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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈绳亮 罗保君 常国辉 李天宪 张忠 赵林
应用限制性内切酶图谱分析法，估算茶毛虫核型多角体病毒（ＥｐＮＰＶ） 基因组大小为１３１．０９ ｋｂ；通过随机克隆，将ＥｐＮＰＶ 基因组８ 条ＢａｍＨ Ⅰ酶切片段中的６ 条、１３ 条Ｐｓｔ Ⅰ酶切片段中的７ 条、２６ 条ＥｃｏＲ Ⅰ酶切片段中的７ 条、２１ 条Ｈｉｎｄ Ⅲ酶切片段中的７ 条、１４ 条Ｘｂａ Ⅰ酶切片段中的９ 条分别克隆至载体ＰＴＺ１９Ｒ，构建了ＥｐＮＰＶ基因组的部分质粒文库。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
昆虫病毒是专性侵染节肢动物的一类微生物,包括核型多角体病毒、颗粒体病毒、质型多角体病毒、痘病毒、虹彩病毒等很多类群。核型多角体病毒属于杆状病毒科(Rhabdoviridae)核型多角体病毒属(Nucleopolyhedrovirus),是昆虫病毒中最大的类群。它能够专一性地侵染并杀死一种或者几种农林害虫,并且对害虫天敌、环境、人畜无害,是一种值得推广的绿色生物农药。本文总结了获得全基因组序列的核型多角体病毒,综述了核型多角体病毒的基因组主要功能基因(RNA转录相关基因、DNA复制相关基因、结构相关基因)及其他基因,并对核型多角体病毒今后的发展方向进行了展望。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
侯建文
杆状病毒作为生物杀虫剂具有安全、持效、不易产生抗药性等优点，而杆状病毒－昆虫细胞表达系统具有产量高、易控制、相对安全等优点，目前已有数百种外源蛋白在杆状病毒－昆虫细胞系统中表达。国外已报道了苜蓿银纹夜蛾核多角体病毒（ＡｃＮＰＶ）１３１．９ｋｂ［１］、...
[期刊] 林业科学
[作者]
杜会聪 王瑶 方加兴 张珍荫 张苏芳 刘福 张真 孔祥波
【目的】测定和分析马尾松毛虫线粒体基因组的特征,从线粒体基因组水平探究蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。【方法】采用Hi Seq X Ten测序仪测定马尾松毛虫线粒体的全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2. 0软件预测tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的核苷酸序列构建鳞翅目蛾类13个科50种昆虫的系统发育关系。【结果】马尾松毛虫线粒体基因组全长15 417 bp,A+T含量为79. 6%,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为320 bp的A+T富含区,无基因重排。13个蛋白质编码基因中,氨基酸使用较频繁的依次包括Phe、Leu、Ile、Tyr和Asn(Count>290),而Ala和Arg的使用相对较少(Count
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王瑶 孔祥波 张苏芳 刘福 张真 严善春
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成三叶草结构,其余T均为典型的三叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
油桐尺蛾核型多角体病毒广西株基因组序列由Sanger测序的方法得到。拼接后获得了121 268 bp序列,GC含量为36.76%。以长度不小于50 aa的序列认定为功能基因,共预测到131个开放阅读框,通过Blast比对,其中87个能注释到功能基因。对基因组序列进重复序列分析,共发现SSR位点174个,同源重复序列1个。在SSR位点中,包含6种长度的重复基序,且以富含AT的重复基序为主。同源重复序列两端为一59 bp片段或其一部分组成的重复序列,两端分别重复12次和7次,中间则为一段与重复片段无关的236 bp片段。与武汉株相比,广西株病毒在37个核心基因中有4个存在蛋白序列长度上的差异,而在...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔正秀 孙柳清 肖苗苗 王燕飞 罗永平 赫娟 玉山江·麦麦提 陈伟
