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[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
邬恺正 王俊亚 范丁月 李仕然 徐兢 王梓璇 邹钧
芳香烃受体（aryl hydrocarbon receptor，AhR）作为配体激活的转录因子在T细胞、单核细胞和树突状细胞（dendritic cells，DCs）的功能调节方面扮演重要角色，炎症相关细胞因子的产生与AhR信号通路也密切相关。为阐明草鱼（Ctenopharyngodon idella）ahr1a基因在炎症发生过程中的作用，本研究克隆获得了草鱼ahr1a基因cDNA序列，其编码区共2 544 bp，编码847个氨基酸。结构域预测发现草鱼AhR1a蛋白含有螺旋-环-螺旋（helix-loop-helix，HLH）超家族中bHLH-PAS（period-aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator single minded，Pre-Arnt-Sim）亚家族的典型结构域。氨基酸序列分析表明，草鱼AhR1a与黄河鲤（Cyprinus carpio）的相似性与一致性最高。系统进化树结果发现草鱼ahr1a基因与金鱼（Carassius auratus）、黄河鲤和斑马鱼的（Danio rerio）同源基因聚在一支。草鱼ahr1a基因在多个组织（肠、鳃、肾、肝、头肾、胸腺、脾、皮肤、脑）中均有表达，其中肠和鳃表达量最高。草鱼感染柱状黄杆菌（Flavobacterium columnare）后，ahr1a在脾（24、48 h）和头肾（12、24 h）中的表达水平显著下降。腹腔注射草鱼呼肠孤病毒（Reovirus of grass carp，GCRV）后，脾和头肾中ahr1a表达水平无明显变化。体外实验结果显示，脂多糖（lipopolysaccride，LPS）和IL-1β重组蛋白下调草鱼原代头肾白细胞中ahr1a的表达。综上所述，本研究克隆分析了草鱼ahr1a基因并初步证实其参与炎症反应的调控。
关键词：
草鱼 芳香烃受体 基因克隆 免疫反应
[期刊] 水产学报
[作者]
王改玲 王明成 李传凤 潘磊 刘盼婷
为研究草鱼抗菌肽NK-lysin基因的组成结构、在组织中的表达差异及其抑菌活性,实验根据已知鱼类NK-lysin基因保守区序列设计上下游引物,采用RT-PCR和RACEPCR技术克隆草鱼NK-lysin基因(Cinkl),RT-PCR进行各组织间的表达分析,并构建Cinkl成熟肽的原核表达载体,采用琼脂糖孔穴扩散法检测重组蛋白的抑菌活性。结果显示,Cinkl c DNA全长768 bp,编码121个氨基酸;基因组DNA全长3 361 bp,包含4个外显子和3个内含子。经多序列比对分析和结构域预测表明,Ci
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦友传 黄荣俊 陆专灵 陈代建 姬永杰 程光平
运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5'UTR 117 bp和3'UTR 383 bp,3'UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中...
关键词：
草鱼 hepcidin 表达 免疫应答
[期刊] 水产学报
[作者]
孙君君 卢荣华 杨峰 秦超彬 杨丽萍 王俊丽 孔祥会 李学军 聂国兴
固醇调节元件结合蛋白(SREBPs)是调控糖脂代谢相关基因表达的关键核转录因子。为获知草鱼SREBP-1基因的序列及其在肝脏中的表达规律,本实验采用同源克隆和RACE方法获得了草鱼SREBP-1基因的部分cDNA序列,并通过生物信息学方法对该基因及所编码蛋白的结构特征进行了分析;采用实时荧光定量PCR技术,对SREBP-1基因在8种不同组织的表达规律及低糖(糖含量24%)和高糖(糖含量42%)投喂条件下肝脏中的表达水平进行了研究。结果显示,所克隆到的草鱼SREBP-1基因cDNA长4 760 bp,其中包括开放读码框3 426bp,编码1 141个氨基酸;草鱼SREBP-1具有一个典型的碱性螺...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李超 刘品 曹艳姿 吉红 林亚秋
【目的】克隆草鱼肝X受体α亚型(Liver X Receptorα,LXRα)cDNA序列,分析其在草鱼不同组织中的表达情况及n-3HUFA对草鱼肝胰脏LXRα基因表达的影响。【方法】以草鱼肝胰脏组织为材料,采用RT-PCR技术对其LXRα基因cDNA进行克隆分析,运用生物信息学的方法分析该基因序列同源性。检测LXRα基因在草鱼10种组织中的表达情况。以含0.52%n-3HUFA的饲料饲喂草鱼95d后,用实时定量PCR法检测n-3HUFA对肝胰脏LXRα表达的影响。【结果】克隆得到了草鱼LXRαcDNA序列(GenBank注册号为:FJ965309),其ORF序列长度为1 230bp,编码40...
