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[期刊] 淡水渔业
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 李家乐
为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)多态性对生长性状的影响,鉴于mt DNA的母性遗传特征,本研究基于2011年繁殖用的20尾母本的D-loop序列信息,与通过亲子鉴定获得的853尾40日龄子代的体长、体质量进行关联分析。结果显示,草鱼6种D-loop单倍型对生长性状表型差异具有极显著影响(P<0.01);其中,单倍型为Hap16的子代的体长最大,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体长(P<0.05);单倍型为Hap
[期刊] 中国水产科学
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 徐晓雁 李家乐
为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)prl(prolaCtin)基因多态性与草鱼生长性状和肌肉成分的关联性,通过测序法从10尾草鱼的prl基因中筛选到6个突变率高于30%的变异位点,包括5个单核苷酸变异位点和1个插入型突变(–/CaCtCaCta),分别命名为2551g>a、2639g>C、3247a>g、5197t>g、5897g>a和3391–>+。利用aS-pCr(allele-SpeCifiC pCr)和基因分型技术对192尾4月龄草鱼的prl基因变异位点进行检测;基于一般线性模型对变异位点多态性与草鱼生长性状和肌肉成分进行相关性分析。研究发现,2639g>C...
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 沈玉帮 徐晓雁 王荣泉 冷向军 李家乐
对草鱼生长性状进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位过程中,在15号连锁群中定位到一个与体质量相关的QTL,本研究根据已有的草鱼遗传连锁图谱和基因组序列,拟用短片段重复序列(short tandem repeat,STR)分型技术对该连锁群的3个scaffolds中插入/缺失型突变位点进行筛选,以降低分型成本,同时将筛选出的7个多态性位点与草鱼幼鱼生长性状进行关联分析。结果显示,(1)草鱼3个scaffolds中44个插入/缺失型突变位点中有17个简单重复序列(又称微卫星,simple sequence repeats,SSRs),2个位点引物设计不成功,设计的25对引物中仅22对扩增和分型成功;(2) 22个位点中仅有7对引物在4个亲本中存在多态性,直接测序结果发现,STR分型技术不仅可准确对插入/缺失型突变位点进行分型,同时可降低分型成本;(3)将7个插入/缺失型突变位点与323尾选育F2草鱼的生长性状进行关联分析发现,除了位点ID-10H和ID-41F以外,其余5个位点都与草鱼幼鱼的一个或多个生长性状显著相关,其中ID-6H与幼鱼肥满度性状显著相关,位点ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分别与草鱼幼鱼体质量、体长、体宽和体高性状显著相关,可将以上5个与草鱼幼鱼生长性状相关的突变位点用于草鱼生长性状QTL加密和分子标记辅助育种。
关键词:
草鱼 突变 多态性 生长 关联分析
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 水产学报
[作者]
张猛 陈勇 沈玉帮 傅建军 徐晓雁 孙俊龙 胡默俨 李家乐
为研究草鱼MSTN-1基因多态性及与早期生长性状和肌肉成分的相关性,本研究扩增出全长为3824 bp的草鱼MSTN-1基因,用长江选育草鱼群体对MSTN-1基因多态性进行筛选和验证。结果共发现3个多态性位点(LocuS 1:c1799T,野生型EE/突变型EF;LocuS2:c1842T,野生型HH/突变型HI;LocuS 3:TGAAGcGcTGGTTcT/2585-,野生型bb/缺失型bD)。利用一般线性模型分析3个位点及其组合型(剔除个体数少于3的组合)与生长性状和肌肉成分的相关性,发现2个位点对幼鱼生长性状表型差异有显著影响,但3个位点对肌肉成分差异均无显著影响。多重比较发现,单倍型H...
