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[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵桂玲 张志宏 马跃 常琳琳 王昆 代红艳
【目的】建立和优化苹果S-SAP分子标记体系,探讨应用S-SAP技术区分元帅芽变的可能性,为从DNA分子水平上对苹果芽变鉴定和利用奠定基础。【方法】利用富士、寒富和嘎啦初步建立S-SAP分析体系;根据谱带量和多态性等对32对引物组合进行筛选;从DNA酶切、PCR扩增、银染方法等角度对影响S-SAP反应的因子进行优化;利用6对多态性引物,对8个元帅芽变进行S-SAP分析,采用NTsys-pc2软件的SIMQUAL程序计算相似系数,UPGAM方法进行循环同化阶层聚类分析,并通过Treeplot程序生成聚类图。【结果】优化的苹果S-SAP分析体系为,改良CTAB法提取基因组总DNA;MseⅠ和Pst...
关键词：
苹果 S-SAP 元帅芽变
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
蒋燕锋 斯金平 黄华宏 程龙军
以厚朴Magnolia officinalis为材料,通过对扩增片段长度多态性(AFLP)反应体系中的酶切模板用量、扩增条件等几个方面进行优化,建立了较为理想的厚朴AFLP反应体系。结果表明:①采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)硅珠法提取的DNA质量较好,适用于AFLP分析。②酶切的基因组DNA以400ng为宜;预扩增产物的稀释倍数以30倍为宜;20.00μL选扩反应体系中Mg2+最佳浓度为2.00mmol·L-1,三磷酸脱氧核苷酸(dNTPs)最佳浓度为0.225mmol·L-1,Taq DNA聚合酶最佳用量为16.67nkat时,扩增带清晰且稳定,扩增效果较好。旨在为研究厚朴天然种群的遗...
关键词：
中草药 厚朴 扩增片段长度多态性 中药材
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
尤卫艳 黄华宏 程龙军 童再康 朱玉球
采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陶金 乔光 文晓鹏 刘涛 彭志军
基于火龙果Ty1-copia类反转录转座子的长末端重复序列信息设计引物,采用5因素4水平L16(45)的完全随机正交试验,对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量、引物浓度和DNA含量进行优化,建立火龙果IRAP分子标记反应体系。结果表明,25μL反应体系含基因组DNA 20ng、2.5mmol/L MgCl2、0.10mmol/L dNTPs、10×PCR Buffer 2.5μL、Taq DNA聚合酶0.75U、0.25μmol/L LTR引物,0.080g/mL的非变性PAGE胶适于IRAP多态性检测。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
苏国钊 李嫒嫒 刘中华 陈宇华 张秀杰 马莹雪 杨旭红 邓超 徐振江
【目的】筛选出一套SSR核心引物，建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库，为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种，通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选，将筛选出的引物5'端进行荧光标记。选取不同地理来源的95个苦瓜品种进行PCR扩增，经荧光毛细管电泳检测，计算各引物的区分率、PIC值、等位基因数等参数，复选一套区分率高、多态性良好的SSR引物组合。将复选得到的引物对另外113个苦瓜品种进行检测，筛选出SSR核心引物，构建苦瓜品种DNA指纹图谱库。【结果】使用聚丙烯酰胺凝胶电泳初步筛选出45对特异性强、多态性高、条带清晰的SSR引物。使用荧光毛细管电泳，从小群体至大群体最终筛选出20对SSR核心引物。核心引物分4组进行多重电泳，采集了208个苦瓜品种的DNA指纹数据。20对SSR核心引物共检测到65个等位变异，102种基因型。在此基础上，选取12个参照品种，可覆盖所有等位变异类型。经构建系统发育树分析，208个苦瓜品种被分为两类，20对SSR核心引物适用于苦瓜群体遗传多样性分析。核心引物可以将208个苦瓜品种中的202个区分开，区分率达到97.11%。使用11组亲本与杂交种材料进行亲缘关系鉴定，基本符合孟德尔遗传定律，其中2组各出现1个片段丢失的位点，可为苦瓜杂交种关系鉴定的判定阈值提供参考。【结论】本研究基于20对SSR核心引物构建的苦瓜品种分子鉴定体系鉴定效果好，应用性强，可用于苦瓜品种真实性鉴定、纯度鉴定、杂交种关系鉴定、辅助DUS测试筛选近似品种和新品种权保护等。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
