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[期刊] 水产学报
[作者]
陈勇 李家乐 沈玉帮 傅建军 王荣泉 宣云峰
ghrelin是一种在脊椎动物摄食调节过程中起重要作用的脑肠肽,具有明显的摄食促进作用。实验利用同源克隆技术获得了草鱼ghrelin基因的cDNA序列和DNA序列,其中cDNA序列全长506 bp,包括90 bp的5′端非编码区(5′-untranslated region,5′UTR),312 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),以及104 bp的3′端非编码区(3′-untranslated region,3′UTR)。开放阅读框编码的103个氨基酸的ghrelin前体肽,经剪切加工后形成含有19个氨基酸的成熟肽。氨基酸序列分析结果显示,草鱼ghrelin与硬...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
商振达 刘锁珠 谭占坤 王宏辉 商鹏 孔庆辉
【目的】克隆异齿裂腹鱼肽YY基因(PYY)的编码区(CDS)全长序列,对其生物信息学进行分析,并研究PYY基因在异齿裂腹鱼组织中的分布情况,以及餐前餐后和禁食复喂对PYY基因表达量的影响,为异齿裂腹鱼摄食调控机制研究提供依据。【方法】以采集于西藏雅鲁藏布江的7～12龄,体质量为(1.22±0.20) kg/尾的异齿裂腹鱼为对象,采用RT-PCR和Race-PCR技术克隆异齿裂腹鱼PYY基因的CDS全长序列,分析其编码蛋白质的氨基酸序列和蛋白结构;采用实时荧光定量PCR,分析PYY基因在异齿裂腹鱼组织中的分布情况,以及餐前餐后和禁食复喂对PYY基因在异齿裂腹鱼脑组织中表达量的影响。【结果】异齿裂腹鱼PYY基因CDS序列长度为735 bp,其中开放阅读框(ORF)为294 bp,编码98个氨基酸。系统进化分析表明,异齿裂腹鱼PYY基因与同属裂腹鱼属的鱼类亲缘关系最近;氨基酸序列分析表明,PYY蛋白质包括典型的特征序列和信号肽,其蛋白结构中具有亲水性结构和跨膜结构。PYY基因在异齿裂腹鱼脑组织中高度表达,在其他组织中微弱表达;餐前异齿裂腹鱼PYY基因的表达量无显著性差异,但餐后PYY基因的表达量显著升高,且随着餐后时间的逐渐延长,其表达量继续升高;禁食使异齿裂腹鱼脑组织中的PYY基因表达量下降,复喂后PYY基因的表达量极显著升高。【结论】成功克隆了异齿裂腹鱼PYY基因的CDS全长序列,PYY基因在异齿裂腹鱼脑组织中高度表达,但在肠道中微量表达,异齿裂腹鱼PYY基因是餐后饱感信号因子,具有调节动物摄食的功能。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨峰 秦超彬 卢荣华 孙君君 杨丽萍 聂国兴
为探讨Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ在鱼类糖类和脂质代谢中的作用，本实验采用ＲＡＣＥ方法获得了草鱼Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ的全长Ｃ ｄＮＡ序列（登录号：Ｋｐ７３３８４６），利用生物信息学技术对该基因及其所编码蛋白的结构特征进行了分析；采用实时定量ｐＣＲ技术，检测了Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ在１９个不同组织中的表达特性以及高糖（４５％）、高脂（８％）和高糖高脂饲喂对草鱼肝脏中该基因表达的影响。结果显示，草鱼Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ Ｃ ｄＮＡ全长２１８６ Ｂｐ，其中开放读码框为１１２２ Ｂｐ，编码３７３个氨基酸；跨膜结构分析表明草鱼Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ为典型的７次跨膜蛋白；同源性分析结果显示，草鱼Ａｄｉｐｏ Ｒ１－Ｂ与．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
商振达 刘锁珠 谭占坤 商鹏 王宏辉 孔庆辉
旨在研究异齿裂腹鱼(Schizothorax o’connori)缩胆囊素(cholecystokinin, CCK)基因的摄食功能。本研究克隆得到了异齿裂腹鱼CCK基因的cDNA全长,通过生物信息学分析发现其属于CCK-1亚型。异齿裂腹鱼CCK的cDNA全长为773bp,其中开放阅读框(ORF)为372bp,可以编码123个氨基酸。异齿裂腹鱼CCK由1个信号肽和1个典型的CCK-8肽保守结构域组成,为亲水性蛋白,但没有跨膜结构。运用实时荧光定量PCR(Real-timePCR)检测异齿裂腹鱼CCK基因在组织中的分布情况,以及餐前餐后和禁食复喂对其表达量的影响。结果表明,异齿裂腹鱼CCK在各组织中均有表达,其中在脑中表达量最高,在肠道、心脏、肝、脾、肾、皮肤、鳃、眼和鳔中表达量相对较高,在肌肉中表达量最低。餐后CCK基因的表达量显著升高,禁食使异齿裂腹鱼CCK基因的表达量显著下降,而复喂使CCK基因的表达量显著上升,表明CCK基因既是异齿裂腹鱼的餐后饱感信号因子,又是长期调控摄食因子。本研究为异齿裂腹鱼的人工饲养和品种保护等提供了理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘邦辉 郁二蒙 王广军 余德光 谢骏 王海英 龚望宝
利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33～69,1249～...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 水产学报
[作者]
冯燕 秦真东 代云佳 张玉蕾 刘小玲 周洋 兰江风 赵丽娟 林蠡
