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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曹沛沛 毛雅超 刘涛 陈发棣 房伟民 陈素梅 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆菊花‘神马’Cm14-3-3υ基因,并初步分析其表达特征,为其功能研究奠定基础。[方法]从菊花‘优香’转录组库中获得编码拟南芥同源基因14-3-3υ序列信息,根据NCBI比对确定基因的cDNA全长并进行克隆,再利用生物信息学方法对该蛋白的功能和活性位点进行预测,同时利用实时定量PCR分析了在非生物胁迫条件下该基因的表达变化。[结果]Cm14-3-3υ的ORF序列长774 bp,编码257个氨基酸;亚细胞定位表明Cm14-3-3υ定位在细胞质和细胞核;生物信息学分析表明该蛋白有19个Se
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
吕素慧 郗琳 聂静 温超 袁存权 马男 赵梁军
以切花菊‘神马’（Ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｕｍ ｍｏｒｉｆｏｌｉｕｍ‘Ｊｉｎｂａ’）为材料，利用ｒａＣｅ技术与同源克隆方法获得菊花ＣｍＰｉｎ１基因全长，通过ｑｒｔ－ＰＣｒ技术比较ＣｍＰｉｎ１在不同组织器官的表达，同时对ＣｍＰｉｎ１响应外施ｎａａ和去顶进行研究。结果表明：１）ＣｍＰｉｎ１基因ｏｒｆ全长１ ７６１ｂＰ，编码５８６个氨基酸，跨膜域位于蛋白ｎ端与Ｃ端；通过蛋白序列比对分析，菊花ＣｍＰｉｎ１蛋白与百日草ＺｖＰｉｎ１蛋白相似性最高；亚细胞定位结果显示ＣｍＰｉｎ１位于细胞膜；２）对ＣｍＰｉｎ１表达分析表明，该基因在菊花茎部与芽部具有相对较高的表达量，同时，在离体茎段中的ＣｍＰｉｎ１受到生长素诱．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李菲 户倩 翟怡雯 陈发棣 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆‘神马’菊花（Chrysanthemum morifolium ‘Jinba’）CmERA1基因，并初步分析其表达模式，为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因，并命名为CmERA1。提取野生型‘神马’菊花叶片总RNA，以反转录后的cDNA为模板对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测；利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析；利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析；以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况。[结果] CmERA1基因open reading frame（ORF）全长1356 bp，编码451个氨基酸，分子质量为50.0kD，理论pI为5.12；系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近；蛋白质二级结构分析表明，CmERA1蛋白中α-螺旋和β转角含量较高；启动子元件分析表明，CmERA1基因启动子含有分生组织特征元件、光响应元件、ABA和SA响应元件；荧光定量PCR结果表明，CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高，根中表达最低；在生殖生长时期的根中表达最高，舌状花中表达最低；不同光周期的处理显示，CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化；转录激活活性分析表明，CmERA1蛋白没有转录激活活性；亚细胞定位表明，CmERA1定位于细胞核中。