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[期刊] 水产学报
[作者]
尚慧文 刘志刚 朱华平 高风英 可小丽 卢迈新
为了探讨罗非鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化模式的变化,运用甲基化敏感扩增多态技术(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析橙色莫桑比克罗非鱼、荷那龙罗非鱼及其杂交种莫荷罗非鱼"广福1号"的皮肤、肌肉和鳃等11种组织的DNA甲基化水平差异。采用16对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳带型分析结果显示:莫荷罗非鱼"广福1号"及其亲本在不同组织间的甲基化水平存在组织特异性,相同组织不同亲、子代罗非鱼间的甲基化程度亦不同;橙色莫桑比克罗
[期刊] 水产学报
[作者]
朱华平 卢迈新 黄樟翰 高风英 可小丽 刘志刚 李庆勇 刘玉姣
以经过连续多代抗寒选育获得的尼罗罗非鱼耐寒品系为实验材料,采用DNA甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)分析方法从全基因组水平上探讨了低温适应对罗非鱼DNA序列中CCGG位点的甲基化水平的影响。结果显示,选用的18对选择性扩增引物共检测到849个位点。耐寒品系检测到的位点数为411个,对照组为438个,其中发生甲基化的位点数分别为72和104个,总甲基化率分别为17.52%和23.74%;全甲基化位点分别为37个和65个,全甲基化率分别为9.00%和14.84%;半甲基化位点分别为35个和39个,半甲基化率分...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张芙蕊 韩若冰 郭梦雅 赵洵武 李和平
为探究COL1A1基因表达的Ⅰ型胶原蛋白α1链在组成生物体结构和骨发育中的重要作用，以梅花鹿茸生长过程的小鞍子（前期）、二杠（中期）和三杈茸（后期）3个典型时期鹿茸顶端组织及其茸皮、间充质、前软骨和软骨4个组织层为试验材料，采用亚硫酸氢盐测序法（BSP技术），从时空角度研究鹿茸生长过程中顶端不同组织COL1A1基因启动子区DNA甲基化模式及其相互间DNA甲基化差异。结果显示：1)COL1A1基因在前、中、后期的茸皮组织中的甲基化率分别为（9.73±0.92）%、（7.60±0.69）%和（3.73±0.23）%；间充质组织中的甲基化率分别为（3.20±0.40）%、（1.33±0.23）%和（1.60±0.69）%；前软骨组织中的甲基化率分别为（4.67±0.83）%、（2.53±0.46）%和（2.67±0.23）%；软骨组织中的甲基化率分别为（5.60±0.40）%、（2.80±0.40）%和（2.27±0.61）%。2)COL1A1基因启动子区的甲基化区域共有25个CG位点，在17个CG位点上均发生了不同程度的甲基化。3）对COL1A1基因启动子区DNA甲基化差异分析发现，相同时期中，茸皮组织甲基化率最高，间充质组织甲基化率最低；相同组织中，中期比前期显著下调；CG位点的比较中，前期与中期的CG位点差异程度较大。综上，COL1A1基因在快速生长期，以及在间充质组织、前软骨组织、软骨组织中对鹿茸生长具有促进作用。在DNA甲基化水平上探究梅花鹿鹿茸不同组织的时空表观遗传差异，为鹿茸快速生长与骨化机制的研究，以及哺乳动物组织再生和器官修复等领域的研究提供了科学参考。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘昔辉 桂意云 张荣华 李海碧 韦金菊 周会 杨荣仲 张小秋 李杨瑞
为分析河八王及后代基因组DNA甲基化水平和遗传模式变化,以河八王及其后代F_1和BC_1为材料,采用甲基化敏感扩增多态性技术(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)结合毛细管电泳技术(Capillary electrophoresis,CE)分析亲本及后代基因组DNA甲基化水平和遗传模式变化规律。结果表明:母本‘GT05-3256’的MSAP比率是59.6%,父本‘GXN1’则是60.5%,其杂交种F_1的MSAP比率是56.4%～59.0%,均低于双亲;BC_1的母本‘YC94-46’的MSAP比率是59.4%,父本‘T6-3’则是59.0%,BC_1MSAP比率是56.9%～69.8%,整体平均为62.8%,平均值高于双亲。BC_1世代总甲基化水平略高于F_1世代水平。F_1和BC_1基因组CCGG位点发生甲基化的方式整体上以内部胞嘧啶双链甲基化为主。在F_1和BC_1中均检测到70种甲基化类型,并进一步分为A、B、C、D和E等5大类,其中A类是亲本向杂交种的甲基化遗传类型;B类是去甲基化类型,表示杂交种相应于其亲本的甲基化减弱;C类是过或超甲基化类型,表示杂交种相应于其亲本的甲基化增强;D类是次甲基化类型,杂交后代甲基化水平比双亲均要低;E类为不定类型。结果显示,B、C、D、E是杂交种的甲基化变异类型;F_1的甲基化遗传类型(A类)比例明显低于BC_1,但变异类型B、C、D、E高于BC_1;杂交形成F_1和BC_1过程中,基因组DNA普遍发生了超甲基化修饰。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
白小青 王金勇 陈英 潘红梅 刘文 李军峰
【目的】探讨荣昌猪基因组DNA甲基化水平随生长发育阶段和组织类型不同而变异的规律。【方法】采用HPLC法分别检测了荣昌猪阉公猪心脏、肝脏、半膜肌3种组织在10,20,35,50,80和100 kg体质量阶段基因组DNA的甲基化水平,分别以体质量和组织类型为影响因素进行单因素方差分析。【结果】与10 kg体质量阶段的基因组DNA甲基化水平相比,3种组织基因组DNA甲基化水平均随个体体质量的增加而呈下降趋势,但不同组织下降的幅度不同:心脏基因组DNA甲基化水平在35 kg时开始明显下降(P<0...
