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[期刊] 华北农学报
[作者]
梅瑜 李向荣 蔡时可 顾艳 王继华
为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台,以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料,使用单分子长读数测序技术(SMRT)对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10 994 967个高质量reads和384 072条全长非嵌合序列(FLNC),测序数据经质控后获得90 856个转录本;获得的所有转录本经NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO数据库进行注释和功能分类,结果有85 239个单基因被注释,NR注释数量最多为84 675个,占93.2%;KEGG注释的基因最少,22 330个基因被注释到132条途径,代谢途径分布的基因较多(9 368,41.95%)。预测到3 507个转录因子,bHLH转录因子家族的基因最多。14 127个基因被分配到17个R基因类别,主要为RLP类。检测到33 660个SSR序列,多为AG/CT类型。分析黄酮类生物合成途径,发现与黄酮类合成相关的基因110个,其中,26个编码HCT,3个编码CHS,7个编码CHI。PacBio测序平台能获得更长的转录本,SMRT技术能够深入挖掘甘葛藤转录数据,比第二代测序技术能够获得更高的转录本注释率。在高通量全长转录组水平对甘葛藤进行了研究,为甘葛藤的分子生物学研究提供了较可靠、全面的转录组数据,为进一步开发甘葛藤的分子标记和挖掘优良基因提供了科学依据。
关键词:
甘葛藤 药食同源 全长转录组 育种
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
宁晓波 项文化 梁小翠 方晰
对贵州花溪区石灰土及水土保持植物葛藤化学元素的含量进行了研究.结果表明:(1)石灰土pH值为7.98,有机质含量为56.60 g.kg-1.全N、全P含量分别为3.56、0.64 g.kg-1,N和P有效率低,速效N仅占全N含量的0.47%,速效P仅占全P的1.46%.全K含量为6.92 g.kg-1,属缺K型土壤.全Ca、全Mg含量分别为15.44、2.74 g.kg-1.(2)微量元素含量依次排序为Fe>Mn>Zn>Ni>Pb>Cu>Co>Cd.全Pb、全Zn、全Cu含量均未超过我国土壤环境质量标准(GB15618-1995)中的3级标准,可以作为林地使用.(3)水土保持植物葛藤体内不同元...
[期刊] 草业科学
[作者]
邓素媛 易显凤 庞天德 史静 丘金花 黄志朝
本试验研究日粮中添加不同比例的葛藤(Pueraria lobata)发酵料对桂科黑猪生长性能、屠宰性能以及肉质的影响,为应用葛藤发展养猪业提供参考依据。试验选取健康状况良好、体重相近的桂科黑猪32头,随机分为4组,对照组只饲喂基础日粮,试验Ⅰ组、Ⅱ组及Ⅲ组分别在基础日粮中添加配制好的5%、10%及15%的发酵葛藤,预试期10 d,正式期90 d。结果表明,试验I组肉猪日采食量最高,生长速度最快,平均日增重达746.73 g;屠宰性能最优,屠宰活重、胴体重、屠宰率、第十肋肌面积均最高;肉色、系水力、剪切力、pH的猪肉品质指标与对照差异不显著;从血液生理生化指标来看,试验Ⅰ组桂科黑猪的血液丙氨酸转氨酶含量最低,一定程度上反映了其肝功能较其他处理组有所改善。因此发酵葛藤用于桂科黑猪育肥,以添加5%的发酵葛藤为宜。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李建丰 田明义 古德就 孙江华
利用葛藤节肢动物类群有关的结构指数进行了主分量分析 (PCA) ,构建了评价类群结构的综合指标 (第 1主分量和第 2主分量 ) ,并根据第 1和第 2主分量得分进行二维排序 ,结果表明葛藤节肢动物类群结构在时间系列上保持稳定 ,但在个别时间点上表现出差异和波动 ;结果还表明 ,多样性指数H′是衡量节肢动物类群结构最重要的指标。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋向飞 雷雅坤 刘宁 胡景辉 孙丽敏 李树仁
