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[期刊] 中国农业科学  [作者] 苏国钊   李嫒嫒   刘中华   陈宇华   张秀杰   马莹雪   杨旭红   邓超   徐振江  
【目的】筛选出一套SSR核心引物,建立苦瓜品种分子鉴定体系和SSR指纹图谱库,为苦瓜品种鉴定、纯度鉴定和新品种权保护等提供技术支撑。【方法】选用表型差异大的8个苦瓜代表性品种,通过6%聚丙烯酰胺凝胶电泳对138对SSR引物进行初步筛选,将筛选出的引物5'端进行荧光标记。选取不同地理来源的95个苦瓜品种进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,计算各引物的区分率、PIC值、等位基因数等参数,复选一套区分率高、多态性良好的SSR引物组合。将复选得到的引物对另外113个苦瓜品种进行检测,筛选出SSR核心引物,构建苦瓜品种DNA指纹图谱库。【结果】使用聚丙烯酰胺凝胶电泳初步筛选出45对特异性强、多态性高、条带清晰的SSR引物。使用荧光毛细管电泳,从小群体至大群体最终筛选出20对SSR核心引物。核心引物分4组进行多重电泳,采集了208个苦瓜品种的DNA指纹数据。20对SSR核心引物共检测到65个等位变异,102种基因型。在此基础上,选取12个参照品种,可覆盖所有等位变异类型。经构建系统发育树分析,208个苦瓜品种被分为两类,20对SSR核心引物适用于苦瓜群体遗传多样性分析。核心引物可以将208个苦瓜品种中的202个区分开,区分率达到97.11%。使用11组亲本与杂交种材料进行亲缘关系鉴定,基本符合孟德尔遗传定律,其中2组各出现1个片段丢失的位点,可为苦瓜杂交种关系鉴定的判定阈值提供参考。【结论】本研究基于20对SSR核心引物构建的苦瓜品种分子鉴定体系鉴定效果好,应用性强,可用于苦瓜品种真实性鉴定、纯度鉴定、杂交种关系鉴定、辅助DUS测试筛选近似品种和新品种权保护等。
[期刊] 华北农学报  [作者] 凌晨  赵洪  颜军  马莹雪  冯艳芳  张靖立  李波  邓超  徐振江  
为建立莴苣品种DNA分子快速鉴定技术体系,选择8个表型差异大、不同类型的莴苣品种,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳从245对引物中初筛出81对引物,对初筛引物添加荧光标记,另选择90个有代表性的莴苣品种,利用毛细管电泳复筛出22对核心引物,依据扩增片段大小为各引物选择了相应的参照样品,采集了233个莴苣品种的DNA指纹数据。结果表明,22对核心引物在233个莴苣品种中共检测到269个等位基因,每对引物检测到等位基因为4~22个,平均为12.23个,PIC值为0.37~0.89,平均为0.73。聚类分析结果表明,233个供试品种主要划分为茎用和叶用两大类群,叶用类群中结球莴苣聚成一类,半结球莴苣趋于聚成一类,散叶莴苣难以聚成一类。对核心引物未能区分开的6组15个品种进行田间种植对比鉴定,3对品种表型性状无明显差异被判定为相同品种,表型性状有明显差异的品种大部分性状表达状态相同或相近,为近似品种,表明分子指纹聚类结果与基于表型的分类结果基本一致。此外,8组24个同名品种均能从分子上进行区分。利用筛选出的22对核心引物构建了233个莴苣品种的指纹数据库,建立了通用于茎用莴苣和叶用莴苣的品种鉴定技术体系,可用于莴苣品种和种质资源快速鉴定、遗传多样性分析和DUS测试辅助筛选近似品种等工作。
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 包文慧   包杭盖   武阳   路东晔   张玉平   白玉娥   潘青华  
【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。
[期刊] 华北农学报  [作者] 毛艇  徐海  郭艳华  朱春杰  陈凯  王嘉宇  徐正进  
以典型籼稻七山占和典型粳稻秋光构建的F8重组自交系(RIL)为研究对象,选取均匀分布于水稻12条染色体的94对及籼粳特异性28对共122对SSR引物对群体进行标记分析,对与籼粳分类相关的程氏指数各性状进行QTL分析,找出与程氏指数各性状连锁的34对标记,运用这34对标记及28对籼粳特异性标记进行群体籼粳血缘测定,探讨引物类型对分类的影响;并按在每条染色体上均匀选取大约3,5,8对引物共计34,65,90对引物进行群体籼粳血缘测定,探讨引物数量对分类的影响。结果表明:几种方法都将群体划分为以偏粳到粳类型居多的连续分布,籼及偏籼呈极少数。按血缘来源为50%的界限进行籼粳划分对比发现28对籼粳特异标...
