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[期刊] 华北农学报
[作者]
孙叶红 张媛 李中勇 邵建柱 徐继忠
筛选苹果砧木耐盐相关的分子标记,为耐盐品种选育的辅助选择提供理论依据。以西府海棠×S19杂交组合的F1为试材,采用BSA法,筛选与耐盐基因连锁的SRAP标记,通过144棵F1单株对标记进行分析验证,并对标记进行测序及序列分析。获得了4条与耐盐基因连锁的SRAP标记,验证分析表明,4条标记的分子鉴定结果与水培筛选结果的吻合率为81.94%~92.36%。序列分析表明,4条标记的序列全长为139~233 bp,Ⅰ序列与红叶石楠中编码ATP合酶β亚基有较高相似性,相似度为98%,其他序列分别可能与梨类受体蛋白激酶、苹果肌球蛋白及苹果UDP-糖基转移酶存在部分相似性。4条SRAP标记可用于苹果砧木耐盐...
关键词：
耐盐性 SRAP 差异表达分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王鹤 张高华 王旭达 丰明 李怀梅 李树英
采用RT-PCR和RLM-RACE方法从单子叶盐生植物獐茅(Aeluropus littoralis(Gouan)Parl)中克隆了质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(AlSOS1,JN936862),并对其基因序列进行了分析。Southern杂交试验显示:AlSOS1基因在獐茅基因组中以单拷贝形式存在。AlSOS1基因cDNA全长3 641bp,其中编码区3 420bp,编码一个1 139氨基酸的蛋白。AlSOS1编码蛋白与芦苇、水稻质膜Na+/H+逆向转运蛋白亲缘关系最为接近,达到82%和77%,与双子叶植物拟南芥的亲缘关系仅为58%;系统发育分析显示AlSOS1基因编码蛋白与其他植物质膜型...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李科 时洪伟 荆陈沉 孙现超 周常勇 青玲
【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列(Gen Bank登录号KJ522693),QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为8...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赫卫 刘林 关荣霞 邱丽娟
【目的】鉴定大豆基因GmNcl1的序列多态性,探求逆境下该基因的表达模式。【方法】通过BLASTP比对GmNCl1的氨基酸序列,寻找同源基因。测定50个大豆品种中GmNcl1的启动子和基因的DNA序列差异以及这些品种的耐盐性差异,利用MAGE软件进行单倍型聚类分析和进化树分析,寻找品种耐盐性和序列间的相关性。以耐盐品种铁丰8号和盐敏感品种85-140的幼苗根为材料,利用实时荧光定量PCR分析GmNcl1在多种处理下的表达模式,处理条件包括蛋白抑制剂阿米洛利(Na+/H+逆转运蛋白抑制剂)和钒酸钠(Ca2+-ATPase抑制剂)、pH4.0和pH5.7、ABA处理及多浓度盐、碱、旱逆境胁迫。【结...
关键词：
大豆 离子交换蛋白 耐逆 表达分析
[期刊] 水产学报
[作者]
陈合格 刘文彬 张轩杰
对中华鳖和砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCRRFLP分析。研究结果表明:中华鳖、砂鳖线粒体DNA12SrRNA基因片段的碱基序列长度相同,均为562bp,其A、T、C、G含量相似,分别为209个(37.2%)、121个(21.5%)、145个(25.8%)、87个(15.5%)和207个(36.8%)、120个(21.4%)、145个(25.8%)、90个(16%)。两序列间共有13处碱基不同,序列差异率为2.31%,中华鳖与砂鳖各自个体间的平均核苷酸序列差异率分别为0.53%和0.36%,种间差异显著;用内切酶MspI酶切两种鳖的12SrRNA基因...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨克强 马明 孙彩玲 孙明高 郭起荣
【目的】确定RAPD标记OPB-08900与核桃早实基因的遗传距离,对该标记测序,分析其序列特征。【方法】以核桃早实优系绿园和晚实、速生优系绿丰及绿园×绿丰杂交组合的154株F1杂种后代材料的DNA为模版,OPB-08(5′-GTCCACACGG-3′)为引物,PRAD-PCR技术检测与核桃早实基因相关的RAPD标记OPB-08900在供试亲本和F1群体的分离状况,Haldane函数计算遗传距离;对OPB-08900DAN片段克隆测序;DNAMAN软件分析序列酶切位点,BLAST分析序列同源性。【结果】RAPD标记OPB-08900在早实亲本绿园上标记带出现,在70株早实后代的69株上出现;但...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王荣 李晓峰 高飞 黄继昌 周宜君
【目的】克隆盐芥STZ转录因子基因,对其进行序列分析,为进一步研究ThSTZ转录因子在逆境应答中的作用奠定基础。【方法】利用GenBank数据库中盐芥STZ转录因子的EST序列设计特异引物,通过3′RACE技术克隆ThSTZ基因的全长序列,应用生物信息学手段对该基因编码蛋白的结构与功能、亚细胞定位等进行预测,并对其编码氨基酸序列的同源性和系统进化进行分析。【结果】盐芥STZ转录因子基因全长717bp,编码238个氨基酸。其编码蛋白含有2个C2H2型锌指结构域,位于细胞核内,属于C2H2家族转录因子;多重序列比对和系统进化分析表明,盐芥STZ转录因子与拟南芥属植物同源蛋白的相似性最高。【结论】获...