[结论]本文克隆得到菊花CmERA1基因，表达模式分析表明其响应光周期变化。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李菲 户倩 翟怡雯 陈发棣 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆菊花ERA1(ENHANCED RESPONSE TO ABA)基因，并分析其表达模式，为探究其在调控菊花开花中的作用奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选得到菊花中编码法尼基转移酶β亚基基因，并命名为CmERA1。提取野生型菊花‘神马’叶片总RNA,以反转录后的cDNA为模板，对该基因cDNA全长进行克隆。运用生物信息学方法对其亲缘关系及其编码蛋白的特性进行分析预测；利用酵母单杂交系统对其转录激活活性进行分析；以绿色荧光蛋白GFP作为标签确定其亚细胞定位情况；利用实时荧光定量PCR对其在不同组织及不同光周期下的表达水平进行分析。[结果]CmERA1基因开放阅读框(ORF)全长1 356 bp,编码451个氨基酸，相对分子质量为50.0×10~3,理论pI为5.12。系统进化分析显示其与青蒿中ERA1亲缘关系最近。蛋白质二级结构分析表明，CmERA1蛋白中α-螺旋含量最高。转录激活活性分析表明，CmERA1蛋白没有转录激活活性；亚细胞定位表明，CmERA1定位于细胞核中。CmERA1基因启动子分析表明，其含有分生组织表达元件、光响应元件、ABA和SA响应元件。荧光定量PCR结果表明，CmERA1在营养生长时期的叶片中表达最高，根中表达最低；在生殖生长时期的根中表达最高，舌状花中表达最低。CmERA1的表达能够响应光周期而呈节律性的变化。[结论]CmERA1基因的表达模式分析表明其响应光周期变化。
关键词：
菊花 基因克隆 CmERA1 表达模式
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张杨 孙明 杨海燕 张启翔
采用同源克隆结合RACE技术从菊花脑叶片中克隆菊花脑(Chrysanthemum nankingense)热激蛋白70基因(hsp70)的cDNA序列,并通过荧光定量PCR(qRT–PCR)分析菊花脑在40℃高温下热激不同时间(0、0.5、1、2、3、6 h)后叶片中hsp70基因的表达差异。结果表明,克隆的cDNA序列全长2 224 bp,与水母雪莲花、紫茎泽兰的hsp70基因在核苷酸和氨基酸水平的同源性分别为88%、98%,表明该序列为菊花脑的hsp70基因序列(GenBank登录号,KJ561911),命名为Cnhsp70。Cnhsp70基因的开放阅读框为1 944 bp,其编码的蛋白(...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
司超娜 张嘉欣 陈发棣 蒋甲福
[目的]本文旨在克隆菊花‘神马’CmCDKL9基因,并初步分析其表达模式,为探究其在调控开花方面的功能奠定基础。[方法]从夏菊品种‘优香’的转录组数据库中筛选获得编码丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的基因CmSTK1/CDKL9,命名为CmCDKL9;以野生型菊花‘神马’cDNA为模板对该基因的cDNA全长进行克隆,再运用生物信息学方法对蛋白的功能和特性进行分析预测,同时利用实时定量PCR分析该基因在不同光周期处理下的表达情况。[结果]CmCDKL9基因cDNA全长1 680 bp,包含1个1 671 bp开放阅读框,编码556个氨基酸,相对分子质量为62.3×10~3,理论pI为9.60。系统进化树分析显示,CmCDKL9与拟南芥等其他物种CDK类基因起源相同,而与黄花蒿中CDKL9的同源基因亲缘关系最近。亚细胞定位表明,CmCDKL9定位于细胞核与细胞膜。启动子元件分析表明,CmCDKL9基因启动子含有G-box、AE-box等多个光信号响应顺式元件。荧光定量PCR分析表明,在营养生长时期和花芽分化时期CmCDKL9基因在菊花‘神马’的根、茎、老叶和幼叶/花蕾中均有表达,在营养生长时期幼叶中的表达量最高,而老叶中的表达量最低;在花芽分化时期花蕾中的表达量最高,而根中表达量最低。不同光周期处理表明,CmCDKL9响应光周期处理,长日照条件下表达量表现出类似节律的变化。[结论]本文克隆得到菊花CmCDKL9基因,表达模式分析表明该基因响应长日照变化。
