选取苹果液泡质子泵焦磷酸水解酶基因、液泡质子泵三磷酸腺苷酶A亚基基因、生长素受体基因、脱落酸受体基因、乙烯受体基因、果重基因、抗病相关基因等共8个基因,根据其基因组序列分别在起始密码子上游区、终止密码子下游区、外显子区和内含子区设计引物,用这些引物同时对苹果和砂梨的基因组DNA进行PCR扩增。结果显示:除了抗病相关基因,其余7个基因均有引物在砂梨基因组DNA中扩增出特异条带。与基因其他区域扩增产物相比,起始密码子上游区扩增产物在不同砂梨材料间多态性较丰富,外显子和内含子区扩增产物在不同砂梨材料间的保守性更高。

为获得更多的梅花SSR引物,本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物,并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物,用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明,近缘物种的引物有69对能扩增出条带,有效扩增率达82.1%,从中筛选的14对引物共得到85个等位基因,平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间,平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间,平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间,平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大,为0.60;‘美人’梅和‘黄金’梅...

【目的】为解决八角（Illicium verum）缺乏的SSR分子标记，以八角转录组数据为基础，开发EST-SSR分子标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点，并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计，采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性，应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点，含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%，含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%，复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%，平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中，二核、三核苷酸是主要重复类型，二核苷酸重复中以AG/CT占比最高，为46.03%，三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高，为16.58%，四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4～40次，其中5次重复数最多，占比22.58%，再者为6次重复，占比19.83%；微卫星的长度分布为12～80 bp，其中12～15 bp的最多，占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物，其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、I为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81，平均值为0.63，表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性，遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的，其引物具有特异性好、多态性高等优点，开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。

夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SS

对31 308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序列进行拼接得到全长为13.51 Mb的21 129条无冗余EST序列(含3 818条contigs及17 311条singletons),其中,4 944条(23.40%)EST序列含有5 416条SSRs,SSR的出现频率为25.63%,平均分布距离2.49 Kb,有234条(1.11%)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中,二、三、四核苷酸重复是主导重复类型,分别占EST-SSR总数的21.80%(1 181条)、52.55%(2 846条)和14.55%(788条)。AG/CT、AAG/CTT与AGG/CCT和AAAG/CTTT...

【目的】对苹果基因组中挖掘得到的HD-Zip I(Homeodomain leucine zipper I)家族基因进行生物信息预测,结合生理生化数据为苹果果实发育的激素调控网络研究提供最佳候选基因。【方法】应用Ex PASy进行HD-Zip I家族蛋白基本理化性质分析,采用MEME和PLACE软件预测各成员启动子含有的顺式作用元件及其功能,利用GSDS绘制基因内含子/外显子结构示意图;通过内源乙烯浓度、可溶性固形物、可滴定酸、硬度等品质指标检测‘皇家嘎啦’苹果果实在不同激素处理条件下的后熟进程;运用半定量RT-PCR分析HD-Zip I家族各成员对外源激素的响应。【结果】鉴定完整的22个HD...

【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1～6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10～252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007～0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。

依据火把梨(Pyrus pyrifolia Nakai)14-3-3蛋白的EST序列设计基因特异引物,采用快速扩增cDNA末端技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE),从云南火把梨中克隆一个新的14-3-3基因(Pp14-3-3)的全长cDNA序列。Pp14-3-3全长cDNA为1 107 bp,具有84 bp 5'非编码区(Untranslated Regions,UTR)、786 bp开放读码框(Openreading frame,ORF),以及237 bp 3'UTR,编码含261个氨基酸的蛋白质。Pp14-3-3与其他物种14-3-3蛋白在中间...

通过分子生物学方法分离鉴定了4个新的梨SFBB-gamma基因,并对其序列进行了生物信息学分析。SFBB-gamma基因的特异性引物对4个梨品种进行PCR扩增结果表明,4个品种均扩增出一条1 250 bp左右的条带;通过DNA测序和生物信息学分析方法从‘鸭梨’、‘红皮酥’、‘中梨二号’和‘兰州软儿’等梨品种中分离鉴定了SFBB21(EU422961)、SFBB26(EU422961)、SFBB31(EU422959)、SFBBd-gamma(EU422962)基因。聚类分析中发现,仁果类SFBB基因和核果类和SFB基因明显的分成两类,仁果类中梨SFBB基因和苹果SFBB基因又各分成一类,这与物...

【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列(Gen Bank登录号KJ522693),QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为8...

筛选苹果砧木耐盐相关的分子标记,为耐盐品种选育的辅助选择提供理论依据。以西府海棠×S19杂交组合的F1为试材,采用BSA法,筛选与耐盐基因连锁的SRAP标记,通过144棵F1单株对标记进行分析验证,并对标记进行测序及序列分析。获得了4条与耐盐基因连锁的SRAP标记,验证分析表明,4条标记的分子鉴定结果与水培筛选结果的吻合率为81.94%~92.36%。序列分析表明,4条标记的序列全长为139~233 bp,Ⅰ序列与红叶石楠中编码ATP合酶β亚基有较高相似性,相似度为98%,其他序列分别可能与梨类受体蛋白激酶、苹果肌球蛋白及苹果UDP-糖基转移酶存在部分相似性。4条SRAP标记可用于苹果砧木耐盐...

GA2ox是赤霉素合成代谢的关键酶,以苹果品种富士茎尖为供试材料,应用同源克隆技术克隆GA2ox基因,获得长度为1 656 bp的DNA序列和1 014 bp cDNA序列。对比分析表明,DNA序列存在3个外显子和2个内含子。GA2ox的开放性阅读框编码337个氨基酸残基,推断其相对分子量为37.679 8 kDa,等电点为6.41。蛋白质结构域检索表明,GA2ox属于依赖于2-酮戊二酸的双加氧酶家族成员;氨基酸同源性分析表明,GA2ox与已报道的其他植物的GA2ox氨基酸序列同源性为51%～97%;氨基酸聚类分析表明,苹果和梨首先聚类,其次是毛果杨。

由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。

研究根据草莓基因组和月季基因组的同线性关系，高通量开发月季ＳＳＲ共显性标记。利用ＭＩＳＡ软件对总长２０６．８Ｍｂ的草莓基因组序列进行扫描，共识别４９ ０２９个ＳＳＲ位点，平均每４．２ ｋｂ包含１个ＳＳＲ位点。利用ｐＲＩＭｅＲ３软件成功对２１ ２８８个ＳＳＲ位点设计引物。利用中国古老月季品种‘月月粉’（ＲｏＳＡ ｃｈＩｎｅｎＳＩＳ‘ｏｌｄ ｂｌｕＳｈ’）和园艺品种‘无刺光叶蔷薇’（ＲｏＳＡ ｗＩｃｈｕＲＩＡｎＡ‘ｂＡＳｙｅ’Ｓ ｔｈｏＲｎｌｅＳＳ’），随机选取３００对ＳＳＲ引物进行ｐｃＲ扩增，４０对引物获得清晰条带，扩增率为１３．３％，发现其中８个可转移的ＳＳＲ位点位于草莓基因组第六染色体６３ ．．．

A new self_incompatibility gene was isolated and identified from Pyrus bretschneideri cultivars of Yingzhiqing and Daaoao via PCR amplification, DNA sequence analysis and cross pollination tests. DNA sequence analysis revealed that the isolated fragment displayed a high homology with S_ 1 ～S_ 11 _al...