黄海燕 杜红岩 乌云塔娜 朱高浦
杜仲(Eucommia ulmoides Oliver)属杜仲科(Eucommiaceae),单科单属单种,为第四纪冰川侵袭后残留下的古老树种,仅存于中国,属国家二级保护植物[1-2]。杜仲的适应性极强,分布在我国亚热带至温带的27个省(市、区),美国、法国、日本、韩国等都有引种[1-2]。杜仲是我国特有的优质天然橡胶和中药资源,杜仲的皮、叶、雄花、果实等具有很高的药用价值及经济效益,尤其是杜仲富含天然橡胶—杜仲
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 张士伟 翟锐 王志刚 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（ＬＴＲ）建立ｉＲａｐ分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端ＬＴＲ序列设计引物，建立ｉＲａｐ分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得２条Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分别命名为ｐｂＴｙＺＳ１和ｐｂＴｙＺＳ２，长度分别是９ ３６３和９ ６３２ｂｐ。从红色芽变基因组中获得１条序列，命名为ｐｂＴｙＲＭ１，长度为．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
凌晨 赵洪 颜军 马莹雪 冯艳芳 张靖立 李波 邓超 徐振江
为建立莴苣品种DNA分子快速鉴定技术体系，选择8个表型差异大、不同类型的莴苣品种，利用聚丙烯酰胺凝胶电泳从245对引物中初筛出81对引物，对初筛引物添加荧光标记，另选择90个有代表性的莴苣品种，利用毛细管电泳复筛出22对核心引物，依据扩增片段大小为各引物选择了相应的参照样品，采集了233个莴苣品种的DNA指纹数据。结果表明，22对核心引物在233个莴苣品种中共检测到269个等位基因，每对引物检测到等位基因为4～22个，平均为12.23个，PIC值为0.37～0.89,平均为0.73。聚类分析结果表明，233个供试品种主要划分为茎用和叶用两大类群，叶用类群中结球莴苣聚成一类，半结球莴苣趋于聚成一类，散叶莴苣难以聚成一类。对核心引物未能区分开的6组15个品种进行田间种植对比鉴定，3对品种表型性状无明显差异被判定为相同品种，表型性状有明显差异的品种大部分性状表达状态相同或相近，为近似品种，表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果基本一致。此外，8组24个同名品种均能从分子上进行区分。利用筛选出的22对核心引物构建了233个莴苣品种的指纹数据库，建立了通用于茎用莴苣和叶用莴苣的品种鉴定技术体系，可用于莴苣品种和种质资源快速鉴定、遗传多样性分析和DUS测试辅助筛选近似品种等工作。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
祝军 王涛 李光晨 赵玉军 张文 周爱琴
以 12个苹果砧木基因型为试材 ,建立了扩增酶切片段长度多态性 (AFL P)分析体系。对其分析过程中 DNA提取、双酶切、连接、预扩增、标记和选择性扩增的效果进行了检测。用 P32 M6 4引物构建了供试苹果砧木基因型的 AFL P指纹图谱。该指纹图谱拥有扩增条带 10 5条 ,多态性带 6 7条 (占 6 3.8% ) ,条带清晰可辨 ,扩增信号强 ,无背景干扰。讨论了 AFL P分析的影响因素
关键词：
AFLP分析 DNA指纹图谱 苹果
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李兴亮 丁宁 贾美茹 魏灵芝 姜金铸 李冰冰 贾文锁
以苹果‘金冠’为试材,对苹果果实愈伤转化体系的建立及其在苹果基因功能分析中的应用进行研究。首先优化了苹果果实表面消毒的方法、外植体大小和形状、愈伤和继代培养基的组成,以及愈伤和继代培养的适宜条件,最后成功建立了苹果果实愈伤培养体系。在此基础上,将CaM 35S驱动的GUS报告基因转化苹果果实愈伤,发现GUS基因大幅度表达,同时GUS活性强烈提高。证明所获得的苹果果实愈伤适用于基因转化。为进一步证明该体系适用于苹果基因功能研究,分别构建了CaM 35S驱动的乙烯合成关键酶MdACO1过表达载体和RNAi载体,MdACO1的过量表达促进了乙烯合成并调控了一系列乙烯信号转导相关的基因表达,相反MdA...
