鉴定能力,能准确鉴定出中国水仙和黄水仙,也能识别出不同黄水仙品种间的亲缘关系.距离分析法的结果显示,ITS+mat K、ITS+trn H-psb A、ITS+rbc L和ITS+mat K+trn H-psb A+rbc L 4种组合条形码鉴定的成功率较高,适用于黄水仙品种的鉴定.
[期刊] 林业科学研究
[作者]
刘娟 胡冬南 周增亮 刘爽 万松泽
DNA条形码是利用生物体内普遍存在的一个或几个、较短的且标准化的基因片段作为通用片段,通过碱基序列差异来实现物种水平准确鉴定的工具。相对于传统的分类学,DNA条形码技术具有不依赖形态特征和发育阶段、鉴定数字化、快速准确、操作简单规范等优势。已成功应用在生物多样性监控、海关、中药材真伪鉴定、法医鉴定、动植物检疫、生物入侵、食品和药物市场监督等诸多领域。经过15年时间发展,DNA条形码研究已基本确定针对不同生物类群使用不同的通用片段,同时构建了标准的全球生命条形码数字化数据库。目前DNA条形码研究主要集中在如何提高近缘类群物种分辨率和构建区域条形码数据库两个方向。在林业科学研究中,DNA条形码在木材识别、森林群落生态和生物多样性监控与评估等领域发展迅猛,但同时也面临一些问题,如木材DNA降解、整条片段的扩增等,需要在条形码片段选择、数据库构建、数据库与高通量测序技术结合、分析方法改进等进一步深入研究。未来DNA条形码将在林业资源评价、保护和可持续利用等方向具有广阔的应用前景。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡凯 李敏 张帅 蒋佩文 蔡研聪 陈作志 徐姗楠
为了解大亚湾海域鱼类早期资源的空间分布和种类组成,利用DNA条形码技术对该区域鱼卵种类和分布进行研究。于2022年4月在大亚湾的14个站点进行了采样调查,采用线粒体DNA的CO I (cytochrome oxidase subunit I)片段作为分子标记,利用DNA条形码技术鉴定了大亚湾海域春季的鱼卵种类。结果发现,大亚湾春季鱼卵种类共36种,隶属于7目16科26属,其中31种鉴定到种,有3种鉴定到属, 2种鉴定到科。鱼卵的平均密度为10.12 ind/m3,密度最大的站点(37.3ind/m3)为S7。鱼卵的优势种(优势度≥0.02)为项斑项鲾(Nuchequulanuchalis)、十棘银鲈(Gerres decacanthus)、克氏副叶鲹(Alepes kleinii)、岛屿侧带小公鱼(Stolephorus insularis)、中颌棱鳀(Thryssa mystax)、叶鲱(Escualosathoracata)、黄斑光胸鲾(Photopectoralisbindus)。环境因子分析表明,本研究中环境因子与优势种鱼卵分布无强相关性,主要是由于优势种鱼卵种类是广温广盐性鱼类,对海域环境适应性很强。结果显示,大亚湾海域是多种鱼类的产卵场,但鱼卵种类仍然以小型化和低值化为主,应进一步加强对大亚湾渔业资源的保护,恢复其鱼类优良种质资源场的功能。
关键词：
DNA条形码 鱼卵 种类组成 大亚湾
[期刊] 中国水产科学
[作者]
律迎春 左涛 唐庆娟 段高飞 王春霞 李晋 徐洁 薛长湖
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Mitochondrial cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAstar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树。结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以COⅠ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立海参...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄勋和 陈洁波 何丹林 张细权 钟福生
【目的】探讨ＣＯＩ基因作为标准ＤＮＡ条形码技术鉴定外形差异较小的地方鸡品种的可行性。【方法】以华南地区９种优质地方鸡（怀乡鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、中山沙栏鸡、阳山鸡、杏花鸡、五华三黄鸡、文昌鸡和广西三黄鸡）和国外引进品种隐性白羽鸡为试验材料，测定标准的ＤＮＡ条形码技术的线粒体细胞色素Ｃ氧化酶亚基Ｉ（ＣｙｔＯＣｈｒＯｍｅ Ｃ ＯｘＩＤＡｓｅ ｓｕｂｕＮＩｔ Ｉ，ＣＯＩ），同时下载已发表的３１条家鸡和原鸡及绿头鸭的ＣＯＩ基因序列，分析品种遗传多样性与遗传距离，构建单倍型中介网络图和系统发生邻接树，界定区分品种特异的单倍型。【结果】除去ＰＣｒ引物序列，获得了６９５ ｂＰ ＣＯＩ基因片段。根据标准的．．．
