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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王廿 贾蒙骜 黄刚 卯婷婷 赵玳琳 陶刚
【目的】为了解贵州地区草莓(Fragaria×ananassa)栽培品种中4种主要病毒的发病率和草莓褪绿斑驳病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)贵州分离物与其他分离物的遗传进化关系,对贵州省贵阳市和黔东南州凯里市大棚草莓植株和草莓组培苗进行4种主要草莓病毒检测。【方法】克隆SVBV的全长基因组序列及CP编码的核酸序列后测序并分析。【结果】采集的77份草莓样品检测出SVBV和草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)2种病毒,未检测到草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)和草莓蚀刻病毒(Strawberry crinkle virus,SCV),其中SVBV的检出率为19.5%,SMYEV为2.6%;SVBV-GZ(GenBank登录号:MH894295)全基因组序列为7859 bp,基因组结构推测有7个开放读框构成,基于SVBV基因组核酸序列的系统发育分析表明SVBV-GZ与SVBV-BJ(GenBank登录号:KR080547)亲缘性较近。【结论】基于SVBV CP氨基酸序列的系统发育分析发现,贵州不同地区草莓SVBV不同分离物与其他中国不同地区分离物同源性较高,可能是由于贵州从全国范围调运草莓种苗造成。
关键词：
草莓 病毒发生率 核酸序列分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
朱晨 唐伟 阴筱 董玲霞 孙厚俊
【目的】解析我国美人蕉黄条病毒（Canna yellow streak virus， CaYSV）的全基因组序列及遗传进化地位，为指导病害防控提供科学指导。【方法】通过反转录-聚合酶链式反应（Reverse transcription-polymerase chain reaction， RT-PCR）技术和快速扩增cDNA末端（Rapid amplification of cDNA ends，RACE）技术从江苏扬州和湖南长沙采集到的美人蕉病样中，扩增获得CaYSV全基因组序列，并利用MegAlign、Mega11和RDP5软件对全基因组序列分别进行核苷酸一致率分析、系统进化分析和重组分析。【结果】除poly(A)外，扬州分离物和长沙分离物全基因序列均为9501 nt，开放阅读框(Open reading fragment， ORF)均为9123 nt，编码3040个氨基酸组成的多聚蛋白。序列分析表明，CaYSV扬州分离物和长沙分离物与已报道的CaYSV分离物全基因组核苷酸序列一致率分别为93.9%～99.4%和94.0%～99.5%。根据外壳蛋白(Coat protein， CP)氨基酸序列构建系统进化树，CaYSV可以分为A和B2个大组，其中A组又分为3个亚组。重组分析表明，CaYSV扬州和长沙分离物中均存在1个重组事件。【结论】CaYSV存在于我国江苏扬州和湖南长沙的美人蕉上。根据CaYSV的CP蛋白氨基酸构建系统进化树，扬州分离物和长沙分离物聚类到A1亚组，与泰国分离物K2、PHC478及俄罗斯分离物KS等亲缘关系较近。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李丽丽 杨洪一
为探索分子杂交技术在草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)检测中的运用,利用CTAB法从草莓叶片中提取总核酸,并以此为模板,利用特异引物扩增SMoV非编码区序列,经克隆、测序获得SMoV非编码区序列。系统进化分析结果显示:本研究中的分离物与GenBank中已报道的分离物的亲缘关系较远,独立形成1个小的进化支。以带有病毒特异片段的质粒为模板,运用PCR技术制备了地高辛标记的cDNA探针。以草莓感染SMoV叶片为试材,利用地高辛标记探针可有效检测草莓叶片中的SMoV,草莓总核酸样品稀释10倍后仍可有效检测。
关键词：
草莓斑驳病毒 分子杂交技术 cDNA探针
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王建辉 刘建军 陈克玲 李洪雯 何建 关斌 何礼
本文对草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)的2种分子检测技术进行了比较研究。结果表明,多重PCR技术以草莓actin为内参基因,完全排除在实验中杂质与操作的影响。Real time PCR技术具有更高的灵敏度和可靠性,可以定量检测出样本中病毒粒子的含量。结果表明,Real time PCR的灵敏度是普通PCR的100倍以上,而多重PCR的检测成本更经济。所以Real time PCR技术将用于引进品种的检疫,而多重PCR技术将用于大规模的脱毒苗
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈柳 尚巧霞 陈笑瑜 邢冬梅 冉策 魏艳敏 赵晓燕 刘正坪
【目的】草莓轻型黄边病毒(Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)是侵染草莓的重要病毒,严重影响草莓果实的产量和品质。研究旨在建立利用反转录等温扩增技术(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测SMYEV的方法。【方法】根据SMYEV外壳蛋白基因3′端保守序列设计4个特异性引物SMYEV-FIP(5′-CAGATCAGCGACAATTTGGACTCCTGAGGAACTTGCTGCT-3′)、SMYEV-BIP(5′-GCTTTGTC GGGGATCCTG...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
李伟佳 张志宏 郭巍 郑文燕 代红艳
高通量测序技术是近年来发展起来的一种重要的分子生物学技术，能一次对几十万至几百万条ＤＮＡ分子进行序列测定，在基因组解析、转录组分析、基因变异位点筛查等方面广泛应用。探讨通过对感染病毒的草莓材料进行转录组测序来解析病毒基因组的可行性。以怀疑感染病毒的草莓叶片为试材，利用ＩｌｌｕｍＩＮＡ测序技术进行转录组测序分析。通过对组装得到的单基因序列进行注释分析，筛选出１２个注释为草莓病毒的单基因序列，它们源自４种草莓病毒，分别是草莓轻型黄边病毒、草莓坏死休克病毒、草莓镶脉病毒及草莓皱缩病毒。利用ＲＴ－ＰＣＲ技术对转录组测序结果进行了验证，表明利用高通量测序技术解析草莓病毒基因组序列的可靠性。本研究探索出解．．．
关键词：
草莓 转录组测序 病毒 基因组
[期刊] 华北农学报
[作者]
冉策 陈柳 陆家兰 刘正坪 魏艳敏 赵晓燕 尚巧霞
草莓成熟叶片中含有大量的多糖、蛋白质、多酚和色素等物质,影响高质量DNA的提取和下游PCR反应的进行。为确定适用于PCR技术检测草莓镶脉病毒(Strawberry vein banding virus,SVBV)的DNA提取方法,从草莓叶片中提取DNA后,对样品中的SVBV进行特异性的PCR检测,比较确定不同DNA提取方法对PCR检测SVBV稳定性的影响。以感染SVBV的草莓叶片为材料,分别采用CTAB试剂盒法、高盐低pH法、改良SDS法提取草莓叶片的总DNA,将不同方法提取的DNA通过紫外分光光度法和琼脂糖凝胶电泳法进行测定,对DNA产量和质量进行分析。结果表明,3种方法均能获得较为完整的D...
