【目的】构建荣昌猪唾液腺全长cDNA文库,并进行部分表达序列标签(ESTs)的测序及分析,为荣昌猪种质资源的保存、开发和挖掘提供重要的分子信息。【方法】以14日龄荣昌猪仔猪为材料,取其唾液腺,采用SMART法构建唾液腺全长cDNA文库,并进行ESTs测序、注释及功能分析。【结果】初级文库滴度为5.88×106PFU/mL,重组率为99.67%,大部分插入片段长度为4002 000bp。共获得144条有效ESTs序列,共计108条非重复序列,包括23个重叠群和85个单一序列,77(占71.29%)条序列为已

【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...

以鳜(Siniperca chutasi)肌肉为实验材料,采用非均一化引物定向克隆技术构建了鳜肌肉组织cDNA文库,并进行大规模EST测序和序列分析。结果显示,cDNA文库的库容量为2.3×105,重组率达96.5%,平均插入片段长度为1.2 kb。随机挑选5456个克隆,成功测序5191个,其中高质量序列5063个,达97.5%。利用PHRAP程序聚类拼接后,得到1625条非冗余序列,包括443个重叠群(Contigs),1182个单拷贝(Singlets)。使用BLAST软件将这些序列同GenBank等数据库进行比对、注释,发现1625个非冗余序列与鳜肌肉结构和发生相关,而其中991条序列...

用定向克隆法构建了枣(Ziziphus jujubaMill)生长初期结果枝的部分cDNA文库,获得1338个阳性克隆,有557个携带cDNA片段,选取469个长度在500 bp以上的进行测序,得到390个有用序列,其中281个ESTs与NCBI中已知功能基因相似性较高(其中重复性ESTs 101个),有68个ESTs是NCBI中有序列注释的未知蛋白,有41个ESTs是NCBI中没有的未知序列(新基因)。将已知基因进行功能分类,其中包含有参与基础代谢的基因46个,蛋白质合成与转运基因27个,光合作用基因24个,细胞结构基因22个,信号转导基因19个,细胞生长基因19个,抗病防御基因11个,花发...

【目的】比较蜂王浆高产蜜蜂（浆蜂，Apis mellifera liguatica）和意大利蜜蜂（意蜂，Apis mellifera liguatica）哺育蜂头唾腺、胸唾腺的蛋白质组差异，揭示唾液腺调控蜂王浆生产的分子基础，为解析浆蜂蜂王浆高产机理提供依据。【方法】解剖浆蜂、意蜂哺育蜂头唾腺和胸唾腺，提取蛋白质、液内酶切并进行液相色谱与串联质谱蛋白质组分析。采用MaxQuant软件对质谱数据定量和定性分析，利用Perseus软件对结果进行生物信息学分析。使用SignalP预测分泌性蛋白。利用ClueGO软件对唾液腺蛋白质组进行生物学进程和代谢通路富集分析。【结果】浆蜂和意蜂哺育蜂唾液腺共鉴定到2 335个蛋白，其中头唾腺1 823个，胸唾腺1 922个。浆蜂、意蜂头唾腺和胸唾腺核心蛋白表达谱相似，主要参与RNA代谢、核酸代谢、ATP代谢、蛋白质的翻译、翻译调控和分解代谢，为腺体行使生物学功能提供了必要的代谢能和核酸、蛋白质等原料。浆蜂、意蜂哺育蜂头唾腺和胸唾腺主成分分析（PCA）显示二者唾液腺分子基础在选育过程中出现了一定程度的分化。意蜂、浆蜂头唾腺分别上调表达254和333个蛋白，意蜂小分子、碳水化合物代谢等通路上调，浆蜂有机氮化合物合成、细胞氧化还原稳态、氨基酸代谢、氧化还原等通路上调，证明浆蜂头唾腺细胞蛋白质合成、氨基酸代谢旺盛、供能加强。意蜂、浆蜂胸唾腺分别上调表达412和162个蛋白，意蜂氧化磷酸化、翻译调控等通路上调，浆蜂氧化磷酸化、对有毒物质的反应等通路上调，说明浆蜂胸唾腺细胞抗逆水平提高。浆蜂、意蜂唾液腺共鉴定到43个分泌性蛋白，其中有15个也在蜂王浆中得到鉴定，蜂王浆主蛋白1、2、3、4、5、7同时在头唾腺和胸唾腺中检出，表明头唾腺和胸唾腺均参与了蜂王浆主蛋白的合成；参与花蜜转化的α-葡萄糖苷酶和参与化学信息素合成与释放的气味结合蛋白3、13、17、21同时在头唾腺和胸唾腺中检出，为花蜜转化和信息素合成奠定了基础。蜂王浆主蛋白1、2、3、7，昆虫储存蛋白70a、110，气味结合蛋白3、13、17、21以及与幼虫先天免疫紧密相关的转铁蛋白、载脂蛋白Ⅲ样蛋白均在浆蜂唾液腺中高表达，说明浆蜂唾液腺信息素和蜂王浆蛋白质合成较意蜂旺盛。【结论】浆蜂、意蜂唾液腺具有相似的核心蛋白质组以保证蜂王浆蛋白质、信息素和转化酶的合成与分泌。经过长期选育，浆蜂、意蜂唾液腺分子基础出现差异，浆蜂哺育蜂唾液腺较意蜂蛋白质合成、氨基酸代谢旺盛，细胞供能、抗逆性加强且分泌性蛋白普遍在浆蜂唾液腺上调表达，为浆蜂提供了更加持久和高效的蛋白质合成系统，促成了蜂王浆的高产。

