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[期刊] 水产学报
[作者]
黄吉芹 张建禄 李杨 刘品 李南充 雷彩霞 吉红
为获知草鱼B细胞淋巴瘤-2(B cell CLL/lymphoma-2,Bcl-2)基因序列及其在草鱼各组织和脂肪细胞中的表达情况,采用cDNA快速末端扩增技术获得了草鱼Bcl-2的全长cDNA序列,通过实时定量PCR研究了Bcl-2在草鱼不同组织中的表达水平及经二十二碳六烯酸(docosahexaenoic acid,DHA)处理后,草鱼脂肪细胞Bcl-2的表达变化。结果显示,所获得草鱼Bcl-2基因全长cDNA序列长度为1 292 bp,包含133 bp的5'非翻译区和784 bp的3'非翻译区;开放阅读框为375 bp,编码124个氨基酸。草鱼Bcl-2与鲤、斑马鱼Bcl-2氨基酸同源性...
关键词：
草鱼 B细胞淋巴瘤-2 DHA 基因表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
岳永起 华永琳 贾逸格 李键 熊燕 熊显荣
以牦牛为试验对象,旨在克隆牦牛CCAAT/Enhancer Binding Protein Alpha(CEBPα)基因,预测其蛋白结构和功能,同时分离得到牦牛脂肪细胞,并检测CEBPα在牦牛不同组织中的表达及牦牛脂肪细胞诱导分化过程中的表达。采集成年牦牛(4岁)的心、肝、脾、肾、胃、小肠、皮下脂肪、内脏脂肪和肌肉组织,利用PCR技术获得CEBPα基因序列,得到其CDS序列;生物信息学的方法预测该基因的序列同源性及蛋白结构;通过实时荧光定量PCR检测CEBPα在牦牛不同组织的表达;通过胶原酶消化法,分离得到牦牛前体脂肪细胞;RT-PCR检测CEBPα在诱导分化0,3,6,9 d的表达模式。结果表明,牦牛CEBPα基因的CDS序列长度为645 bp,编码214个氨基酸。牦牛CEBPα基因与普通牛(Bos taurus)的同源性相对较高,核酸同源性为99.73%,氨基酸同源性为99.19%。构建系统进化树的结果显示,牦牛与普通牛和绵羊的相似性较高。CEBPα蛋白为具有跨膜结构、发生磷酸化/去磷酸化的不稳定亲水性蛋白,蛋白质的二级结构以α螺旋(27.10%)和无规则卷曲(67.29%)为主。qRT-PCR结果显示,CEBPα基因在牦牛皮下脂肪组织中表达最高,在肾、脾和内脏脂肪组织中低表达。CEBPα在牦牛脂肪细胞诱导分化过程中表达量逐渐升高。本试验克隆获得了CEBPα的CDS区序列,确定了其在牦牛各个组织中的表达量并明确了该基因在牦牛脂肪细胞诱导分化过程中的表达模式。为揭示CEBPα基因在牦牛脂肪组织和脂肪细胞中的功能提供基础数据。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 华北农学报
[作者]
霍文韬 周婷 余越 杨清澜 常馨丹 李键 熊显荣 熊燕
旨在克隆牦牛诱导细胞凋亡DNA片段化45样效应因子A(CIDEA)基因序列、分析其生物学特性及检测CIDEA基因在牦牛不同组织及脂肪细胞分化中的表达模式。以金川牦牛皮下脂肪组织的cDNA为模板,采用PCR技术克隆CIDEA基因的CDS序列(Coding sequence),对CDS区进行相关的生物信息学分析;设计特异引物,检测该基因在金川牦牛肺脏、心脏、肾脏、脂肪等组织的表达情况;同时分离原代前体脂肪细胞,分析CIDEA基因在脂肪细胞分化过程中的表达趋势。结果表明,金川牦牛CIDEA基因的序列长度为696 bp,其中CDS序列为684 bp,编码227个氨基酸;金川牦牛CIDEA基因与普通牛的同源性最高,核苷酸序列同源性为94.14%,氨基酸序列同源性为99.54%,与鸡的同源性最低,核苷酸序列同源性仅为63.38%,氨基酸序列同源性仅为59.05%,利用MEGA 5.0软件构建进化树显示金川牦牛与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远。蛋白理化性质分析结果表明,CIDEA蛋白是一个不稳定的碱性亲水蛋白,不存在跨膜结构与信号肽;二级结构预测显示CIDEA蛋白中α螺旋占33.92%,无规则卷曲占51.98%。实时荧光定量PCR结果表明,CIDEA基因在金川牦牛脂肪组织中表达量最高,肺脏中表达量最低;在金川牦牛脂肪细胞分化过程中呈现上升的趋势。由此可推测金川牦牛CIDEA基因可能参与牦牛脂肪细胞分化与脂肪沉积。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 淡水渔业