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李晓冰 方来杉 陈洪博 吴琼 尹会方 林秀娇 李焰
为了探讨DNA条形码技术在蛇类物种鉴定的可行性，收集GenBank数据库中蛇类7329 条细胞色素b基因(Cyt b)序列，通过比对修剪，最终获得4665条蛇类Cyt b序列，对种内和种间遗传距离进行计算和遗传进化分析，结果表明：1) 4665条蛇类Cyt b保守位点95个，变异位点616个，简约性信息位点558个，且碱基(A+T)含量高于碱基(G+C)含量；Cyt b序列单倍型数目为1517，单倍型多样性为 0.992 2、核苷酸多样性为0.168 52，平均核苷酸差异36.063。2) 基于Kimura 2–Parameter模型计算出的种内遗传距离平均为3.3%，种间遗传距离平均为19.96%，蛇类种内遗传距离远小于种间遗传距离。3) 蛇类物种种内存在亚种和复合体，其遗传距离在6.3%以上，大于种内平均遗传距离。4)互为姐妹群蛇类物种的种间遗传距离较近，如，Atractus dunni、A. iridescen和 A. occidentali种间遗传距离为0～6.8%，低于种间平均遗传距离。综上，DNA条形码技术可以用于蛇类的物种鉴定，并能识别出蛇类中的亚种、复合体以及姐妹物种。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李晓冰 方来杉 陈洪博 吴琼 尹会方 林秀娇 李焰
为了探讨DNA条形码技术在蛇类物种鉴定的可行性，收集GenBank数据库中蛇类7329 条细胞色素b基因(Cyt b)序列，通过比对修剪，最终获得4665条蛇类Cyt b序列，对种内和种间遗传距离进行计算和遗传进化分析，结果表明：1) 4665条蛇类Cyt b保守位点95个，变异位点616个，简约性信息位点558个，且碱基(A+T)含量高于碱基(G+C)含量；Cyt b序列单倍型数目为1517，单倍型多样性为 0.992 2、核苷酸多样性为0.168 52，平均核苷酸差异36.063。2) 基于Kimura 2–Parameter模型计算出的种内遗传距离平均为3.3%，种间遗传距离平均为19.96%，蛇类种内遗传距离远小于种间遗传距离。3) 蛇类物种种内存在亚种和复合体，其遗传距离在6.3%以上，大于种内平均遗传距离。4)互为姐妹群蛇类物种的种间遗传距离较近，如，Atractus dunni、A. iridescen和 A. occidentali种间遗传距离为0～6.8%，低于种间平均遗传距离。综上，DNA条形码技术可以用于蛇类的物种鉴定，并能识别出蛇类中的亚种、复合体以及姐妹物种。
[期刊] 管理现代化
[作者]
殷海珍
商业管理中的条形码技术殷海珍条条形码是指在浅色衬底上由深色矩形的线条（也称码条），排列而成的编码。其码条及空白条的数量和宽度按一定的规则（标准）编排。在超级市场和百货商店的货架上，贴着条形码的商品，到出售时，只要把条形码在扫描器上通过一下，商品的各种...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
黄镇宇 章群 卢丽锋 周琪 唐楚林
为探讨中国鲻科鱼类的分类地位,对采自中国8省27个地点的7种鲻科鱼类226个样本的40项测量数据进行了聚类、主成分与判别函数分析;测定了其中57个样本的标准条形码序列,结合Genbank下载的9种鱼类27条序列,构建基于K2P模型的邻接树,并进行遗传距离的计算和ABGD分析。结果发现,在形态方面,不同物种在主成分及判别函数散点图中重叠部分较大,表明对鲻科鱼类的鉴定不能仅依据单一的量度特征。在分子方面,14种鱼类聚类成12个明显的分支,分支间平均遗传距离17.14%(7.26%23.94%),约为分支内平均
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吴志刚 李文欣 赵紫华 伍祎 张涛 曹阳 李福君 李志红
为一步提升我国储粮害虫快速、准确鉴定能力,采用微软产品技术解决方案,应用SQL SERVER 2008数据库和C#编程语言,研制了中国储粮害虫DNA条形码鉴定系统(Grain Pests DNA Barcode Identification System,GPDBIS)。GPDBIS收集了我国将近40种储粮昆虫及仓储螨类的基础信息和mtDNACOⅠ条形码信息,提供了基于DNA条形码的相似度比对鉴定功能和系统发育树分析鉴定功能、基础信息查询及管理功能。GPDBIS初步应用效果显示,该系统界面友好、功能稳定,
