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[期刊] 淡水渔业
[作者]
王解香 白俊杰 于凌云
利用草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST(expressed sequence tags)数据库开发的18个EST-SSR标记,对草鱼群体进行基因型与生长性状关联分析和群体遗传多样性分析,结果表明:关联分析得到6个微卫星位点(13118、13305、24017、25085、35939和40698)与体重,体长和体高显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01)。对其进行多重比较获得有利基因型分别为13118位点的BB、13305位点的AD、24017位点的AC、25085位点的BE、35939位点的BB和40698位点的BB。将6个微卫星位点上的EST序列与GenBan...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
顾颖 曹顶臣 张研 常玉梅 李鸥 张晓峰 鲁翠云 孙效文
以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测。利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记。对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型。将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郭薇 郑先虎 匡友谊 崔晓亮 曹顶臣 孙效文
利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
樊佳佳 刘小献 白俊杰 于凌云
根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李胜杰 白俊杰 赵荦 朱冰 朱新平
为探讨EST-SNP标记的有效性及其与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状间的相关性,本研究采用RNA-seq技术进行大口黑鲈生长快个体和生长慢个体肌肉组织的转录组分析,分别检测到15 273和17 376个EST-SNP标记。采用Sna Pshot技术对其中75个EST-SNP标记在大口黑鲈生长性状极端群体中的EST-SNP进行多态性检测,结果显示有37个EST-SNP标记具有多态性,准确性为49.3%。进一步采用一般线性模型分析37个EST-SNP标记与大口黑鲈生长性状的相关
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘小献 白俊杰 徐磊 于凌云 樊佳佳 韩林强
根据草鱼EST数据库中的rho型谷胱甘肽硫转移酶基因cDNA序列设计引物,扩增预计存在的SNP位点。采用PCR产物测序法和PCR-RFLP法,在珠江水系草鱼养殖群体中筛选到2个SNP位点,分别位于外显子1和外显子2上,为C-T突变,且属于同义突变,统计了多态位点在群体中的分布:C+129T位点CC型占0.69%,TC型占8.75%,TT型占80.56%;C+192T位点CC型占25.4%,TC型占48.6%,TT型占26.1%。利用一般线性模型将SNPs与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,C+129T位点TT型个体6个生长性状均值比TC型高(P>0.05);C+192T位点TT型个体体质...
[期刊] 水产学报
[作者]
王沈同 张猛 沈玉帮 李家乐
为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25
[期刊] 淡水渔业
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 李家乐
为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)多态性对生长性状的影响,鉴于mt DNA的母性遗传特征,本研究基于2011年繁殖用的20尾母本的D-loop序列信息,与通过亲子鉴定获得的853尾40日龄子代的体长、体质量进行关联分析。结果显示,草鱼6种D-loop单倍型对生长性状表型差异具有极显著影响(P<0.01);其中,单倍型为Hap16的子代的体长最大,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体长(P<0.05);单倍型为Hap
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 李胜杰 姜鹏 杜金星 周家辉 白俊杰
为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）标记，本研究采用转录组测序技术（RNA sequencing，RNA-Seq）对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序（clean reads），经组装得到34 147条拼接基因（unigene），平均长度为1 060 bp，其中有30 751条unigene获得注释。在肝脏、肌肉和脑组织中分别筛选到1 013、552和372个差异表达基因，并从中检测到4 580个SNP标记。采用SNaPshot技术对其中34个SNP标记在300尾草鱼生长性状极端群体中进行多态性检测和验证，30个SNP标记分型成功，准确率为88.24%。进一步采用一般线性模型分析30个SNP标记与生长性状的相关性，结果显示，unigene00810126-8014标记CC基因型的体质量、体长、体高、头长和尾柄长性状均值显著高于TT基因型。unigene00810126-2903标记AA基因型的体质量显著高于GG基因型。unigene00870394-525标记AA基因型的体质量和体长性状均值显著高于GG基因型。unigene02938762-011628标记的TT基因型与CC基因型在体质量、体长和头长性状上的差异均达到显著水平。这4个标记位于生长催乳素α（slα）、早期生长反应蛋白-1（egr-1）和肌球蛋白重链（myh）基因上。其他标记不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异。其中8个SNP标记在草鱼群体中的平均多态信息含量（PIC）、平均期望杂合度（H_(e)）和平均观测杂合度（H_(o)）分别为0.300、0.377和0.363，表明草鱼选育群体遗传多样性较高。本研究获得了与生长性状相关的1 937个差异表达基因和4个SNP标记，为草鱼分子辅助育种研究提供基础资料。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李玺洋 白俊杰 于凌云 梁旭方
采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐美佳 张研 鲁翠云 张晓峰 刘继红 孙效文
利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体进行QTL单标记定位分析.从70个微卫星座位对鲤鱼体重、体长、体厚、体高性状的标记回归研究中,共得到3个标记与性状相关.其中HLJE1、HLJE633与体长、体高、体厚相关,HLJE633、C88433与体重相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵(ATPase)的基因相关.