【目的】研究南瓜蚜传黄化病毒(Cucurbit aphid-borne yellows virus, CABYV)的分子特征、遗传结构和进化机制，对于明确该病毒病在田间发生的流行规律和制定长期可持续的防控策略具有重要意义。【方法】从新疆阿克苏市随机采集了疑似感染CABYV的120份甜瓜叶片，采用RT-PCR方法进行病毒检测，序列采用MEGA 7.0构建系统发育树，使用DnaSP v5.10分析不同序列之间的遗传多样性，采用RDP v.4.31软件分析CABYV序列可能发生的重组事件。【结果】经RT-PCR验证，38个样品为CABYV阳性，检出率为31.67%。从这些阳性样品中分离、测序、克隆得到了一个新的CABYV-2分离物。该分离物基因组长度为5497 bp,编码6个开放阅读框。与NCBI数据库中的来自不同国家的23个CABYV分离物相比，CABYV-2与KR231942.1的同源性最高，与JF939812.1的同源性最低。进化树分析结果表明，24个分离物由于地理因素的不同被分为2个分支，其中CABYV-2与KR231942.1聚在一起，属于分支1。遗传多样性与中性检验结果说明CABYV存在高度变异且种群不断扩展。重组分析结果表明，有EU636992.1和KR231949.1两个重组事件，重组加剧了CABYV的变异。【结论】CABYV在我国分布广泛且种群不断扩展，成为瓜类植物生产的限制因素。CABYV新疆阿克苏市分离株与韩国分离株KR231942.1亲缘关系最近，与来自欧洲国家的分离株亲缘关系最远，分支1和分支2分离株之间存在较大的遗传差异，CABYV在不同宿主间的重组加剧了CABYV的变异，重组和负选择可能是影响CABYV遗传变异的重要原因。
关键词：
CABYV 基因组克隆 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
盛晔 闵丹 李轶女 张志芳 朱越雄 朱江
【目的】研究新发现的斜纹夜蛾核型多角体病毒Ⅱ株基因ORF13的结构与功能。【方法】根据SpltMNPV Ⅱ ORF13基因序列设计引物,经PCR扩增并克隆ORF13。在生物信息学分析基础上进行启动子活性分析和转录时相分析。构建ORF13片段的原核表达载体,表达并纯化融合蛋白后制备多克隆抗体。【结果】核苷酸序列分析表明,起始密码子上游-84bp处发现杆状病毒晚期启动子基序ATAAG,没有发现明显的早期启动子基序。启动子活性分析和转录时相分析证实,ORF13是一个早期和晚期都表达的基因,在病毒感染2 h就开始转录,18 h达到最高峰,24 h以后转录水平有所下降,但基本维持恒定。pET-28a-O...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李萌 张雅林 王敦
棉铃虫核型多角体病毒(HearNPV)ORF44是一个功能未知的基因,研究对HearNPV ORF44基因的序列及原核表达进行了初步研究。结果表明,HearNPV ORF44基因全长1 137 nt,编码378aa,预测编码蛋白分子量为42.7 ku。序列分析显示,ORF44具有双相启动子特征序列,同时兼有杆状病毒早期和晚期基因转录启动子特征序列。ORF44的推导氨基酸序列中含有1个强跨膜螺旋区域,32个磷酸化位点和4个糖基化位点。除HzNPVORF45外,未发现与ORF44氨基酸同源性高于30%的基因。构建了pET-44表达载体,并在大肠杆菌BL21中得到了高效表达,表达的融合蛋白分子量为4...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
管雨 杨洋 张智俊 罗淑萍 汤定钦
从毛竹Phyllostachys pubescens幼嫩叶片中提取纯化得到高质量的基因组DNA,经限制性内切酶BamH I对它们进行梯度酶切,脉冲场电泳选择合适酶切DNA片段,与脱磷酸化处理过的质粒载体pCLD04541按质量比3∶1相互连接,转化大肠杆菌Escherichia coli DH10B感受态细胞进行蓝白斑筛选,挑取白色克隆,获得重组率较高的阳性克隆,构建了含有104个克隆的双元细菌人工染色体(BIBAC)基因组文库,并通过脉冲场电泳检测分析后确定,所构建的毛竹BIBAC文库平均插入片段为105 kb,约覆盖5倍毛竹基因组。该文库的构建为毛竹基因组研究做好了前期的基础工作。