关键词：
盐芥 C2H2型锌指蛋白 转录因子STZ
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
洪文娟 郝兆祥 刘康佳 罗华 毕润霞 苑兆和 宗世祥 王君
【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。
关键词：
石榴 基因组 SSR 标记开发 多态性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
乌云塔娜 包梅荣 李铁柱
通过分子生物学方法分离鉴定了4个新的梨SFBB-gamma基因,并对其序列进行了生物信息学分析。SFBB-gamma基因的特异性引物对4个梨品种进行PCR扩增结果表明,4个品种均扩增出一条1 250 bp左右的条带;通过DNA测序和生物信息学分析方法从‘鸭梨’、‘红皮酥’、‘中梨二号’和‘兰州软儿’等梨品种中分离鉴定了SFBB21(EU422961)、SFBB26(EU422961)、SFBB31(EU422959)、SFBBd-gamma(EU422962)基因。聚类分析中发现,仁果类SFBB基因和核果类和SFB基因明显的分成两类,仁果类中梨SFBB基因和苹果SFBB基因又各分成一类,这与物...
关键词：
中国梨 自交不亲和性 SFBB基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
苏青峰 岳田利 袁亚红 高振鹏
从浓缩苹果汁生产原料中分离出多种棒曲霉素产生菌,形态学初步鉴定表明其均为青霉属和曲霉属真菌。为确定其分类地位,又用ITS-DNA测序鉴定进行了验证。将ITS-rDNA提取后进行PCR扩增,测序后提交到EuropeanMolecularBiologyLaboratory(EMBL)核酸数据库,通过Blast程序,将ITS-rDNA序列与Genebank中的核酸序列进行对照,结果确定其确为青霉属与曲霉属菌株。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩蕾 徐继忠 李振侠 孙叶红 张媛 邵建柱
利用AFLP分子标记技术,对30个苹果砧木进行研究。从64对引物组合中筛选出3对多态性高、分辨能力强的引物用于扩增,共获得199条带,其中多态性带176条,多态性率为88.4%。扩增结果显示,3对引物组合在12个砧木中扩增出特征带,且每对引物组合均能将所有砧木鉴别开,表明AFLP技术用于苹果砧木鉴定的效率很高。通过聚类,对供试砧木的遗传关系进行分析,为中国优良苹果砧木资源的进一步收集和利用提供科学依据。
关键词：
苹果砧木 鉴定 AFLP
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
祝军 王涛 张文 周爱琴 赵玉军 李光晨
砧木鉴定是果树种质资源学研究的重要内容。苹果属(Malus)砧木类型繁多,性状各异。应用不同技术鉴定苹果砧木,有利于砧木资源的保护和利用,有助于鉴别伪劣苗木,促进苹果生产的健康发展。传统的砧木鉴定法主要有植物学形态特征鉴定法、花粉电镜扫描法、染色体核型分析法和同工酶法等。近年来,DNA 指纹技术的出现为果树种质资源鉴定提供了强有力的工具。目
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郭照辉 单世平 张德元 刘清术 魏小武 杜东霞
采用梯度浓度驯化方法,从重金属镉污染土壤中分离、纯化1株具有较强镉抗性的菌株(编号为6–5)。经形态观察和生理生化分析、16S rDNA序列同源性比较以及系统发育分析,鉴定该菌株为贪铜菌属细菌,能耐受镉离子的最高浓度为20 mmol/L,在0.54 mmol/L镉离子LB培养基中,该菌株对镉离子的吸附量达72.18%。最低抑制浓度试验结果表明,该菌株对铅、铜、铬、锰、锌也表现出了一定的抗性。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
袁彧伟 付崇毅 孙平平 马强 张斌 李正男 张磊
[目的]研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。[方法]鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。[结果]在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。[结论]内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。
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