关键词：
鲤鱼 EST-SSR 性状 相关性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 徐晓雁 李家乐
为了探索草鱼（Ｃｔｅｎｏｐｈａｒｙｎｇｏｄｏｎ ｉｄｅｌｌａ）ｐｒｌ（ｐｒｏｌａＣｔｉｎ）基因多态性与草鱼生长性状和肌肉成分的关联性，通过测序法从１０尾草鱼的ｐｒｌ基因中筛选到６个突变率高于３０％的变异位点，包括５个单核苷酸变异位点和１个插入型突变（–／ＣａＣｔＣａＣｔａ），分别命名为２５５１ｇ＞ａ、２６３９ｇ＞Ｃ、３２４７ａ＞ｇ、５１９７ｔ＞ｇ、５８９７ｇ＞ａ和３３９１–＞＋。利用ａＳ－ｐＣｒ（ａｌｌｅｌｅ－ＳｐｅＣｉｆｉＣ ｐＣｒ）和基因分型技术对１９２尾４月龄草鱼的ｐｒｌ基因变异位点进行检测；基于一般线性模型对变异位点多态性与草鱼生长性状和肌肉成分进行相关性分析。研究发现，２６３９ｇ＞Ｃ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 陈勇 沈玉帮 傅建军 徐晓雁 孙俊龙 胡默俨 李家乐
为研究草鱼ＭＳＴＮ－１基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性，本研究扩增出全长为３８２４ ｂｐ的草鱼ＭＳＴＮ－１基因，用长江选育草鱼群体对ＭＳＴＮ－１基因多态性进行筛选和验证。结果共发现３个多态性位点（ＬｏｃｕＳ １：ｃ１７９９Ｔ，野生型ＥＥ／突变型ＥＦ；ＬｏｃｕＳ２：ｃ１８４２Ｔ，野生型ＨＨ／突变型ＨＩ；ＬｏｃｕＳ ３：ＴＧＡＡＧｃＧｃＴＧＧＴＴｃＴ／２５８５－，野生型ｂｂ／缺失型ｂＤ）。利用一般线性模型分析３个位点及其组合型（剔除个体数少于３的组合）与生长性状和肌肉成分的相关性，发现２个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著影响，但３个位点对肌肉成分差异均无显著影响。多重比较发现，单倍型Ｈ．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 沈玉帮 徐晓雁 王荣泉 冷向军 李家乐
对草鱼生长性状进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位过程中,在15号连锁群中定位到一个与体质量相关的QTL,本研究根据已有的草鱼遗传连锁图谱和基因组序列,拟用短片段重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对该连锁群的3个scaffolds中插入/缺失型突变位点进行筛选,以降低分型成本,同时将筛选出的7个多态性位点与草鱼幼鱼生长性状进行关联分析。结果显示,(1)草鱼3个scaffolds中44个插入/缺失型突变位点中有17个简单重复序列(又称微卫星,simple sequence repeats,SSRs),2个位点引物设计不成功,设计的25对引物中仅22对扩增和分型成功;(2) 22个位点中仅有7对引物在4个亲本中存在多态性,直接测序结果发现,STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;(3)将7个插入/缺失型突变位点与323尾选育F2草鱼的生长性状进行关联分析发现,除了位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与草鱼幼鱼的一个或多个生长性状显著相关,其中ID-6H与幼鱼肥满度性状显著相关,位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分别与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽和体高性状显著相关,可将以上5个与草鱼幼鱼生长性状相关的突变位点用于草鱼生长性状QTL加密和分子标记辅助育种。
关键词：
草鱼 突变 多态性 生长 关联分析
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