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐品三 孙冰轮 姜旭 李焕改
根据GenBank上已登录的百合斑驳病毒(LMoV)基因组序列设计7对交叉重叠的引物,利用RT-PCR技术对铁炮百合白天堂进行检测,并经克隆测序获得百合斑驳病毒大连分离物(LMoV-DL)基因组全序列。序列分析表明:LMoV基因组由长度为9 648 bp的线状单链正义RNA组成,包括一个poly(A)尾巴,编码一个由3 096个氨基酸组成的分子量为351 kDa的多聚蛋白。同时多聚蛋白系统发育分析说明LMoV隶属于Potyvirus属一个较大的分支,在进化关系上与BYMV和ClYVV最近。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
倪方锐 李瑞 李爽 贾琳 蒋磊 宋培培 江彤
【目的】对草莓镶脉病毒(SVBV)启动子进行序列测定和分析,为进一步研究该启动子稳定表达活性、表达类型及驱动外源基因稳定表达提供理论依据。【方法】用CTAB法从感染SVBV的草莓叶片中提取总DNA,设计特异性引物扩增SVBV启动子,克隆并测序。将SVBV启动子与花椰菜花叶病毒属其他成员的启动子核苷酸序列进行比较,并构建其系统关系树,再用PlantCARE软件分析SVBV启动子序列中的各个作用元件。【结果】获得全长为1017 bp的SVBV启动子。序列比列表明,本研究构建的中国SVBV启动子与美国SVBV启动子序列相似性最高,达77.29%。从构建的系统关系树可以看出,中国SVBV启动子与美国S...
关键词：
草莓镶脉病毒 启动子 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨洪一 李丽丽 代红艳 张志宏
【目的】明确草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)的分子变异特点;探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV3′非编码区(non-coding region,NCR)和大外壳蛋白(large coat protein,LCP)基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果,在SMoV基因组保守区设计引物,利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP基因核酸序列,不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邓丛良 黄金光 高文娜 吕玉峰 范在丰 李怀方
从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列。结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9 611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9 198个核苷酸的开放读框,编码3 065个氨基酸,分子量约为349 575 Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有。预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中。Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化...
关键词：
白草花叶病毒 分离物 序列比较 核苷酸
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 宋建 于海涛 段红英
为了确定天津番茄产区是否发生了番茄褪绿病毒病，了解该病毒天津分离物的主要基因是否发生变异，对该地区发生的Ｔｏ ＣＶ进行了分子检测，并对该病毒的外壳蛋白（ＣＰ）和热激蛋白７０类似物（ＨｓＰ７０Ｈ）的核苷酸和氨基酸进行了序列分析。结果表明，天津分离物ＣＰ蛋白的核苷酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．３％以上。ＨｓＰ７０Ｈ蛋白的核酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．２％以上。表明ＣＰ和ＨｓＰ７０Ｈ蛋白是２个最保守的蛋白。这是首次在分子水平上证明番茄褪绿病毒在天津地区为害。
[期刊] 林业科学
[作者]
闫文凯 林文武 杨文婷 杜雅馨 吴祖建 杨靓
【目的】研究BaMV福州分离物BaMV-TMS1及其携带的卫星RNA(satBaMV)分离物satBaMV-TMS1的全基因组特征,明确其系统发育关系;对BaMV进行c DNA侵染性克隆构建方法的改进,为其反向遗传学体系的快速建立提供简便的方法。【方法】根据已报道的BaMV和satBaMV全长序列保守区分别设计2对和1对扩增引物,从感染BaMV的竹叶中扩增、克隆获得BaMV-TMS1和satBaMV-TMS1的全长序列,并进行序列特征分析和系统发育树构建。采用多片段无缝克隆方法将扩增得到的2个病毒DNA片
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
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