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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨春荣 苏建国 黄腾 彭丽敏
【目的】克隆草鱼杀菌通透性增加蛋白/脂多糖结合蛋白(Bactericidal permeability-increasing pro-tein/LPS-binding protein,BPI/LBP)基因的cDNA全长,分析其结构特征,研究其表达规律,为进一步探明其功能奠定基础。【方法】首先用同源克隆及快速扩增cDNA末端技术(RACE),克隆草鱼BPI/LBP基因的cDNA全长,然后用生物信息学方法分析BPI/LBP基因的结构特征,最后用半定量RT-PCR检测BPI/LBP基因在草鱼不同组织(血、脑、眼睛、前肠、中肠、后肠、鳔、鳃、头肾、中肾、心脏、肝胰脏、肌肉、皮肤和脾脏)中的表达模式。【...
[期刊] 水产学报
[作者]
冯军厂 聂国兴 刘臻 张建社 王赏初 鲁双庆
氨肽酶N(APN)是肽酶M1家族的成员之一,在蛋白质的消化中发挥重要作用。采用同源克隆和RACE技术首次克隆草鱼APN基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为3258bp,包含27bp的5UTR序列,552bp的3UTR序列,2679bp开放阅读框,编码892个氨基酸;草鱼与斑马鱼基因同源性和编码氨基酸同源性分别为81.5%和75.4%,与其他动物同源性分别为58.8%～61.2%和54.3%～60.2%。经预测,其编码蛋白的分子量为100.61ku,等电点为5.14,该蛋白具有与哺乳动物十分相似的1个螺旋跨膜结构,但跨膜区氨基酸同源性较低;系统进化分析表明,草鱼APN基因与斑马鱼的亲缘关系最...
[期刊] 水产学报
[作者]
杨春荣 苏建国 彭丽敏 董捷
采用同源克隆及快速扩增cDNA末端技术,从草鱼鳃组织中克隆了Toll样受体9(Toll-like receptor 9,TLR9)基因的cDNA全长。序列分析表明,草鱼TLR9 cDNA全长3 468 bp,编码1 058个氨基酸,其中包括18个氨基酸组成的信号肽、16个富含亮氨酸重复结构域(leucinerich repeat,LRR)、1个跨膜区和1个TIR结构域(Toll/IL-1 receptor)。该蛋白的分子量为121 921 u,等电点为8.80。氨基酸序列的同源性分析显示,草鱼TLR9与鲤TLR9的同源性最高(85%),依次为斑马鱼(82%)、大西洋鲑(55%)、虹鳟(55%)...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李超 刘品 曹艳姿 吉红 林亚秋
【目的】克隆草鱼肝X受体α亚型(Liver X Receptorα,LXRα)cDNA序列,分析其在草鱼不同组织中的表达情况及n-3HUFA对草鱼肝胰脏LXRα基因表达的影响。【方法】以草鱼肝胰脏组织为材料,采用RT-PCR技术对其LXRα基因cDNA进行克隆分析,运用生物信息学的方法分析该基因序列同源性。检测LXRα基因在草鱼10种组织中的表达情况。以含0.52%n-3HUFA的饲料饲喂草鱼95d后,用实时定量PCR法检测n-3HUFA对肝胰脏LXRα表达的影响。【结果】克隆得到了草鱼LXRαcDNA序列(GenBank注册号为:FJ965309),其ORF序列长度为1 230bp,编码40...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
冯军厂 刘臻 鲁双庆 聂国兴 周玲 孙浪
采用同源克隆和RACE技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus)PepT1基因的全长cDNA序列。该cDNA全长为2 762 bp,包含141 bp的5′UTR序列,479 bp的3′UTR序列,2 142 bp开放阅读框,编码713个氨基酸;草鱼与鲫(Carassius auratus)、斑马鱼(Danio rerio)的核苷酸同源性分别为77.6%和74.0%,氨基酸同源性分别为78.0%和76.7%;与其他物种的核苷酸同源性为53.9%～59.1%,而氨基酸的同源性为57.2%～61.8%。经预测,其编码蛋白的分子量为79.29 kD,等电点为5.87,该蛋白具有与...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王伟 白俊杰 劳海华 叶星 罗建仁
根据已报道的Mx蛋白cDNA序列设计合成特异引物,应用逆转录 聚合酶链式反应(RT PCR)方法,从草鱼呼肠孤病毒(GCRV)诱导的草鱼(Ctenopharyngodonidellus)肝脏总RNA中扩增获得Mx蛋白cDNA,回收纯化后克隆到pGEM TEasyVector系统的T载体上。重组子的序列分析表明:所克隆的Mx蛋白cDNA长722bp,编码240个氨基酸,包括1个三联GTP结合区域和1个发动蛋白(dynamin)族特征的序列。与已知鱼类Mx蛋白基因序列比较表明,草鱼Mx蛋白基因序列与其它鱼类Mx基因相应序列具有较高的同源性,其中与斑马鱼Mx蛋白E型基因碱基序列比较同源性最高,为87...
