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[期刊] 西南农业学报
[作者]
钱春仙 高俊 刘林 杨静 李成云
从NCBI数据库中下载到50776条茶树表达序列标签(expressed sequence tags,EST)序列,利用Tandem Repeats Finder程序,对≧24 bp的微卫星(简单重复序列)进行系统分析。结果表明,在所分析的茶树EST序列中,搜索到长度大于或等于24 bp,基序匹配值大于80%的微卫星序列5299个,在这些微卫星中,单核甘酸的最多,数量达3283个,占SSR总数的61.96%,其次为2核甘酸微卫星序列,共1113个,占微卫星总数的21%。4核苷酸微卫星数量最少,仅39个,占总数的0.74%,搜索到6核苷酸471个,其基序组成可分为83类,优势基序为AAAACT(...
关键词：
茶树 表达序列标签 微卫星
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
魏琦琦 林青 贾宝光 吴炼 李承想 张琳
运用Illumina测序平台的RNA-seq技术对中秋酥脆枣的花、果实和枣吊进行了转录组测序,并对测序获得的Unigene进行微卫星特征分析。经序列组装和拼接,共获得34 587个Unigene,运用Misa软件分析发现12 624个微卫星。在所得转录组序列的单碱基至五碱基微卫星中,以单碱基微卫星最多(6 314个,50.02%),并以A/T(6 217个,98.46%)为主要重复单元;二碱基微卫星(3 335个,26.42%)次之,其中以AG/CT(2532个,75.92%)类型最多;再次是三碱基微卫星(2 871个,22.74%);最后是四碱基和五碱基微卫星,二者仅占所有微卫星信息的0.8...
关键词：
枣 转录组测序 RNA测序 微卫星特征
[期刊] 林业科学
[作者]
温强 徐林初 江香梅 李江 顾胤聪 徐立安 黄敏仁
采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重...
关键词：
山茶属 454高通量测序 微卫星
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李虹 卢孟柱 蒋湘宁
简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。
关键词：
EST 新基因发现 基因表达 分子标记
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋雪梅 胡廷章 向兴胜 戚文华
本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310~360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P>0.05;Spearman's rho,P>0.05),而其染色体长度与其所含S...
关键词：
杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学
[期刊] 中国农业科学
[作者]
余仲东 刘小勇 曹支敏
目的比较和分析中国松杨栅锈菌与国外该菌在ITS序列上的差异和中国该菌种内群体分化状况。方法对来自中国不同地域的松杨栅锈菌的5个生理小种11个菌系核糖体ITS序列和微卫星序列多态性进行了研究。结果中国菌系同英国菌系ITS序列同源性高(99.8%),同法国、加拿大、德国的菌系同源性略低(99.5%),中国菌系间ITS序列完全相同。ISSR标记表明,供试的11个菌系可区分为西部、北方两大菌群。小种C2同C4、C1、C3小种遗传多样性差异显著,其余小种间无显著差异。小种分化与遗传分化不一定相符,C2小种在遗传上表现单一。结论该菌ITS序列高度保守,不适合种下阶元划分,各菌系ITS序列无显著差异。ISS...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
谢楠 刘凯 冯晓宇 姚桂桂 潘彬斌
乌鳢（Ｃｈａｎｎａ ａｒｇｕｓ，♂）、斑鳢（Ｃｈａｎｎａ ｍａＣｕｌａｔｕｓ，♀）是杂交鳢＂杭鳢１号＂的亲本。利用高通量测序技术对乌鳢和斑鳢的肝脏进行转录组测序获得大量Ｅｓｔ序列后，利用ｍＩｓａ软件进行微卫星信息分析，结果表明，通过转录组测序获得乌鳢Ｅｓｔ序列５９ ９５９条，长度４５ ｍｂ，发现１５ ４２８个ｓｓｒ，出现频率为２５．７３％；获得斑鳢Ｅｓｔ序列４４ ３３７条，长度２７ ｍｂ，发现８ ４３９个ｓｓｒ，出现频率为１９．０３％。在乌鳢和斑鳢Ｅｓｔ－ｓｓｒ中，重复单元以１～２碱基重复为最多，并以长度小于１６ ｂｐ的短重复序列为主，间隔ｓｓｒ和复合ｓｓｒ的Ｅｓｔ序列ｒｐＫｍ均值要低于单纯型．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘汝 许强华
采用磁珠富集法筛选三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)的微卫星序列。经Sau3AI酶切后的200～1000bp DNA纯化片段,与两端已知序列的人工接头连接,用含有生物素标记的(CA)12和(GA)12探针杂交,根据磁珠的链酶亲和素与生物素特异结合的特性,捕获含微卫星序列的单链DNA,以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,随后将获得的片段连接到PMD18-T载体上,转化至DH5α感受态细胞中,成功构建了微卫星富集文库。测序其中的60个阳性克隆,得到42条微卫星序列(基因登录号为:HQ283153-HQ283194),除探针使用的CA/GT、GA/CT重复外,还...
