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[期刊] 西南农业学报
[作者]
郭静微 魏真真 代英 王毛 李伟 袁方柯 陈玉林 马玉兰 泽仁措 肖敏
【目的】揭示若尔盖国家自然公园四川片区不同生境下土壤细菌的群落结构及物种多样性。【方法】以若尔盖国家公园四川片区不同生境下的5种土壤（沼泽土、亚高山草甸土、草甸土、褐土和风沙土）为研究对象，借助高通量测序技术对土壤细菌多样性和群落结构进行分析，并讨论土壤理化性质与菌群结构的关系。【结果】①在土壤细菌分类研究中，共鉴定出36个门，其中优势菌群为放线菌门（Actinobacteriota）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、酸杆菌门（Acidobacteriota）和绿弯菌门（Chloroflexi）。②在不同土壤细菌α-多样性分析中，亚高山草甸土（YGS）的Chao1、Observed Species、Shannon和Simpson指数均为最高，表明该土壤中细菌群落数量和多样性最高。③在不同土壤细菌β-多样性分析中，褐土（HT）、沼泽土（ZZT）、亚高山草甸土（YGS）以及风沙土（ST）相互高度重叠，表明该地区这4种土壤细菌群落结构组成相似，而草甸土（CD）土壤细菌群落具有显著差异（P＜0.05）。④对不同生境的RDA冗余分析中，放线菌门与土壤pH呈正相关；变形菌门与土壤pH和全钾（TK）呈正相关；厚壁菌门与有机质（SOM）、全氮（TN）、全磷（TP）和含水量（MC）显著正相关。【结论】本研究揭示了若尔盖自然公园四川片区不同生境下土壤细菌群落组成结构的差异性以及多样性，以及这些差异与环境因子的强相关性。该结果不仅有助于深化对土壤微生物生态学的理解，同时也为土壤生态系统的管理提供了科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋宇 王鹏 韦月平
【目的】本文探讨了不同稻田栽培模式下土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、非洲雁共作稻田(SDFYZ)和单作稻田(SDKBZ)3种栽培模式表层土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得240 070个有效序列,3157个OTU,48个门,115个纲,224个目,391个科,721个属和1343个种。Venn图显示3个处理组共有的细菌OTU数是1525个,SDFYZ特有OUT数最多为357个,SDHXZ的ace指数和shannon指数均高于SDFYZ和SDKBZ,说明SDHXZ土壤细菌多样性和丰富度高于其他2个处理。稻田土壤细菌多样性与pH和氨态氮相关性较大,丰富度则与硝态氮呈正相关。3个处理的优势菌门和优势菌属基本相同。PCoA分析图显示3个处理的土壤细菌群落结构差异较大。【结论】SDHXZ表层土壤细菌群落多样性和丰度最高,具有更好的土壤细菌生态基础。该研究可为合理选择水稻栽培模式提供一定理论支持。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵怡蕾 杨红 焦俊鹏 王春峰
为了解江苏盐城国家级珍禽自然保护区实验北区内不同生境鸟类群落多样性及人为干扰的影响,于2015年10月至2016年7月,采用样带法分春夏秋冬四季对研究区域内鸟类进行实地调查,结合3S技术将生境进行分类,并对鸟类组成以及不同生境内鸟类多样性特征与变化进行分析。结果表明:研究区域内共统计到鸟类12目27科67种,鸟类区系和留居型以古北种和候鸟为主。不同生境内鸟类群落多样性指数呈现人工湿地最高,人类活动区最低;均匀度指数与人为干扰程度呈显著负相关关系(y=1.883x+1.738,R2=0.9030,P<0.05),表现为浅海水域最高,人类活动区最低。不同生境间的多样性最高值出现在盐沼与人工湿地之间。在不同季节不同生境下鸟类多样性在人工湿地和盐沼生境中要普遍高于其他各生境,且最高值和最低值分别出现在秋季和夏季。
[期刊] 林业科学
[作者]
翟婉璐 钟哲科 高贵宾 杨慧敏
【目的】研究覆盖对雷竹林土壤细菌群落结构及多样性的影响,为科学评价该种植模式的生态风险提供科学依据。【方法】调查并采集不同覆盖年限(0、3、6、9、12年)雷竹林土样,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析16S rDNA土壤细菌基因V3-V4区域,鉴定细菌类群,并结合测定土壤的N、P和有机质等化学指标分析覆盖经营土壤细菌群落结构演变及多样性影响。【结果】1)测序共获得598个OTUs,计280 548条读数,平均读长453.5 bp。调查林地土壤细菌优势门为变形菌门、酸杆菌门和放线菌门(平均
