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[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 陈勇 沈玉帮 傅建军 徐晓雁 孙俊龙 胡默俨 李家乐
为研究草鱼ＭＳＴＮ－１基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性，本研究扩增出全长为３８２４ ｂｐ的草鱼ＭＳＴＮ－１基因，用长江选育草鱼群体对ＭＳＴＮ－１基因多态性进行筛选和验证。结果共发现３个多态性位点（ＬｏｃｕＳ １：ｃ１７９９Ｔ，野生型ＥＥ／突变型ＥＦ；ＬｏｃｕＳ２：ｃ１８４２Ｔ，野生型ＨＨ／突变型ＨＩ；ＬｏｃｕＳ ３：ＴＧＡＡＧｃＧｃＴＧＧＴＴｃＴ／２５８５－，野生型ｂｂ／缺失型ｂＤ）。利用一般线性模型分析３个位点及其组合型（剔除个体数少于３的组合）与生长性状和肌肉成分的相关性，发现２个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著影响，但３个位点对肌肉成分差异均无显著影响。多重比较发现，单倍型Ｈ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 徐晓雁 李家乐
为了探索草鱼（Ｃｔｅｎｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎ ｉｄｅｌｌａ）ｐｒｌ（ｐｒｏｌａＣｔｉｎ）基因多态性与草鱼生长性状和肌肉成分的关联性，通过测序法从１０尾草鱼的ｐｒｌ基因中筛选到６个突变率高于３０％的变异位点，包括５个单核苷酸变异位点和１个插入型突变（–／ＣａＣｔＣａＣｔａ），分别命名为２５５１ｇ＞ａ、２６３９ｇ＞Ｃ、３２４７ａ＞ｇ、５１９７ｔ＞ｇ、５８９７ｇ＞ａ和３３９１–＞＋。利用ａＳ－ｐＣｒ（ａｌｌｅｌｅ－ＳｐｅＣｉｆｉＣ ｐＣｒ）和基因分型技术对１９２尾４月龄草鱼的ｐｒｌ基因变异位点进行检测；基于一般线性模型对变异位点多态性与草鱼生长性状和肌肉成分进行相关性分析。研究发现，２６３９ｇ＞Ｃ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
王沈同 张猛 沈玉帮 李家乐
为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25
[期刊] 淡水渔业
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 李家乐
为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)多态性对生长性状的影响,鉴于mt DNA的母性遗传特征,本研究基于2011年繁殖用的20尾母本的D-loop序列信息,与通过亲子鉴定获得的853尾40日龄子代的体长、体质量进行关联分析。结果显示,草鱼6种D-loop单倍型对生长性状表型差异具有极显著影响(P<0.01);其中,单倍型为Hap16的子代的体长最大,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体长(P<0.05);单倍型为Hap
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 水产学报
[作者]
于凌云 白俊杰 樊佳佳 李小慧 叶星
采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对大口黑鲈肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因全序列进行了SNPs位点筛选和分型,共筛选到2个单核苷酸多态性(SNPs)位点(C-1453T和T+33C),其中C-1453T位于启动子E8box和Octamer(+)调控元件之间的区域,T+33C的突变位于第一外显子区域,属于同义突变,氨基酸没有发生变化;利用一般线性模型分析单标记位点与大口黑鲈生长性状(体重、体长、体高、体宽和眼间距)相关性,均未达到显著水平(P>0.05)。将2个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,双倍型D2在体重、体长、体高...