药食同源植物活性物质具有多环节、多层次、多靶点特点,其发展为降尿酸药物减毒增效及辅助治疗高尿酸食品开发提供新思路。基于嘌呤代谢和尿酸产生途径,概述了高尿酸血症化学合成药物治疗情况,对植源性天然产物提取和高尿酸血症动物模型建造现状进行梳理;从抑制尿素合成、促进尿酸排泄、肾保护作用及减轻炎症等方面分析了典型药食同源植物活性物质调节尿酸代谢途径;最后对药食同源植物活性物质未来发展趋势进行展望。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋向飞 雷雅坤 刘宁 胡景辉 孙丽敏 李树仁
近年来,我国高尿酸血症患者明显上升且呈年轻化发展趋势。高尿酸血症是痛风、糖尿病、高血压等多种慢性疾病的重要枢纽。药食同源指既有食用功能,也有药用功能。花叶类植物提取物富含多种天然活性物质,具有饮用方便、药性温和的特点,在调控机体代谢方面疗效显著。基于药食同源原料目录、相关药典及Patsnap、CNKI、Web of Science数据库,筛选适合高尿酸血症或痛风患者食用的低嘌呤特色花叶类植物,并对其主要功能成分和功效进行了论述。旨为高尿酸血症患者日常生活中合理搭配饮食提供参考,引导人们健康饮食,有助于将血尿酸水平控制在理想范围内。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨芩 付燕 刘雅兰 张婷渟 彭舒 邓洁
【目的】探明影响枇杷果实发育的优良性状功能基因,为分子辅助育种创制枇杷高糖果实特异种质和生产高糖枇杷果实品质调控提供参考。【方法】采用Illumina NovaSeq 6000对高糖枇杷果实发育后期5个阶段的果肉转录组进行测序,基于差异表达基因的基因本位数据库(GO)、Pathway显著性富集(KEGG)和蛋白家族数据库(Pfam)分析,挖掘与植物激素信号转导相关差异表达基因,分析其生长发育调控网络,揭示优良性状的分子机制。【结果】枇杷高糖果实5个时期15个样品共获97.67 Gb 高质量转录组数据,4个对比组合共筛选获得16 220个差异表达基因,其中对比组合DAF170 vs DAF180的差异表达基因最丰富,共获得11 123个差异表达基因,其中4 066个差异表达基因映射到135条KEGG代谢通路,碳代谢、光合作用、光合作用天线蛋白、植物激素信号转导,及淀粉和蔗糖代谢5个代谢途径为富集基因数目最多的5个通路。进一步筛选获得与植物激素信号转导通路相关的差异表达基因326个,其中与生长素、细胞分裂素、赤霉素、脱落酸、乙烯、油菜素内酯、茉莉酸和水杨酸信号转导相关的差异表达基因分别为61个、36个、43个、20个、29个、100个、27个和10个。【结论】生长素、细胞分裂素、赤霉素、脱落酸、乙烯、油菜素内酯、茉莉酸和水杨酸可能协同调控枇杷果实后期发育,调控糖分的积累;这些结果为深入研究枇杷果实糖积累的分子机理,以及开展枇杷分子辅助定向育种和品质调控提供基础依据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes),其中有54 099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘小红
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经m RNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5 914 711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236 130个全长非嵌合读段(reads)和97 626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61 057个全长一致性读段(unigenes),其中有54 099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。
[期刊] 华北农学报
[作者]
陶晡 刘彬 司贺龙 赵斌 邢继红 董金皋
hrp基因是植物病原细菌中一类重要的致病基因,一般成簇排列。对14种已完成全基因组测序的植物病原细菌基因组中的hrp基因簇进行了大小、G+C含量、基因组成的BlastP比较。发现它们的大小在18~24 kb,由22~28个基因组成。欧文氏菌属和假单胞菌属的菌株中G+C含量较低,拉尔氏菌属和黄单胞菌属菌株的G+C含量较高。而且,各菌属的基因簇都有其独有的hrp基因,如假单胞菌属是hrpK1、hrpV、hrpA;欧文氏菌属是hrpT、hrpV、hrpA;拉尔氏菌属是hrpZ、hrpX、hrpY、hrpV;黄单胞菌属是hrpE、hrpD6、hpaA。其中,基因hrpA1、hrpA、hrpY和hrpE...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
