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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马百全 魏天雨 吴艳 郭苹 王钧顺 张建生 邢军 刘红林 李齐发
［目的］本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪ＢＭＰ４（Ｂｏｎｅ ＭｏｒＰｈｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎ ４）基因３＇－Ｕｔｒ区序列特征，分析苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区ＳｎＰ位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ ＳｎＰ位点多态性。［方法］采用克隆测序技术获得苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列；利用生物信息学方法分析其序列特征；利用池ＤｎＡ测序技术筛选ＳｎＰＳ，采用ＡＳ－Ｐｃｒ技术分析苏淮猪和梅山猪ＳｎＰＳ位点多态性。［结果］苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列长度为２６７ ＢＰ，含有一个（Ａｃ）９微卫星位点和Ｐｏｌｙ Ａ结构；在苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区２０ ｎ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴一尘 杜星 李平华 吴艳 王钧顺 刘红林 李齐发
【目的】获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列，了解其序列特征和组织表达特征，分析苏淮猪ＶＲＴＮ基因ｉＮｓ２９１位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织ｃ ＤＮＡ为模板，采用克隆测序技术分离获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列。利用Ｂｉｏ ＥＤｉＴ ７．０软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用ｃｌｕｓＴＡｌ Ｗ软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用ｕｃｓｃ基因组浏览器与ＮｃＢｉ基因组数据库进行猪ＶＲＴＮ基因的染色体定位和基因组结构分析。利用ｓＭＡＲＴ软件预测蛋白质功能域，ｃＰＨＭｏＤＥｌｓ软件预测蛋白质三级结构。随机选取３头成年苏淮猪母猪，屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织，提取．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘晨 魏全伟 李平华 吴燕 吴望军 李强 黄瑞华 石放雄
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
邰志鹏 徐异桓 张电光 谭肖英
为研究黄颡鱼bmp2a与bmp4基因的功能及其相关转录因子的调控网络,采用RLM-5′RACE方法确定bmp2a与bmp4基因的转录起始位点,通过hiTAIL-PCR方法克隆bmp2a与bmp4基因启动子序列并运用生物信息学方法预测启动子序列上的关键转录因子结合位点。结果显示,bmp2a与bmp4基因的转录起始位点分别位于bmp2a与bmp4基因编码区上游的391bp与351bp处。克隆bmp2a与bmp4的1 830bp、1 962bp启动子序列,在启动子序列的基础上预测出AP1、SP1、E-box、GATA1、CREB、PPARγ、SOX5、SOX6和SOX9等转录因子的结合位点,提示这些转录因子对bmp2a与bmp4基因的转录调控发挥潜在的重要作用。
关键词：
黄颡鱼 骨形态形成蛋白 启动子 转录因子
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈磊 李学伟 朱砺 李强 李明洲
【目的】研究猪肉嫩度性状候选基因-半胱氨酸蛋白酶抑制素B(Cystatin B,CSTB)基因对肌肉宰后嫩化的作用,为研究嫩度性状的遗传机理提供理论基础。【方法】采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆到猪CSTB基因cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。采用PCR-RFLP方法,分析了84头猪CSTB基因多态性及其与嫩度性状的关联性。【结果】CSTB基因开放阅读框全长294bp,编码98个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CSTB基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为81%、85%和89%,推测氨基酸序列同源性为83%、76%和85%。蛋白质结构同源建模...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
齐传翔 徐奎 牟玉莲 杨述林 李奎 吴添文
【目的】获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列,了解其序列特征,分析猪CBR1基因不同拷贝形式的多态性及其与繁殖性能间的相关性。【方法】以五指山猪睾丸组织的c DNA为模板,采用克隆测序技术获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列。利用DNASTAR对CBR1不同拷贝形式编码的氨基酸序列进行分析。利用DNAMAN软件分析猪CBR1基因不同拷贝形式间的同源性,及其与多个哺乳动物间的同源性。利用Ex Pa Sy提供的Protparam在线软件分析猪CBR1基因不同拷贝的蛋白质理化特性。采集136头大白和47头长白繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用PCR-测序检测猪CBR1基因不同拷贝形式的多态位点,分析其与繁殖性能的相关性。【结果】猪CBR1基因的3个不同拷贝形式均编码3个外显子,其编码区序列全长分别为870,870和846bp,其12—18位氨基酸残基均为保守的GlyXXXGly XGly序列,符合CBRs家族的结构特性。同源性比对结果显示,CBR1基因不同拷贝形式的CDS序列同源性达87%以上,不同哺乳动物间的CBR1基因的CDS序列同源性达82%以上,可见哺乳动物CBR1基因在进化过程中比较保守。CBR1的3种不同拷贝形式编码蛋白质的理化特性较为相近,均不稳定,且为亲水性蛋白,说明其3个不同拷贝形式可能在体内发挥着类似的功能。多态性分析结果显示,拷贝V1中发现5个SNP位点,拷贝V2中发现4个SNP位点,拷贝V3中发现2个SNP位点。大白猪中,拷贝V1的启动子上游153 bp处的A/T突变和外显子3的379 bp处的C/T突变,拷贝V2上游10 bp处的AC插入突变、外显子1—63 bp处C/T突变和内含子1—76 bp处G/T突变与产活仔数显著相关。长白猪中的SNP位点则与繁殖性能不相关。【结论】获得了猪CBR1基因不同拷贝形式的编码区序列,发现了5个与大白猪经产仔数显著相关的SNP位点,CBR1基因可能作为有价值的候选基因应用于大白猪的繁殖性能选育。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭安强 万勇善 刘风珍
【目的】分离花生2-甲基-6-植基-1,4-苯醌甲基转移酶(MPBQ MT)基因VTE3,揭示其分子生物学特征及遗传多态性。【方法】利用EST拼接、RT-PCR以及以DNA为模板的PCR扩增技术,从花生属栽培种中分离VTE3全长cDNA;从不同类型栽培品种和花生属花生区组二倍体野生种(Arachis duranensis和A.ipaensis)中分离VTE3全长DNA,进行VTE3序列多态性分析,并构建VTE3的进化树。【结果】从3个栽培品种中分别克隆得到2条VTE3 cDNA序列(命名为rVTE3-1和rVTE3-2),rVTE3-1和rVTE3-2的编码区长均为1 059 bp,二者同源性...