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 沈玉帮 徐晓雁 王荣泉 冷向军 李家乐
对草鱼生长性状进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位过程中,在15号连锁群中定位到一个与体质量相关的QTL,本研究根据已有的草鱼遗传连锁图谱和基因组序列,拟用短片段重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对该连锁群的3个scaffolds中插入/缺失型突变位点进行筛选,以降低分型成本,同时将筛选出的7个多态性位点与草鱼幼鱼生长性状进行关联分析。结果显示,(1)草鱼3个scaffolds中44个插入/缺失型突变位点中有17个简单重复序列(又称微卫星,simple sequence repeats,SSRs),2个位点引物设计不成功,设计的25对引物中仅22对扩增和分型成功;(2) 22个位点中仅有7对引物在4个亲本中存在多态性,直接测序结果发现,STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;(3)将7个插入/缺失型突变位点与323尾选育F2草鱼的生长性状进行关联分析发现,除了位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与草鱼幼鱼的一个或多个生长性状显著相关,其中ID-6H与幼鱼肥满度性状显著相关,位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分别与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽和体高性状显著相关,可将以上5个与草鱼幼鱼生长性状相关的突变位点用于草鱼生长性状QTL加密和分子标记辅助育种。
关键词：
草鱼 突变 多态性 生长 关联分析
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 徐晓雁 孙俊龙 李家乐
为了研究草鱼幼鱼阶段生长性状和肌肉成分的遗传改良潜力，随机采集２８８尾人工繁育的４月龄草鱼幼鱼，基于１２对微卫星标记，鉴定出来自１６个家系（８个母本，９个父本）的２７３尾个体，各家系、母本和父本对应子代贡献率存在极显著差异（Ｐ＜０．０１）。对草鱼３个生长性状（体质量、体长和肥满度）和２个肌肉成分（粗蛋白含量和粗脂肪含量）比较发现，３个生长性状和粗蛋白含量在家系和母系半同胞间存在显著差异（Ｐ０．０５）。基于动物模型和限制性最大似然法，草鱼４月龄体质量、体长、肥满度、粗蛋白含量和粗脂肪含量的遗传力估值分别为０．３４、０．３３．．．
关键词：
草鱼 生长性状 肌肉成分 遗传参数
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵宪林 曹少杰 王若勇 颜伟俊
【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205G>A,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223G>A和g.15286A>G。关联性分析表明,g.14205G>A位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P<0.01)和显著(PA位点上GG基因型
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄兴 柴志欣 王会 姬秋梅 信金伟 钟金城
【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P<0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。
[期刊] 华北农学报
[作者]
孟泉禄 张明军 史金平 付玲娟 刘婷 张全伟 成述儒
为挖掘与绵羊生长性状相关的分子标记基因，探究DLK1多态性与绵羊生长性能之间的关联性。以240头不同品种绵羊(甘肃高山细毛羊、蒙古羊、藏绵羊和小尾寒羊各50头，滩羊40头)为试验对象，分别测定不同品种各年龄段绵羊生长性能指标；采集绵羊血液，提取DNA,运用PCR-SSCP方法结合DNA测序技术分析不同品种绵羊DLK1基因多态性；SPSS 20.0软件分析不同基因型与各绵羊品种不同年龄段生长性能之间的相关性。结果表明，不同品种绵羊DLK1基因均具有多态性，其中共检测到2个等位基因(A和B)和3种基因型(AA、AB和BB),优势等位基因和基因型分别为B和AB;DLK1基因第5内含子30 412 bp处发生G→A单个碱基突变；G30412A突变位点与绵羊1月龄和3月龄的体质量和胸围具有显著相关性(P<0.05),且BB基因型个体表型优于AA基因型个体，突变位点与绵羊体长和体高无相关性(P>0.05)。总之，不同品种绵羊DLK1基因均存在第5内含子上G30412A突变位点，该位点显著影响绵羊1,3月龄的体质量和胸围，其可作为选择甘肃地方绵羊品种生产性状的候选基因。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘小献 白俊杰 徐磊 于凌云 樊佳佳 韩林强
根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点。采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C+129T位点CC型占0.69%,TC型占8.75%,TT型占80.56%;C+192T位点CC型占25.4%,TC型占48.6%,TT型占26.1%。利用一般线性模型将SNPs与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,C+129T位点TT型个体6个生长性状均值比TC型高(P>0.05);C+192T位点TT型个体体质...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李彦宏 胡深强 王杰 贾先波 赖松家
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 G>A为非同义突
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马武 张浩 贾聪俊 阎萍 成述儒 梁春年
【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐龙鑫 朱丽莉 张麟 刘镜 何光中
为研究阿片黑皮质素前体（ＰＯＭＣ）在动物采食和能量平衡中的作用，采用ＤＮＡ测序技术，对关岭黄牛９２头个体的ＰＯＭＣ基因的多态性进行研究，并分析多态位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明：在扩增片段为８７０ ｂＰ的产物中，发现位点１３８，４３０，６４４，６６８ Ｃ→Ｔ突变，位点６９３ Ａ→Ｇ突变。多态性结果显示，除４３０ Ｃ→Ｔ突变位点处于哈代－温伯格不平衡状态（ＨＷＥ）（Ｐ０．０５），５个突变位点的多肽信息含量（ＰＩＣ）均为中度多态。相关性分析结果表明，６４４ Ｃ→Ｔ和６６８ Ｃ→Ｔ突变位点的不同基因型与关岭黄牛体斜长表现出差异性显著。
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