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[期刊] 西南农业学报
[作者]
许文花 文亦芾 马向丽 罗富成
根据苜蓿基因组ALDH基因和稳定表达Actin基因mRNA序列,设计3对引物。提取苜蓿总RNA,采用oligo dT18作为反转录引物,经反转录获得cDNA,通过优化反应体系及反应条件,建立以苜蓿Actin基因为内参对照,检测苜蓿乙醛脱氢酶(aldehyde dehydrogenase,ALDH)基因(a亚基和b亚基)的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,苜蓿ALDH基因(a亚基和b亚基)和Actin基因扩增曲线和标准曲线显示其基因扩增效率均大于99.9%,熔解曲线分析表明3个基因的扩增产物为特异性单峰,其Tm分别为(86.4±0.2),(80.6±0.1)和(83.0±0.1)℃。该方...
关键词:
苜蓿 乙醛脱氢酶 实时荧光定量PCR
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
曾东 肖拉 倪学勤
根据Gen Bank上的基因序列,在保守区设定并合成特异性引物,选择β–actin作为内参基因,采用SYBR Green I染料法,进行熔解曲线分析和标准曲线的制作。熔解曲线表明,β–actin、IL–1β、IL–8的基因产物均为特异性产物,其Tm值分别为86、82.5和84℃;标准曲线表明,各基因Ct值的检测范围为12~32,扩增效率分别为96.3%,103.2%和102.6%,具有良好的线性关系,且r2均大于0.990;组内变异系数分别为0.14%~0.86%,0.18%~0.93%和0.13%~0.86%;用建立的方法检测健康建鲤头、肾组织中IL–1β、IL–8的表达情况,相对表达量分别...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵丽 赵绪永 陈红英 崔保安
【目的】建立一种能够快速、灵敏地检测猪细小病毒(PPV)的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。【方法】根据GenBank中的PPVVP2基因序列,设计并合成1对引物。通过常规PCR,扩增猪细小病毒VP2基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pGEM-T Easy载体中,构建重组质粒。对扩增程序中的荧光染料浓度、引物浓度和Mg2+浓度条件进行优化,建立最佳的荧光定量PCR反应体系和标准曲线。以阳性重组质粒为模板,建立SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法,对其灵敏性、特异性和重复性进行检验。应用建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,对临床60份疑似PPV病料进行检测,同时与血凝试...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周云雷 魏飞龙 李健 张小华 蒋红霞
【目的】建立基于鸡毒支原体种特异性粘附蛋白编码基因pvpA的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据GenBank公布的不同国家和地区鸡毒支原体pvpA基因序列,在高度保守区域设计一对引物。以临床分离鸡毒支原体RC1为模板扩增pvpA基因,将其连接到PMD19-T载体,转化至大肠杆菌DH5α中,经PCR和酶切鉴定并测序验证后得到阳性重组质粒rPvpA90。以rPvpA90为模板建立SYBR Green I荧光定量的标准曲线和溶点曲线,并进行特异性,灵敏性,重复性及临床样本检测试验,评价该方法的可行性。【结果】所建立的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶点曲线特异,相关系...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈利达 袁军海 李磊 石延霞 柴阿丽 谢学文 李宝聚
为了建立一种快速检测镰孢菌属的方法。根据Fusarium翻译延伸因子(TEF-1α)基因序列,设计并筛选其特异性引物F8-1/F8-2,能从靶标基因组DNA中特异性扩增出大小为187 bp的目的片段,建立Fusarium荧光定量PCR(RT-PCR)检测体系的灵敏度比常规PCR高104倍,且特异性良好。利用该反应体系检测不同湿度环境下病残体和土壤病残体DNA含量的动态变化。结果表明:病残体及土壤病残体DNA初始拷贝数分别为6. 90×10~(11),1. 06×10~(12)拷贝数/g,经过温度27℃、80%湿度下处理30 d病残体DNA含量下降至5. 55×10~8和0拷贝数/g,而在温度27℃、20%湿度下含量分别为8. 04×10~9,1. 30×10~9拷贝数/g。因此,建立的Fusarium实时荧光定量PCR检测体系具有特异性强、灵敏度高的特点,可以快速准确地定量检测病残体DNA的含量,为瓜类根腐病的早期预防和流行监测提供了有效的技术手段。
关键词:
镰孢菌 实时荧光定量PCR 湿度 病残体
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
万春和 陈翠腾 傅秋玲 程龙飞 傅光华 陈红梅 施少华 黄瑜
【目的】建立禽坦布苏病毒(AviAn Tembusu virus,ATmv)TAqmAn实时荧光定量PCr检测方法。【方法】根据ATmv非结构蛋白ns1的基因特征,设计特异性的引物和探针,建立基于TAqmAn探针检测ATmv的实时荧光定量PCr检测方法,对其特异性、重复性进行检测。用建立的TAqmAn实时荧光定量PCr检测方法和之前建立的rT-PCr方法同时对临床15份疑似ATmv感染的病料进行检测,计算其符合率。【结果】成功建立了检测ATmv的实时荧光定量PCr检测方法,当ns1基因含量为(2.67×102)~(2.67×107)拷贝/μL时有良好的线性扩增,其扩增相关系数为0.998,扩增...
