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[期刊] 中国农业科学
[作者]
杜黎明 毛伟海 包崇来 胡天华 朱琴妹 胡海娇
【目的】克隆茄子生长素响应因子新基因,为研究茄子果实形成发育的分子机制提供依据。【方法】采用RT-PCR和RACE技术克隆茄子ARF家族相应基因的cDNA全长序列。经序列联配进行与其它物种同源基因的保守域和进化关系分析。实时定量PCR检测目的基因在茄子不同组织中的表达情况。【结果】将该基因命名为SmARF8,它的cDNA序列全长为3671bp,编码阅读框全长2676bp。氨基酸序列分析表明,SmARF8蛋白拥有核定位序列,蛋白质结构具有ARF家族的N-端DNA结合域,中间脯氨酸、丝氨酸和苏氨酸残基富集的非保守调控域,C-末端蛋白互作域。氨基酸与拟南芥的调控单性结实基因ARF8相似性较高,进化树...
关键词：
茄子 生长素响应因子 基因克隆
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安建平 宋来庆 赵玲玲 由春香 王小非 郝玉金
【目的】分离苹果生长素响应因子MdARF5(Auxin Response Factor 5),分析其对生长素的响应,鉴定其在调节花青苷合成过程中的作用,揭示MdARF5的生物学功能,为进一步研究生长素对花青苷的调节提供理论依据。【方法】以‘嘎拉’苹果(Malus×domestica‘Royal Gala’)为材料,利用同源克隆技术,克隆得到一个ARF(Auxin Response Factor)转录因子,并将其命名为MdARF5。利用MEGA5.0软件构建多物种间系统进化树。通过农杆菌介导的遗传转化获得转
关键词：
苹果 生长素 ARF转录因子 花青苷
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏丽艳
Aux/IAA蛋白作为转录抑制因子在植物生长发育过程中有重要的调控作用。为了研究草莓生长素诱导基因FvIAA17在草莓生长发育过程中的功能,以森林草莓为试验材料,克隆草莓FvIAA17基因,并对其序列特征进行生物信息学分析,利用Real-time PCR技术分析了FvIAA17在草莓不同组织及外源激素处理下的表达模式。结果表明,FvIAA17基因开放阅读框为594 bp,编码197个氨基酸;预测其分子质量和等电点分别为21. 85 ku和7. 56,具有Aux/IAA家族蛋白典型结构域和保守序列;该基因启动子区含有脱落酸、茉莉酸甲酯及胁迫相关的顺时作用元件。进化分析表明,FvIAA17基因与苹果生长素诱导基因Md IAA1亲缘关系最近;亚细胞定位预测分析表明,FvIAA17蛋白定位于周质内。Real-time PCR结果表明,FvIAA17基因表达量受到外源激素IAA、ABA的显著诱导,说明该基因可能参与了生长素、脱落酸调控草莓发育的信号转导过程。本研究为后继研究草莓FvIAA17的功能和作用机制提供参考依据。
关键词：
草莓 生长素 FvIAA17 基因克隆
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周露 刘杨 崔群香 陈火英
[目的]本文旨在探索茄子低温响应因子SmICE1在低温响应和花青素合成途径中的功能。[方法]以光敏型茄子品种‘蓝山禾线’为材料，通过同源克隆获得SmICE1的全长序列，并对其进行生物信息学分析；4℃低温处理4叶期的茄子幼苗，分析SmICE1的表达水平；构建植物表达载体PHB-SmICE1-YFP，在烟草叶片中进行瞬时转化研究SmICE1蛋白的亚细胞定位，通过蘸花法在拟南芥中进行SmICE1遗传转化，分析过表达植株的耐寒性、生理指标和下游CBF表达情况；将PHB-SmICE1-YFP农杆菌和含有SmCBF启动子序列(SmCBFpro)的pGreen-SmCBFpro农杆菌菌液组合导入烟草细胞中进行瞬时表达并进行双荧光素酶的测定；构建酵母载体pGBKT7-SmYABBY和pGADT7-SmICE1转化至酵母感受态AH109中进行酵母双杂交实验；构建植物表达载体SmYABBY-nYFP和SmICE1-cYFP，利用注射法将其农杆菌转化至烟草细胞中进行双分子荧光互补实验。[结果]克隆获得编码区长1524 bp的茄子SmICE1，其蛋白编码507个氨基酸，预测分子质量为54.75 kDa，理论等电点为5.6；多序列比对和进化树分析显示SmICE1与番茄SlICE1同源关系最近；SmICE1表达受低温诱导；亚细胞定位显示SmICE1蛋白定位在细胞核中；SmICE1蛋白具有转录激活活性，双荧光素酶实验表明SmICE1可以促进SmCBFs的表达；在拟南芥中异源过表达SmICE1可以增强植株的抗寒性。