[期刊] 水产学报
[作者]
王沈同 张猛 沈玉帮 李家乐
为了解草鱼GH基因多态性与早期生长性状及肌肉成分的相关性,实验利用直接测序法从156尾草鱼GH基因的3′部分序列中共筛选到9个变异位点(分别命名为SNP1SNP9:G2825A、G2914T、T2966G、A3002T、T3022C、A3301G、C3463T、C3547T、C3620T)。卡方检验结果显示,9个位点均未显著偏离Hardy-Weinberg平衡,且均表现为中等多态性(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
梁鹏 张天闻 孟科 邵顺成 邹诗凡 荣轩 强浩 冯登侦
【目的】探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X~2检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡)。SNP1(F_2代除外)、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),SNP2和SNP3在F_2代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态(0.25≤PIC<0.50),而在其他群体中处于低度多态(PIC<0.25)。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明:SNP1位点在F_1代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型(P<0.05),在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型(P<0.05)。SNP2位点在H_1代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型(P<0.05)。SNP3位点在F_1代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型(P<0.05),在H_1代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型(P<0.05)。SNP4位点在F_1代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型(P<0.05),在F_2代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型(P<0.05),在H_1代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),在H_2代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型(P<0.05)。SNP5位点在F_2代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型(P<0.05)。SNP6位点的不同基因型在F_2代、H_1代和H_2代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异(P<0.05)。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型(P<0.05)。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型(P<0.05),SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型(P<0.05),SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型(P<0.05)、初生胸围显著高于GG基因型(P0.05)。单倍型组合关联分析发现:H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型(P<0.05);而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6(P<0.05)、初生体高显著高于H5H6(P<0.05)、初生胸围显著高于H6H6(P<0.05),H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型(P<0.05)、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型(P<0.05)、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型(P<0.05)。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型(P<0.05)。【结论】ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄兴 柴志欣 王会 姬秋梅 信金伟 钟金城
【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P<0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马武 张浩 贾聪俊 阎萍 成述儒 梁春年
【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李彦宏 胡深强 王杰 贾先波 赖松家
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 G>A为非同义突
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵宪林 曹少杰 王若勇 颜伟俊
【目的】探讨POU1F1基因的多态性与藏羊生长性状之间的关联性,寻找与藏羊生长性状相关的分子标记。【方法】利用DNA测序方法检测藏羊POU1F1基因的多态位点并对其进行基因分型,分析单一多态位点不同基因型及双倍型与藏羊生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因第4内含子上检测出1个多态位点g.14205G>A,在第5内含子上检测出2个多态位点g.15223G>A和g.15286A>G。关联性分析表明,g.14205G>A位点上AA基因型的体质量和体长分别极显著(P<0.01)和显著(PA位点上GG基因型
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐龙鑫 朱丽莉 张麟 刘镜 何光中
为研究阿片黑皮质素前体(POMC)在动物采食和能量平衡中的作用,采用DNA测序技术,对关岭黄牛92头个体的POMC基因的多态性进行研究,并分析多态位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明:在扩增片段为870 bP的产物中,发现位点138,430,644,668 C→T突变,位点693 A→G突变。多态性结果显示,除430 C→T突变位点处于哈代-温伯格不平衡状态(HWE)(P0.05),5个突变位点的多肽信息含量(PIC)均为中度多态。相关性分析结果表明,644 C→T和668 C→T突变位点的不同基因型与关岭黄牛体斜长表现出差异性显著。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
韩虎峰 代应贵
40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李哲 李雨 敬庭森 刘小莉 闫卉果 陆安帅 周剑 罗辉 叶华
为开发长吻(Leiocassis longirostris)生长性状相关的分子标记,为其分子辅助育种提供基础资料,以115尾长吻为研究对象,运用57个单核苷酸多态性标记(SNPs)位点与体重、全长、体长和头高进行关联分析。结果显示,有10个SNPs位点与生长性状显著相关,其中3个SNPs位点(Cluster-65_137265、Cluster-65_111833和Cluster-65_137642)对所测量的4个生长性状均有显著影响(P<0.05);3个SNPs位点(Cluster-65_120392、Cluster-65_5592_0和Cluster-65_105077)对体重、全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65_110382对全长、体长和头高有显著影响(P<0.05);Cluster-65_19497和Cluster-24304_1对全长和体长有显著影响(P<0.05);Cluster-65_130153对体长和头高有显著影响(P
关键词:
长吻 SNP 生长性状 关联分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈美 钟金城 武志娟 王吉坤 柴志欣
【目的】本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据。【方法】以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行关联分析。【结果】在麦洼牦牛SMPX基因的3个外显子区域未发现突变位点,在启动子区域共检测到2个SNPs,分别为G532A和C1481G,多态信息含量(PIC)均属中度多态(0.25
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