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
熊川 李小林 李强 郑林用
为了解野生羊肚菌的生境,研究其菌塘土壤细菌群落的结构与多样性,运用PCR–DGGE技术,对采集于凉山州冕宁县野生羊肚菌发生地的8个羊肚菌菌塘土样和2个非菌塘土样进行分析。结果表明:羊肚菌菌塘土壤与非菌塘土壤细菌群落的结构差异和多样性差异较大;菌塘土壤的多样性指数(H)和丰度(S)比非菌塘土壤的高;菌塘土壤中Thermosporotrichaceae、Myxococcaceae和Rhodospirillaceae等3科细菌在羊肚菌菌塘土壤中占据优势地位;羊肚菌菌塘土壤细菌多样性程度总体优于非菌塘土壤。
关键词：
羊肚菌 土壤 细菌 群落结构
[期刊] 林业科学
[作者]
王安宁 黄秋娴 李晓刚 徐学华 李玉灵
【目的】研究冀北山区不同植被恢复类型对根际土壤细菌群落结构特征和多样性影响,探索自然和人工恢复对土壤微生物的作用机制,为该区域植被恢复与管理提供理论依据。【方法】以自然恢复的灌草丛、灌木林、次生林以及人工恢复的人工林根面、根际和非根际土为研究对象,通过Illumina Miseq平台对细菌16S rRNA的V3—V4片段进行高通量测序,分析土壤细菌α、β和功能多样性、群落结构组成以及与环境因子的关系。【结果】1)各恢复类型细菌α多样性差异显著(P0.05),整体表现为根面和根际土高于非根际土。2)次生林和人工林土壤细菌群落结构有一定相似性;次生林与灌草丛、灌木林土壤细菌群落结构差异较大。根际土与非根际土细菌群落结构有一定相似性,根面土与根际、非根际土细菌结构差异较大。3)变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门和厚壁菌门为优势类群。各样地有机质分解菌群(变形菌门、放线菌门和拟杆菌门)丰度差异显著,灌草丛和次生林显著高于其他样地,根面和根际土显著高于非根际土。固碳和固氮菌群(芽单胞菌门和厚壁菌门)分布较均匀。4)土壤田间持水量、有机质和全磷、植被分布均匀度、Simpson多样性指数和丰富度指数是影响土壤细菌群落的主要因素。土壤因子(田间持水量、有机质和全磷)对灌木林和灌草丛非根际土细菌影响极显著,对根面和根际土细菌作用较小;植被因子(植被分布均匀度、Simpson多样性指数和丰富度指数)对乔木林(次生林和人工林)不同根际范围土壤细菌群落影响均达到极显著水平。5)新陈代谢功能在KEGG上的编码基因数量最多,是土壤细菌的优势功能。各土样细菌群落KEGG功能基因序列数量和多样性差异显著,说明各植被恢复类型根际土壤中有许多具有各自独特功能的菌种,但土壤和植被不能决定土壤细菌功能多样性。【结论】恢复方式、植被类型和根系对冀北山区土壤细菌群落结构和多样性均有影响,其中恢复方式对土壤细菌多样性作用更明显,植被类型对土壤细菌群落结构影响更显著。距离根系越近,土壤细菌多样性越高,土壤细菌群落结构与非根际土差异越大。此外,环境因子如土壤养分、水分含量及植被分布状况等均与土壤细菌群落结构及多样性有关。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
何振 赵琴 李迪强 李密 谷志容
为探明天然次生林和人工油茶林土壤节肢动物多样性特征及其变化规律,基于Tullgren干漏斗法和罐诱法对八大公山亮叶水青冈林、枫香林、光皮桦林、栲树林和耒阳市南京乡半垦复油茶幼林、全垦复油茶幼林、全垦复油茶成林、未垦复油茶成林8种生境的土壤跳虫和地表节肢动物群落结构及多样性特征进行研究。Tullgren干漏斗法共分离出土壤跳虫1 830头,隶属4目10科19属;罐诱地表节肢动物12目24科34属1 136头。分析结果表明:天然次生林土壤跳虫的多样性显著高于人工油茶林,多样化的地表植被和凋落物有利于提高土壤跳
关键词：
土壤跳虫 节肢动物 生境 群落 多样性
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
黄红英 徐剑 黄志宏 白音 张伟群 安超华 王晓维 李婷
为评价斑茅对重金属污染土壤的复垦潜力,2011年6月分别对韶关矿区新温屋村和简屋村(分别对应于正在生产中的铜铁矿和铅锌矿附近)、下塘村(位于停产25年的钨矿附近)和无矿场污染的桐子坪村这4个样地的斑茅Saccharum arundinaceum进行土壤pH、土壤重金属、斑茅重金属及根系下土壤动物群落结构调查分析。研究结果如下:土壤pH从小到大的排序是:新温屋村(3.84)<下塘村(5.74～6.07)<桐子坪村(7.23)<简屋村(7.24);综合污染指数结果是:简屋村(31.54)﹥下塘村(25.01～27.01)﹥新温屋村(7.33)﹥桐子坪村(1.12);斑茅对Cu富集系数结果是:新温屋...