低温处理后，转基因植物的脯氨酸含量和AtCBFs基因的表达量高于野生型，而电解质渗透率低于对照；酵母双杂交和双分子荧光互补实验表明SmICE1与SmYABBY蛋白存在相互作用。[结论]克隆获得茄子SmICE1基因，功能分析表明SmICE1可以诱导SmCBFs表达并增加转基因植株的抗寒性，SmICE1与SmYABBY互作可能参与调控茄子花青素生物合成。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张曼 金鑫 王云鹤 魏方 温婧怡 张召议 杨银凤
为获得马鹿(Cervus elaphus)Ghrelin全长cDNA序列并进行序列比较和分析,本试验以马鹿皱胃黏膜组织内提取的总RNA为模板,通过RT-PCR、RACE和基因克隆等技术进行克隆。结果表明:获得长度为539bp的马鹿cDNA全序列(GenBank accession no.KX857494),其中包括46bp的5′非编码区(5′UTR),351bp的开放阅读框(ORF),编码116个氨基酸残基的前原Ghrelin(preproghrelin),128bp的3′非编码区(3′UTR)和poly(A)14;Ghrelin的氨基酸同源性分析表明,马鹿Ghrelin cDNA全序列与驯鹿、梅花鹿、山羊、绵羊、牛等物种间的同源性较高,进化树分析与其亲缘关系远近一致。
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘晓柱 李银凤
为了探讨荠菜PIN1基因的生物学功能,根据Gen Bank中拟南芥PIN1氨基酸序列,设计同源引物,通过RT-PCR技术,克隆了荠菜PIN1基因(CbPIN1)编码区c DNA序列;生物信息学方法分析了荠菜PIN1蛋白结构特征,并进行了亚细胞定位与原核表达;荧光定量PCR方法检测了PIN1组织表达特性;构建了植物表达载体p BI121-CbPIN1,并获得转基因植株。结果表明,CbPIN1 c DNA序列全长1 869 bp,C+G含量为49%。Blast比对结果显示,CbPIN1与拟南芥PIN1基因高度同源,相似性高达93%。进一步分析发现,CbPIN1可编码1条622个氨基酸的多肽,CbPIN1蛋白分子质量为67. 05 ku,等电点为9. 02,碱性氨基酸(K、R)个数为49,酸性氨基酸(D、E)个数为42,疏水氨基酸(A、I、L、F、W、V)个数为241,极性氨基酸(N、C、Q、S、T、Y)个数为157。CbPIN1属于跨膜蛋白,含12个丝氨酸磷酸化位点,1个苏氨酸磷酸化位点。亚细胞定位结果显示,CbPIN1定位于细胞膜; CbPIN1在荠菜不同组织均有表达,其中,根中表达最高,种子中表达最低。原核表达显示CbPIN1蛋白大小87. 05 ku。过表达荠菜植株中CbPIN1基因表达量均显著增加。试验结果为进一步分析CbPIN1在荠菜器官发育中的作用奠定了基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周露 刘杨 崔群香 陈火英
[目的]本文旨在探索茄子SmICE1(Inducer of CBF expression 1)基因在低温响应和花青素合成途径中的功能。[方法]以光敏型茄子品种‘蓝山禾线’为材料，通过同源克隆获得SmICE1基因的全长序列，并对其进行生物信息学分析；4℃低温处理4叶期的茄子幼苗，分析SmICE1基因的表达水平；构建植物表达载体PHB-SmICE1-YFP,通过农杆菌介导法在烟草叶片中进行瞬时转化，研究SmICE1蛋白的亚细胞定位；通过农杆菌蘸花法在拟南芥中过表达SmICE1基因，分析转基因植株的耐寒性、生理指标及AtCBF(CRT binding factor)基因表达情况；将PHB-SmICE1-YFP农杆菌和SmCBFpro-LUC农杆菌菌液瞬时共转入烟草细胞中进行双荧光素酶试验；构建诱饵载体SmYABBY-pGBKT7和猎物载体SmICE1-pGADT7转化至酵母感受态AH109中进行酵母双杂交试验；构建植物表达载体SmYABBY-nYFP和SmICE1-cYFP,利用注射法将其农杆菌转化至烟草细胞中进行双分子荧光互补试验。[结果]克隆获得茄子SmICE1基因，其含有1 524 bp的开放阅读框，编码507个氨基酸，预测相对分子质量为54.75×10~3,理论等电点为5.6。