[期刊] 林业科学
[作者]
徐煲铧 杨晓慧 李百炼 张志毅 张德强
组合利用生物信息学和RT-PCR方法,首次从毛白杨未成熟木质部cDNA中分离出PtCesA4cDNA全长,并进行测序和序列分析,结果表明克隆的毛白杨PtCesA4 cDNA片段总长为3757bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为3129bp,可编码长度为1042个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtCesA4、水稻OsCesA1和火炬松PtCesA2的蛋白质氨基酸序列同源性分别为80.3%,78.9%和75.6%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtCesA4基因在杨树根、茎、叶片和顶端分生组织中均有表达,但其表达模式却不同:PtCesA4在成熟叶片、未成...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
曲亮 黄瑞华 李开桢 邱新深 于传军 黄春玲 王蒙 周波 王钧顺
应用PCR-RFLP方法检测了H-FABP、HSL基因在83头苏淮猪中的多态性分布。结果表明:H-FABP基因的3个变异位点和HSL基因都存在多态性。H-FABP HinfⅠ位点HH基因型个体的背膘厚为19.81 mm,极显著低于hh基因型个体(20.16 mm)(P<0.05)。HH基因型个体的瘦肉率为59.69%,极显著高于hh型个体(54.84%)(P<0.01),Hh基因型个体的瘦肉率为58.69%,显著高于hh型个体(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
张建一 梁春年 吴晓云 张良斌 郭宪 裴杰 阎萍
以Agouti基因作为牦牛毛色调控的候选基因,探索Agouti基因编码区序列多态性,以期为阐明Agouti与毛色形成的相关性及毛色形成机理奠定基础。根据GenBank已发表序列(NM_206843)设计1对引物,以天祝白牦牛和黑色被毛甘南牦牛皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛Agouti基因编码区序列。采用生物信息学方法预测分析Agouti基因及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等;采用DNA混合池测序法和直接测序法,检测牦牛Agouti基因编码区的序列变异。结果表明,扩增得到的Agouti基因的编码区是一条长为593 bp的DNA序列。黑色甘南牦牛和...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘筱 方晓敏 邹晓龙 赵芳 任守文
【目的】研究苏钟猪TLR4的多态性及其编码区第1 027 bp处突变对TLR4蛋白功能的影响。【方法】采用PCR-SSCP的方法检测TLR4在苏钟猪中的多态性并利用real-time PCR方法检测不同基因型(CC型和AC型)的猪肺泡巨噬细胞经脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导后,TLR4及促炎症因子TNF-α、IL-1β表达量的变化情况,探讨该处突变对TLR4识别LPS的影响。【结果】①共检测到3个突变:G962A、C1027A、G960A,其中前两个为有义突变,且C1027A突变可引起编码氨基酸性质的改变;②LPS能快速诱导猪肺泡巨噬细胞中TLR4及促炎症因子TNF...
[期刊] 华北农学报
[作者]
朱艳菲 张廷荣 孙金海
选取野生型乌苏里貉、红褐色乌苏里貉和吉林白貉各3只为研究对象,利用克隆测序技术,得到长为276 bp的KIT基因第二外显子序列,分析其多态性及与其他物种的同源性。结果显示:红褐色乌苏里貉KIT基因第二外显子与犬、狐、家猫、虎鲸、野猪、马的同源性分别为97%,97%,92%,89%,87%,87%;对野生型乌苏里貉、红褐色乌苏里貉和吉林白貉KIT基因第二外显子序列进行对比分析发现,3种貉序列完全匹配,说明在此处未发生突变。
关键词：
貉 KIT基因 克隆 多态性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯静 杨华 宋天增 杨剑波 石国庆 徐从祥 黄锡霞
本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....
[期刊] 水产学报
[作者]
周芬娜 董忠典 李同明 傅咏 王慧
为进一步了解鱼类MHC ⅡA基因的特点及其在免疫反应中的功能,采用同源克隆、RACE-PCR、巢式PCR等技术,从健康的尼罗罗非鱼体获得1 205 bp的MHC ⅡA基因cDNA全序列(Orni-DBA-0101,Genebank登录号:JF719813)及1 388 bp的基因组序列。序列分析发现,尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因含4个外显子和3个内含子,开放阅读框长720 bp,编码239个氨基酸。从4尾尼罗罗非鱼中共得到8条不同的cDNA序列,分别编码不同的氨基酸序列。氨基酸序列比对后发现,序列间存在丰富的多态性,且主要集中在α-1区,多态性位点数远远高于半滑舌鳎MHC ⅡA基因。生物信息学分...
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