[作者]
黄陈翠 孙健 吉红 黄小城 边晨晨
为了探究硫辛酸对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)脂肪细胞脂质代谢的影响,分离草鱼腹腔脂肪组织,消化得到脂肪细胞进行体外培养,分别用0、50和200μmol/L硫辛酸孵育细胞6 h,收取细胞和培养基样品后检测细胞甘油三酯(TG)含量、甘油和非酯化脂肪酸(NEFA)释放量及脂代谢相关基因表达。结果显示:50和200μmol/L硫辛酸处理显著降低草鱼脂肪细胞TG含量,200μmol/L硫辛酸显著增加细胞甘油和NEFA的释放量。200μmol/L硫辛酸组脂肪细胞脂肪分解相关基因(HSL、PPARα、CPT1、CD36)mRNA表达显著高于对照组,且ACC和PPARγ的mRNA表达水平显著上升,ATGL、MGL、SREBP-1c、FAS、DGAT等脂代谢基因表达状况无显著变化。综上所述,硫辛酸可能通过诱导草鱼脂肪细胞HSL和CPT1的基因表达促进脂质水解和β-氧化,从而降低脂肪细胞脂质含量。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
符贵红 杨先乐 喻文娟 胡鲲 章海鑫 黄宣运
采用基因克隆技术获取草鱼(Ctenopharyngodon idellus)细胞色素P450 3A(CYP3A)cDNA序列长1 849 bp,包含完整开放阅读框(open reading frame,ORF)1 542 bp,1个终止密码和含polyA信号3′UTR;ORF编码514个氨基酸,含信号肽(29 aa),2个跨膜螺旋区(23 aa,23 aa),血红素结合域(21 aa)和6个底物识别位点(SRS1-6);与其他脊椎动物CYP3A氨基酸序列相似度达60%～92%。用实时定量PCR和分光光度计法分别研究了草鱼肾细胞系(Ctenopharyngodon idellus kidney ...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
梁立雄 常英英 高亚南 王颜波 张伟溪 苏晓华 张冰玉
ＤＮＡ甲基化是植物基因组中普遍存在的一种的重要表观遗传学机制，对植物生长发育及进化起着重要的调节作用［１－２］。植物体ＤＮＡ甲基化的建立和维持受多个基因的协同调控，其中ＭＥＴ１（ＤＮ－ＭＴ１－ｌｉｋＥ ＭＥＴＨＹｌＴＲＡＮＳＦＥＲＡＳＥ １ ｇＥＮＥ）是在植物中最早分离出来的甲基化相关基因，编码ＤＮＡ甲基化转移酶１（ＭＥＴ１，ＭＥＴＨＹＴＲＡＮＳＦＥＲＡＳＥ１），该酶主要负责保持Ｃｇ位点的甲基化，通过ＤＮＡ甲基化作用影
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
左振华 唐建州 张钊 唐春华 陈韬 张东裔
利用快速扩增cDNA末端(rapid amplification cDNA end,RACE)技术获得草鱼细胞凋亡抑制蛋白基因全长cDNA序列为2093bp,含有1个1944bp的开放阅读框,5′非编码区长25bp,3′非编码区长124bp,可编码647个氨基酸.生物信息学分析表明,在IAP的N端无氨基酸残基组成的信号肽;与斑马鱼的同源性最好,其次是斑猫鲿;在系统进化上,与斑马鱼、斑猫鲿共聚为1支.用半定量RT-PCR分析正常及细菌诱导下草鱼细胞凋亡抑制蛋白基因在不同组织中的表达分布,正常情况下,凋亡抑制蛋白基因在所取的7种组织中均有表达,其中脑、肠和肾表达最高,肝和心脏次之,鳃和肌肉最低,但...