多序列比对和进化树结果显示SmICE1与番茄SlICE1同源关系最近。荧光定量PCR表明SmICE1基因的表达受低温诱导。亚细胞定位显示SmICE1蛋白定位在细胞核中。SmICE1蛋白具有转录激活活性，双荧光素酶试验表明SmICE1可以促进SmCBF的表达。在拟南芥中异源过表达SmICE1基因可以增强植株的抗寒性。低温处理后，转基因植物的脯氨酸含量和AtCBF基因的表达量高于野生型，而电解质渗透率低于野生型。酵母双杂交和双分子荧光互补试验表明SmICE1与SmYABBY蛋白存在相互作用。[结论]SmICE1可以诱导SmCBF表达并增加转基因植株的抗寒性，SmICE1与SmYABBY互作可能参与调控茄子花青素生物合成。
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
程鹏 蒋泓 欧阳琳 王若仲 肖浪涛
为进一步研究超级稻的生长素结合蛋白,采用生物信息学方法获得其全长cDNA序列,并进行分析;对全长序列进行了全长验证。从数据库搜索获得了一条水稻cDNA序列,含一个推测的206个氨基酸的开放阅读框,与其它植物的ABP1cDNA序列和ABP1蛋白质序列具有明显的同源性,并且其推测编码的蛋白质的各种性质,类似于其它植物的ABP1。结果显示,该序列为水稻的ABP1cDNA。以该序列为指导,利用RT-PCR扩增超级稻ABP1cDNA,并克隆测序,其序列与电子搜索结果一致。
关键词：
生物信息学 超级稻 生长素结合蛋白 克隆
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘晓柱 黄妤 彭珍子 周晶辉 洪亚辉 张学文
以烟草WS38为材料,根据GenBank中登录的烟草生长素结合蛋白(ABP1)氨基酸序列设计引物,通过RT-PCR克隆了烟草WS38ABP1基因cDNA分子编码区,序列全长为564bp,可编码1条188个氨基酸的多肽.利用ClustalX软件对该序列翻译获得的多肽序列与报道的烟草生长素结合蛋白氨基酸序列比较,两者同源性为98.4%,存在2个氨基酸的差异,但差异氨基酸对ABP1结构和功能影响微弱.认为克隆的cDNA序列即为烟草WS38ABP1cDNA,不同品种烟草ABP1基因存在的核苷酸单位点多态性(SNP)造成了两者氨基酸序列的差异.
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨方慧 夏丽飞 蒋会兵 孙云南 田易萍 梁名志 陈林波
【目的】探究YUCCA10基因在正常花和不育花中的表达规律,为深入探索YUCCA10基因和生长素合成对茶树花器官发育的调控机制提供理论基础。【方法】前期研究茶树正常花与不育花转录组差异时,获得一条与YUCCA10基因高度同源的基因序列,利用‘云茶1号’茶树全长转录组数据库以及PCR技术克隆验证茶树YUCCA10基因,并对其生物信息学特征进行分析,同时运用qRT-PCR技术研究其表达特征。【结果】经验证YUCCA10基因含有1个1137 bp的开放阅读框,编码379个氨基酸,分子量为42.63 kDa,等电点为8.88,茶树YUCCA10蛋白具有NADPH结合位点和FAD结合位点,与多种植物YUCCA10蛋白同源。qRT-PCR分析CsYUCCA10在正常花中随着花的生长发育表达量增加,而在不育花的花瓣、雄蕊、雌蕊以及不同发育期中的表达均低于正常花。【结论】茶树CsYUCCA10基因在不育花中不能正常合成,从而影响了花的发育导致不育。
关键词：
茶树 YUCCA10 生长素 不育花
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙翰昌 丁诗华 方平 张芬 李云 刁晓明
以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)为实验对象,利用RACE技术克隆了草鱼成纤维细胞成长因子8(Fibro-blast Growth Factor8,FGF8)cDNA序列。实验结果显示,草鱼FGF8 cDNA序列长度为887 bp,其中5′-非翻译区长100 bp,3′-非翻译区长157 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,编码210个氨基酸的前体蛋白,包含22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。利用已知的FGF8序列绘制系统发育树,发现草鱼与两种鲤科鱼(班马鱼、墨西哥脂鲤)聚为一簇,显示亲缘关系很近,而与其它脊椎动物如两栖类、鸟类、哺乳类的亲缘关系则相对较远...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘军 陈爱敬 黄峰 赵胜军 胡兵 侯永清