呼吸爆发过程可以产生大量的活性氧,核因子E2相关因子2(Nrf2)在此过程中起着重要作用。实验克隆和分析了草鱼的Nrf2基因,随后制备了Nrf2蛋白的多克隆抗体,研究了其和呼吸爆发的关系。草鱼Nrf2基因cDNA长度为1994 bp,开放阅读框为1782 bp,编码593个氨基酸(aa)。氨基酸序列比对发现,草鱼Nrf2基因与鲤的同源性最高,为87%;草鱼Nrf2基因含有6个进化过程中保守的Neh[Nrf2-Epoxy chloropropane(ECH)homology]区。实时定量PCR(q RT-P
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
吴小凤 李小勤 冷向军 关磊 郭婷
通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)法从草鱼肝脏中首次克隆获得草鱼JAK2基因的片段序列。该片段序列长671 bp,编码223个氨基酸,氨基酸序列分析表明草鱼JAK2基因片段与其他物种的相似性在70%～91%之间;系统进化树显示,鱼类的JAK2独立聚成一支,草鱼与斑马鱼聚成一支,与鳜鱼和墨绿凹鼻鲀聚成的一支再聚成一支。实时荧光定量PCR分析表明,草鱼JAK2基因在肝脏、肌肉、脑、心脏、脾脏和肠系膜脂肪组织中均有表达,其中在肝脏组织中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),其次是肌肉、脑、脾脏和肠系膜脂肪组织,在心脏组织中表达量最低,且显著低于其他组织(P<0.05)。本研究为进一步研究...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
周朝伟 雷骆 邓星星 袁登越 杨旻珉 曹高祥 朱海星 李岩 朱成科 李代金 唐仁军 张桂众 李路宽 郑宗林
为研究crh (Corticotropin-releasing hormone)基因对鱼类摄食的调控作用,首次克隆了银鲫(Carassius auratus gibelio) crh基因c DNA全长序列。运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测crh基因m RNA在不同组织的表达及餐前、餐后和禁食对其表达的影响。结果显示,银鲫crh基因的c DNA序列全长为920 bp,其中,5’-UTR为53 bp,3’-UTR为378 bp,开放阅读框(Open reading frame,ORF)为489 bp。推导银鲫crh基因的ORF区编码蛋白由162个氨基酸组成,其中,含有11个氨基酸的保守区,24个氨基酸的信号肽,41个氨基酸的成熟肽。氨基酸序列的多重比较分析显示,银鲫crh基因与金鱼(Carassiusauratus)的同源性为99%,与鲤(Cyprinuscarpio)的同源性为96%。荧光定量PCR表达分析显示,银鲫crh基因在下丘脑中的表达量最高,其次是端脑和心脏。crh基因的表达量在餐前与餐后没有显著变化(P>0.05),在禁食第5天、第7天出现极显著降低(P<0.01),而在复投喂后第9天、第11天出现极显著升高(P<0.01)。以上结果显示,crh基因在银鲫摄食调控方面可能扮演着重要角色。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨春荣 苏建国 彭丽敏 董捷
采用同源克隆及快速扩增cDNA末端技术,从草鱼鳃组织中克隆了Toll样受体9(Toll-like receptor 9,TLR9)基因的cDNA全长。序列分析表明,草鱼TLR9 cDNA全长3 468 bp,编码1 058个氨基酸,其中包括18个氨基酸组成的信号肽、16个富含亮氨酸重复结构域(leucinerich repeat,LRR)、1个跨膜区和1个TIR结构域(Toll/IL-1 receptor)。该蛋白的分子量为121 921 u,等电点为8.80。氨基酸序列的同源性分析显示,草鱼TLR9与鲤TLR9的同源性最高(85%),依次为斑马鱼(82%)、大西洋鲑(55%)、虹鳟(55%)...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
雷彩霞 宋含茹 付豪 谢玉净 李胜杰
为进一步研究大口黑鲈(Micropterussalmoides)糖稳态调控特性,本研究克隆了糖稳态调控基因gp1、gp2、pepck1、pepck2、hk、pfk和g6p,分别编码878、842、635、624、918、780和338个氨基酸序列,并进行了进化树、空间分布和禁食对其基因表达影响的分析。多序列比对和进化树分析显示,这些基因与其他脊椎动物的同源序列具有较高相似性。组织表达分析结果显示这些基因主要集中分布于肝脏和肌肉,但呈现出组织表达差异性。其中,gp1在肌肉表达量最高,肝脏次之,在脾脏表达量最低。gp2在肌肉中的mRNA水平也最高,在心脏、肝脏表达也较为丰富。pepck1主要分布在肝脏和肠,在脑、脾脏、肾脏和脂肪中分布较少。pepck2在肝脏和脑中高表达,而在脾脏和鳃中表达量最低。对于hk,其在肝脏、肌肉和心脏的mRNA水平显著高于其余组织。肝脏中g6p的表达也显著高于其余组织。除此之外,其在肌肉、肠和脂肪中分布也较为丰富。pfk的mRNA水平在肝脏和心脏最高,其次是肠和鳃。对实验大口黑鲈禁食后发现,肝脏gp2、pepck2和g6p的表达从禁食第6小时开始上调并持续到24h。而gp1、hk和pfK的表达则随禁食延长先上升后下降,并在第6小时时达到峰值。然而,肝脏pepck1基因在整个禁食阶段均趋于稳定。肌肉组织中, gp1的转录随禁食延长而持续增强,至24 h达到最高值。gp2和g6p表达均在禁食第12小时出现明显升高,并在24 h达到峰值。pepck1在禁食第0小时的mRNA水平最低,在12和24 h时最高。禁食第24小时pepck2的表达显著最高。hk和pfk则随禁食延长呈现先升后降的模式,其最高和最低值分别出现在禁食第6和第0小时。综上,本研究获得了糖稳态调控关键基因的完整编码序列,并研究了其在应对饥饿状态时的不同分子应答,研究结果将为后期进一步研究大口黑鲈糖稳态调控提供重要基础资料。
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