[期刊] 水产学报
[作者]
舒妙安 张龙韬 徐宾朋 胡杭娇 郭晓令
采用RT-PCR及RACE技术,从拟穴青蟹眼柄组织中克隆获得14-3-3基因cDNA全序列。序列分析结果表明:拟穴青蟹14-3-3基因全长1 112 bp,开放阅读框长744 bp,编码由247个氨基酸组成的蛋白,分子量为28.086 ku,等电点为4.675。与其他物种14-3-3基因氨基酸序列进行同源性比较分析显示,拟穴青蟹14-3-3基因与斑节对虾14-3-3基因同源性最高(95%),依次为墨吉对虾(93%)、苜蓿切叶蜂(92%)。聚类分析表明,拟穴青蟹14-3-3基因氨基酸序列与斑节对虾、墨吉对虾紧密聚为一支。经荧光定量检测,拟穴青蟹14-3-3基因在肝胰腺和肌肉中的表达量较高,其次为...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王有昆 刘萍 李吉涛 李健
利用本实验室构建的脊尾白虾（ＥｘｏｐａｌａＥｍｏｎ ｃａｒｉｎｉｃａｕｄａ）血细胞ｃｄｎａ文库中脊尾白虾１４－３－３巨球蛋白基因ＥＳＴ序列，采用ｃｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃＥ）技术，克隆获得脊尾白虾１４－３－３基因ｃ ｄｎａ全长，命名为Ｅｃ１４－３－３。该基因全长２９０５ ｂｐ，包含７４４ ｂｐ的开放阅读框，编码２４７个氨基酸组成的蛋白质，分子量为２７．９５ ｋｄ，理论等电点为４．６５。同源性分析表明，脊尾白虾Ｅｃ１４－３－３氨基酸序列与斑节对虾（ｐＥｎａＥｕＳ ｍｏｎｏｄｏｎ）１４－３－３的同源性最高，达到９８％。荧光定量ｐｃｒ分析结果表明，Ｅｃ１４－３－３基因在血细胞、卵巢、肝胰腺等组织中．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王晓伟 高洁 张子平 邹志华 贾锡伟 林鹏 王艺磊
利用SMART RACE技术克隆得到拟穴青蟹ERK信号通路的酪氨酸3-加单氧酶/色氨酸5-加单氧酶激活蛋白ζ(14-3-3ζ蛋白)基因。其cDNA全长1 092 bp,编码248个氨基酸。实时定量PCR结果显示14-3-3ζ基因在各组织器官均有表达,但在卵巢中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),在卵黄发生中期14-3-3ζ的表达量显著高于增殖期(P<0.05),推测其在青蟹卵巢中发挥重要作用。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
申建梅 胡黎明 宾淑英 林进添
【目的】克隆桔小实蝇14-3-3蛋白的基因(Bactrocera dorsalis14-3-3,Bdor14-3-3),研究Bdor14-3-3mRNA在不同组织和不同发育时期的表达情况,探索其是否参与了桔小实蝇的发育过程。【方法】采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)和快速扩增cDNA末端(RACE)技术克隆Bdor14-3-3;采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法,研究Bdor14-3-3 mRNA在桔小实蝇不同组织及不同发育时期的相对表达量。【结果】克隆获得了Bdor14-3-3基因,其编码区长度为747 bp,编码248个氨基酸残基。氨基酸序列一致性分析表明,在昆...