利用One-Step RT-PCR技术,从鲫(Carassius auratus)肝胰脏组织中克隆了胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ),并进行了序列分析。结果表明,鲫IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸组成,编码包括信号肽、成熟肽(B、C、A、D四个域)和E域的161个氨基酸。核苷酸同源性分析揭示,鲫IGF-ⅠcDNA序列与金鱼的同源性最高,为99.18%;与鲮、三角鲂、团头鲂的同源性次之,分别为94.44%、94.65%、94.44%;与鲤、草鱼的同源性相对较低,为86.03%和85.29%。E区域的分析结果表明,鲫IGF-Ⅰ序列为Ea-2亚型。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张家荣 秦宏宇 谢婷 张效宇 李飞霞 吕俊贤 贾玉东
类胰岛素生长因子3 (insulin-like growth factor 3， IGF3)在硬骨鱼类性别分化过程中扮演重要角色，但其是否影响卵巢发育尚不明确。本研究以欧亚养殖良种大菱鲆(Scophthalmus maximus)为实验材料，通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)克隆技术，获得了IGF3全长cDNA序列，分析了其生物信息学特征，预测了其与IGF特异性受体(IGF receptors， IGF-1R， IGF-2R)结合情况，查明了其组织和卵巢不同发育时期表达规律。结果显示，大菱鲆IGF3 cDNA全长为1 255 bp，编码259个氨基酸。生物信息学分析发现，IGF3为亲水性蛋白，具有典型的IGF特异性结构域和信号肽序列，同大西洋庸鰈(Hippoglossus stenolepis)同源性最高；蛋白质三级结构域由3个α螺旋串联而成，同IGF-1R和IGF-2R紧密结合。组织表达分析显示，igf3在大菱鲆各个组织中均有分布，雌、雄大菱鲆表达规律显著不同，但皆在脑组织中表达最高。在卵巢发育过程中，igf3在卵黄生成后期表达量显著上升，在核迁移期达到最高，在闭锁期显著下降。以上结果表明，大菱鲆IGF3具有典型的IGFs家族结构特征，作为局域性内分泌因子，在组织中广泛分布且具有显著的性别二态性，同时参与调控了卵巢发育和成熟。相关结果为深入解析IGF3对大菱鲆卵巢发育和卵母细胞成熟的影响及其作用机制奠定了基础，同时也为探究鱼类IGF3新功能提供了重要思路。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王锐 赵跃 张永云 李卫真 王淑燕 霍海龙 刘丽仙 苗永旺 霍金龙
为了克隆猪胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-I)以及检测该因子在各组织中的转录水平,分别提取猪13种组织RNA并反转录为cDNA,利用RT-PCR方法扩增IGF-I编码区全长序列,将纯化的片段与pMD18-T载体连接,转化大肠杆菌DH 5α,筛选阳性克隆并测定其序列,利用生物信息学方法分析其序列特征,并与牛等5个物种构建系统进化树。同时采用半定量RT-PCR方法分析IGF-I在猪13种组织中的表达情况。结果显示,猪IGF-I编码区全长462 bp(GenBank登录号:JX827417),编码153个氨基酸。氨基酸二级结构预测表明无规卷曲占的比例最大,为57.52%。氨基酸序列同源性分析表明,与牛...
[期刊] 水产学报
[作者]
白俊杰 叶星 李英华 李新辉 简清 罗建仁
采用逆转录 -聚合酶链式反应 (RT PCR)方法 ,从草鱼肝脏的总RNA中扩增出胰岛素样生长因子 I(IGF I)基因序列 ,定向克隆至质粒pUC18。测定了该基因序列 ,推导其编码的蛋白质序列。克隆的cDNA序列编码包括B、C、A、D和E五个区域的 117个氨基酸。与鲤IGF I成熟肽比较 ,核酸序列和氨基酸序列的同源性分别为 93.8%和 97.1%。E区域分析结果表明 ,所克隆的草鱼IGF I序列属于IGF IEa 2亚型
关键词：
草鱼 胰岛素样生长因子I 基因克隆
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