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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
胡清云 朱占伟 彭彦 赵燕 黄妤 刘晓柱 张学文
根据拟南芥ＰＩＮ３ ｃＤＮＡ序列设计引物，通过逆转录ＰｃＲ（ＲｅｖｅＲｓｅ ｔＲＡＮｓｃＲＩＰｔＩｏＮ－ＰｏｌｙｍｅＲＡｓｅ ｃｈＡＩＮ ＲｅＡｃｔＩｏＮ）克隆荠菜中ＰＩＮ３的同源性ｃＤＮＡ。同时利用染色体步移法从荠菜基因组中克隆该基因上游１ ４８８ｂＰ含启动子的基因组ＤＮＡ序列。序列分析表明，荠菜ＰＩＮ３基因ｃＤＮＡ全长１ ９５０ｂＰ，可编码１个含有６４９个氨基酸的推导蛋白。荠菜ＰＩＮ３ ｃＤＮＡ与拟南芥ＰＩＮ３ ｃＤＮＡ具有９１％的同源性，２种ＰＩＮ３推导蛋白的同源性也高于９０％。将克隆的荠菜ＰＩＮ３基因启动子序列与拟南芥同源基因启动子序列进行比较分析，两者同源性为８２％。荠菜ＰＩＮ３启动．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
胡清云 朱占伟 彭彦 赵燕 黄妤 刘晓柱 张学文
根据拟南芥PIN3 cDNA序列设计引物,通过逆转录PCR(Reverse transcription-polymerase chain reaction)克隆荠菜中PIN3的同源性cDNA。同时利用染色体步移法从荠菜基因组中克隆该基因上游1 488bp含启动子的基因组DNA序列。序列分析表明,荠菜PIN3基因cDNA全长1 950bp,可编码1个含有649个氨基酸的推导蛋白。荠菜PIN3 cDNA与拟南芥PIN3 cDNA具有91%的同源性,2种PIN3推导蛋白的同源性也高于90%。将克隆的荠菜PIN3基因启动子序列与拟南芥同源基因启动子序列进行比较分析,两者同源性为82%。荠菜PIN3启动...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘晓柱 李银凤
为了探讨荠菜PIN1基因的生物学功能,根据Gen Bank中拟南芥PIN1氨基酸序列,设计同源引物,通过RT-PCR技术,克隆了荠菜PIN1基因(CbPIN1)编码区c DNA序列;生物信息学方法分析了荠菜PIN1蛋白结构特征,并进行了亚细胞定位与原核表达;荧光定量PCR方法检测了PIN1组织表达特性;构建了植物表达载体p BI121-CbPIN1,并获得转基因植株。结果表明,CbPIN1 c DNA序列全长1 869 bp,C+G含量为49%。Blast比对结果显示,CbPIN1与拟南芥PIN1基因高度同源,相似性高达93%。进一步分析发现,CbPIN1可编码1条622个氨基酸的多肽,CbPIN1蛋白分子质量为67. 05 ku,等电点为9. 02,碱性氨基酸(K、R)个数为49,酸性氨基酸(D、E)个数为42,疏水氨基酸(A、I、L、F、W、V)个数为241,极性氨基酸(N、C、Q、S、T、Y)个数为157。CbPIN1属于跨膜蛋白,含12个丝氨酸磷酸化位点,1个苏氨酸磷酸化位点。亚细胞定位结果显示,CbPIN1定位于细胞膜; CbPIN1在荠菜不同组织均有表达,其中,根中表达最高,种子中表达最低。原核表达显示CbPIN1蛋白大小87. 05 ku。过表达荠菜植株中CbPIN1基因表达量均显著增加。试验结果为进一步分析CbPIN1在荠菜器官发育中的作用奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
董浩 赵轶君 李红民
根据其他植物中已知的光合作用关键酶1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基编码基因(rbcS)及其启动子序列设计简并引物,以生菜叶片基因组DNA为模板,利用PCR扩增技术获得生菜rbcS上游1 046 bp的序列元件(GenBank登录号:JQ741945)。序列分析表明,该序列元件包含植物启动子所必需的核心元件CAAT-box和TATA-box,同时包含具有参与光应答、茉莉酸应答、脱落酸应答、乙烯应答、热胁迫应答及分生组织激活等相关的多种调控元件。序列比对表明,该序列与菊科、茄科、豆科3种科属多种植物的rbcS启动子序列存在较高同源性。该启动子的获得为开展以生菜作为外源蛋白表达宿主的相关研究奠...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
朱占伟 彭彦 赵燕 胡清云 张学文