为了探究饥饿胁迫对日本医蛭唾液腺基因表达水平的影响,本实验通过Illumina Hiseq 2500高通量测序平台分别对饥饿30 d处理组(D30)和饥饿0 d (D0)对照组的日本医蛭的唾液腺组织进行双端测序,对获得的原始数据进行质量控制及从头组装,获得145 981个unigenes,平均长度为675 bp,N50为1 127 bp。针对CDD、KOG、COG、NR、NT、PFAM、Swissprot、TrEMBL、GO和KEGG等数据库的序列比对分析,145 981个unigenes均能得到注释。通过引入TPM(transcripts per million)来估算基因表达水平,并通过DEGseq进行基因表达差异分析。以饥饿0 d为对照组,显著差异基因筛选条件设置为Q value2,获得2 650个差异基因,其中667个基因显著上调,1 983个基因显著下调。选取日本医蛭唾液腺4个重要功能基因进行荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。将所有差异表达基因进行GO功能富集分析,显著富集到175条途径,其中胞质核糖体途径富集程度最为显著,核糖体途径次之,且参与这些途径的差异基因基本均下调。KEGG通路富集分析进一步证明,差异基因在核糖体通路中富集程度最为显著。此外,差异基因中4个基因被预测参与抗凝、抗血栓、抗菌、抗炎和抗肿瘤过程,这可能在各种疾病的治疗中发挥重要作用。参与核糖体通路的基因表达量显著降低,表明日本医蛭唾液腺通过降低蛋白质代谢以应对饥饿环境。该实验结果为深入研究日本医蛭唾液腺饥饿胁迫适应的分泌调控机制以及药用价值基因的发掘提供了重要的参考材料,并为其他医学蛭类研究提供参考依据。

【目的】构建优质陆地棉栽培品种冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，降低纤维中存在的高峰度基因的拷贝数，提高发现纤维发育相关基因随机序列和稀有基因的效率，为公共数据库提供丰富的陆地棉ＥＳＴ资源。【方法】以优质陆地棉冀２２８开花后８—４０ Ｄ纤维为材料，将纤维全长ｃＤＮＡ与ＧＡＴＥｗＡｙ供体载体ｐ ＤＯＮＲ２２２重组，构建了棉花纤维的非剪切型全长ｃＤＮＡ原始文库。利用均一化技术获得均一化全长ｃＤＮＡ文库，进而测序获得大量的ＥＳＴ序列。采用生物信息分析手段，对所测ＥＳＴ进行拼接、比对、ｃＯＧ功能注释和ＧＯ注释。【结果】构建了优质陆地棉冀２２８纤维均一化全长ｃＤＮＡ文库，该文库初级文库库容为１．０６×．．．