[期刊] 浙江林学院学报  [作者] 尤卫艳  黄华宏  程龙军  童再康  朱玉球  
采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B.platyphylla var.japonica和欧洲白桦B.pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记(SSR)反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应(PCR)反应的因素进行分析。结果表明:在20μL反应体系中,模板DNA用量、Mg2+浓度、脱氧核糖核苷酸(dNTPs)浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量分别为60ng,1.500mmol·L-1,0.175mmol·L-1,2.500mmol·L-1,1.0×16.67nkat时结果最...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 高帆  张宗文  吴斌  
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U.L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150μmol.L-1、0.1μmol.L-1、2.0 mmol.L-1,总体积为25μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 宋海斌  崔喜波  马鸿艳  朱子成  栾非时  
【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种(系)筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种(系)进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4—14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量(PIC)平均为0.68,变化范围为0.55—0.82。105份材料间的相似系数为0.70—0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 郑永胜  张晗  王东建  孙加梅  王雪梅  段丽丽  李华  王玮  李汝玉  
【目的】建立基于SSR荧光标记的小麦品种DNA指纹鉴定体系,为中国小麦育成品种鉴定提供高通量技术手段。【方法】收集已定位到小麦21条染色体上的SSR标记引物,通过PCR扩增和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术,筛选在中国小麦育成品种中多态性高的标记,对筛选出的引物5′末端利用6-FAM、HEX、ROX和TAMRA 4种荧光染料之一进行标记,利用DNA分析仪对扩增产物的峰型进行评价并检测不同等位变异的扩增片段大小,选择峰型简单易读、多态性高、较均匀分布到21条染色体上的标记,确定不同位点等位变异的大小及相应的参照品种,建立基于荧光SSR标记的高通量小麦品种鉴定体系。【结果】利用2 438对SSR标记...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)  [作者] 易克  徐向利  卢向阳  许勇  肖浪涛  王永健  康国斌  
为了促进西瓜饱和遗传图谱的构建、重要农艺性状的QTL分析以及以图谱为基础的克隆,利用可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系97103和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质PI296341为亲本,获得F8的重组自交系群体.通过16个SSR引物对和5个ISSR引物对该群体进行扩增,建立了一个包括38个SSR标记和10个ISSR标记组成的分子图谱,该图谱总长558.1cM,平均图距为11.9cM.
[期刊] 华北农学报  [作者] 王传堂  杨新道  于翔  张建成  刘光臻  徐建芝  
利用10个中国花生品种,评估了AFL,SRAP,SSR和STS技术在区分相近来源花生品种上的应用效果。结果表明,AFLP和SRAP标记虽然可以揭示这些花生品种的遗传多样性,但在本研究采用的引物对条件下,单独使用任何一对引物不足以区分全部品种,提示我们需要考虑多对引物的配合,或者需要尝试更多的限制酶或引物对;从103对SSR或STS引物中筛选出9对引物,即Lec_1,Ah4_26,Ah4_4,SsS14,SHPAL_1,PG_71,PG_43,PM_36,PG_22,对所采用的10个花生品种的区分率均为100%。鉴于花生栽培种形态学、细胞学和生化标记贫乏,这9对高辨别力的SSR和STS引物对花生...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 任鹏鸿  韩睿  马胜超  李莉  
本研究通过单因子优化试验和L16(45)正交试验设计的方法,对菊芋SSR-PCR反应体系进行优化。结果表明,20μl最佳反应体系:10×PCR扩增缓冲液,2.5 mmol/L Mg2+,0.20 mmol/L dNTPs,0.30μmol/L正反引物,0.2 U Taq DNA聚合酶和50 ng模板DNA。利用该优化体系,从100个SSR引物组合中筛选出12个清晰且多态性高的引物组合对3个品种的菊芋DNA序列进行扩增,得到58个位点,其中多态性位点39个,多态率为67.2%;建立3个菊芋品种分子识别卡,用2对引物组合的6个多态性位点即可将其分开。本研究为后续应用SSR分子标记技术对菊芋进行种质...
[期刊] 世界农业  [作者] 王桂玲  秦智伟  
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 马海财  马雄  柳剑丽  巩红冬  
以中国甜瓜地方品种自交系4G21与3A823杂交产生的114个F2单株为作图群体,采用SSR法构建了一张包含14个连锁群、196个标记位点的甜瓜遗传连锁图谱,新增加48个SSR标记.构建的遗传图谱覆盖基因组总长度806 cM,平均间距7.54 cM,最小间距1 cM,最大间距29 cM.将48个SSR标记定位于甜瓜遗传图谱,可作为锚定引物与不同群体构建的甜瓜遗传图谱整合.
[期刊] 华北农学报  [作者] 郭瑞  李晓燕  王力荣  王国山  
为确立的桃10μL SRAP反应体系,以桃部分品种为试材,采用均匀设计,对SRAP-PCR反应体系中TaqDNA聚合酶、模板DNA、dNTPs、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化。结果表明,桃10μL的SRAP反应体系的最佳组分包括2 UTaqDNA聚合酶5、0 ng模板DNA、0.6 mmol/L dNTPs0、.25μmol/L引物、2.0μL 10×PCR Buffer+Mg2+。利用所确立的体系对其他部分桃种质进行扩增的结果清晰可靠,多态性好。并且利用随机挑选的SRAP引物和SSR引物分别区分鉴定8种桃种质,发现SRAP用5对可以将桃种质区分开,而SSR用13对才区分开,说明在桃品种...
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 张靖国  田瑞  陈启亮  杨晓平  胡红菊  
以20个梨栽培品种为例,利用SSR标记构建梨分子身份证体系。从分布在梨17个连锁群的60对SSR引物中筛选出分别位于17条染色体的17对多态性引物对20个梨栽培品种进行扩增,共检测到等位基因136个,每对引物检测到的等位基因数在5~11之间,平均8个;共检测到基因型203个,每个引物检测到的基因型在7~17之间,平均为12个,表明所选引物具有较高的鉴别力。多态信息含量指数(PIC)变幅为0.614~0.848,平均为0.733。38个双引物组合可区分全部供试品种。根据引物对不同品种扩增条带大小进行编码,然后将每个品种17个SSR位点的赋值依次组合,建立了20个梨栽培品种的分子身份证。
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