为了解拟南芥和荠菜形态差异与其生长素极性分布的关系,采用荧光定量PCR,以–actin为内参基因,对拟南芥和荠菜的根、茎、叶、花等组织中与生长素极性运输相关的PIN1、PIN3、PIN7基因的表达进行定量分析。结果表明:拟南芥各组织中PIN1的表达量都高于荠菜各组织中PIN1的表达量,拟南芥的茎和花中PIN1的表达量分别比荠菜茎和花中PIN1表达量高3倍和10倍;拟南芥各组织中PIN7的表达量也高于荠菜各组织的PIN7表达量,其叶片中PIN7的表达量比荠菜叶片中PIN7的表达量高10倍以上;荠菜各组织中PIN3的表达都高于拟南芥相应组织中PIN3的表达量,在茎、叶中的表达分别高3倍和10倍以上...
关键词：
拟南芥 荠菜 PIN基因 定量分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张弢
根据白菜花粉特异的多聚半乳糖醛酸酶(PG)基因BcMF2(EU181170)的全长序列设计特异引物,通过PCR扩增的方法从荠菜中克隆了一个新的BcMF2的同源基因CbPG。该基因与BcMF2在核酸水平上的相似性高达99%。CbPG基因DNA全长为1 563 bp,由4个外显子和3个内含子构成,外显子总长为1 263 bp,编码420个氨基酸。序列比对结果表明,该基因具有所有PG基因特有的4个保守结构域,并且与花粉中特异表达的PG基因聚为一类,表明该基因可能是与花粉发育相关的PG基因,在花粉萌发和花粉管伸长中起作用。
关键词：
CbPG 克隆 序列特征 生物信息学分析
[期刊] 水产学报
[作者]
易乐飞 刘楚吾 王萍 周向红
泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(Py...
关键词：
条斑紫菜 泛素结合酶 克隆 生物信息学
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蒋芳玲 侯喜林 史公军 崔秀敏
运用RT-PCR和RACE技术从不结球白菜中克隆到1个抗寒相关基因,命名为BrCBF,基因登陆号为DQ402470。其cDNA全长1 003 bp,含有648 bp的完整开放阅读框,编码216个氨基酸,该基因编码的蛋白序列与拟南芥、荠菜、甘蓝型油菜编码的氨基酸序列有极高的同源性,且具有CBF典型的保守结构域AP2。
关键词：
不结球白菜 CBF基因 克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
施春霖 刘聪 肖旦望 陈社员 官春云 熊兴华
通过RT-PCR方法克隆了甘蓝型油菜湘油15号5个WRI1基因cDNA。测序结果显示,BnWRI1-1大小为1 248 bp,BnWRI1-2和BnWRI1-3大小为1 254 bp,BnWRI1-4、BnWRI1-5大小为1 242 bp;聚类分析结果显示,所克隆WRI1基因cDNA在进化关系上属于AP2/ERF转录因子家族,同拟南芥AtWRI1(At3G54320)同处1个分支,并且所克隆基因cDNA来自甘蓝型油菜不同的基因组;通过核苷酸序列比对分析,得到所克隆WRI1基因cDNA单核苷酸变异位点40个;特异性酶切位点分析显示,来源于A基因组的BnWRI1-1、BnWRI1-2、BnWRI...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孙菲菲 侯喜林 李英 崔秀敏
采用离体法测定了经50 mmol.L-1的KNO3诱导不同时间后的雪克青、苏州青、矮脚黄、乌塌菜(黄心乌)4个不结球白菜品种叶片硝酸还原酶的活性。结果表明,4个品种的硝酸还原酶活性变化趋势相似,且分别在4、4、6、6 h达到最高峰。苏州青经50 mmol.L-1的KNO3诱导4 h后,提取其叶片总RNA,用RT-PCR方法获得硝酸还原酶基因cDNA的2条片段,长度为1 125 bp和438 bp,分别编码374个和135个氨基酸,命名为nr1125和nr438。nr1125在GenBank的登录号为DQ001901。
关键词：
不结球白菜 硝酸还原酶 PCR 克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊兴华 官春云 李栒 王学军 周小云 李家洋
为了提高油菜的油酸含量 ,继而培育高油酸油菜品种 ,从甘蓝型油菜成熟叶片中分离总 RNA,经反转录合成 c DNA第一条链 ,以此为模板进行多聚酶链式反应 ,产物为一长 6 5 4 bp的 DNA片段 .经克隆和序列测定表明 ,其核苷酸序列与 Gen Bank中甘蓝型油菜 FAD2基因在比较区的同源性达 10 0 % .