关键词：
荣昌猪 高效液相色谱 DNA甲基化
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周贝贝 文明 马庆国 裴东
以‘中宁强’核桃品种成熟叶片为材料,采用优化的MSAP反应体系,在全基因组水平对核DNA进行甲基化修饰位点分析,结果表明:选用20对引物组合,共扩增出1 060条清晰、重复性好的谱带,平均每对引物扩增出53条谱带,其中,甲基化位点241个,甲基化修饰比例为22.73%。对部分核桃DNA甲基化修饰位点进行回收测序,得到10条存在DNA甲基化修饰的DNA序列,BLASTn分析表明,核桃基因组中多种类型的DNA序列存在甲基化修饰现象。
关键词：
核桃 MSAP DNA甲基化 表观遗传学
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
胡宇平 张金耀 林瑞意 林威敏 陈静 汪稳 肖天放
为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲基化水平.结果表明:心脏和肝脏组织的甲基化水平随日龄增长呈下降趋势,且日龄间的甲基化水平差异显著(P0.05),但显著高于210日龄(P<0.05);25日龄脂肪和耳组织的甲基化水平显著高于1和210日龄(P0.05);3个日龄的肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间的甲基化
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨勤 柴志欣 王吉坤 王会 钟金城
为了探究骨骼肌α肌动蛋白1(ACTA1)基因在肌肉和脂肪等6个组织中的甲基化状态及mRNA表达水平,以类乌齐牦牛、麦洼牦牛为研究对象,成功克隆了牦牛ACTA1基因启动子区序列,且采用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)检测ACTA1基因启动子区甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测ACTA1基因在臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪组织中的mRNA表达水平。结果显示,牦牛ACTA1基因转录起始位点上游及第一外显子区部分序列总长为1 028 bp;BSP法分析发现肌肉组织DNA甲基化水平最低,脂肪组织甲基化率最高,其中,类乌齐牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为6.25%,6.88%,20.00%,16.25%,26.25%,29.38%,麦洼牦牛臀大肌、心脏、肾脏、肺脏、肝脏和脂肪的甲基化概率分别为5.00%,7.50%,18.13%,20.00%,26.25%,28.75%;ACTA1基因mRNA表达量在肾脏、肺脏、肝脏和脂肪均极显著低于臀大肌(P<0.01),且显著低于心脏(P<0.05),类乌齐牦牛和麦洼牦牛心脏mRNA表达量具有显著性差异(P<0.05),类乌齐牦牛肺脏组织甲基化率显著低于麦洼牦牛(P0.05),各组织甲基化水平与ACTA1基因mRNA表达量呈极显著负相关(r=-0.797,P=0.002)。结果表明,ACTA1基因DNA甲基化模式对肌肉发育具有一定的调控作用,可为牦牛遗传育种表观遗传标记提供部分数据支持。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李欣容 廖梅杰 李彬 荣小军 畅孟阳 王印庚 于永翔 张正 范瑞用 刘清兵
为探讨病原菌胁迫刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异，本研究采用人工攻毒侵染胁迫，获得刺参化皮体壁组织，并以未攻毒组的健康体壁组织为对照，对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序，解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异，筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时，通过基因组甲基化和转录组联合分析，筛选负相关关联基因，为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示，刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%，侵染组甲基化水平显著升高；在发生甲基化的位点中，攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%，mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出DMRs 626，677个，注释到23，706个功能基因。转录组测序共检测到29，290个基因，筛选到差异表达基因496个，其中，上调基因214个，下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中，筛选到180个负相关关联基因，其中，差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析，筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供基础数据，也有助于为刺参抗病性状选育提供科学参考。
关键词：