[期刊] 水产学报
[作者]
曹泽艺 周庆杰 陈凯 习丙文 谢骏 潘良坤 毛颖
为克服现有小瓜虫病的显微镜检和PCR诊断等方法在该寄生虫的感染早期阶段和环境样本检测中存在的缺陷,建立特异性强、灵敏度高的多子小瓜虫PCR检测方法,实验根据多子小瓜虫线粒体COⅠ序列设计和筛选了一对引物,经过PCR程序优化、特异性、灵敏性验证以及临床和环境样品检测分析,分别建立了普通PCR和荧光定量PCR检测方法。结果显示,本研究获得的检测引物对多子小瓜虫有较高的扩增特异性,对同属纤毛虫类的草履虫、四膜虫和肠袋虫以及常见养殖鱼类宿主异育银鲫、草鱼、尼罗罗非鱼和团头鲂等样本均无扩增;扩增特异性和灵敏度都优于文献报道的方法。其中,普通PCR最低检测的样本浓度为掠食体2.67个/μL,荧光定量PCR在掠食体0.02个/μL时依然能有效检出,荧光定量PCR检测灵敏度高于普通PCR。研究表明,在临床样本和养殖水环境样本检测应用中,基于该引物的两种PCR方法表现出很高的一致性,能有效检出潜伏感染鱼体和养殖水环境中的多子小瓜虫。本研究所建立的多子小瓜虫的检测方法特异性强、灵敏度高,适用于淡水养殖中小瓜虫病的早期诊断和病原体的检测。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李碧侠 赵芳 任守文 王学敏 方晓敏
SIRT1基因对细胞的生存、衰老、凋亡等生理活动起着十分重要的调节作用。为了建立荧光定量PCR技术检测猪SIRT1基因表达量,根据GenBank中猪SIRT1 mRNA序列设计引物,建立基于SYBR Green I染料技术的荧光定量PCR检测方法。结果表明,所建立的荧光定量PCR检测方法具有快速、敏感和特异性强等特点,为猪SIRT1基因定量分析提供了技术平台。
关键词:
猪 SIRT1 荧光定量PCR
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许雪芬 高杰 蒋忠荣 刘曦 赵永华 彭海云 泽丹多吉 郑玉才
本研究分析了昌台牦牛(Bos grunniens)乳酸脱氢酶-1(LDH1)的遗传多态性。实验提取了80头昌台牦牛基因组DNA,采用PCR-RFLP和新建立的等位基因特异PCR技术,分别对LDH1的H亚基编码基因ldhb的2个突变点进行检测。结果表明,昌台牦牛中检测到2种ldhb G896A基因型(AA、AG),未检测到GG型,其中形成LDH1快带的G等位基因频率为0.1125,且均为杂合型(AG);首次从基因水平上分析牦牛ldhb A689C基因型,观察到AA和AC共2种基因型,其中仅1头牦牛携带LDH1慢带相关的C等位基因,且为AC杂合型。试验结果表明,昌台牦牛ldhb存在与其他牦牛品种类...
