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[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘筱 方晓敏 邹晓龙 赵芳 任守文
【目的】研究苏钟猪TLR4的多态性及其编码区第1 027 bp处突变对TLR4蛋白功能的影响。【方法】采用PCR-SSCP的方法检测TLR4在苏钟猪中的多态性并利用real-time PCR方法检测不同基因型(CC型和AC型)的猪肺泡巨噬细胞经脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导后,TLR4及促炎症因子TNF-α、IL-1β表达量的变化情况,探讨该处突变对TLR4识别LPS的影响。【结果】①共检测到3个突变:G962A、C1027A、G960A,其中前两个为有义突变,且C1027A突变可引起编码氨基酸性质的改变;②LPS能快速诱导猪肺泡巨噬细胞中TLR4及促炎症因子TNF...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马百全 魏天雨 吴艳 郭苹 王钧顺 张建生 邢军 刘红林 李齐发
［目的］本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪ＢＭＰ４（Ｂｏｎｅ ＭｏｒＰｈｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎ ４）基因３＇－Ｕｔｒ区序列特征，分析苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区ＳｎＰ位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ ＳｎＰ位点多态性。［方法］采用克隆测序技术获得苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列；利用生物信息学方法分析其序列特征；利用池ＤｎＡ测序技术筛选ＳｎＰＳ，采用ＡＳ－Ｐｃｒ技术分析苏淮猪和梅山猪ＳｎＰＳ位点多态性。［结果］苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列长度为２６７ ＢＰ，含有一个（Ａｃ）９微卫星位点和Ｐｏｌｙ Ａ结构；在苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区２０ ｎ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
为了探讨八眉猪DRA基因的遗传特性及其在抗病育种和猪-人异种器官移植中的应用前景,采用克隆测序的方法对该基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测该基因编码氨基酸的理化特性和结构功能,同时对该基因进行同源性分析。结果显示,八眉猪DRA基因编码252个氨基酸,编码区有5个核苷酸和2个氨基酸变异位点。DRA基因编码产物是一种不稳定的不可溶蛋白,二级结构为混合型,无规则卷曲所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示,DRA基因免疫应答几率最高(4.405)。同源性分析发现,八眉猪DRA氨基酸与其他猪种的相似度在98%以上,与人的相似度达到83%,在CD4分子结合部位与人类相应的DRA仅存在1个氨基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
采用克隆测序的方法对八眉猪DQA基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪DQA基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪DQA基因编码255个氨基酸,编码区序列有14个碱基变异,11个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范运峰 赵启祖 赵耘 邹兴启 张仲秋 王琴 宁宜宝
【目的】分析CSFV3′-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFV Thiverval株、HCLV株和Shimen株的3′-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructure软件进行CSFV3′-UTR基因组序列的比对分析和二级结构模拟。【结果】Thiverval株3′-UTR最长可达259个碱基,与母源株Alfort相比,含有32nt的插入,最短只有233个碱基,含有6nt的插入。HCLV株最长有244个碱基,含有17nt的插入;最短有233个碱基,含有8nt的插入。同时,疫苗株的插入...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王朝风 岳耀敬 张勇 刘建斌 韩吉龙 赵兴绪 杨博辉
为研究藏羊VEGF-A基因编码区多态性与藏羊耐高寒、缺氧环境的相关性,以藏羊的血样为材料,运用DNA池测序和直接测序法检测VEGF-A基因的序列变异,比较其基因型频率和等位基因频率的差异,并对不同的多态位点间进行连锁不平衡和单倍型分析。然后预测蛋白质序列的改变,并用生物信息学软件对蛋白质序列的结构及性质进行分析。结果表明,在藏羊VEGF-A的编码区中有3个多态性位点,SNP2(g.15020T/A)碱基的突变导致了半胱氨酸变为丝氨酸。此氨基酸的变化并没有引起基因所编码蛋白的二级结构的变化。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。SNP1(g.15005T/A)的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘晨 魏全伟 李平华 吴燕 吴望军 李强 黄瑞华 石放雄
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄晓宇 袁军虎 杨巧丽 马艳萍 滚双宝
为了探究烟台黑猪SLA-DRA基因多态性,预测其蛋白质的结构并分析功能特征,采用PCR-SSCP、克隆测序和生物信息学等方法对SLA-DRA基因4个外显子的多态性、蛋白质的理化性质、结构域、蛋白质的空间结构和功能进行了预测和分析。结果显示:SLA-DRA基因exon 1、exon 2和exon 4共检测到11个SNPs,导致7个氨基酸发生变异,exon 3没有突变产生,exon 4的多态性最丰富。SLA-DRA基因编码区759 bp核苷酸共编码252个氨基酸和1个终止子。SLA-DRA基因蛋白质是一种偏酸
[期刊] 华北农学报
[作者]
黄晓宇 袁军虎 杨巧丽 马艳萍 滚双宝
采用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ、克隆测序和生物信息学等方法对烟台黑猪ＳＬＡ－ＤＱＡ基因多态性进行研究，预测其蛋白质结构并分析其功能特征。结果显示：ＳＬＡ－ＤＱＡ基因ｅｘｏｎ ２、ｅｘｏｎ ３、ｅｘｏｎ ４分别检测出４种等位基因，５种基因型、６种等位基因，８种基因型、４种等位基因，７种基因型，包括３种新等位基因。ＳＬＡ－ＤＱＡ基因共编码２５５个氨基酸，编码区共发现３２个核苷酸突变和１３个氨基酸变异，ｅｘｏｎ ２多态性最为丰富。蛋白质结构预测结果显示二级结构中无规则卷曲和延伸链比例最高，α螺旋数量多且集中，β折叠最少。功能预测结果显示，ＳＬＡ－ＤＱＡ基因蛋白质在能量代谢、结构蛋白和生长因子等方面几率较高。本．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
孔晶晶 滚双宝 杨巧丽 王国旺 刘丽霞 李峰松 姜天团 封洋 赵生国
采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽 张爱玲 张良志 张春雷 朱泽轶 雷初朝 王新庄 陈宏
【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽群 韦康 王丽鸳 成浩 刘本英 龚武云
【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCH...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
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