刺参 DNA甲基化 转录组 关联分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李增强 史奇奇 孔祥军 汤丹峰 廖小芳 韦范 何冰 莫良玉 周瑞阳 陈鹏
为分析红麻不育系中甲基化模式,以红麻不育系UG93A和保持系UG93B为试验材料,分别提取2个材料的苗期叶片、四分体时期和双核期花药的基因组DNA(gDNA),采用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析比较其不同生长发育时期基因组DNA甲基化的变化规律,并研究甲基化变化基因的表达模式。结果表明:1)红麻生长发育过程中基因组DNA甲基化呈现一定的时空动态变化规律,不育系UG93A和保持系UG93B苗期叶片的甲基化率分别为56.79%(全甲基化率为44.25%,下同
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄韫宇 张海军 邢燕霞 齐艳 孙倩倩 周春蕾 赵冰 郭仰东
【目的】研究黄瓜种子萌发过程中DNA甲基化动态变化情况以及外源施加NaCl对种子萌发及种子DNA甲基化水平的影响,探索DNA甲基化在黄瓜种子萌发过程及NaCl胁迫反应中的作用。【方法】运用甲基化敏感扩增多态性(methylation se nsitive amplified polymorphism,MSAP)技术,分析0、150、200 mmol.L-1 NaCl处理下,黄瓜种子萌发过程(0、1、2、4、6、8 d)的DNA甲基化水平及动态变化情况。【结果】MSAP结果显示,黄瓜种子CCGG位点的甲基化水平约15.25%,以双链甲基化方式为主。种子中DNA甲基化水平在萌发1—2 d略有升高,...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜群 于红 孔令锋 李琪
采用荧光标记的甲基化敏感性扩增多态性(F-MSAP)技术对太平洋牡蛎(Crassostrea gigas)的6个组织进行全基因组CCGG位点甲基化水平的检测。结果表明:鳃、闭壳肌、外套膜、唇瓣、性腺、消化盲囊6个组织的甲基化水平分别为:31.77%、36.41%、32.00%、36.47%、32.77%和37.92%。甲基化模式分为全甲基化和半甲基化,在太平洋牡蛎中,全甲基化模式与总体甲基化水平一致,消化盲囊、唇瓣、闭壳肌组织的甲基化水平较高,而鳃、外套膜、性腺组织的甲基化程度较低;半甲基化位点显著少于全甲基化位点,并且不同组织间的半甲基化位点不存在显著性差异,而从全甲基化位点及总甲基化水平分...
关键词：
太平洋牡蛎 基因组 甲基化 F-MSAP
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
魏国华 曹哲明 丁炜东 邴旭文
为研究光照周期对黄鳝不同组织的基因组DNA甲基化的影响,设置3个不同的光照时间(8、10和12h)处理,对黄鳝心、肝、脾、肾、肠、肌肉和脑等组织基因组DNA甲基化用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术进行分析。结果显示,不同组织基因组DNA对光照时间有不同的反应。其中,肌肉基因组DNA甲基化对光照周期的变化较为敏感,不同光照周期下肌肉基因组DNA总甲基化差异显著,光照周期为12h半甲基化和其他处理相比差异也很显著;肾脏和脑的基因组DNA甲基化对光照周期变化最不敏感,各处理组之间全甲基化、半甲基化和总甲基化...
[期刊] 华北农学报
[作者]
聂利红 王延召 孙其信 房卫平 谢德意
利用MSAP方法分析了小麦从四倍体到六倍体进化过程中甲基化水平和甲基化遗传模式的变化。结果表明,人工异源六倍体小麦SCA/SQ(AABBDD)及其四倍体母本SCAUP(AABB)、二倍体父本粗山羊草SQ523(DD)的总甲基化水平分别为28.21%,27.53%,24.11%。37对引物检测到1 087条差异的扩增片段,对这些位点的甲基化遗传模式进行分析,结果表明,在人工异源六倍体中发生过甲基化的比例为18.95%,高于去甲基化的比例(2.58%)。这些结果揭示了小麦从四倍体到六倍体的进化过程中,通过对一些功能基因的甲基化来减轻异源多倍化造成的影响。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李炎璐 陈超 陈建国 翟介明
为探讨石斑鱼杂种优势形成过程中基因组DNA甲基化水平的变化,本研究采用甲基化敏感扩增多态性(Methylation-sensitiveamplificationpolymorphism,MSAP)技术检测云纹石斑鱼(Epinephelus moara)、鞍带石斑鱼(Epinephelus lanceolatus)及云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F_13个群体的基因组DNA甲基化水平,分析杂交F_1与亲本基因组DNA甲基化水平的差异。结果显示,云纹石斑鱼和鞍带石斑鱼的基因组DNA属于甲基化程度较高的类群;云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及其杂交F_1的DNA总甲基化率分别为60.62%、59.38%和55.78%,DNA全甲基化率分别为31.37%、30.67%和29.27%,DNA半甲基化率分别为29.25%、28.71%和26.51%;杂交F_1的DNA总甲基化率、全甲基化率和半甲基化率均低于双亲,并存在极显著差异(P
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