[期刊] 林业科学
[作者]
赵同海 张永安 王玉珠 陈昌洁
为研究DsCPV在松毛虫种群中的垂直传递及对松毛虫灾害的持续控制作用 ,通过反转录聚合酶链式反应 (RT PCR)建立了DsCPV的早期检测技术。依据家蚕质型多角体病毒 (BmCPV)质型多角体蛋白的核苷酸序列设计一对引物 ,从纯化的DsCPV、BmCPV和舞毒蛾质型多角体病毒 (LdCPV)的基因组dsRNA可成功地扩增出长 6 14bp的目的片段 ,从提取的健康松毛虫幼虫肠组织的DNA、舞毒蛾核型多角体病毒 (LdNPV)基因组核酸、以及棉铃虫质型多角体病毒 (HaCPV)基因组核酸 ,未能扩增出目的片段。DsCPV基因组dsRNA扩增片段的序列与BmCPV相应基因序列具有 87%的同源性...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冷春玲 李文利
以柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)DNA为模板,运用PCR技术钓取ApNPV(IE-1)基因的启动子片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序分析。将测序的2.7 kb DNA片段用EcoRⅠ和BglⅡ双酶切,回收3'端1.6 kb的DNA片段。将该片段插入到pGFP-N2表达载体上构建以其作为启动子的IE-1/pGFP-N2重组质粒。重组质粒经脂质体介导转染Hela细胞,结果可见绿色荧光蛋白(GFP)在细胞中的表达,证明钓取的IE-1基因启动子片段具有启动子的转录活性。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
lef-8基因作为杆状病毒重要的早期表达基因,编码病毒RNA聚合酶的最大亚基。本文通过对油桐尺蛾核型多角体病毒lef-8基因进行测序,对其基因结构及其在杆状病毒中的系统进化进行了分析。发现lef-8基因在油桐尺蛾核型多角体病毒中编码区长2 634 bp,编码877个氨基酸。在5’-UTR区具有可能为其启动子及转录起始位点的信号序列,在3’-UTR区具有加尾信号序列,但这些序列的具体功能还有待进一步研究。其蛋白序列与常见的模式NPV同源性较低,但具有共同的签名序列。通过对杆状病毒lef-8基因的系统进化分析,发现颗粒体病毒和核型多角体病毒明显分为两支,而核型多角体病毒中又明显分为4个分支,其进化...
[期刊] 华北农学报
[作者]
石生林 刘彦群 潘敏慧 鲁成
为丰富柞蚕核型多角体病毒分子生物学基础,通过PCR扩增克隆了ApNPVp11基因并进行了序列的生物信息学分析。ApNPVp11基因编码102个氨基酸,预测分子量11.2 kDa;氨基酸序列N端1~33位是信号肽序列,中部50~72位是跨膜区。PSI-BLAST搜索表明有20种核型多角体病毒编码蛋白与ApNPV P11蛋白有显著性匹配;比对分析发现P11蛋白氨基酸序列中部相对保守,两端变异较大。进化分析表明ApNPV属于NPV类群I且与EppoNPV、AgMNPV、CfDefNPV亲缘关系较近。
关键词：
杆状病毒 p11基因 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金艺鹏 刘巧荣 孙明 乔雁超 乔明明 刘伯华 林德贵 陈西钊
【目的】对首次暴发的大熊猫源性犬瘟热病毒(panda derived-canine distemper virus,P-CDV)全基因组进行克隆测序,以了解大熊猫源CDV的全基因组遗传变异情况,进一步追踪感染源,为大熊猫犬瘟热防控提供理论依据。【方法】根据Gen Bank公布的CDV全基因组序列设计17对特异性引物,利用RT-PCR技术,从感染犬瘟热病毒的大熊猫肺渗出液中分片段扩增CDV全基因序列,并克隆到p MD19-T载体中;经测序、拼接,获得第一个P-CDV全长c DNA序列;利用DNAman生物学分析软件分别对全基因组序列、H蛋白基因序列、F蛋白基因序列、P蛋白基因序列、M蛋白基因序列...
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