黄笛 孙明 袁存权 程堂仁 王佳 张启翔
CYC同源基因作为控制花瓣对称性形成的关键基因,在菊科头状花序中主要调控着舌状花(两侧对称)的生长发育。菊科植物中舌状花的有或无及其分子调控机制和演化过程一直备受关注。本研究从花型不同的川甘亚菊、戈壁短舌菊和神农香菊中分别同源克隆了转录因子基因CYC2d。3个序列与菊花CmCYC2d基因氨基酸序列的比对结果显示其同源性均超过90%,且均含有保守的TCP和R结构域。半定量RT-q PCR结果显示,CYC2d在地被菊品种‘毛香玉’幼嫩花序中的表达量最高,而在川甘亚菊和戈壁短舌菊中的表达量非常微弱。因此,进一步
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姚松林 王济虹
本文报道南蛇藤属4种植物——苦皮藤(Celastrusangulatus)、穗花南蛇藤(C.vanioti)、大芽南蛇藤(C.gemmatus)和显柱南蛇藤(C.stylosus)的根皮乙醇提取物对二斑波缘龟甲(Basiprionotabisignsata)、菜青虫(Pierisrapae)和家蚕(Bombyxmori)幼虫拒食作用的测定结果表明,4种植物的根皮乙醇提取物均表现出显著的拒食作用,比较4种植物的拒食活性差异,其活性大小为:苦皮藤、穗花南蛇藤>大芽南蛇藤>显柱南蛇藤,说明在南蛇藤属植物中除了苦皮藤外,穗花南蛇藤、大芽南蛇藤和显柱南蛇藤也是具拒食作用的杀虫植物资源。
关键词:
南蛇藤属,拒食作用,昆虫
[期刊] 林业科学
[作者]
郝朝运 张小平 张昱 李文良
在永瓣藤模式标本产地安徽祁门县棕里村设置4块样地,应用相邻格子法调查获取野外资料。对永瓣藤种群进行统计,编制种群的特定时间生命表、绘制存活曲线,并应用理论分布模型和聚集强度指数分析种群分布格局。结果表明:1)由于群落环境因子的差异,不同永瓣藤种群的静态生命表和存活曲线存在差异。总体而言,棕里村永瓣藤种群以幼龄个体数量最多,中龄级别个体数量稍减,老龄个体最少,种群更新情况良好。2)不同样地的种群格局强度存在一定的差异,聚块规模大体位于4m2或16m2附近。不同发育阶段种群空间分布格局有差异,幼龄个体大多为集群分布,在从幼龄→老龄的时间序列上呈扩散趋势。3)永瓣藤种群特征受到了多种因素的综合影响,...
[期刊] 林业科学
[作者]
谢国文 彭晓瑜 郑燕玲 张金杏
采用ISSR分子标记技术研究永瓣藤居群的遗传多样性,用10个ISSR引物对全分布区10个天然居群的190个单株进行扩增,得出总的多态位点百分率为39.2%。Shannon多样性指数(Ho)为0.045~0.101,居群水平上平均值(Hpop)为0.083,物种水平上(Hsp)为0.183,表明遗传多样性均较低。用POPGENE计算出的遗传分化系数GST为0.5672,即居群间的遗传分化占居群总遗传变异的56.72%,显示永瓣藤居群间分化较强烈。地史变迁和植被破坏引起的居群片断化、小居群致使基因流受阻以及永瓣藤自交的繁殖方式都加剧了居群间的遗传分化。研究结果还表明永瓣藤居群间遗传距离与地理距离密...
关键词:
永瓣藤 克隆植物 遗传多样性 ISSR
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
刘云辉 李珅 王洋 羊健 周伟 沈亚芳
GRAS是重要的植物转录调控因子,依据结构特征分为10个主要亚家族。目前已在许多药用植物和其他植物中开展了GRAS转录因子的研究,发现其家族成员广泛参与生长、发育、非生物胁迫响应、信号转导相关应答、初级和次级代谢等过程。对GRAS转录因子的结构特征、功能作用以及在药用植物中的研究进展进行了综述。结合自身研究对药用植物研究前景进行分析后指出,后续研究可以聚焦以下几个方面:首先重点解析每个GRAS亚家族保守结构域的功能;其次是分析GRAS蛋白N端可变序列的进化特征;再者是解析GRAS家族成员调控品质和响应逆境胁迫的分子调控网络;最后是解析表观遗传调控与GRAS的协同作用模型。图1表2参39
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