[期刊] 华北农学报
[作者]
章文贤 蒋咏梅 贺望兴 郭文燕 黄晓菊 郑素云
通过电子克隆技术,获得14-3-3基因的cDNA序列全长,并采用生物信息学方法,借助电子计算机和相关的生物信息学软件,对该基因编码蛋白从基本理化性质、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜区结构、信号肽、高级结构及系统发育树分析等进行了预测和分析。该cDNA编码蛋白由257个氨基酸组成,相对分子质量为29.014 5 kDa,亲水性和疏水性比较平衡,定位于细胞质,不存在信号肽,无跨膜螺旋区,且二级结构由6.23%无规则卷曲,66.54%α-螺旋和27.24%延伸链组成。同源比对分析显示,该酶基因编码的氨基酸序列与污叉丝孔菌、双孢菇和木耳等蘑菇类高等真菌中的14-3-3基因所编码的氨基酸序列高度同源。...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王威姣 李菲 张皖皖 王银杰 宋爱萍 蒋甲福 陈发棣 陈素梅
[目的]本文旨在克隆菊花β-石竹烯合成酶同源基因(CmTPS1like)并探讨其参与蚜虫取食和茉莉酸甲酯(MeJA)处理应答表达的机制。[方法]以菊花‘神马’为试验材料,采用高保真PCR及染色体位移法分别克隆CmTPS1like基因全长及上游启动子序列,并采用RT-qPCR分析CmTPS1like基因的组织特异性表达以及响应蚜虫取食和MeJA处理的表达模式。[结果]CmTPS1like基因开放阅读框(ORF)共有1 644个碱基,编码548个氨基酸,且与菊科植物野菊同源性最高(95.26%)。CmTPS1like基因上游启动子区包括2个MeJA响应元件、5个MYC结合元件、2个MYB结合元件、5个光响应元件等。CmTPS1like基因在茎中表达量最高,叶和根中表达量次之,花中表达量最低。蚜虫取食12和24 h后,菊花叶片中CmTPS1like基因的表达水平上调。随着MeJA处理时间的增加(3～24 h),CmTPS1like基因被持续诱导表达。[结论]CmTPS1like基因在菊花‘神马’茎中表达量最高,其表达受蚜虫取食和MeJA处理的影响。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
楼望淮 安娟 宋爱萍 陈素梅 蒋甲福 陈发棣 房伟民 管志勇
【目的】为了研究翻译起始因子4E在菊花中的表达特性及功能,克隆菊花翻译起始因子4E(CmeIF4E)基因,分析其表达特性并初步筛选得到菊花CmeIF4E的互作蛋白。【方法】根据已报道植物的eIF4E序列设计引物,采用RT-PCR和RACE技术克隆菊花eIF4E基因,荧光定量PCR及亚细胞定位分析菊花CmeIF4E的表达特性,并用酵母双杂交系统筛选其互作蛋白。【结果】克隆获得菊花eIF4E基因全长914 bp,其开放阅读框(ORF)654 bp,编码1条包含218个氨基酸残基的多肽,将该基因名为CmeIF4E,GenBank登录号为JQ904591。氨基酸序列比对和系统进化分析表明,菊花CmeI...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙霞 王秀峰 郑成淑 邢世岩 束怀瑞
【目的】克隆菊花节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,进行序列信息学分析,研究其mRNA的相对定量表达。【方法】利用多聚酶链式反应(PCR)结合5′RACE、3′RACE技术,克隆节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,应用生物信息学软件对获得的基因核苷酸序列及编码的蛋白质序列进行分析;通过在线建模软件对蛋白质的三维结构进行建模预测;利用实时荧光定量PCR技术,用2-△△Ct法进行GIGANTEA的mRNA相对定量表达分析。【结果】从菊花品种‘Jinba’中克隆得到节律钟输出基因GIGANTEA的cDNA全长序列,核苷酸序列长度3 461 bp,开放阅读框3 453 bp...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王萃铂 张瓒 张晓雪 展妍丽 亓钰莹 蒋甲福
［目的］研究菊花转录因子Ｃｍ ｍＹＢ５９的功能，阐释其对冷胁迫的影响。［方法］以菊花品种‘神马’为试验材料，采用ＲＡＣＥ和ＲＴ－ＰＣＲ技术克隆得到一个ｍＹＢ转录因子的Ｃ ＤＮＡ全长及其可变剪切；采用实时荧光定量ＰＣＲ法研究了ＣｍｍＹＢ５９在不同组织器官及低温胁迫下的表达，通过酵母单杂交验证了其转录激活的活性，同时通过洋葱表皮细胞瞬时表达系统进行亚细胞定位。［结果］该基因全长９０４ ＢＰ，开放阅读框为７６８ ＢＰ，编码２５５个氨基酸，蛋白质相对分子质量为６１．９９×１０３。生物信息学分析表明，此基因为典型的Ｒ２Ｒ３型ｍＹＢ转录因子，具有保守的结构域和调控基序，因与拟南芥的ＡＴｍＹＢ５９同源性较高．．．
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