关键词:
牦牛 乳酸脱氢酶 遗传多态性
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王丽 王振东 乔奇 秦艳红 张德胜 田雨婷 王爽 张立军 张振臣
依据甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的保守区设计引物和TaqMan探针,经过对反应体系和反应条件的优化,建立了特异、灵敏、高效的SPFMV实时荧光定量PCR检测方法。试验结果表明:该方法能检测到目的病毒,标准曲线的斜率和相关系数分别为-3.307和0.998,扩增效率为100.6%。最低可检测到约5.46个拷贝的阳性质粒,灵敏度比常规PCR高2个数量级。建立的实时荧光定量PCR方法可用于田间样品的检测,为SPFMV的早期预警和流行学研究提供了技术手段。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张小敏 周斌 何丹妮 庞然 赵津 陈溥言
根据GenBank中的猪源抗病毒蛋白Mx1基因(poMx1)序列设计1对特异性引物,从Mx1基因全长片段中扩增和克隆了特异性的115 bp核苷酸片段。测序鉴定正确后将重组质粒进行定量并10倍倍比稀释作为扩增模板,通过SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,建立Mx1的标准曲线及回归方程。结果显示:该标准曲线的回归方程为Y=-2.986 3 lg X+38.239 3(R2=0.998 5),灵敏度为1×102μL-1;应用该方法对猪瘟兔化弱毒苗接种猪肾细胞(PK-15)后产生的poMx1 mRNA进行定量分析,发现病毒感染细胞4 h后,poMx1的表达量最高(P<0.01),然后随着时间...
关键词:
猪源Mx1 实时荧光定量PCR 标准曲线
[期刊] 华北农学报
[作者]
李林杰 刘萍 马鹏 王悦萦 郭富城 马晓霞 周建华 柏家林
为了建立一种快速检测小反刍兽疫病毒的方法。根据Gen Bank中公布的PPRV Nigeria75/1株H基因序列设计2对引物,PCR扩增出1 830 bpH基因,构建标准质粒p MD-18-H。以标准质粒优化反应条件,建立了小反刍兽疫病毒H基因SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法。最优反应体系25μL:2×SYBR qPCR Mix 12. 5μL,模板DNA 1μL,特异引物各0. 2μL(0. 2μmol/L),DEPC H2O 10. 5μL;最佳反应条件:94℃2 min; 94℃5 s,57℃30 s,40个循环,Ct值与标准质粒模板浓度在3. 28×104~3. 28×10-2copies/μL 7个浓度梯度呈良好线性关系y=-2. 913x+36. 904,斜率为-2. 913,扩增效率120. 5%,相关系数R2=0. 994。建立的实时荧光定量PCR检测方法比普通PCR灵敏度高10 000倍,稳定性好,特异性强,对PPRV的准确诊断和定量检测具有重要意义。
[期刊] 水产学报
[作者]
王国良 刘璐 李思源
根据GenBank中蛳鱼诺卡氏菌16S-23S rRNA基因序列设计并合成一对特异性引物,经反应体系优化后建立了检测蛳鱼诺卡氏菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法线性关系良好,标准曲线的相关系数为0.998;溶解曲线分析显示产物为单一的特异峰;检测灵敏度可达10 6μg/μL的DNA含量,与嗜水气单胞菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、副溶血弧菌、麦氏弧菌不发生交叉反应,具有良好的特异性。应用建立的方法在蛳鱼诺卡氏菌病爆发时期,对16份鱼体组织、养殖水体、饲料等样品进行了检测,结果 7份为阳性,与细菌分离、培养检查结果 100%相符。既能检测发病鱼,又能检出未发病且已感...
[期刊] 水产学报
[作者]
周勇 曾令兵 孟彦 周群兰 张辉 高正勇 肖艺 孙建滨
利用PCR技术扩增出大鲵虹彩病毒(giant salamander iridovirus,GSIV)主要衣壳蛋白(MCP)编码区长度为1 392 bp的片段,克隆到pMD19-T载体上,构建重组质粒pMD19-T-MCP。经PCR鉴定确认正确后,以10倍梯度稀释pMD19-T-MCP重组质粒,作为标准模板进行TaqMan实时荧光定量PCR扩增,制作标准曲线,建立了大鲵虹彩病毒的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。制作的标准曲线有极好的线性关系,且线性范围宽,相关系数为0.990 19。组内重复试验的CT值标准偏差为0.52%。检测结果显示,该方法对大鲵虹彩病毒的检测有高度的特异性,与锦鲤疱...
[期刊] 水产学报
[作者]
何闪英 吴小刚
为建立快速、准确的鉴定和定量检测赤潮生物的方法,以圆海链藻为例,以其18S rDNA序列为寻找种特异性引物的靶区域,通过分析18S rDNA序列,设计出适合用于RFQ-PCR的引物与探针,并通过引物PCR验证确定其特异性,进而以圆海链藻荧光定量PCR的引物和探针(PrimerThalassiosira rotula和Taqman Thalassiosira rotula),建立了定量检测圆海链藻的实时荧光定量PCR检测方法(RFQ-PCR)。与传统的显微镜计数方法比较,两者所获结果无显著性差异,证明了本方法的可行性,从而为我国沿海水域赤潮问题的研究提供了良好的技术检测途径。
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