关键词：
苹果 愈伤 基因转化 乙烯
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈华增 李健 何玉英 李吉涛 王清印
利用正交设计L16(45)对影响中国对虾SRAP分子标记分析的5个因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP和引物浓度)在4个水平上进行了优化,筛选出各反应因素的最佳水平为:20μl反应体系中包含1.0UTaq酶,2.0mmol/L的Mg2+,40.0ng的模板DNA,0.125mmol/L的dNTP以及0.4μmol/L的引物,退火温度为53.5℃。研究表明,各因素的不同水平对扩增结果有显著影响,其中Mg2+影响最大,影响大小顺序依次为Mg2+,Taq酶,引物,dNTP和模板DNA。利用优化的SRAP分子标记体系对中国对虾"黄海1号"第12世代选育群体进行了遗传多样性分析,实验结果表明,...
关键词：
中国对虾 正交设计 SRAP 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高帆 张宗文 吴斌
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U.L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150μmol.L-1、0.1μmol.L-1、2.0 mmol.L-1,总体积为25μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6...
关键词：
苦荞 SSR 遗传多样性
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
董辉 柳晓利 钱海涛 丛斌
以松毛虫赤眼蜂为试验材料,对SSCP分子标记体系的电泳条件、温度、变性时间、上样缓冲液等诸多影响因素进行了研究。结果表明:4℃恒温,7W恒功率下,上样缓冲液中不添加甘油、用量为PCR产物体积的0.5~3.5倍,变性温度95℃或98℃,变性时间10~15min,电泳缓冲液为1×TBE,电泳16h,为SSCP分子标记体系最佳的条件组合。
关键词：
赤眼蜂 SSCP 反应体系
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
顾翠花 王守先 张启翔
以采自广西、云南和河南等地的紫薇属Lagerstroemia植物紫薇L.indica,南紫薇L.subcostata,福建紫薇L.limii和桂林紫薇L.guilinensis叶片为材料,利用改良CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取叶片基因组DNA,获得了高质量的紫薇叶片DNA,并以其基因组DNA为模板进行了酶切连接,利用酶切连接的产物稀释一定倍数作为预扩增的模板,最后以稀释一定倍数的预扩增产物进行选择性扩增,进行紫薇和南紫薇的AFLP(扩增片段长度多态性)银染反应体系的优化。AFLP体系中每一步反应都设置了不同的反应体系,采用了160对引物作为初选引物,筛选出了10对适合紫薇基因组扩增的引...
[期刊] 华北农学报
[作者]
毛艇 徐海 郭艳华 朱春杰 陈凯 王嘉宇 徐正进
以典型籼稻七山占和典型粳稻秋光构建的F8重组自交系(RIL)为研究对象,选取均匀分布于水稻12条染色体的94对及籼粳特异性28对共122对SSR引物对群体进行标记分析,对与籼粳分类相关的程氏指数各性状进行QTL分析,找出与程氏指数各性状连锁的34对标记,运用这34对标记及28对籼粳特异性标记进行群体籼粳血缘测定,探讨引物类型对分类的影响;并按在每条染色体上均匀选取大约3,5,8对引物共计34,65,90对引物进行群体籼粳血缘测定,探讨引物数量对分类的影响。结果表明:几种方法都将群体划分为以偏粳到粳类型居多的连续分布,籼及偏籼呈极少数。按血缘来源为50%的界限进行籼粳划分对比发现28对籼粳特异标...
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