[期刊] 中国农业科学
[作者]
修伟明 董双林 苗慧 穆兰芳
通过比较几种已发表夜蛾科昆虫的信息素结合蛋白(PBP)氨基酸序列,设计合成一对简并性引物,利用反转录多聚酶链式反应(RT-PCR)技术从甜菜夜蛾(SpodopteraexiguaHübner)雄虫触角扩增得到2个分别为275bp和281bp的cDNA片段SexigPBP1和SexigPBP2,其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成。通过在GenBank中进行序列的同源性比较,表明这2个序列与已知几种昆虫的PBP氨基酸序列具较高同源性。
关键词：
甜菜夜蛾 信息素结合蛋白基因 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
严明理 刘忠松 官春云 陈社员 刘显军 袁谋志
【目的】分离和克隆芥菜型油菜类黄酮合成相关基因。【方法】采用同源克隆基因的方法,参照拟南芥等植物控制类黄酮合成的基因保守序列设计引物,对扩增片段进行测序并进行BLAST分析。【结果】有13对引物扩增的17个基因拷贝与参考基因序列相符,这些克隆属于13个已知功能基因,其中查尔酮合成酶基因有3个不同的基因拷贝,花色素形成(Production of anthocyanin pigment)基因和查尔酮异构酶基因分别有2个不同的基因拷贝,其余引物的扩增只获得一个拷贝。在GenBank数据库中进行检索表明,所克隆的基因拷贝中的DNA结合/转录因子基因(TT2、TT8、TTG2)、花色素形成基因(PAP...
关键词：
芥菜型油菜 类黄酮 基因
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
赵燕 张学文 蒋向
CRABS CLAW(CRC)是控制拟南芥心皮发育的主要基因之一,属MADS box基因家族中的成员.根据GenBank收录的CRABS CLAW基因的cDNA序列设计引物,通过RT-PCR的方法,从哥伦比亚型拟南芥总RNA中扩增出CRABS CLAW基因的全长cDNA片段,将其克隆到pMD18-T载体中,经测序证明该片段与GenBank报道的序列完全一致.以Ti质粒载体pWM101为基础,构建了由组成型启动子CaMV35S调控的CRC基因的植物表达载体pWM101-CRC,通过根癌农杆菌花序浸渍法转化荠菜,获得了转CRC基因的荠菜植株.CRC基因在荠菜中的组成型表达对荠菜心皮形态和大小都产生...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
蒋芳玲 侯喜林 史公军 崔秀敏
利用RT-PCR和5′/3′RACE方法,从不结球白菜冷诱导12 h的根中,克隆到1个冷适应相关基因BrLOS2,Gen-Bank登录号DQ334724,其cDNA全长1 666 bp,含有1 335 bp的完整开放阅读框,编码444个氨基酸。BrLOS2基因与芜菁、甘蓝型油菜、拟南芥等物种的烯醇酶基因有80%以上的同源性,有1个烯醇酶N端结构域、1个烯醇酶结构域和保守的DNA结合域。二级结构及三维结构分析表明,BrLOS2具有许多其他LOS家族的共同特性。
关键词：
不结球白菜 LOS基因 cDNA 克隆
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