关键词：
草鱼 Mx蛋白基因 基因克隆 原核表达
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
苏建明 肖调义 张学文 陈韬 章怀云
采用快速扩增cDNA末端方法,获得1007bp草鱼MHCⅡα基因全长cDNA片段,序列包括717bp的开放阅读框、34bp的5′端非编码区以及256bp的3′端非编码区.氨基酸序列比对和同源性比较分析结果表明,草鱼MHCⅡα与鲤鱼MHCⅡα相似性最高,为79%,与斑马鱼的相似性为75%,与人的相似性最低,为34%.RT-PCR组织表达分析,MHCⅡα基因在正常草鱼组织中除了肌肉中没有扩增出MHCⅡα基因转录本外,在所检测的其他组织中都有不同程度的表达,其中脾脏、头肾有较强的表达,血液有中等程度的表达,肝脏、眼与肌肉相对表达较弱.
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘金梦 秦贝贝 黎航航 肖调义 苏建明
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列，对其进行生物信息学和共线性分析，并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp，包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基)，5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp；草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子；预测蛋白相对分子质量为8.032×10~(4)，等电点为6.01，该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构，并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环，跨膜区氨基酸高度保守，含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点；预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠；氨基酸序列同源性分析结果显示，草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高，为86.65%，与其他所比较的物种的同源性则为52.83%～68.15%；系统进化树分析表明，草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近；与斑马鱼相比，草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因，具有保守的基因块；实时荧光定量表达分析表明，草鱼PepT2在肠道中表达量最高，其次是肾脏。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
唐春华 杨丹 左振华 黄小西 陈韬 张东裔
利用草鱼C-反应蛋白(CRP)的EST序列(CK233056)设计引物,采用快速扩增cDNA末端(SMART-RACE)的方法克隆CRP基因的5′末端,获得1个约520bp的cDNA片段.将该片段与EST拼接,得到CRP基因全长cDNA,长度为889bp,含有1个672bp的开放阅读框,两侧分别有74bp和143bp的5′和3′非翻译区域(open reading frame,ORF),CRP基因编码224个氨基酸残基,N端含有15个氨基酸残基的信号肽.利用RT-PCR半定量法对健康及被嗜水产气单胞菌人工感染的草鱼的心脏、脑、前肠、肾脏、肝胰脏、肌肉、脾等组织CRP的mRNA表达水平进行检测,...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙翰昌 丁诗华 方平 张芬 李云 刁晓明
以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为实验对象,利用RACE技术克隆了草鱼成纤维细胞成长因子8(Fibro-blast Growth Factor8,FGF8)cDNA序列。实验结果显示,草鱼FGF8 cDNA序列长度为887 bp,其中5′-非翻译区长100 bp,3′-非翻译区长157 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,编码210个氨基酸的前体蛋白,包含22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。利用已知的FGF8序列绘制系统发育树,发现草鱼与两种鲤科鱼(班马鱼、墨西哥脂鲤)聚为一簇,显示亲缘关系很近,而与其它脊椎动物如两栖类、鸟类、哺乳类的亲缘关系则相对较远...
[期刊] 水产学报
[作者]
王改玲 王明成 李传凤 潘磊 刘盼婷
为研究草鱼抗菌肽NK-lysin基因的组成结构、在组织中的表达差异及其抑菌活性,实验根据已知鱼类NK-lysin基因保守区序列设计上下游引物,采用RT-PCR和RACEPCR技术克隆草鱼NK-lysin基因(Cinkl),RT-PCR进行各组织间的表达分析,并构建Cinkl成熟肽的原核表达载体,采用琼脂糖孔穴扩散法检测重组蛋白的抑菌活性。结果显示,Cinkl c DNA全长768 bp,编码121个氨基酸;基因组DNA全长3 361 bp,包含4个外显子和3个内含子。经多序列比对分析和结构域预测表明,Ci
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦友传 黄荣俊 陆专灵 陈代建 姬永杰 程光平
运用RT-PCR和快速扩增cDNA末端(rapid amplication ofcDNA Ends,RACE)技术获得草鱼(Ctenopharyngodon idellus)hepcidin基因全长cDNA,为774 bp,包括ORF 282 bp、5'UTR 117 bp和3'UTR 383 bp,3'UTR存在1个多聚腺苷酸加尾信号(AATAAA)和1个mRNA不稳定基序(ATTTA)。推定编码93个氨基酸,与其它鱼类hepcidin的序列同一性为27.9%～51.6%;SignalP 4.0软件预测信号肽位于1～24位。在邻接(neighbor-joining,NJ)法构建的系统进化树中...
关键词：
草鱼 hepcidin 表达 免疫应答
[期刊] 水产学报
[作者]
王欣欣 孙宝剑 昌鸣先 聂品
用RACE-PCR方法扩增出草鱼免疫球蛋白M(immunoglobulin M,IgM)分泌型的重链全长cDNA。其cDNA全长为1 940nt,包含5′非编码区20nt,3′非编码区189nt,开放阅读框1 731nt,编码576个氨基酸。序列比对分析表明草鱼IgM与鲤的相似性高达68%,与斑马鱼、斑点叉尾鱼回、鳜以及大西洋鳕的相似性分别为61%、43%、33%和30%。ClustalX比对结果显示:草鱼IgM中存在半胱氨酸和色氨酸的保守位点。进化分析表明,草鱼IgM与斑马鱼的IgM聚为一枝。荧光定量PCR显示草鱼IgM的mRNA主要在头肾、中肾和脾脏中表达,表明了这三个免疫器官是IgM表达...
关键词：
草鱼 免疫球蛋白M 克隆 荧光定量PCR
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