[期刊] 水产学报
[作者]
林茂 杨先乐 纪荣兴
为了建立以CYP1A cDNA为探针的水环境毒理学细胞模型,以β-萘黄酮(BNF)作为诱导剂,通过半定量PCR技术研究CYP1A在草鱼不同细胞系及其对应组织中的诱导表达情况。在半定量PCR反应参数研究中,对关键的退火温度和循环次数进行了优化,结果显示退火温度为57℃,循环次数为30次较为合适,该条件下Gauss迹量的CYP1A/ACT比值能更准确的反映CYP1A的表达水平。对照组和诱导组草鱼细胞中ACT和CYP1A cDNA扩增结果表明,细胞中CYP1A的基础表达量较低,而BNF诱导使GCL、CIK和CO细胞中CYP1A的表达水平得到显著的提高。GCL、CIK和CO细胞三者之间诱导后CYP1A...
关键词：
草鱼 细胞 CYP1A cDNA 诱导
[期刊] 草业科学
[作者]
姜红岩 张蕊 滕珂 檀鹏辉 刘凌云 尹淑霞
NAC(NAM, ATAF1/2, CUC2)是植物所特有的最大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育、响应非生物胁迫等方面发挥着重要作用。本研究利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends, RACE)从日本结缕草(Zoysia japonica)中克隆获得了ZjNAC2基因(GenBank登录号为MH580281),其编码区序列长1 110 bp,编码369个氨基酸。保守结构域分析显示,ZjNAC2编码蛋白在N端有一个典型的NAM结构域,表明ZjNAC2属于NAC转录因子家族。同时通过染色体步移的方法获得其启动子序列1 574 bp,通过作用元件分析发现该启动子上有ABA、非生物胁迫等多个不同的响应元件。亚细胞定位结果显示,ZjNAC2定位于细胞核。荧光定量分析表明,ZjNAC2在根中的表达量最高,并且在衰老叶片中表达量显著高于幼嫩叶片;此外ZjNAC2的表达受200μmol·L(–1) ET、10μmol·L(–1)MeJA、10μmol·L(–1) ABA和20%PEG4000的抑制,但受300 mmol·L(–1) NaCl处理的诱导。本研究表明ZjNAC2转录因子可能参与多种信号转导途径,这为进一步深入研究ZjNAC2的功能奠定了基础。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
吴小凤 李小勤 冷向军 关磊 郭婷
通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)法从草鱼肝脏中首次克隆获得草鱼JAK2基因的片段序列。该片段序列长671 bp,编码223个氨基酸,氨基酸序列分析表明草鱼JAK2基因片段与其他物种的相似性在70%～91%之间;系统进化树显示,鱼类的JAK2独立聚成一支,草鱼与斑马鱼聚成一支,与鳜鱼和墨绿凹鼻鲀聚成的一支再聚成一支。实时荧光定量PCR分析表明,草鱼JAK2基因在肝脏、肌肉、脑、心脏、脾脏和肠系膜脂肪组织中均有表达,其中在肝脏组织中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),其次是肌肉、脑、脾脏和肠系膜脂肪组织,在心脏组织中表达量最低,且显著低于其他组织(P<0.05)。本研究为进一步研究...
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