[期刊] 林业科学
[作者]
陈秀波 朱德全 赵晨晨 张路路 陈立新 段文标
【目的】分析凉水国家级自然保护区内的3种原始红松林(云冷杉红松林、椴树红松林和枫桦红松林)、红松人工林和红松天然次生林5种林型的土壤nosZ型反硝化微生物的群落组成和多样性特征,为全面了解不同林型红松林土壤的反硝化潜势和氮循环过程提供数据支持。【方法】以选取的5种林型红松林林下土壤为研究对象,以反硝化过程中的关键酶——氧化亚氮还原酶的编码基因nosZ为标记基因,采用高通量测序和生物信息学分析技术进行研究。【结果】从5种林型红松林15个土壤样品中一共得到nosZ基因631 878条有效序列,579 871条优质序列,长度分布在178～383 bp之间,主要分布在260 bp。5种林型红松林土壤nosZ型反硝化微生物主要门类为变形菌门和拟杆菌门,核心属为伯霍尔德杆菌属、黄杆菌属、慢生根瘤菌属、假单胞菌属、Dechloromonas属、芽单胞菌属、无色杆菌属和中华根瘤菌属。nosZ型反硝化微生物α多样性分析显示:除枫桦红松林的Shannon和Simpson指数显著高于红松天然次生林外,5种林型红松林之间土壤nosZ型反硝化菌群的4种α多样性指数(Shannon、Chao1、ACE和Simpson指数)差异不显著。β多样性分析显示:5种林型土壤nosZ型反硝化微生物群落组成差异显著(R=0.387,P=0.006),但3种原始红松林之间差异不显著。土壤铵氮和全氮含量是显著影响nosZ型反硝化微生物群落的主要因子(P﹤0.05)。【结论】5种林型红松林土壤nosZ型反硝化微生物多数α多样性指数无显著差异,但β多样性差异显著,引起不同林型之间nosZ型反硝化微生物组成和丰度的主要环境因子是土壤铵氮和全氮含量。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔垂思 李友勇 孙云南 尚卫琼 刘本英 杨涛
【目的】云南是中国茶树资源最大的遗传多样性中心，研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制，不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异，揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性之间的关系，为优化商品茶叶种植生产提供理论支撑。【方法】本研究选择不同茶树品种，利用土壤农业化学结合16SrRNA高通量测序技术分析不同品种氮磷钾含量茶树的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异，并对其做相关性分析。【结果】不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大，不同茶树品种中，氮含量高的茶树品种根际土壤的pH值、有机质、全氮、水解性氮含量均较高，磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高，钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高。群落结构分析表明，不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等。根际土壤pH、有机质含量、水解性氮含量、有效磷含量、速效钾含量对细菌群落结构影响较大，尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大。【结论】不同茶树品种中，新梢氮含量高、磷含量高、钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾的含量较高，进而引起细菌群落丰富度、细菌群落多样性较大，是茶树养分差异形成的重要环境因子。不同茶树品种中，高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周灵芝 劳承英 申章佑 李艳英 黄渝岚 韦本辉 胡泊 周佳
【目的】分析连作淮山根际土壤细菌群落结构,为解决淮山连作障碍提供参考依据。【方法】以淮山品种桂淮2号为试验材料,设置定向栽培连作淮山(T)和对照(CK)两个处理,采用Illumina MiSeq高通量测序技术结合土壤理化性质,分析连作淮山根际土壤细菌群落多样性及其与土壤理化因子的关系。【结果】基于细菌16S rRNA基因分析,对6个土壤样品测序共得到有效序列230961条,可操作分类单元(OTU)3423个。各样本检测到细菌群落含33门95纲242目395科780属1524种。Venn图分析结果显示,T处理和CK共有细菌OTUs数1688个,T处理特有OTUs数1388个。T处理土壤细菌的Shannon指数、ACE指数和Chao l指数均极显著高于CK(P<0.01,下同)。