[期刊] 水产学报
[作者]
冯军厂 聂国兴 刘臻 张建社 王赏初 鲁双庆
氨肽酶N(APN)是肽酶M1家族的成员之一,在蛋白质的消化中发挥重要作用。采用同源克隆和RACE技术首次克隆草鱼APN基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为3258bp,包含27bp的5UTR序列,552bp的3UTR序列,2679bp开放阅读框,编码892个氨基酸;草鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为81.5%和75.4%,与其他动物同源性分别为58.8%～61.2%和54.3%～60.2%。经预测,其编码蛋白的分子量为100.61ku,等电点为5.14,该蛋白具有与哺乳动物十分相似的1个螺旋跨膜结构,但跨膜区氨基酸同源性较低;系统进化分析表明,草鱼APN基因与斑马鱼的亲缘关系最...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王伟 白俊杰 劳海华 叶星 罗建仁
根据已报道的Mx蛋白cDNA序列设计合成特异引物,应用逆转录 聚合酶链式反应(RT PCR)方法,从草鱼呼肠孤病毒(GCRV)诱导的草鱼(Ctenopharyngodonidellus)肝脏总RNA中扩增获得Mx蛋白cDNA,回收纯化后克隆到pGEM TEasyVector系统的T载体上。重组子的序列分析表明:所克隆的Mx蛋白cDNA长722bp,编码240个氨基酸,包括1个三联GTP结合区域和1个发动蛋白(dynamin)族特征的序列。与已知鱼类Mx蛋白基因序列比较表明,草鱼Mx蛋白基因序列与其它鱼类Mx基因相应序列具有较高的同源性,其中与斑马鱼Mx蛋白E型基因碱基序列比较同源性最高,为87...
关键词：
草鱼 Mx蛋白基因 基因克隆 原核表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
殷姗姗 李茂福 王华 李洋 张秋雷 金万梅 李天忠
为研究草莓中ＳＣＦ复合体的功能，以栽培草莓品种‘７４’为试材，采用同源克隆的方法分离出２个ＳＫＰ１基因。这２个基因核苷酸序列全长均为５１９ｂＰ，核苷酸序列相似性为９８．４６％，氨基酸序列相似性为９８．８４％，并具有特殊的‘ＧＶＤＥＤ’尾巴结构，分别命名为ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ（基因登录号分别为ＫＵ９７５０５７和ＫＵ９７５０５８）。ＲＴ－ＰＣＲ和ＤＣａＰＳ分析发现ＦａＳＫＰ１－１ａ和ＦａＳＫＰ１－１ｂ在草莓根、茎、叶、花托、花粉、花柱、果实中均高表达，在花瓣中表达量低。上述结果表明ＦａＳＫＰ１－１可能在草莓ＳＣＦ复合体的形成过程中发挥重要作用。
[期刊] 草业科学
[作者]
王林杰 缪野 邹晓燕 邢玉芬 蒋凌雁 刘国道 陈志坚
植物的生长和发育受土壤磷有效性的影响。柱花草(Stylosanthes guianensis)是主要的热带豆科牧草，对低磷胁迫表现出优良的适应性。由LPR基因编码的多铜氧化酶被报道在调控植物根系生长和低磷响应方面发挥重要作用。本研究分析了低磷胁迫对两个柱花草基因型生长的影响，并对SgLPR1基因进行了克隆和表达分析。结果表明：相对柱花草基因型‘TF0285’，‘TF0277’具有较高的植株干重和磷吸收效率，且低磷处理促进了‘TF0277’根系的生长。基因克隆分析表明，SgLPR1基因全长为1 713 bp，编码570个氨基酸残基，蛋白分子量为64.1 kDa，属于Cupredoxin家族成员，亚细胞定位预测SgLPR1蛋白定位于内质网上。实时定量聚合酶链反应(PCR)结果表明，SgLPR1基因在柱花草茎中表达量高于其他组织中的表达量，且在根尖大于1 cm的根段中表达量最高。相比对照处理，缺氮、缺磷和缺钾处理均增加了SgLPR1基因在柱花草叶和根中的表达量。此外，低磷处理增加了SgLPR1基因在柱花草‘TF0277’根中的表达，但其在‘TF0285’根中的表达无显著变化。本研究结果揭示了SgLPR1可能参与柱花草根系生长对低磷胁迫的应答。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李冰冰 刘国峰 魏书 黄龙全 张剑韵
维生素B_6(VB_6)在植物体内参与多种生化反应,对植物生长至关重要,吡哆醛还原酶(PLR)是VB_6代谢转换的作用酶,催化吡哆醛(PL)生成吡哆醇(PN),对维持细胞内VB_6的动态平衡发挥重要作用,而PLR在植物中鲜有报道。以拟南芥Arabidopsis thaliana吡哆醛还原酶氨基酸序列At PLR1为模板,在公用数据库通过同源比对获得数条烟草Nicotiana tabacum Nt PLR1基因的片段,结合互补脱氧核糖核酸(c DNA)的末端快速扩增-聚合酶链式反应(RACE-PCR)技术获
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