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王荣达 张琰 郝信鹏 杨金权
现有研究表明，中国台湾省分布的台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）与闽江分布的武夷光唇鱼（A. wuyiensis）为近源种，二者在形态鉴别特征上也难以区分，因此，这两个物种的有效性问题目前尚存在着争议。本研究以线粒体COI基因全序列为分子标记分析了台湾光唇鱼（Acrossocheilus paradoxus）和武夷光唇鱼（A.wuyiensis）的物种有效性。光唇鱼属（Acrossocheilus）6个种76尾样本的COI基因全序列共获得21个单倍型，采用最大简约法（MP）、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建的系统发育树表明，台湾光唇鱼和武夷光唇鱼构成单系群。K 2-P遗传距离分析显示台湾光唇鱼与武夷光唇鱼之间平均遗传距离仅为0.853%，远小于COI条形码在物种间的2%遗传距离阈值。以ASAP物种界定法分析结果显示台湾光唇鱼和武夷光唇鱼为同一物种。因此，闽江分布的武夷光唇鱼与台湾光唇鱼应为同一物种，武夷光唇鱼为台湾光唇鱼的同物异名。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
柳淑芳 李献儒 李达 庄志猛
本研究将基于线粒体ＣＯＩ部分序列的ＤＮＡ条形码和ＤＮＡ芯片技术相结合，以缇科１１属３０种鱼类为研究对象，在比对分析其ＤＮＡ条形码序列的基础上，利用软件ＯｌＩｇＯ ＡｒｒＡｙ ２．１筛选探针，经ＯｌＩｇＯＣＡｌＣ优化探针，去除易形成发夹（ＨＡＩｒｐＩＮ）、茎环（ＳｔｅｒＮ－ｌＯＯｐ）及自身二聚体结构（ＨＯｍＯＤＩｍｅｒＳ）的探针，再利用ＯｌＩｇＯ ＨｅＡｔ ｍＡｐ对探针与靶标序列进行虚拟杂交，共有１４个物种的２４条探针能与靶标序列特异性结合。利用ＤＮＡ条形码芯片技术能将１４个物种鉴定到种，虽然物种识别能力仅占总物种数的４６．７％，但鉴定准确率可达１００％。因此，基于ＣＯＩ基因的ＤＮＡ芯片技术对缇．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周建设 张驰 刘海平 马波 王万良 曾本和 牟振波
为确定DNA条形码技术在西藏水系裂腹鱼亚科(Schizothoracinae)物种鉴定中的可行性,利用西藏水系所采集260尾裂腹鱼亚科样本,测定其线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)基因片段序列,计算遗传距离,构建系统发育树,并与GenBank中相关序列进行比对。260个样本经检测均获得有效COI基因扩增片段,COI基因碱基组成偏倚明显,A+T含量为54.74%,显著高于G+C含量(45.26%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,遗传距离阈值设置为0.02时,260个样本可被鉴定到种的为249尾样本,11尾由于样本量少,数据库中存在多个命名,只鉴定到属,其中与形态学鉴定一致的179尾样本,一致率为68.8%,裂腹鱼亚科裸鲤属(Gymnocypris)不能通过COI基因鉴定到种,拉萨裂腹鱼(Schizothoracinae)、异齿裂腹鱼(S.schizothorax o?connori)、巨须裂腹鱼(S.macropogon)3个种之间的遗传距离阈值以0.02不能有效鉴别,而遗传距离阈值以0.01作为这3个种的鉴定标准,可达到有效鉴别的目的。基于邻接法构建系统发育树,裂腹鱼亚科鱼类形成一个支持率较高的单系群,Bootstrap检验支持率为99%,系统进化树聚类方式与以遗传距离值为标准的鉴定结果一致,很好地反映了水系物种间的地理和历史联系。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王业磷 章群 邓春兴 徐示 裴丽梅 黄志基 罗纯
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。
关键词：
马■科 DNA条形码 COI基因
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