[期刊] 林业科学
[作者]
尹佟明 李东 陈颖 黄敏仁 王明庥
We reported our preliminary study on mapping of the expressed sequence tag (EST) using single-stranded DNA conformation polymorphism (SSCP) on polymerase chain reaction (PCR) product. Five ESTs primer pairs, developed from nuclear genes including CAD(cinnamyl-alcohol dehydrgenase), CHS(chalcone synt...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨克强 王跃进 张今今 王西平 张剑侠 万怡震
表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用 EST进行基因克隆和表达分析时应注意的问题和发展趋势
关键词：
表达序列标签 基因克隆 基因表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马宁 曾地刚
为了筛选凡纳滨对虾微卫星序列,构建了一个cDNA文库,并进行454高通量测序。结果得到500 177条mRNA序列片段,通过拼接获得了20 225条unigene,从中鉴定得到588条微卫星序列,设计了557对微卫星引物。随机挑选其中20对微卫星引物进行PCR扩增,结果有18对引物扩增成功。研究结果大大丰富了凡纳滨对虾的基因组资料,增加了凡纳滨对虾可用的微卫星标记数量,对于凡纳滨对虾的种质资源鉴定、遗传学研究和分子标记选育有重要意义。
关键词：
凡纳滨对虾 微卫星序列 高通量测序
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 水产学报
[作者]
牛东红 冯冰冰 刘达博 沈和定 李家乐
我国缢蛏养殖规模不断扩大,而缢蛏主产区苗种的遗传结构却缺乏系统的分析研究。利用微卫星标记和线粒体COⅠ序列分析了我国浙闽沿海8个缢蛏群体的遗传多样性和遗传分化水平。基于微卫星标记的遗传多样性分析结果显示,群体的平均有效等位基因数(Ne)为6.2～9.0,期望杂合度(He)为0.806～0.875;基于线粒体COⅠ标记的遗传多样性结果显示,单倍型多态性(Hd)为0.942～1.000,核苷酸多样性指数(P)为0.005 6～0.011 5。基于微卫星标记的群体间遗传分化值(FST)为0.001 4～0.063 8,除NH和SM群体外,其他群体间均具有显著性差异;基于线粒体COⅠ标记的群体间遗传分...
关键词：
缢蛏 微卫星 线粒体DNA 遗传结构
[期刊] 林业科学
[作者]
周祥明 张冰玉 苏晓华 王大海 黄秦军 张香华 张志毅
采用SMART技术构建美洲黑杨雄性花芽cDNA文库。随机挑选4200个克隆进行序列测定,获得原始序列3092个ESTs,去除插入片段短于150bp的序列和污染序列后,获得有效ESTs序列3087个,平均长度515bp。对聚类后的416个Clusters分别进行单独拼接,得到相应的Contigs和Singletons分别为451和1104个,并通过与NCBI等核酸数据库进行比对、查询和注释,获得已知功能和未知功能的基因1015个,无序列相似性的新基因540个。这些数据为进一步研究高等植物花发育提供了一个极有价值的资源。
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