物种群落组成分析结果表明,放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是T处理根际土壤细菌的主要优势菌群,占物种群落组成的88.45%。主成分分析结果显示,第一主成分(PC1)和第二主成分(PC2)对细菌群落结构的差异性贡献率分别为81.44%和14.49%,细菌群落结构表现为连作受PC1影响明显。土壤理化性状是影响细菌群落组成的重要因子,与变形菌门、绿弯菌门、拟杆菌门、粘球菌门(Myxococcota)、Patescibacteria、疣微菌门(Verrucomicrobiota)和WPS-2的群落分布显著相关。【结论】淮山连作可提高其根际土壤细菌多样性,其优势细菌群落为放线菌、变形菌、厚壁菌、绿弯菌和酸杆菌;连作淮山土壤pH及水解氮、速效钾和有机质含量的变化是影响其细菌群落组成发生变化的重要因子。
[期刊] 华北农学报
[作者]
姜伟 白红梅 薛国萍 杜金伟 高婧 李杰 慕宗杰 胡玉珍 宋庆成
为了揭示设施连作不同果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性变化,采用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA高通量测序分析,研究设施连作5 a的番茄、黄瓜、辣椒和茄子之间的根际土壤和露地土壤细菌群落结构和多样性差异,探讨设施连作的不同作物对土壤细菌群落结构和多样性的影响。结果表明:设施连作土壤中细菌多样性丰富,包括44个门、150个纲、364个目、575个科和1 046个属,其中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和芽单胞菌门是土壤样品中细菌物种丰富度较高的6个门类,占所有细菌群落总数为露地84.56%、番茄83.02%、黄瓜82.21%、辣椒80.67%、茄子79.25%,4种作物根际土壤优势菌门丰富度占比均有显著差异并低于露地土壤;其中连作黄瓜变形菌门最高,放线菌门最低,分别占所有细菌群落总数31.53%,4.95%,根际土壤有益菌群高于其他果类菜和露地;连作番茄变形菌门丰度最高,酸杆菌门丰度最低,分别占所有细菌群落总数23.56%,5.16%,相对土壤质量最差。4种不同连作果类菜之间根系土壤细菌群落多样性均没有显著性差异,与露地相比连作黄瓜细菌群落多样性有显著性差异,表明不同果类菜根际土壤微生物多样性没有显著差异。为设施连作在内的许多农作物领域提供参考和可持续种植提供理论基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
曹红雨 高广磊 丁国栋 张英 赵媛媛 任悦 陈宇轩 郭米山
【目的】揭示呼伦贝尔沙区4种生境土壤真菌群落结构与多样性及其影响因素,探究不同生境对土壤真菌的影响。【方法】选择裸沙地、草地、樟子松人工林和樟子松天然林4种生境土壤真菌为研究对象,采用野外调查、ITS高通量测序结合RDA分析,比较分析不同生境土壤真菌种群特征。【结果】呼伦贝尔沙区土壤共检测到真菌5门22纲73目28科257属。其中,裸沙地和草地土壤优势真菌门为子囊菌门,樟子松人工林和天然林中优势真菌门为担子菌门。优势属共31属,裸沙地、樟子松人工林的优势属分别是被孢霉属和丝膜菌属,草地和天然林土壤中的优势属分别为被孢霉属和Archaeorhizomyces、红菇属和Geminibasidium。其中裸沙地和草地、樟子松人工林和天然林的土壤真菌进化分支更为接近。草地土壤真菌物种丰富度和个体数最高,分布最为均匀;裸沙地其次;樟子松天然林和人工林物种丰富度、个体数和多样性指数较低,分布也较为集中。土壤真菌群落分布的主要影响因子是土壤含水量,优势真菌属分布受多种环境因子影响,土壤孔隙度、含水量、有机质分别是被孢霉属、Archaeorhizomyces、丝膜属的主导影响因子,全磷则是红菇属和Geminibasidium的主导影响因子。【结论】呼伦贝尔沙区4种生境土壤真菌主要由子囊菌门和担子菌门组成,其中裸沙地和草地、樟子松人工林和天然林土壤真菌群落结构相似度较高。多类型草本植物使真菌种类增多且分布更为均匀,樟子松在一定程度上降低真菌数量和种类,并使其分布更为集中。不同生境的不同植被可以改变土壤性质,而土壤水分、营养元素及孔隙结构等土壤环境因素会直接影响4种生境土壤优势真菌属的代谢过程和功能特征,因此4种不同生境真菌群落结构及多样性呈显著差异。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈芸 刘旗 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰
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