以闽花6号花生为材料,利用SMART技术构建了花生果皮全长cDNA文库.从花生果皮中分离、纯化的cDNA片段连接到经SfiⅠ酶切的pDNR-LIB载体上,经电击转化获得原始文库,经过涂平板测定和酶切反应快速鉴定表明,原始文库滴度达1.3×107cfu,重组率达95.5%,插入片段大小多为750-2000 bp,平均大小在1000 bp左右.随机挑选30个单克隆进行双向测序,获得有效序列25条,序列经GenBank检索和生物信息学比较,17个获得了全长,所占比例为68%.有13条序列与其他植物已知功能氨基酸序列具有较高的相似性.说明得到了高质量的全长cDNA文库,这为筛选和克隆花生果皮特异表达基...

采用ZAP Express cDNA Gigapack Ⅲ Gold Cloning Kit试剂盒,构建了小菜蛾(Plutella xylostella)的全长cDNA文库.利用TRIzol试剂盒提取小菜蛾成虫总mRNA,通过Oligo试剂将mRNA反转录成cDNA,再以第一链cDNA产物为模板合成第二链cDNA,该cDNA产物经分级分离和体外包装,即获得小菜蛾cDNA原始文库,其滴度为1.5×106pfu.mL-1.扩增后的cDNA文库的滴度为1.4×1010pfu.mL-1.取适量扩增文库稀释并铺平板,挑取20-25个独立噬菌斑,用M13±通用引物PCR扩增后,测得文库的重组率大于95%,...

从400只人工培育的处女蜂王中解剖受精囊及其腺体,利用其mRNA构建了一个cDNA文库.该文库的滴度为1.1×106,重组效率大于99%.进一步对文库克隆进行小规模测序和分析,获得了一批编码蜂王受精囊腺内溶蛋白的基因克隆,同时从中也检测到编码3种蜂毒蛋白(明肽、镇静肽和icarapin)、2种王浆蛋白(MRJP8-9)以及睾丸增强因子等克隆.

【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...

采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...

【目的】深入了解棉花花药发育的分子机制,并为其不育机理的研究提供参考序列。【方法】构建棉花花药全生育期的均一化全长cDNA文库并测序获得9 896条高质量的EST,利用生物信息学和荧光定量相结合法对所得数据进行系统分析。【结果】该cDNA文库库容为1.2×107,插入片段分布在1—3 kb。将所测得的高质量EST进行拼接得到6 643条unigenes,平均长度为779 bp。经过序列比对注释和生物信息学分析,得到一系列在棉花花药发育过程中起重要作用的基因,并获得28条参与花粉壁合成的基因。荧光定量结果表明,这些基因均在花药发育前期优势表达,尤其是在四分体时期表达量最高。【结论】获得大量的棉花...

【目的】深入了解花生胚发育的分子机制,获得花生胚发育相关基因。【方法】以优质花生品种闽花6号为材料,分别取花生果针入土后10、20、30、40、50和60 d(day after pegging,DAP)的胚作为试验材料,用CTAB法提取花生胚总RNA,采用SMART(Switching Mechanism At 5’end of RNA Transcript)技术合成双链cDNA,经SfiⅠ酶切后胶回收纯化双链cDNA,连接到质粒载体pDNR-LIB上,电击转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,构建不同发育时期花生胚混合全长cDNA文库,进行小规模测序。采用生物信息学分析手段对所获得的EST进行功...

三疣梭子蟹是我国沿海重要养殖品种之一,近年来养殖病害呈逐年上升趋势,制约了三疣梭子蟹养殖产业的健康可持续发展。为大规模克隆三疣梭子蟹免疫相关基因,研究其免疫基因的功能和免疫机制,奠定三疣梭子蟹病害防治理论基础,采用SMART技术构建了三疣梭子蟹血细胞全长cDNA文库。经测定,文库滴度为1.14×107pfu/mL,文库总容量为5.7×107pfu,重组率达到98%,插入片段平均长度为817.5 bp。文库随机测序获得的70个全长cDNA,从中发现18个已知基因和5个未知基因。已知基因主要为多肽/蛋白质合成相关基因,共9个;免疫相关基因4个,分别是抗菌肽hyastatin、C-reactive ...